統計解析ソフト R によるデータ解析
特 長
- 群集組成をヒートマップで表し、検体間の類似度に基づきクラスタリング (ヒートマップ・クラスター分析)
- 群集組成の特徴を二変量に縮約し、二次元プロット図で表現 (主成分分析)
- 群集組成の同異を検体間または群間で比較 (検体間・群間比較 / ベン図)
- 複数検体間や群間のデータのばらつきを可視化:し、有意差検定を実施 (群間比較 / 箱ひげ図)
概 要
論文投稿や学会発表向けの解析サービスです。アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T RFLPフローラ解析 Nagashima 法、 MN 法 ) の各種解析結果を基に、R ソフトウェア 1) による作図や統計学的検定を実施します。
参考文献
1) R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing 2013.
2) https://r-project.org
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式※1 |
|---|---|
| アンプリコンシーケンス・データ解析結果 (Metagenome@KIN) | csvファイル |
| QIIME2出力データファイル※2 (全検体の代表配列とリード数含む) | qzv,qzaファイル |
| T-RFLP フローラ解析結果※3 | Excelファイル |
※1 当社でご報告したデータ形式以外での解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい
※2 QIIME1 による出力結果での解析も 承ります ので、お問い合わせ下さい。
※3 当社 T RFLP フローラ解析を行ったデータでのみご利用いただけます。
作業の流れ
- データフォーマット
- R による解析
仕様
| 報告内容 | 内容 |
|---|---|
| ヒートマップ・クラスター分析 | 検体間のユークリッド距離を求め、Ward 法によりクラスタリングします。各帰属分類群 の構成比率をZ スコアに換算し、色の濃淡で表現します。 |
| 主成分分析 | 検体間の相関行列を基に、主成分分析を行います。群集組成の特徴を、分散が最も 大きい二変量に縮約し、二次元プロットへ投影します。 |
| 検体間・群間比較 (ベン図) | 2 検体～ 5 検体間における共通または特異的な帰属分類群を抽出し、菌叢の同異をベ ン図で表現します。被験者の性別や抗生物質の投与などで群分けすることで、群間比 較に使用します。 |
| 群間比較 (箱ひげ図※) | 複数検体間または群間でデータのばらつきを可視化、比較します。t 検定、ノンパラメト リック検定や多重比較検定などの統計学的有意差検定を行います。 |
※ QIIME1の二次解析結果 (α多様性解析、β多様性解析) での解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
納品内容
| 試験項目 | 納品内容 | 形式 |
|---|---|---|
| ヒートマップ・クラスター分析 | ヒートマップ・クラスター分析結果 | tiffファイル |
| 検体間の群集組成の系統関係 | ||
| 主成分分析 | 二次元プロット図 | tiffファイル |
| 検体間・群間比較 (ベン図) | ベン図 | tiffファイル |
| 描画元データ | Excelファイル | |
| 群間比較(箱ひげ図) | 箱ひげ図 | tiffファイル |
| 統計学的有意差検定結果 | Excelファイル |
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税込） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| ヒートマップ・クラスター解析 | 2～5 | 検体 | 5,500円 | 10営業日 |
| 6～ | 3,300円 | お問い合わせ下さい | ||
| 主成分分析 | 2～5 | 検体 | 5,500円 | 10営業日 |
| 6～ | 3,300円 | お問い合わせ下さい | ||
| ベン図 | 2～5 | 式 | 16,500円 | 10営業日 |
| 箱ひげ図作成 | 2～5 | 検体 | 5,500円 | 10営業日 |
| 6～ | 3,300円 | お問い合わせ下さい |
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- オプション解析のため、 図表データのみの納品となります。
- メディア (DVD-R) による 配送納品 のみとなります。
- ご依頼前の同意事項（ 共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼、依頼書の入手
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