生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)

特長

概要

QIIME21) は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME2 View2)で閲覧でき、前身のQIIME13) と比べデータのアウトプットにおいてGUI的な側面も強化されています。

QIIME 2がQIIME 1と大きく異なる点は、代表配列の決定方法にあります。QIIME 1で用いられるOperational Taxonomic Unit (OTU) 化は、一定の相同率 (例えば97%以上) の配列同士を同種由来とみなして代表配列をまとめていく方法です。

QIIME2のASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。
これにより「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別し、より解像度の高い微生物叢解析ができるようになっています。

参考文献

1) Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857.
2) https://view.qiime2.org/
3) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.

受入可能な検体※1

検体の種類形式※2
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ※3fastqファイル

※1 ご依頼の際、依頼書に付属のExcelファイルにSampleType (メタデータ) の記入をお願いいたします。
※2 fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
※3 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕様

一次解析
ASV アルゴリズムDADA2
解析データベース細菌・アーキア:Greengenes database
真菌:UNITE
推定可能な分類階級界~種
二次解析
α多様性指数chao1, shannon, simpson
α多様性指数の統計解析Kruskal-Wallis検定
β多様性の距離測定法unweighted-unifrac, weighted-unifrac, bray-curtis
β多様性の統計解析ANOSIM検定
2D主座標プロット描画R (tidyverse, qiime2R)
ヒートマップ・クラスター分析Ward法

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
一次解析代表配列とリード数の一覧qzvファイル
相同性検索結果 (表、バーチャート)
二次解析αレアファクションカーブおよび統計解析結果 (箱ひげ図)qzvファイル
3D主座標分析結果および統計解析結果 (箱ひげ図)qzvファイル
2D主座標プロットpdfファイル
ヒートマップ・クラスター分析結果qzvファイル
遺伝子機能の予測解析 を ご希望の場合には、 「 PICRUSt2 による予測メタゲノム解析」 を ご参照下さい。

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税込)
納期
アンプリコンシーケンス
データ解析/QIIME2
一次解析
3~5検体6,600円8営業日
6~3,300円お問い合わせ下さい
アンプリコンシーケンス
データ解析/QIIME2
一次解析~二次解析
3~5検体14,300円10営業日
6~7,700円お問い合わせ下さい

ご依頼前の同意事項

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