生体 リアルタイムPCR解析 (定量)

執筆者 | 11月 7, 2023 | 生体関連, 生体関連_定量・定性, 群集構造解析

生体 リアルタイムPCR解析 (定量) ホーム / 群集構造解析 / 生体関連 / 生体関連_定量・定性 特長 概要 検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングし、定量します。全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。 受入可能な検体...

生体 特異プライマーPCR解析 (定性)

執筆者 | 11月 7, 2023 | 生体関連, 生体関連_定量・定性, 群集構造解析

生体 特異プライマーPCR解析 (定性) ホーム / 群集構造解析 / 生体関連 / 生体関連_定量・定性 特長 概要 検体中に含まれる特定の帰属分類群や特定機能遺伝子をターゲットにしたプライマーセットを用いて、PCR増幅、電気泳動を行い、目的塩基長のバンドが出現することを確認して定性を行う試験です。 受入可能な検体...

アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN)

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN) ホーム / 群集構造解析 / データ解析 特長 概要 次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られた配列データの帰属分類群を推定するデータ解析です。 受入可能な検体...

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) ホーム / 群集構造解析 / データ解析 特長 概要 QIIME21）は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME 2...

統計分析ソフトRによるデータ解析

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

統計分析ソフトRによるデータ解析 ホーム / Rによる 特長 概要 アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T-RFLPフローラ解析 (MN法) の各結果を基に、論文投稿や学会発表向けに必要な作図や統計学的検定を統計分析ソフトウェアR1,2）で実施します。 参考文献 (1) R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing 2013. (2)...