環境関連 アンプリコンシーケンス解析

特 長

  • 土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応
  • DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供(1検体から申し込み可能)
  • 細菌・アーキア16S rDNAは、当社微生物同定用データベースとRDP(Ribosomal database project)の2種類で解析
  • RNA解析も可能
  • すべて当社内で作業、解析

概 要

土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの試料に由来するかを判別することができます。

一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌の検出も可能であり、クローンライブラリー、DGGEなどの従来法よりも検出感度が高いと考えられます。さらに、従来法よりも多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。

受入可能な検体

  • 環境検体
  • 抽出DNA

由来検体の種類対象
食品発酵食品等の食品試料DNA対象:細菌・アーキア・菌類
RNA対象:細菌・アーキア
活性汚泥活性汚泥試料
土壌一般土壌、火山灰等の土壌系試料
発酵試料堆肥、コンポスト、培養液等の発酵試料
環境水海水、湖沼水などの水系試料

由来検体の種類対象
DNA抽出物PCR増幅が確認されたDNA抽出物DNA対象:細菌・アーキア・菌類
RNA対象:細菌・アーキア

PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
活性汚泥5~10mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5g
堆肥
コンポスト
環境水
(海水、地下水など)
100mL~1000mL
培養液5~10mL
DNA抽出物濃度:5ng/μL
容量:30μL
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送

作業の流れ

  • DNA抽出/精製
  • PCR増幅
  • PCR産物の定量
  • シーケンス配列決定
  • ペアエンド配列・アッセンブル
  • フィルタリング・キメラチェック
  • データ解析

※RNA抽出では核酸抽出、RNA精製、RT-PCRを行います。

RNAに関する補足

DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌(生菌・死菌を問わず)を対象とします。
一方、RNAは微生物の活性を反映し、代謝活性の高い状態においてRNA量が多いため、RNAを解析対象とする場合、活性のある微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応(RT‐PCR)し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

仕 様

対象微生物細菌・アーキア菌類
解析領域16S rDNA V3 ~ V4領域ITS2
リード長※1細菌 約430 bp / アーキア 約380 bp270~340bp
データベース※2RDP、および当社「微生物同定データベース」RDP
解析対象DNA/RNADNA
リード数※31万リード以上/検体
解析機種MiSeq (Illumina)

※1 プライマー配列を除いた配列を取得します。
※2 RDP(Ribosomal database project)は公共の解析データベースです。
※3 クオリティフィルタリング、キメラフィルタリング後のリード数です。

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
シーケンスデータfastaファイル、fastqファイル
菌叢解析データcsvファイル
各種グラフファイルhtmlファイル
  • ドーナツグラフ
  • 解析例
  • 検体間比較グラフ
  • クラスター解析
  • 主成分分析

各検体で得られたDNA 塩基配列の帰属分類群を界、門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。

異なる分類階層(門~属または種レベル)の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。
html ファイルで納品します。グラフ上でカーソルを移動することにより、各階層の各分類群の名前が表示されます。

・ 当社「微⽣物同定データベース」による界〜種レベルの解析例です。RDP では、界〜属レベルの解析結果をご報告いたします。
・ ⼀覧をエクセルファイルで納品いたします。

RDP では界~属レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種~門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮、土壌、汚泥、河川水の計6 検体を種レベルで比較した結果を示します。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層(種(属)~門レベル)
ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が階層(分類階級)ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期※1, 2
環境関連 アンプリコンシーケンス解析
【16S ・ ITS2】
【DNA ・ RNA】
1~24検体45,000円DNA解析
27営業日~
RNA解析
32営業日~
25~4835,000円
49~7230,000円
73~9627,000円
97~24,000円
1検体20,000円DNA解析・長納期
40営業日~
RNA解析・長納期
45営業日~

※1 16SとITS2を同時に解析する場合には、納期は+5営業日の追加になります。
※2 RNAの場合、RNA抽出~RT-PCR費用として+18,000円の追加費用が必要です。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・菌類の解析は、RDP解析のみとなります。
DNAとRNAを両方ともに解析を実施する場合には、解析費用は2倍になります。
メディア(DVD-R)による郵送納品のみとなります。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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