生体 リアルタイムPCR解析 (定量)
特長
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当社のオリジナルを含む多数のプライマーセットを保有
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腸内細菌、口腔内細菌、皮膚常在菌などの微生物を対象
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微量な検体からでも正確な推定が可能
概要
検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングします。
全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
受入可能な検体
A 区分 ： 糞便検体
由来 | 検体の種類※1 | 対象 |
ヒト | 糞便 | 細菌 ・ アーキア ・菌類の DNA |
実験動物類 | マウス、 ラットなどの糞便、 腸管内容物 | |
家畜類 | ブタ、 ウシ、 ウマなどの糞便、 腸管内容物、 ルーメン液 | |
家禽類 | ニワトリなどの糞便、 腸管内容物 | |
ペット類 | イヌ、 ネコなどの糞便 | |
その他 | 魚類、 昆虫などの糞便、 腸管内容物 |
B 区分 ： その他生体由来検体
由来 | 検体の種類※ 1 | 対象 |
ヒト （その他動物種はご相談下さい） | 唾液、 プラーク | 細菌 ・ アーキア ・ |
皮膚拭取物 | ||
膣内拭取物 |
DNA 抽出物
PCR 増幅が確認された DNA 抽出物
PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
※1 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
A区分 | 糞便、腸管内容物、ルーメン液 | 糞便採取容器 (保存液なし) | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
メタボロキーパー | 採取後速やかに冷蔵保存 | |||
B区分 | A 区分以外 | スワブ | 0.2 ～ 1 mL | 唾液、舌苔、 口腔粘膜、プラークを採取し、速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
唾液、 舌苔、 口腔粘膜、 プラークを採取し、 | ||||
DNA 抽出物 | 濃度 ： 10 ng/µL | 抽出後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 | ||
- 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の入った状態で検体をご送付下さい。冷凍する場合の保管温度帯は腸内環境分析用 糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。
生体由来検体の返送
糞便採取容器「ブラシ型」を使いご依頼頂いた場合、元検体の返送はできません。
ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。
作業の流れ
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DNA抽出
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DNA精製
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PCR増幅（インターカレーター法）
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PCR増幅産物 モニタリング
仕様
リアルタイムPCR装置を用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量(コピー数)を絶対定量します。
当社保有プライマー
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
全菌類 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれる全菌類 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Methanobacteriaceae 科 | - | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae 科 (Methanobrevibacter およびMethanosphaera) |
Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-0001) 使用 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Akkermansia muciniphila | 16S | 腸管内のムチン分解菌であるA. muciniphila |
Anaerostipes 属 | - | ヒト腸管内の優勢菌種であるAnaerostipes 属 |
Anaerostipes Detection Kit (Cat. No. RI-0017) 使用 | ||
Atopobium parvulum | 16S | 大腸がんとの関連が疑われているA. parvulum |
Bacillota門 (Firmicutes門) | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌であるBacillota門(Firmicutes門) |
Bacteroidetota門 ( Bacterioidetes門) | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌であるBacteroidetota門( Bacterioidetes門) |
Bacteroidales 目 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌であるBacteroidales 目 (Bacteroides /Phocaericola /Prevotella /Porphyromonas 属など ) |
Bacteroides 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌である旧Bacteroides 属 (Bacteroides 属および Phocaeicola 属) |
Bacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0011) 使用 | ||
Bacteroides fragilis | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内B. fragilis |
Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用 | ||
Bifidobacterium 属 | 16S | ヒト腸管内の優勢乳酸菌であるBifidobacterium 属 |
Bifidobacterium bifidum | 16S | ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. bifidum |
