PICRUSt2による予測メタゲノム解析

特 長

概 要

予測メタゲノム解析は、検体に含まれる細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測する解析手法です。

16S rRNA遺伝子 (16S rDNA) アンプリコンシーケンス解析データを用いており、ショットガンメタゲノム解析の代替法として利用されています。PICRUSt21) による解析では、QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。

(1)Douglas GM, Maei, VJ, Zaneveld J, Yurgel, SN, Brown JR, et al. PICRUSt2: An improved and customizable approach for metagenome inference. BioRxiv 2020;672295.

受入可能な検体

検体の種類形式
QIIME2から出力されるqzaファイル
(全検体の代表配列とリード数)
qza

※ 当社で解析したQIIME2の結果 (全検体の代表配列とリード数 (table.qza)) 以外のデータを用いた解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕 様

解析ソフトウェア解析データベース内容
PICRUSt2Clusters of Orthologous Genes (COG)および Enzyme Classification numbers (EC)QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。

納品内容

報告内容形式
解析に用いた代表配列とリード数解析に用いた代表配列とリード数を報告します。pdfファイル
系統樹Reference配列と検体の代表配列を含めた系統樹を描画します。treファイル
コピー数をノーマライズした リード数得られた帰属分類群の情報から16S rDNAコピー数を見積もり、代表配列のカウントデータを補正します。tsvファイル
各検体の予測精度の評価値 Nearest-sequenced taxon index (NSTI)遺伝子機能の予測精度を評価します。
各検体または代表配列から推定された遺伝子の機能と存在量2種類のデータベース (COG、EC) を用いた遺伝子機能のアノテーションを実施し、遺伝子機能組成表(遺伝子名、存在量)を出力します。

報告サンプル

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期
PICRUSt2による予測メタゲノム解析1~5検体
6,000円
8営業日
6~検体
3,000円
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