アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)
特 長
- OTU化をしないため、QIIME1とは異なり近縁種レベルの推定が可能
- 論文投稿のための多様性解析、統計解析が充実
概 要
QIIME11) は、一定数値条件下 (相同率97%) でリードをひとまとめにするOperational Taxonomic Unit (OTU) 化によって代表配列を決定するため、細菌叢 (細菌・アーキア) に含まれる相同率99%以上の近縁種を互いに別種と見なすことができませんでした。
QIIME22) では、シーケンスエラーを補正するDADA23) モデルを使用することにより、OTU化せずに検体間の同配列リードを紐付けし、代表配列を決定する解析方法を採用しています。これにより近縁種レベルでの細菌叢解析が行え、多様性解析結果に反映することができるようになりました。
参考文献
1) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.
2) Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857.
3) Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJA, et al. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 2016;13:581–583.
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ※2 | fastqファイル |
※1 fastq以外での解析をご希望の場合はお問い合わせ下さい。
※2 当社次世代シーケンサー「MiSeq」によるアンプリコンシーケンス解析を行っていないデータでの解析をご希望の場合には、お問い合わせ下さい。
作業の流れ
- fastqデータSample Typeの入力
- プライマー配列の除去
- DADA2 Denoising
- 代表配列の決定
- 多様性解析
- 統計解析
仕 様
| 解析データベース | 推定可能な分類階級 | 解析ソフトウェア |
|---|---|---|
| Greengenes database | 界～種 | QIIME2 |
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 | ||
|---|---|---|---|
| 一次解析 | 菌叢解析 (バーチャート) | 一次解析として、Greengenes database に基づく相同性検索結果を分類階級 (界～種) ごとに描画します。 | qzvファイル |
| 二次解析 | α多様性解析および統計解析 | アルファレアファクションカーブ (多様性指数: chao1, shannon, simpson) と各指数の有意差検定 (箱ひげ図描画、Kruskal-Wallis検定) を行います。 | qzvファイル |
| β多様性解析および統計解析 | 3Dおよび2D種座標分析 (距離行列： unweighted-unifrac, weighted-unifrac, bray-curtis) と各分析結果の有意差検定 (ANOSIM) を行います。 | qzv、pdfファイル | |
| ヒートマップ・クラスター分析 | Ward法により、門～種レベルのヒートマップ・クラスタリングを行います。 | qzvファイル | |
遺伝子機能の予測解析 を ご希望の場合には、 「 PICRUSt2 による予測メタゲノム解析」 を ご参照下さい。
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 納期 |
|---|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME2 一次解析 | 3～5 | 検体 | 4,000円 | 8営業日 |
| 6～ | 3,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME2 一次解析～二次解析 | 3～5 | 検体 | 10,000円 | 10営業日 |
| 6～ | 7,000円 | お問い合わせ下さい |
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
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