Bifidobacterium breve | 16S | ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. breve |
Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは腸管内のB. longum |
Bifidobacterium longum subsp. longum | tuf | 食品中あるいは腸管内のB. longum subsp. longum |
Bifidobacterium pseudocatenulatum | groEL | 腸管内のB. pseudocatenulatum |
Bilophila wadsworthia | - | 胆汁により発育が促進され, β - ラクタム薬に高度耐性をもつB. wadsworthia |
Bilophila wadsworthia Detection Kit (Cat. No. RI-0009) 使用 | ||
Blautia 属 | - | ヒト腸管内の最優勢菌種である 属 |
Blautia Detection Kit (Cat. No. RI-0008) 使用 | ||
Campylobacter 属 | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト ・ 動物腸管内および口腔内Campylobacter 属 |
Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用 | ||
Candidate Division TM7 | 16S | 炎症性腸疾患との関わりが注目されている Candidate Division TM7 |
Cetobacterium 属 | - | ヒト腸管内Fusobacteria 門細菌であるCetobacterium 属 |
Cetobacterium Detection Kit (Cat. No. RI-0016) 使用 | ||
Christensenella minuta | - | 痩せ型のヒトに多いとされるC. minuta |
Christensenella minuta Detection Kit (Cat. No. RI-0015) 使用 | ||
Clostridium cluster I & II | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium 属菌である Clostridium cluster I および II |
Clostridium cluster IV | - | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster IV |
Clostridium cluster IV Detection Kit (Cat. No. RI-0001) 使用 | ||
Clostridium cluster XI | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XI |
Clostridium cluster XIV | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XIV |
Clostridium cluster XV | - | ヒト ・ 動物腸管内のClostridium cluster XV |
Clostridium cluster XV Detection Kit (Cat. No. RI-0002) 使用 | ||
Clostridium cluster XVI ～ XVIII | - | ヒト ・ 動物腸管内のClostridium cluster XVI、 XVII および XVIII |
Clostridium cluster XVI ・ XVII ・ XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0006) 使用 | ||
Clostridium cluster XVIII | - | ヒト ・ 動物腸管内のClostridium cluster XVIII |
Clostridium cluster XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0003) 使用 | ||
Clostridium perfringens ( ウェルシュ菌 ) | 16S | 日和見感染菌であるC. perfringens ( ウェルシュ菌 ) |
Clostridium butyricum | - | 酪酸を生成する偏性嫌気性芽胞形成グラム陽性桿菌 |
Clostridium butyricum Detection Kit (Cat. No. RI-0004) 使用 | ||
Clostridium leptum | - | ヒト ・ 動物腸管内のC. leptum |
Clostridium leptum Detection Kit (Cat. No. RI-0007) 使用 | ||
Peptacetobacter hiranonis および Clostridium scindens | baiCD | 7 α -dehydroxylase 活性を有するP. hiranonis およびC. scindens |
Clostridium hylemonae およびC. scindens | baiJ | 7 α -dehydroxylase 活性を有するC. hylemonae およびC. scindens |
Clostridioides difficile | 16S | 偽膜性腸炎、 抗菌薬関連下痢症に関与するC. difficile |
Coriobacteriaceae 科 | 16S | ヒト腸内細菌の優勢菌であるCoriobacteriaceae 科 (Atopobium /Collinsella /Eggerthella 属 ) |
Eggerthella 属 | - | ヒト腸管内のEggerthella 属 |
Eggerthella Detection Kit (Cat. No. RI-0021) 使用 | ||
Enterobacteriaceae 科 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内常在菌である腸内細菌科 (E.coli , Shigella etc.) |
Enterococcus 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内および環境中のEnterococcus 属 |
Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用 | ||
Enterococcus faecium | recA | ヒト ・ 動物腸管内および環境中のE. faecium |
Escherichia coli / Shigella 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内および環境中の大腸菌 (E.coli およびShigella 属) |
Faecalibacterium prausnitzii | 16S | ヒト腸管内の優勢菌種であるF. prausnitzii およびその近縁菌種 |
Fusicatenibacter saccharivorans | - | ヒト腸管内の優勢菌種であるF. saccharivorans |
