生体関連 リアルタイムPCR 解析（定量）
特 長
- 当社所有のプライマーセットを用いて目的対象とする微生物の鋳型DNAの量（コピー数）を推定
- 腸内細菌、口腔内細菌、皮膚常在菌、食品関連や環境関連のオリジナルプライマーを含む多くのプライマーを保有
- 微量な検体からでも正確な推定が可能
概 要
検体中に含まれる特定分類群の遺伝子を、リアルタイムPCR 装置により指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムでモニタリングします。全細菌 (全アーキア) のコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
参考文献
1) Nakayama J, Tanaka S, Songjinda P, Tateyama A, Tsubouchi M et al. Analysis of infant intestinal microbiota by various kinds of molecular approaches -Toward large scale epidemiological investigations correlating allergy development with intestinal microbiota-. J Intestinal Microbiol 2007;21:129–142.
2) Farrelly V, Rainey FA, Stackebrandt E. Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16S rRNA genes from a mixture of bacterial species. Appl Environ Microbiol 1995;61:2798–2801.
3) Fogel G, Collins C, Li J, Brunk C. Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: estimation of microbial relative abundance from a mixed population. Microb Ecol 1999;38:93–113.
受入可能な検体
| 由来 | 検体の種類 |
|---|---|
| ヒト | ヒト糞便 |
| 実験動物類 | マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物 |
| 家畜類 | ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物 |
| 家禽類 | ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物 |
| ペット類 | イヌ、ネコなどのペット糞便 |
| その他 | 魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物 |
| 由来 | 検体の種類 |
|---|---|
| ヒト （その他動物種はご相談ください） | 唾液、プラーク |
| 皮膚拭取物 | |
| 膣内拭取物 |
| 由来 | 検体の種類 |
|---|---|
| - | PCR増幅が確認されたDNA抽出物 PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
| 対象 |
|---|
| 細菌・アーキアの DNA |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
|---|---|---|---|---|
| A区分 | 糞便、腸管内容物、 ルーメン液 | 採便容器(保存液なし) もしくは気密性の高い容器 | 0.2～0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
| 採便容器(保存液あり) | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 メタボロキーパーを用いてのご依頼の場合には糞便中有機酸分析が必要になります。 | |||
| B区分 | A区分以外 (口腔内容物(唾液、プラーク)、 皮膚拭取物など) | スワブ メタフロキーパー（皮膚） 1.5 mLチューブなど | 0.2～1 mL (唾液) | 唾液、舌苔、口腔粘膜、プラークを採取し、 速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
| 綿棒やコットンなどで広範囲を拭き取った検体は、極少量の適切な溶液（PBS、生理食塩水、滅菌水など）に移し、速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | ||||
| 血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。 | ||||
| DNA抽出物 | 濃度：10 ng/µL 容量：30 µL (1プライマー追加 ごとに＋15 µL以上) | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 | ||
糞便検体の返送
ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。
| 作業内容 | 容器サイズ(内寸) | 単位 | 価格 | |
|---|---|---|---|---|
| 生体由来検体返送（冷凍） | 10サイズ | 230 mm×230 mm×200 mm | 個 | 39,650円 |
| 追加1個 | ＋9,750円 | |||
| 50サイズ | 320 mm×450 mm×350 mm | 個 | 56,550円 | |
| 追加1個 | ＋29,250円 | |||
作業の流れ
- DNA抽出
- DNA精製
- PCR増幅(インターカレーター法)
- PCR増幅産物モニタリング
仕 様
リアルタイムPCRシステムを用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量 (コピー数) を絶対定量します。
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| 遺伝子コピー数(定量値) | Excelファイル |
解析可能な対象分類群および遺伝子
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
| 全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
| 全菌類 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれる全菌類 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Methanobacteriaceae 科 | - | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae科 （Methanobrevibacter属およびMethanosphaera属） Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-001) 使用 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Akkermansia muciniphila | 16S | 腸管内のムチン分解菌であるA. muciniphila |
| Anaerostipes属 | - | ヒト腸管内の優勢菌種であるAnaerostipes属 (Anaerostipes Detection Kit (Cat. No. RI-0017) 使用) |
| Atopobium parvulum | 16S | 大腸がんとの関連が疑われているAtopobium parvulum |
| Bacteroidetes門 | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidetes門 |
| Bacteroidales目 | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidales目 (Bacteroides/Prevotella/Porphyromonas属など) |
