アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)

特 長

概 要

QIIME11) は、一定数値条件下 (相同率97%) でリードをひとまとめにするOperational Taxonomic Unit (OTU) 化によって代表配列を決定するため、細菌叢 (細菌・アーキア) に含まれる相同率99%以上の近縁種を互いに別種と見なすことができませんでした。
QIIME22) では、シーケンスエラーを補正するDADA23) モデルを使用することにより、OTU化せずに検体間の同配列リードを紐付けし、代表配列を決定する解析方法を採用しています。これにより近縁種レベルでの細菌叢解析が行え、多様性解析結果に反映することができるようになりました。

参考文献
1) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.

2) Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857.

3) Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJA, et al. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 2016;13:581–583.

受入可能な検体

検体の種類形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ※2fastqファイル

※1 fastq以外での解析をご希望の場合はお問い合わせ下さい。
※2 当社次世代シーケンサー「MiSeq」によるアンプリコンシーケンス解析を行っていないデータでの解析をご希望の場合には、お問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕 様

解析データベース推定可能な分類階級解析ソフトウェア
Greengenes
database
界~種QIIME2

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
一次解析菌叢解析 (バーチャート)一次解析として、Greengenes database に基づく相同性検索結果を分類階級 (界~種) ごとに描画します。qzvファイル
二次解析α多様性解析および統計解析アルファレアファクションカーブ (多様性指数: chao1, shannon, simpson) と各指数の有意差検定 (箱ひげ図描画、Kruskal-Wallis検定) を行います。qzvファイル
β多様性解析および統計解析3Dおよび2D種座標分析 (距離行列: unweighted-unifrac, weighted-unifrac, bray-curtis) と各分析結果の有意差検定 (ANOSIM) を行います。qzv、pdfファイル
ヒートマップ・クラスター分析Ward法により、門~種レベルのヒートマップ・クラスタリングを行います。qzvファイル

遺伝子機能の予測解析 を ご希望の場合には、 「 PICRUSt2 による予測メタゲノム解析」 を ご参照下さい。

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税抜)
納期
アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME2
一次解析
3~5検体4,000円8営業日
6~3,000円お問い合わせ下さい
アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME2
一次解析~二次解析
3~5検体10,000円10営業日
6~7,000円お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

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