アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN)

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN) ホーム / 群集構造解析 / データ解析 特長 概要 次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られた配列データの帰属分類群を推定するデータ解析です 受入可能な検体...

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) ホーム / 2019 特長 概要 QIIME21)は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME2...

統計分析ソフトRによるデータ解析

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

統計分析ソフトRによるデータ解析 ホーム / 群集構造解析 / データ解析 特長 概要 アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T-RFLPフローラ解析 (MN法) の各結果を基に、論文投稿や学会発表向けに必要な作図や統計学的検定を統計分析ソフトウェアR1,2)で実施します。 参考文献 (1) R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing...

PICRUSt2による予測メタゲノム解析

執筆者 | 11月 7, 2023 | データ解析, 群集構造解析

PICRUSt2による予測メタゲノム解析 ホーム / 群集構造解析 / データ解析 特長 概要 予測メタゲノム解析は、検体に含まれる細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測する解析手法です。16S rRNA遺伝子(16S rDNA)のアンプリコンシーケンス解析データを用いて解析することができ、ショットガンメタゲノム解析の代替法として利用されています。PICRUSt21) による解析では、QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測します。 参考文献 (1) Douglas GM, Maff ei VJ....