| Bacteroides属 | - | ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroides属 Bacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0011) 使用 |
| Bacteroides fragilis | - | ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用 |
| Bifidobacterium属 | 16S | ヒト腸管内の優勢乳酸菌であるBifidobacterium属 |
| Bifidobacterium bifidum | 16S | ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. bifidum |
| Bifidobacterium breve | 16S | ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. breve |
| Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは腸管内のB. longum |
| Bifidobacterium longum subsp. longum | tuf | 食品中あるいは腸管内のB. longum subsp. longum |
| Bifidobacterium pseudocatenulatum | groEL | 腸管内のB. pseudocatenulatum |
| Bilophila wadsworthia | - | 胆汁により発育が促進され,β-ラクタム薬に高度耐性をもつB. wadsworthia Bilophila wadsworthia Detection Kit (Cat. No. RI-0009) 使用 |
| Blautia属 | - | ヒト腸管内の最優勢菌種であるBlautia属 Blautia Detection Kit (Cat. No. RI-0008) 使用 |
| Candidate Division TM7 | 16S | 炎症性腸疾患との関わりが注目されているCandidate Division TM7 |
| Cetobacterium属 | - | ヒト腸管内Fusobacteria門細菌であるCetobacterium属 (Cetobacterium Detection Kit (Cat. No. RI-0016) 使用) |
| Christensenella minuta | - | 痩せ型のヒトに多いとされるC. minuta (Christensenella minuta Detection Kit (Cat. No. RI-0015) 使用) |
| Clostridium cluster I & II | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium属菌であるClostridium cluster I およびII |
| Clostridium cluster IV | - | ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster IV |
| Clostridium cluster XI | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium属菌である Clostridium cluster XI |
| Clostridium cluster XIV | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XIV |
| Clostridium cluster XV | - | ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XV Clostridium cluster XV Detection Kit (Cat. No. RI-0002) 使用 |
| Clostridium cluster XVI〜XVIII | - | ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVI、XVIIおよびXVIII Clostridium cluster XVI・XVII・XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0006) 使用 |
| Clostridium cluster XVIII | - | ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVIII Clostridium cluster XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0003) 使用 |
| Clostridium perfringens （ウェルシュ菌） | 16S | 日和見感染菌であるC. perfringens (ウェルシュ菌) |
| Clostridium butyricum | - | 酪酸を生成する偏性嫌気性芽胞形成グラム陽性桿菌 Clostridium butyricum Detection Kit (Cat. No. RI-0004) 使用 |
| Clostridium leptum | - | ヒト・動物腸管内のC. leptum Clostridium leptum Detection Kit (Cat. No. RI-0007) 使用 |
| Clostridium hiranonisおよびC. scindens | baiCD | 7α-dehydroxylase活性を有するC. hiranonisおよびC. scindens |
| Clostridium hylemonaeおよびC. scindens | baiJ | 7α-dehydroxylase活性を有するC. hylemonaeおよびC. scindens |
| Clostridium difficile | 16S | 偽膜性腸炎、抗菌薬関連下痢症に関与するClostridium difficile |
| Coriobacteriaceae科 | 16S | ヒト腸内細菌の優勢菌であるCoriobacteriaceae科(Atopobium/Collinsella/Eggerthella属) |
| Eggerthella属 | - | ヒト腸管内のEggerthella属 (Eggerthella Detection Kit (Cat. No. RI-0021) 使用) |
| Enterobacteriaceae科 | 16S | ヒト・動物腸管内常在菌である腸内細菌科 (E.coli, Shigella etc.) |
| Enterococcus属 | 16S | ヒト・動物腸管内および環境中のEnterococcus属 |
| Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用 |
| Enterococcus faecium | recA | ヒト・動物腸管内および環境中のE. faecium |
| Escherichia coli / Shigella | 16S | ヒト・動物腸管内および環境中の大腸菌 (E.coliおよびShigella) |
| Faecalibacterium prausnitzii | 16S | ヒト腸管内の優勢菌種であるF. prausnitziiおよびその近縁菌種 |
| Firmicutes門 | 16S | ヒト・動物腸管内の優勢菌であるFirmicutes門 |
| Fusicatenibacter saccharivorans | - | ヒト腸管内の優勢菌種であるF. saccharivorans (Fusicatenibacter saccharivorans Detection Kit (Cat. No. RI-0020) 使用) |
| Fusobacteria門 | 16S | 臨床細菌学的に重要なヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium門 |