Fusicatenibacter saccharivorans Detection Kit (Cat. No. RI-0020) 使用 | ||
Fusobacteriota 門 | 16S | 臨床細菌学的に重要なヒト ・ 動物腸管内および口腔内 Fusobacteriota 門（Fusobacteria 門） |
Fusobacterium 属 | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト・ 動物腸管内および口腔内Fusobacterium 属 |
Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用 | ||
Fusobacterium varium | - | ヒト ・ 動物腸管内のF. varium |
Fusobacterium varium Detection Kit (Cat. No. RI-0005) 使用 | ||
Fusobacterium nucleatum | 16S | 臨床細菌学的に重要なF. nucleatum |
Helicobacter 属 | 16S | ヒト胃腸間内の常在菌であるHelicobacter 属 |
Klebsiella pneumoniae | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内 K. pneumoniae |
Klebsiella pneumoniae Detection Kit (Cat. No. RI-0014) 使用 | ||
Lacticaseibacillus casei ( Lactobacillus casei ) | 16S | ヒト ・ 動物腸管内のL . casei |
Lacticaseibacillus casei ( Lactobacillus casei ) group | 16S | ヒト ・ 動物腸管内のL . casei, L. paracasei, L. rhamnosus およびL . zeae |
Lactobacillus 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の旧名Lactobacillus /Pediococcus /Weissella 属 |
Lactobacillus gasseri | - | ヒト ・ 動物腸管内のL . gasseri |
Lactobacillus gasseri Detection Kit (Cat. No. RI-0010) 使用 | ||
Limosilactobacillus fermentum ( Lactobacillus fermentum ) | 16S | ヒト ・ 動物腸管内のL . fermentum |
Limosilactobacillus mucosae ( Lactobacillus mucosae ) | - | ヒト ・ 動物腸管内のL . mucosae |
Limosilactobacillus mucosae Detection Kit (Cat. No. RI-0019) 使用 | ||
Peptostreptococcus stomatis | - | 大腸がん病巣から高頻度に検出されるP. stomatis |
Peptostreptococcus stomatis Detection Kit (Cat. No. RI-0018) 使用 | ||
Parabacteroides 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内の優勢菌であるParabacteroides 属 |
Parabacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0013) 使用 | ||
Prevotella 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内Prevotella 属 |
Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用 | ||
Proteus 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内および環境中のProteus 属 |
Proteus mirabilis | ureA | 尿路感染症に関連するP. mirabilis |
Pseudomonas 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内および環境中のPseudomonas 属 |
Pseudomonas aeruginosa | gyrB | ヒト ・ 動物腸管内および環境中に存在し、 緑膿菌感染症の原因となる P. aeruginosa |
Roseburia / Agathobacter rectalis group | 16S | ヒト ・ 動物腸管内の Roseburia/Agathobacter rectalis group |
Roseburia 属 | 16S | ヒト腸管内の酪酸産生菌であるRoseburia 属 (R. inulinivorans 除く ) |
Salmonella 属 | invA | ヒトや動物の消化管に生息し、 一部がヒトや動物に感染して病原性を示す Salmonella 属 |
Staphylococcus 属 | 16S | ヒト ・ 動物腸管内および環境中のStaphylococcus 属 |
Staphylococcus aureus | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト ・ 動物腸管内および口腔内S. aureus |
Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用 | ||
Streptococcus 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内 ・ 口腔内のStreptococcus 属 |
Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用 | ||
Streptococcus bovis | 16S | ルーメン細菌であるS. bovis (S. equinus ) |
Sutterella 属 | - | 胆汁耐性菌でAutism-associated bacteria として議論されているSutterella 属 |
Sutterella Detection Kit (Cat. No. RI-0012) 使用 | ||
Thomasclavelia ramosa | - | ヒト ・ 動物腸管内の T. ramosa |
Thomasclavelia ramosa Detection Kit (Cat. No. RI-0022) 使用 | ||
Veillonella 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella 属 |
Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用 | ||
Verrucomicrobiota 門 | - | ヒト ・ 動物腸管内の Verrucomicrobiota 門 （Verrucomicrobia 門） |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Actinomyces 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内常在菌であるActinomyces 属 |
