アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)
特長
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Amplicon Sequence Variant (ASV) 法により、相同率の高い近縁種同士の識別が可能
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学術論文で求められる二次解析 (多様性解析や統計解析の機能) が充実
概要
QIIME21)は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME2 View2)で閲覧でき、前身のQIIME13)と比べデータのアウトプットにおいてGUI的な側面も強化されています。QIIME2がQIIME13)と大きく異なる点は、代表配列の決定方法にあります。QIIME1で用いられるOperational Taxonomic Unit (OTU) 化は、一定の相同率 (例えば97%以上) の配列同士を同種由来とみなして代表配列をまとめていく方法です。
QIIME2のASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。これにより「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別し、より解像度の高いデータ解析ができるようになっています。
参考文献
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(1)
Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and
extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857. -
(3)
Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.
受入可能な検体※1
検体の種類 | 形式※ 2 |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ※ 3 | fastq ファイル |
※1 ご依頼の際、依頼書に付属のExcelファイルにSampleType (群分け情報) をご記入下さい。
※2 fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
※3 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。
解析の流れ
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fastqデータSample Typeの入力
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プライマー配列の除去
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代表配列の決定（ASV法）
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相同性検索
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多様性解析
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統計解析
仕様・納品内容
報告サンプル
相同性検索結果 ( 表、 バーチャート )
3D 主座標分析
αレアファクションカーブ
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 納期 |
アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 一次解析 | 3 ～ 6 | 検体 | 5,000 円 | 8 営業日 |
7 ～ | 3,000 円 | お問い合わせ下さい | ||
アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 一次解析～二次解析 | 3 ～ 6 | 検体 | 12,000 円 | 10 営業日 |
7 ～ | 6,000 円 | お問い合わせ下さい |
- 遺伝子機能の予測解析をご希望の場合には、「PICRUSt2による予測メタゲノム解析」をご参照下さい。
ご依頼前の同意事項
・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。