| Fusobacterium属 | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium属 Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用 |
| Fusobacterium varium | - | ヒト・動物腸管内のF. varium Fusobacterium varium Detection Kit (Cat. No. RI-0005) 使用 |
| Fusobacterium nucleatum | 16S | 臨床細菌学的に重要なF. nucleatum |
| Helicobacter属 | 16S | ヒト胃腸間内の常在菌であるHelicobacter属 |
| Klebsiella pneumoniae | - | ヒト・動物腸管内および口腔内 K. pneumoniae Klebsiella pneumoniae Detection Kit (Cat. No. RI-0014) 使用 |
| Lactobacillus属 | 16S | ヒト・動物腸管内のLactobacillus/Pediococcus/Weissella属 |
| Lactobacillus casei | 16S | ヒト・動物腸管内のL. casei |
| Lactobacillus casei group | 16S | ヒト・動物腸管内のL. casei, L. paracasei, L. rhamnosusおよびL. zeae |
| Lactobacillus fermentum | 16S | ヒト・動物腸管内のL. fermentum |
| Lactobacillus gasseri | - | ヒト・動物腸管内のL. gasseri Lactobacillus gasseri Detection Kit (Cat. No. RI-0010) 使用 |
| Lactobacillus mucosae | - | ヒト・動物腸管内のL. mucosae (Lactobacillus mucosae Detection Kit (Cat. No. RI-0019) 使用) |
| Peptostreptococcus stomatis | - | 大腸がん病巣から高頻度に検出されるP. stomatis (Peptostreptococcus stomatis Detection Kit (Cat. No. RI-0018) 使用) |
| Parabacteroides属 | - | ヒト・動物腸管内の優勢菌であるParabacteroides属 Parabacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0013) 使用 |
| Prevotella属 | - | ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella属 Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用 |
| Proteus属 | 16S | ヒト・動物腸管内および環境中のProteus属 |
| Proteus mirabilis | ureA | 尿路感染症に関連するP. mirabilis |
| Pseudomonas属 | 16S | ヒト・動物腸管内および環境中のPseudomonas属 |
| Pseudomonas aeruginosa | gyrB | ヒト・動物腸管内および環境中に存在し、緑膿菌感染症の原因となるP. aeruginosa |
| Roseburia/ Eubacteriuim rectele group | 16S | ヒト・動物腸管内のRoseburia/ Eubacteriuim属 |
| Roseburia属 | 16S | ヒト腸管内の酪酸産生菌であるRoseburia属 (R. inulinivorans除く) |
| Salmonella属 | invA | ヒトや動物の消化管に生息し、一部がヒトや動物に感染して病原性を示すSalmonella属 |
| Staphylococcus属 | 16S | ヒト・動物腸管内および環境中のStaphylococcus属 |
| Staphylococcus aureus | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用 |
| Streptococcus属 | - | ヒト・動物腸管内・口腔内のStreptococcus属 Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用 |
| Streptococcus bovis | 16S | ルーメン細菌であるS. bovis (S. equinus) |
| Sutterella属 | - | 胆汁耐性菌であり、Autism-associated bacteria として議論されているSutterella属 Sutterella Detection Kit (Cat. No. RI-0012) 使用 |
| Veillonella属 | - | ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella属 Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用 |
| Verrucomicrobia門 | 16S | ヒト・動物腸管内のVerrucomicrobia門 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Actinomyces属 | - | ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるActinomyces属 Actinomyces Detection Kit (Cat. No. RO-0008) 使用 |
| Aggregatibacter actinomycetemcomitans | - | 歯周病の原因菌として注目されているA. actinomycetemcomitans Aggregatibacter actinomycetemcomitans Detection Kit (Cat. No. RO-0011) 使用 |
| Bacteroides fragilis | - | ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用 |
| Campylobacter属 | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Campylobacter属 Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用 |
| Candidate Division TM7 | 16S | 歯周炎との関わりが注目されているCandidate Division TM7 |
| Fusobacterium属 | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium属 Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用 |
| Fusobacterium nucleatum | 16S | 歯周病の原因菌として注目されているF. nucleatum |
| Leptotrichia属 | - | 口腔内常在菌であるLeptotrichia属 Leptotrichia Detection Kit (Cat. No. RO-0012) 使用 |
| Prevotella属 | - | ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella属 Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用) |
| Prevotella intermedia NEW | 16S | ヒト口腔内常在菌であるP. intermedia |
| Porphyromonas gingivalis | - | ヒトの歯肉溝に生息し、歯周病の原因菌として注目されている P. gingivalis Porphyromonas gingivalis Detection Kit (Cat. No. RO-0010) 使用 |