Actinomyces Detection Kit (Cat. No. RO-0008) 使用 | ||
Aggregatibacter actinomycetemcomitans | - | 歯周病の原因菌として注目されているA. actinomycetemcomitans |
Aggregatibacter actinomycetemcomitans Detection Kit (Cat. No. RO-0011) 使用 | ||
Bacteroides fragilis | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内B. fragilis |
Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用 | ||
Campylobacter 属 | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト ・ 動物腸管内および口腔内Campylobacter 属 |
Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用 | ||
Candidate Division TM7 | 16S | 歯周炎との関わりが注目されている Candidate Division TM7 |
Fusobacterium 属 | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト ・ 動物腸管内および口腔内Fusobacterium 属 |
Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用 | ||
Fusobacterium nucleatum | 16S | 歯周病の原因菌として注目されているF. nucleatum |
Leptotrichia 属 | - | 口腔内常在菌であるLeptotrichia 属 |
Leptotrichia Detection Kit (Cat. No. RO-0012) 使用 | ||
Prevotella 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内Prevotella 属 |
Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用) | ||
Prevotella intermedia | 16S | ヒト口腔内常在菌であるP. intermedia |
Porphyromonas gingivalis | - | ヒトの歯肉溝に生息し、 歯周病の原因菌として注目されているP. gingivalis |
Porphyromonas gingivalis Detection Kit (Cat. No. RO-0010) 使用 | ||
Streptococcus 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内 ・ 口腔内のStreptococcus 属 |
Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用 | ||
Streptococcus mutans | - | う蝕に関与するS. mutans |
Streptococcus mutans Detection Kit (Cat. No. RO-0002) 使用 | ||
Streptococcus intermedius | - | ヒト口腔内常在菌であるS. intermedius |
Streptococcus intermedius Detection Kit (Cat. No. RO-0015) 使用 | ||
Streptococcus oralis | gtfR | ヒト口腔内常在菌であるS. oralis |
Staphylococcus aureus | - | 臨床細菌学的に重要な、 ヒト ・ 動物腸管内および口腔内S. aureus |
Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用 | ||
Treponema denticola | - | 歯周病の原因菌として注目されているT. denticola |
Treponema denticola Detection Kit (Cat. No. RO-0013) 使用 | ||
Tannerella forsythia | - | 歯周病の原因菌として注目されているT. forsythia |
Tannerella forsythia Detection Kit (Cat. No. RO-0014) 使用 | ||
Veillonella 属 | - | ヒト ・ 動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella 属 |
Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Acinetobacter 属 | 16S | ヒト腸内 ・ 皮膚の常在菌であるAcinetobacter 属 |
Cutibacterium acnes | grpE | 皮膚の常在菌であるC. acnes |
Staphylococcus aureus | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔S. aureus |
Staphylococcus aureus Detection Kit （Cat. No. RO-009）使用 | ||
Staphylococcus epidermidis | gmk | 表皮ブドウ球菌であるS. epidermidis |
Staphylococcus warneri | sodA | 皮膚の常在菌であるS. warneri |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
Gardnerella vaginalis | - | 細菌性膣症の原因菌として知られているG. vaginalis |
Gardnerella vaginalis Detection Kit (Cat. No. RV-0001) 使用 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Alicyclobacillus 属 | - | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus 属 |
Alicyclobacillus Detection Kit (Cat. No. RF-0002) 使用 | ||
Bacillus subtilis | - | 食品中あるいは環境中のB. subtilis |
Bacillus subtilis Detection Kit (Cat. No. RF-0009) 使用 | ||
Bifidobacterium animalis subsp. lactis | 16S-23S | 食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis |
Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは環境中のB. longum |
Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用 | ||
