統計解析ソフト R によるデータ解析
特 長
- 各帰属分類群の検出率をヒートマップで表し、その検出率と群集組成と二次元的にクラスタリング
- (ヒートマップ・クラスター分析)
- 各検体の群集組成の類似性を二次元に集約し て表現 (主成分分析)
- 群集組成の同異を検体間または群間で比較検体間または群間で比較 (検体間・群間比較 / ベン図)
- 複数検体間や群間のデータのばらつきを可視化:し、有意差検定を実施 (群間比較 / 箱ひげ図)
概 要
論文投稿や学会発表向けの解析サービスです。アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T RFLPフローラ解析 Nagashima 法、 MN 法 ) の各種解析結果を基に、R ソフトウェア 1) による作図や統計学的検定を実施します。
1) R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing 2013.
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式※1 |
|---|---|
| 分類階級 ごとの帰属分類群表 (OTU テーブルなど※2 | - |
| アンプリコンシーケンス・データ解析結果 (Metagenome@KIN) | txt, Excel ファイル |
| QIIME2 解析結果 | qzaファイル |
| T-RFLP フローラ解析結果※3 | Excelファイル |
※1 当社アンプリコンシーケンス・デー タ解析、 QIIME2 解析を行っていないデータでの解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
※2 QIIME1 による出力結果での解析も 承ります ので、お問い合わせ下さい。
※3 当社 T RFLP フローラ解析を行ったデータでのみご利用いただけます。
作業の流れ
- データフォーマット
- R による解析
仕 様
| 報告内容 | R パッケージ | 内容 |
|---|---|---|
| ヒートマップ・クラスター分析 | amap | 検体間のユークリッド距離を求め、帰属分類群の検出率と群集組成の類似度を組合せたクラスタリングをWard法により行います。各帰属分類群の検出率をZスコアに換算し、色の濃淡で表します。 |
| 主成分分析 | ggplot2 | 検体間のデータの最もばらつきが大きい方向を第一主成分、第一主成分と直行し、二番目にばらつきが大きい方向を第二主成分と定義して二次元にプロットします。 |
| 検体間・群間比較 (ベン図) | VennDiagram | 2検体～5検体間における共通または特異的な帰属分類群を抽出し、菌叢の同異をベン図で表現します。被験者の性別や抗生物質の投与などで群分けすることで、群間比較に使用します。 |
| 群間比較 (箱ひげ図※4) | amap | 複数検体間または群間でデータのばらつきを可視化、比較します。t検定、ノンパラメトリック検定や多重比較検定などの統計学的有意差検定を行います。 |
※4 QIIME1のα多様性解析で出力された多様性指数およびβ多様性解析で出力された距離行列の統計学的 検定をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
納品内容
| 試験項目 | 納品内容 | 形式 |
|---|---|---|
| ヒートマップ・クラスター分析 | ヒートマップ・クラスター分析結果 | tiffファイル |
| 検体間の群集組成の系統関係 | ||
| 主成分分析 | 二次元プロット図 | tiffファイル |
| 検体間・群間比較 (ベン図) | ベン図 | tiffファイル |
| 描画元データ | Excelファイル | |
| 群間比較(箱ひげ図) | 箱ひげ図 | tiffファイル |
| 統計学的有意差検定結果 | Excelファイル |
報告サンプル
ヒートマップ・クラスター分析結果
検体間の群集組成の系統関係
主成分分析
二次元プロット図
検体間・群間比較
ベン図
群間比較 箱ひげ図
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| ヒートマップ・クラスター解析 | 1～5 | 検体 | 5,000円 | 10営業日 |
| 6～ | 2,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| 主成分分析 | 1～5 | 検体 | 5,000円 | 10営業日 |
| 6～ | 2,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| ベン図 | 2 | 式 | 16,000円 | 10営業日 |
| 3 | 18,000円 | |||
| 4 | 19,000円 | |||
| 5 | 20,000円 | |||
| 箱ひげ図作成 | 1～5 | 検体 | 5,000円 | 10営業日 |
| 6～ | 2,000円 | お問い合わせ下さい |
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ オプション解析のため、 図表データのみの納品となります。
・ メディア DVD R) による 配送納品 のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項（ 共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
