環境関連 アンプリコンシーケンス解析
特 長
- 検体について
- 土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応
- 解析について
- DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供（1検体から申し込み可能）
- 細菌・アーキアはRNA解析も可能
- DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業、解析
- 解析ソフトウェアは2種類から選択可能
- セット1：Metagenome@KIN
- データベース（細菌・アーキア）：『RDP』＋『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』
- データベース（真菌）：『RDP』
- セット2：QIIME2
- データベース（細菌・アーキア）：『Greengenes database』
- データベース（真菌）：『UNITE』
概 要
土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在
する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析して
も、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
データ解析のソフトウェアは、「Metagenome@KIN」または「QIIME2」の2種類から選択が可能です。
受入可能な検体
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 |
|---|---|---|
| 食品 | 10 gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 |
| 活性汚泥 | 5～10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
| 土壌※ | 1～5ｇ | |
| 堆肥 | ||
| コンポスト | ||
| 環境水※ （水道水、濁りの少ない河川水など） | 100～1000 mL | |
| 環境水※ （工業廃水、下水など） | 50～500 mL | |
| 培養液 | 5～10 mL | |
| DNA抽出物 | 濃度：5 ng/µL以上 総量：30 µL以上 (1 プライマー追加ごとに＋ 15 μL 以上) | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
※ 外洋海水、深海堆積物など、生物量が低いと考えられる試料についてはお問い合わせ下さい。
作業の流れ
- DNA抽出/精製
- PCR増幅※1
- PCR産物の定量
- シーケンス配列決定
- プライマー配列の除去
- データ解析※2
※1 解析対象がRNAの場合、RT-PCRの工程を含みます。
※2 データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。
RNAに関する補足
DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。
一方、RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。
仕 様
| 対象微生物 | 細菌・アーキア | 菌類 |
|---|---|---|
| 解析対象 | DNA/RNA | DNA |
| 解析領域 | 16S rDNA V3 ～ V4領域 | ITS2領域 |
| リード長 | 細菌 約430 bp ／ アーキア 約380 bp | 約350 bp |
| リード数※1 | １万リード以上/検体 | |
| 解析機種 | 次世代シーケンサー(NGS) MiSeq®（Illumina） | |
| データ解析手法 (セット１) ※ 2 | 解析ソフトウェア： Metagenome@KIN データベース：RDP ※ 3 および テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 | 解析ソフトウェア： Metagenome@KIN データベース：RDP ※ 3 |
| データ解析手法 (セット2) ※ 2 | 解析ソフトウェア： QIIME2※4 データベース：Greengenes database | 解析ソフトウェア： QIIME2※4 データベース：UNITE |
※1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択ください。
※3 RDP (Ribosomal database project) およびUNITEは公共の解析データベースです。
※4 セット2 (QIIME2) は一次解析までのご報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いいたします。
納品内容・報告書サンプル
セット１：Metagenome@KIN
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル |
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ (クオリティーフィルタリング、キメラチェック後) | fastaファイル |
| データ解析結果※ | csvファイル、htmlファイル |
検体の菌叢を構成する帰属分類群を界（内側）～属または種（外側）へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
セット２：QIIME2
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル | |
| QIIME2出力データファイル データ解析(一次解析)結果※ | 代表配列とリード数の一覧 | qzvファイル |
| 相同性検索結果 (表、バーチャート) | qzvファイル | |
価格・納期
・ セット2をご選択いただいた場合、二次解析費用は一律 ＋3,300円/検体 (税込) となります。
※1 「細菌・アーキア」と「菌類」も同時に解析する場合には、DNA抽出の重複費用として1検体当たり 3,300円 (税込) を減額します。
※2 「細菌・アーキア」と「菌類」も同時に解析する場合には、納期は＋5営業日の追加になります。
※3 菌類はRNAを解析とした解析は行っておりません。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- DNAとRNAを両方とも解析する場合には、解析費用は2倍になります。
- メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
- ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼、依頼書の入手
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。