Lacticaseibacillus rhamnosus (Lactobacillus rhamnosus ) | 16S | 食品中あるいは環境中のL . rhamnosus |
Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum ) | - | 食品中のL . paraplantarum |
Lactiplantibacillus paraplantarum Detection Kit (Cat. No. RF-0008) 使用 | ||
Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum ) | recA | 食品中あるいは環境中のL . plantarum |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | - | 食品中のL . delbrueckii subsp. bulgaricus |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Detection Kit (Cat. No. RF-0005) 使用 | ||
Lactobacillus helveticus | - | 食品中のL . helveticus |
Lactobacillus helveticus Detection Kit (Cat. No. RF-0007) 使用 | ||
Lactococcus lactis | - | 食品中あるいは環境中のL . lactis |
Lactococcus lactis Detection Kit (Cat. No. RF-0010) 使用 | ||
Lactococcus cremoris | - | 食品中あるいは環境中のL . cremoris |
Lactococcus cremoris Detection Kit (Cat. No. RF-0011) 使用 | ||
Leuconostoc mesenteroides | - | 食品中あるいは環境中のL. mesenteroides |
Leuconostoc mesenteroides Detection Kit (Cat. No. RF-0012) 使用 | ||
Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis ) | - | 食品中のL . brevis |
Levilactobacillus brevis Detection Kit (Cat. No. RF-0006) 使用 | ||
Listeria 属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria 属 |
Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
Pediococcus pentosaceus | recA | 食品中あるいは環境中のP. pentosaceus |
Saccharomyces cerevisiae | nmd3 | 食品中あるいは環境中のS. cerevisiae |
Streptococcus thermophilus | - | 食品中のS. thermophilus |
Streptococcus thermophilus Detection Kit (Cat. No. RF-0004) 使用 | ||
Tetragenococcus halophilus | 16S | 食品中あるいは環境中のT. halophilus |
Weizmannia coagulans ( Bacillus coagulans ) | 16S | 食品中あるいは環境中のW. coagulans |
芽胞菌 | spo0A | 食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus 属 /Geobacillus 属 /Anoxybacillus 属 etc) |
酢酸菌 | - | 酢酸菌であるAcetobacter /Acidomonas /Gluconacetobacter / Gluconobacter /Kozakia/Tanticharoenia 属 |
Acetic acid bacteria Detection Kit (Cat. No. RF-0001) 使用 |
価格・納期
試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
リアルタイム PCR 解析 ( 定量 ) | 検体数 1 | 1 プライマーの場合 | 検体 | 55,000 円 | 15 営業日～ |
検体数 2 | 2 プライマーの場合 | 検体 | 49,000 円 | ||
検体数 5 | 2 プライマーの場合 | 検体 | 31,000 円 | ||
検体数 10 | 2 プライマーの場合 | 検体 | 25,000 円 | ||
＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 40,000 円 | ＋ 10 営業日 | |
＜オプション＞ スタンダード作製 | - | 式 | 81,000 円 | お問い合わせ下さい | |
参考文献
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(1)
Nakayama J, Tanaka S, Songjinda P, Tateyama A, Tsubouchi M et al. Analysis of infant intestinal microbiota by various kinds of molecular approaches -Toward large scale epidemiological investigations correlating allergy development with intestinal microbiota-. J Intestinal Microbiol 2007;21:129–142.
-
(2)
Farrelly V, Rainey FA, Stackebrandt E. Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16S rRNA genes from a mixture of bacterial species. Appl Environ Microbiol 1995;61:2798–2801.
-
(3)
Fogel G, Collins C, Li J, Brunk C. Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: estimation of microbial relative abundance from a mixed population. Microb Ecol 1999;38:93–113.
ご依頼前の同意事項
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は，細菌種により保有している量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています1)-3)。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
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