統計分析ソフトRによるデータ解析
特長
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群集組成をヒートマップで表し、検体間のユークリッド距離に基づきクラスタリング (ヒートマップ・クラスター分析)
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群集組成の特徴を二変量に縮約し、二次元プロット図で表現 (主成分分析)
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群集組成の異同を検体間または群間で比較 (検体間・群間比較 / ベン図)
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複数検体間または群間のデータのばらつきを可視化し、有意差検定を実施 (群間比較 / 箱ひげ図)
概要
アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T-RFLPフローラ解析 (MN法) の各結果を基に、論文投稿や学会発表向けに必要な作図や統計学的検定を統計分析ソフトウェアR1,2)で実施します。
参考文献
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(1)
R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing 2013.
受入可能な検体
検体の種類 | 形式※ 1 |
アンプリコンシーケンス ・ データ解析結果 (Metagenome@KIN) | csvファイル |
QIIME2 （一次解析） 出力データファイル※ 2 | qza, qzv ファイル |
T-RFLP フローラ解析結果 | Excel ファイル |
※1 当社仕様で実施していないデータ解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
※2 QIIME1による出力結果での解析も承りますので、お問い合わせ下さい。
解析の流れ
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データフォーマット
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Rによる解析
仕様
試験項目 | 内容 |
ヒートマップ ・ クラスター分析 | 検体間のユークリッド距離を求め、 Ward 法によりクラスタリングします。 0.1％以上の各帰属分類群の構成比率を Z スコアに換算し、 色の濃淡で表現します。 |
主成分分析 | 検体間の相関行列を基に、 主成分分析を行います。 群集組成の特徴を、 分散が最も大きい二変量に縮約し、 二次元プロットへ投影します。 |
検体間 ・ 群間比較 ( ベン図 ) | 2 検体～ 5 検体間における共通または特異的な帰属分類群を抽出し、 菌叢の異同をベン図で表現します。 被験者の性別や抗生物質の投与などで群分けすることで、 群間比較に使用します。 |
群間比較 ( 箱ひげ図※ 3) | 複数検体間または群間でデータのばらつきを可視化、 比較します。 t 検定、 ノンパラメト |
※3 QIIME1の二次解析結果 (α多様性解析、β多様性解析) での解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
納品内容
試験項目 | 内容 | 内容 |
ヒートマップ ・ クラスター分析 | ヒートマップ ・ クラスター分析結果 | tiff ファイル |
検体間の群集組成の系統関係 | ||
主成分分析 | 二次元プロット図 | tiff ファイル |
検体間 ・ 群間比較 ( ベン図 ) | ベン図 | tiff ファイル |
描画元データ | Excel ファイル | |
群間比較 ( 箱ひげ図 ) | 箱ひげ図 | tiff ファイル |
統計学的有意差検定結果 | Excel ファイル |
報告サンプル
ヒートマップ ・ クラスター分析
検体間の群集組成の系統関係
二次元プロット図
箱ひげ図
ベン図
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
ヒートマップ ・ クラスター分析 | 3 ～ | 式 | 20,000 円 | 10 営業日 |
主成分分析 | 3 ～ | 式 | 20,000 円 | 10 営業日 |
ベン図 | 2 ～ | 式 | 20,000 円 | 10 営業日 |
箱ひげ図作成 | 2 ～ | 式 | 20,000 円 | 10 営業日 |
ご依頼前の同意事項
・ オプション解析のため、図表データのみの納品となります。
・ メディア (DVD-R) による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。