生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)
特長
- Amplicon Sequence Variant (ASV) 法により、相同率の高い近縁種同士の識別が可能
- 学術論文で求められる二次解析 (多様性解析や統計解析の機能) が充実
概要
QIIME21) は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME2 View2)で閲覧でき、前身のQIIME13) と比べデータのアウトプットにおいてGUI的な側面も強化されています。
QIIME 2がQIIME 1と大きく異なる点は、代表配列の決定方法にあります。QIIME 1で用いられるOperational Taxonomic Unit (OTU) 化は、一定の相同率 (例えば97%以上) の配列同士を同種由来とみなして代表配列をまとめていく方法です。
QIIME2のASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。
これにより「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別し、より解像度の高い微生物叢解析ができるようになっています。
参考文献
1） Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857.
2) https://view.qiime2.org/
3) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.
受入可能な検体※1
| 検体の種類 | 形式※2 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ※3 | fastqファイル |
※1 ご依頼の際、依頼書に付属のExcelファイルにSampleType (メタデータ) の記入をお願いいたします。
※2 fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
※3 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。
作業の流れ
- fastqデータSample Typeの入力
- プライマー配列の除去
- 代表配列の決定（ASV法）
- 相同性検索
- 多様性解析
- 統計解析
仕様
| 一次解析 | |
|---|---|
| ASV アルゴリズム | DADA2 |
| 解析データベース | 細菌・アーキア：Greengenes database 真菌：UNITE |
| 推定可能な分類階級 | 界～種 |
| 二次解析 | |
|---|---|
| α多様性指数 | chao1, shannon, simpson |
| α多様性指数の統計解析 | Kruskal-Wallis検定 |
| β多様性の距離測定法 | unweighted-unifrac, weighted-unifrac, bray-curtis |
| β多様性の統計解析 | ANOSIM検定 |
| 2D主座標プロット描画 | R (tidyverse, qiime2R) |
| ヒートマップ・クラスター分析 | Ward法 |
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 | ||
|---|---|---|---|
| 一次解析 | 代表配列とリード数の一覧 | qzvファイル | |
| 相同性検索結果 (表、バーチャート) | |||
| 二次解析 | αレアファクションカーブおよび統計解析結果 (箱ひげ図) | qzvファイル | |
| 3D主座標分析結果および統計解析結果 (箱ひげ図) | qzvファイル | ||
| 2D主座標プロット | pdfファイル | ||
| ヒートマップ・クラスター分析結果 | qzvファイル | ||
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税込） | 納期 |
|---|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンス データ解析/QIIME2 一次解析 | 3～5 | 検体 | 6,600円 | 8営業日 |
| 6～ | 3,300円 | お問い合わせ下さい | ||
| アンプリコンシーケンス データ解析/QIIME2 一次解析～二次解析 | 3～5 | 検体 | 14,300円 | 10営業日 |
| 6～ | 7,700円 | お問い合わせ下さい |
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- メディア（ DVD R ）による 配送納品 のみとなります。
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ご依頼、依頼書の入手
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