生体 アンプリコンシーケンス解析 (JMBC 推奨プロトコル)

当社では、2025年8月1日よりアンプリコンシーケンス解析に使用するシーケンサーを、MiSeq®(Illumina社)からMiSeq® i100シリーズ(Illumina社)へ切り替えました。
MiSeq i100シリーズは、従来のMiSeqに比べて、より低コストかつ短納期での解析が可能です。
なお、従来のMiSeqでの解析については、メーカーからの当該機器の販売終了などを考慮し、2026年7月末日頃まで継続の予定です。ご希望の方は[従来機「MiSeq」をご利用希望の方]をご覧ください。

※MiSeq®はIllumina社の登録商標です。

特長

  • JMBC (日本マイクロバイオームコンソーシアム)推奨プロトコルに基づき、糞便中の細菌叢を解析

  • DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供 (1検体から申し込み可能)

  • DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業

  • 解析ソフトウェアは2種類から選択可能

    • セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
    • セット2:QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)

概要

JMBC が推奨する糞便メタゲノム解析推奨プロトコル1,2)に基づき、アンプリコンシーケンス解析を実施します。

受入可能な検体

検体区分(種類)

由来

検体の種類※

対象

A区分:糞便検体

ヒト

糞便

細菌のDNA

DNA抽出物

PCR増幅が確認されたJMBC推奨プロトコルに従い抽出されたDNA抽出物

PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
ヒト以外の糞便検体でのDNA抽出はご相談下さい。

必要検体量・送付方法

検体の種類

必要量

留意点および送付方法

A区分

糞便

糞便採取容器 (保存液なし)
あるいは気密性の高い容器

0.2 ~ 0.5 g

採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送

糞便採取容器 (保存液あり)
メタボロキーパー®※

採取後速やかに冷蔵保存
冷蔵輸送推奨、常温輸送可

DNA抽出物

濃度 5 ng/µL
総量 30 µL 以上

抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送

PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

※保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。保管温度帯は腸内環境用糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。

解析の流れ

  • DNA抽出/精製

  • PCR増幅/精製

  • PCR産物の定量

  • シーケンス配列決定

  • ペアエンド配列アッセンブル

  • フィルタリング、キメラチェック

  • データ解析

※ JMBC 推奨プロトコルはシーケンスによる配列決定までとなります。

仕様

対象微生物

細菌

解析対象 

DNA

遺伝子領域

16S rDNA V3 ~ V4 領域

リード数*¹

3万リード以上 / 検体

解析機種

MiSeq i100シリーズ

データ解析*²

セット1 : Metagenome@KIN

RDP*³ およびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」

セット2 : QIIME2*⁴ *⁵ 

Greengenes database*³

SILVA database*³

*1 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
*2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*3 RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
*4 セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
*5 GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

納品内容

報告内容

形式

次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ

fastq ファイル

次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンスデータ( クオリティーフィルタリング、 キメラチェック後 )

fasta ファイル

データ解析結果※

csv ファイル、 html ファイル

※ 詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照下さい。 ※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。    

■ 報告サンプル (セット1:Metagenome@KIN)

ドーナツグラフ 検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 (内側) ~属または種 (外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。 群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
解析例
検体間比較グラフ 全検体の、 ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。 検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
クラスター解析 デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分分析 主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

検体間比較グラフ、クラスター解析、主成分分析は、論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。

報告内容

形式

次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ

fastq ファイル

QIIME2 出力データファイルデータ解析 ( 一次解析 ) 結果※

代表配列とリード数の一覧

qzv ファイル

相同性検索結果
( 表、 バーチャート )


※ 多様性解析や統計解析(二次解析)は含みません。詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」をご参照下さい。
※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。

■ 報告サンプル (セット2:QIIME2)

価格・納期

試験項目

依頼形態

単価 (税抜)*²

目安納期 (DNA解析)*¹

アンプリコンシーケンス解析 (細菌)

  • 16S rDNA V3~V4 

検体にてご依頼の場合

24,000円/検体

24 営業日~

DNA抽出物にてご依頼の場合

18,000円/検体

22 営業日~

fastqファイル納品の場合

23,500円/検体

24 営業日~

DNA抽出物にてご依頼、fastqファイル納品の場合

17,500円/検体

22 営業日~

  • セット2をご選択いただいた場合、多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です費用は一式 +30,000円 (税抜) 納期は+5営業日となります。

*1  PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。
*2  リアルタイムPCR解析などを同時にご依頼いただく場合、DNA抽出の重複費用として1検体あたり6,000円(税抜)を減額します。

従来機「MiSeq」をご利用希望の方

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
▶ MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果(当社実施)

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

■価格・納期

試験項目

単価 (税抜)

目安納期(DNA解析)

アンプリコンシーケンス解析(細菌)

  • 16S rDNA V3~V4

25,000円/検体

40営業日~

  • セット2をご選択いただいた場合、多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です費用は一式 +30,000円 (税抜) 納期は+5営業日となります。

■仕様

対象微生物

細菌 ・ アーキア

解析対象

DNA

遺伝子領域

16S rDNA V3 ~ V4 領域(細菌)

リード数*¹

1 万リード以上/検体

解析機種

従来機MiSeq

データ解析*²

セット1 :Metagenome@KIN

RDP*⁵ およびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」

セット2 :QIIME2*⁴ *⁵

Greengenes database*³またはSILVA database*³

*1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
*2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*3 RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
*4 セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
*5 GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

参考文献

1)Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A et al . Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements. Microbiome 2021;9:95.

2)JMBC 糞便メタゲノム解析推奨プロトコル ver2.1.
http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf

関連ページ

1,糞便、唾液、腸管内容物、皮膚拭取物など、幅広い生体由来検体に対応したアンプリコンシーケンス解析
2,土壌、環境水、活性汚泥、食品、発酵検体などの環境由来検体に対応したアンプリコンシーケンス解析

ご依頼前の同意事項

・ メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのご相談には可能な範囲で対応しますが、最終的なご判断はお客様の責任にてお願いいたします。
・ 哺乳類・鳥類などの野生動物 (野良も含む) 由来の検体は、送付前にお客様の元で加熱処理(85℃ 15分以上)をお願いします。

MiSeq i100シリーズでの解析(推奨)
従来機MiSeqでの解析