環境関連 アンプリコンシーケンス解析

特 長

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概 要

土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在
する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析して
も、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。

データ解析のソフトウェアは、「Metagenome@KIN」または「QIIME2」の2種類から選択が可能です。

受入可能な検体

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由来 検体の種類 対象
食品 発酵食品などの食品試料

細菌・アーキアのDNAおよびRNA

菌類のDNA
活性汚泥 活性汚泥試料
土壌 一般土壌、火山灰などの土壌系試料
堆肥、コンポストなど 堆肥、コンポスト、培養液などの発酵試料
環境水 海水、湖沼水などの水系試料
※菌類ではRNAは解析対象としておりません。
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由来 検体の種類 対象
DNA抽出物 PCR増幅が確認されたDNA抽出物

細菌・アーキアのDNAおよびRNA

菌類のDNA
※ 菌類ではRNAは解析対象としておりません
PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
食品10 gまたは100 mL食品の保存温度で保存、輸送
活性汚泥5~10 mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5g
堆肥
コンポスト
環境水 (水道水、濁りの少ない河川水など)100~1000 mL
環境水 (工業廃水、下水など)50~500 mL
培養液5~10 mL
DNA抽出物濃度:5 ng/µL以上
総量:30 µL以上
(1 プライマー追加ごとに+ 15 μL 以上)
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送

※ 外洋海水、深海堆積物など、生物量が低いと考えられる試料についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

※1 解析対象がRNAの場合、RT-PCRの工程を含みます。
※2 データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

RNAに関する補足

DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。
一方、RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

仕 様

対象微生物細菌・アーキア菌類
解析対象DNA/RNADNA
解析領域16S rDNA V3 ~ V4領域ITS2領域
リード長細菌 約430 bp / アーキア 約380 bp約350 bp
リード数※11万リード以上/検体
解析機種次世代シーケンサー(NGS)
MiSeq®(Illumina)
データ解析手法
(セット1) ※ 2
解析ソフトウェア: Metagenome@KIN
データベース:RDP ※ 3
および
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」
解析ソフトウェア: Metagenome@KIN
データベース:RDP ※ 3
データ解析手法
(セット2) ※ 2
解析ソフトウェア: QIIME2※4
データベース:Greengenes database
解析ソフトウェア: QIIME2※4
データベース:UNITE

※1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択ください。
※3 RDP (Ribosomal database project) およびUNITEは公共の解析データベースです。
※4 セット2 (QIIME2) は一次解析までのご報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いいたします。

納品内容・報告書サンプル

セット1:Metagenome@KIN

報告内容形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データfastqファイル
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ
(クオリティーフィルタリング、キメラチェック後)
fastaファイル
データ解析結果csvファイル、htmlファイル
※詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照ください。
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検体の菌叢を構成する帰属分類群を界(内側)~属または種(外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。

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image61
全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
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image15_result
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
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主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

セット2:QIIME2

報告内容形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データfastqファイル
QIIME2出力データファイル
データ解析(一次解析)結果
代表配列とリード数の一覧qzvファイル
相同性検索結果
(表、バーチャート)
qzvファイル
※ 多様性解析や統計解析(二次解析)は含みません。詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」をご参照ください。

価格・納期

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試験項目検体数単位単価(税込)※1目安納期
(DNA解析)
目安納期
(RNA解析※2、3)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
アンプリコンシーケンス解析 (アーキア)
【16S】
【DNA ・ RNA】
アンプリコンシーケンス解析 (菌類)
【ITS2】
【DNA 】
1~24検体
49,500 円
27営業日~32営業日~
25~48
38,500 円
49~72
33,000 円
73~96
28,600 円
97~
26,400 円
1検体
22,000 円
長納期
40営業日~
長納期
45営業日~
RNA抽出~RT-PCR費用※31検体
+ 17,600 円
お問合せ下さい
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試験項目検体数単位単価(税込)
※1
目安納期
(DNA解析)
目安納期
(RNA解析※2、3)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
アンプリコンシーケンス解析 (アーキア)
【16S】
【DNA ・ RNA】
アンプリコンシーケンス解析 (菌類)
【ITS2】
【DNA 】
1~24検体
50,600 円
27営業日~32営業日~
25~48
39,600 円
49~72
34,100 円
73~96
29,700 円
97~
27,500 円
1検体
23,100 円
長納期
40営業日~
長納期
45営業日~
RNA抽出~RT-PCR費用※31検体
+ 17,600 円
お問合せ下さい

・ セット2をご選択いただいた場合、二次解析費用は一律 +3,300円/検体 (税込) となります。
※1 「細菌・アーキア」と「菌類」も同時に解析する場合には、DNA抽出の重複費用として1検体当たり 3,300円 (税込) を減額します。
※2 「細菌・アーキア」と「菌類」も同時に解析する場合には、納期は+5営業日の追加になります。
※3 菌類はRNAを解析とした解析は行っておりません。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  • DNAとRNAを両方とも解析する場合には、解析費用は2倍になります。
  • メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼、依頼書の入手

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。