| Streptococcus mutans | - | う蝕に関与するS. mutans Streptococcus mutans Detection Kit (Cat. No. RO-0002) 使用 |
| Streptococcus intermedius | - | ヒト口腔内常在菌であるS. intermedius Streptococcus intermedius Detection Kit (Cat. No. RO-0015) 使用 |
| Streptococcus oralis NEW | gtfR | ヒト口腔内常在菌であるS. oralis |
| Staphylococcus aureus | - | 臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用 |
| Treponema denticola | - | 歯周病の原因菌として注目されているT. denticola Treponema denticola Detection Kit (Cat. No. RO-0013) 使用 |
| Tannerella forsythia | 16S | 歯周病の原因菌として注目されているT. forsythia (Tannerella forsythia Detection Kit (Cat. No. RO-0014) |
| Veillonella属 | - | ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella属 Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Acinetobacter属 | 16S | ヒト腸内・皮膚の常在菌であるAcinetobacter属 |
| Chryseobacterium属 | 16S | ヒト腸内・皮膚の常在菌であるChryseobacterium属 |
| Cutibacterium acnes | grpE | 皮膚の常在菌であるP. acnes |
| Staphylococcus epidermidis | gmk | 表皮ブドウ球菌であるS. epidermidis |
| Staphylococcus warneri | sodA | 皮膚の常在菌であるS. warneri |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Gardnerella vaginalis | - | 細菌性膣症の原因菌として知られているG. vaginalis Gardnerella vaginalis Detection Kit (Cat. No. RV-0001) 使用 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Alicyclobacillus属 | - | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus属 |
| Bacillus coagulans | 16S | 食品中あるいは環境中のB. coagulans |
| Bacillus subtilis subsp. subtilis | - | 食品中あるいは環境中のB. subtilis subsp. subtilis |
| Bifidobacterium animalis subsp. lactis | 16S-23S | 食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis |
| Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは環境中のB. longum |
| Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | - | 食品中のL. delbrueckii subsp. bulgaricus |
| Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis) | - | 食品中のL. brevis |
| Lactobacillus rhamnosus | 16S | 食品中あるいは環境中のL. rhamnosus |
| Lactobacillus helveticus | - | 食品中のL. helveticus |
| Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum) | - | 食品中のL. paraplantarum |
| Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum) | recA | 食品中あるいは環境中のL. plantarum |
| Lactococcus lactis | gapB | 食品中あるいは環境中のL. lactis |
| Lactococcus lactis subsp. lactis group | - | 食品中あるいは環境中のL. lactis subsp. lactisおよび subsp. hordniae |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris group | - | 食品中あるいは環境中のL. actis subsp. cremorisおよび subsp. tructae |
| Listeria属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria属 |
| Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
| Pediococcus pentosaceus | recA | 食品中あるいは環境中のP. pentosaceus |
| Tetragenococcus halophilus | 16S | 食品中あるいは環境中のT. halophilus |
| Saccharomyces cerevisiae | nmd3 | 食品中あるいは環境中のS. cerevisiae |
| Streptococcus thermophilus | - | 食品中のS. thermophilus |
| 芽胞菌 | spo0A | 食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus属/Geobacillus属/Anoxybacillus 属etc) |
| 酢酸菌 | - | Acetobacter属/Acidomonas属/Gluconacetobacter属/Gluconobacter属/Kozakia属/Tanticharoenia属 |
価格・納期
| 試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| リアルタイムPCR解析（定量） | 検体数1、1プライマーの場合 | 検体 | 46,000円 | 15営業日～ |
| 検体数2、2プライマーの場合 | 検体 | 42,000円 | ||
| 検体数5、2プライマーの場合 | 検体 | 26,000円 | ||
| 検体数10、2プライマーの場合 | 検体 | 21,000円 | ||
| ＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 39,000円 | ＋10営業日 |
メタボロキーパーを用いてのご依頼の場合には糞便中有機酸分析が必要になります。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。
・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は，細菌種により保有している量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています1)-3)。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
- 生体関連A区分の依頼書はコチラ
利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
- 生体関連B区分の依頼書はコチラ
利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
