環境関連 アンプリコンシーケンス解析
特 長
- 土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応
- DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供（1検体から申し込み可能）
- 細菌・アーキア16S rDNAは、当社微生物同定用データベースとRDP(Ribosomal database project)の2種類で解析
- RNA解析も可能
- すべて当社内で作業、解析
概 要
土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの試料に由来するかを判別することができます。
一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌の検出も可能であり、クローンライブラリー、DGGEなどの従来法よりも検出感度が高いと考えられます。さらに、従来法よりも多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
受入可能な検体
| 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|
| 食品 | 発酵食品等の食品試料 | DNA対象：細菌・アーキア・菌類 RNA対象：細菌・アーキア |
| 活性汚泥 | 活性汚泥試料 | |
| 土壌 | 一般土壌、火山灰等の土壌系試料 | |
| 発酵試料 | 堆肥、コンポスト、培養液等の発酵試料 | |
| 環境水 | 海水、湖沼水などの水系試料 |
| 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|
| DNA抽出物 | PCR増幅が確認されたDNA抽出物 | DNA対象：細菌・アーキア・菌類 RNA対象：細菌・アーキア |
PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 |
|---|---|---|
| 活性汚泥 | 5～10mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
| 土壌 | 1～5ｇ | |
| 堆肥 | ||
| コンポスト | ||
| 環境水 （海水、地下水など） | 100mL～1000mL | |
| 培養液 | 5～10mL | |
| DNA抽出物 | 濃度：5ng/μL 容量：30μL | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
作業の流れ
- DNA抽出/精製※
- PCR増幅
- PCR産物の定量
- シーケンス配列決定
- ペアエンド配列・アッセンブル
- フィルタリング・キメラチェック
- データ解析
※RNA抽出では核酸抽出、RNA精製、RT-PCRを行います。
RNAに関する補足
DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌（生菌・死菌を問わず）を対象とします。
一方、RNAは微生物の活性を反映し、代謝活性の高い状態においてRNA量が多いため、RNAを解析対象とする場合、活性のある微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応（RT‐PCR）し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。
仕 様
| 対象微生物 | 細菌・アーキア | 菌類 |
|---|---|---|
| 解析領域 | 16S rDNA V3 ～ V4領域 | ITS2 |
| リード長※1 | 細菌 約430 bp ／ アーキア 約380 bp | 270～340bp |
| データベース※2 | RDP、および当社「微生物同定データベース」 | RDP |
| 解析対象 | DNA/RNA | DNA |
| リード数※3 | １万リード以上/検体 | |
| 解析機種 | 次世代シーケンサー(NGS) MiSeq（Illumina）※4 | |
※1 プライマー配列を除いた配列を取得します。
※2 RDP（Ribosomal database project）は公共の解析データベースです。
※3 クオリティフィルタリング、キメラフィルタリング後のリード数です。
※4 MiSeqは、イルミナ株式会社(Illumina, Inc.)の商標です。
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| シーケンスデータ | fastaファイル、fastqファイル |
| 菌叢解析データ | csvファイル |
| 各種グラフファイル | htmlファイル |
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各検体で得られたDNA 塩基配列の帰属分類群を界、門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。 異なる分類階層（門～属または種レベル）の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。 |
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・ 当社「微⽣物同定データベース」による界〜種レベルの解析例です。RDP では、界〜属レベルの解析結果をご報告いたします。 |
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| RDP では界～属レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種～門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮、土壌、汚泥、河川水の計6 検体を種レベルで比較した結果を示します。 |
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| デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層（種（属）～門レベル） ごとに作成されます。 |
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| 主成分の二次元プロット画像が階層（分類階級）ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 |
価格・納期
| 製品名 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 納期※1, 2 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 環境関連 アンプリコンシーケンス解析 【16S ・ ITS2】 【DNA ・ RNA】 | 1～24 | 検体 | 45,000円 | DNA解析 27営業日～ | RNA解析 32営業日～ |
| 25～48 | 35,000円 | ||||
| 49～72 | 30,000円 | ||||
| 73～96 | 27,000円 | ||||
| 97～ | 24,000円 | ||||
| 1 | 検体 | 20,000円 | DNA解析・長納期 40営業日～ | RNA解析・長納期 45営業日～ |
|
※1 16SとITS2を同時に解析する場合には、納期は＋5営業日の追加になります。
※2 RNAの場合、RNA抽出～RT-PCR費用として＋18,000円の追加費用が必要です。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・DNAとRNAを両方ともに解析を実施する場合には、解析費用は2倍になります。
・メディア（DVD-R）による郵送納品のみとなります。
・ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。