PICRUSt2による予測メタゲノム解析

特 長

概 要

予測メタゲノム解析は、検体に含まれる細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測する解析手法です。

16S rRNA遺伝子 (16S rDNA) アンプリコンシーケンス解析データを用いて解析することができ、ショットガンメタゲノム解析の代替法として利用されています。PICRUSt21) による解析では、QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。

参考文献

1)Douglas GM, Maei, VJ, Zaneveld J, Yurgel, SN, Brown JR, et al. PICRUSt2: An improved and customizable approach for metagenome inference. BioRxiv 2020;672295.

受入可能な検体

検体の種類形式
QIIME2出力データファイル
(全検体の代表配列とリード数含む)
qzv,qzaファイル

※ 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせください。

作業の流れ

仕様

解析ソフトウェア解析データベース内容
PICRUSt2Clusters of Orthologous Genes (COG) および Enzyme Classification numbers (EC)QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。

納品内容

報告内容形式
アライメント後の代表配列とリード数リファレンス配列にアライメントした代表配列とリード数の一覧表tsvファイル
系統樹リファレンス配列と検体の代表配列を含めて描画した系統樹treファイル
コピー数をノーマライズした リード数得られた帰属分類群の情報から16S rDNAコピー数を見積もった、代表配列のカウントデータtsvファイル
Nearest-sequenced taxon index遺伝子機能の予測精度の評価結果
各検体または代表配列から推定された 遺伝子の機能と存在量2種類のデータベース (COG、EC) を用いた遺伝子機能のアノテーションを実施した遺伝子機能組成表 (遺伝子名、存在量)

報告サンプル

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税込)
目安納期
PICRUSt2による予測メタゲノム解析1~5検体
9,900円
8営業日
6~検体
5,500円
お問い合わせ下さい
アンプリコンシーケンス
データ解析 (QIIME2) 一次解析
+ PICRUSt2 による予測メタゲノム解析
1~5検体
14,300円
16営業日
6~検体
8,800円
お問い合わせ下さい
  • QIIME2の出力データ(一次解析結果)が必須となります。
  • 当社仕様のシーケンスデータでQIIME2の一次解析を未実施の場合は、QIIME2の一次解析とのセット解析をご利用下さい。
  • 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  • メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼、依頼書の入手

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

利用規約

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。