PICRUSt2による予測メタゲノム解析
特 長
- 16S rDNAアンプリコンシーケンス解析データ (QIIME2) から、遺伝子機能を推定
- 遺伝子機能アノテーションのためのデータベースを2種類使用: Clusters of Orthologous Genes (COG)、Enzyme Classification numbers (EC)
概 要
予測メタゲノム解析は、検体に含まれる細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測する解析手法です。
16S rRNA遺伝子 (16S rDNA) アンプリコンシーケンス解析データを用いており、ショットガンメタゲノム解析の代替法として利用されています。PICRUSt21) による解析では、QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。
（1）Douglas GM, Maei, VJ, Zaneveld J, Yurgel, SN, Brown JR, et al. PICRUSt2: An improved and customizable approach for metagenome inference. BioRxiv 2020;672295.
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| QIIME2から出力されるqzaファイル※ (全検体の代表配列とリード数) | qza |
※ 当社で解析したQIIME2の結果 (全検体の代表配列とリード数 (table.qza)) 以外のデータを用いた解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
作業の流れ
- 代表配列に対する Reference配列とのアライメント
- 系統樹の作成
- 16S rDNAコピー数の ノーマライズ
- COG、ECを使用した 遺伝子機能の予測
- 遺伝子機能組成票の集計
仕 様
| 解析ソフトウェア | 解析データベース | 内容 |
|---|---|---|
| PICRUSt2 | Clusters of Orthologous Genes (COG)および Enzyme Classification numbers (EC) | QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢の遺伝子機能を予測します。 |
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 解析に用いた代表配列とリード数 | 解析に用いた代表配列とリード数を報告します。 | pdfファイル |
| 系統樹 | Reference配列と検体の代表配列を含めた系統樹を描画します。 | treファイル |
| コピー数をノーマライズした リード数 | 得られた帰属分類群の情報から16S rDNAコピー数を見積もり、代表配列のカウントデータを補正します。 | tsvファイル |
| 各検体の予測精度の評価値 Nearest-sequenced taxon index (NSTI) | 遺伝子機能の予測精度を評価します。 | |
| 各検体または代表配列から推定された遺伝子の機能と存在量 | 2種類のデータベース (COG、EC) を用いた遺伝子機能のアノテーションを実施し、遺伝子機能組成表(遺伝子名、存在量)を出力します。 | |
報告サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| PICRUSt2による予測メタゲノム解析 | 1～5 | 検体 | 6,000円 | 8営業日 |
| 6～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい |
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