環境関連 アンプリコンシーケンス解析

特 長

概 要

 土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

 検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌・アーキア、菌類を検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行いますので、コストパフォーマンスにも優れています。

受入可能な検体

  • 環境検体
  • 抽出DNA

由来検体の種類対象
食品発酵食品などの食品試料細菌・アーキアの
DNAおよびRNA


菌類のDNA
活性汚泥活性汚泥試料
土壌一般土壌、火山灰などの土壌系試料
堆肥、コンポストなど堆肥、コンポスト、培養液などの発酵試料
環境水海水、湖沼水などの水系試料

由来検体の種類対象
DNA抽出物PCR増幅が確認されたDNA抽出物細菌・アーキアの
DNAおよびRNA


菌類のDNA

PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

菌類ではRNAは解析対象としておりません。

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
食品10 gまたは100 mL食品の保存温度で保存、輸送
活性汚泥5~10 mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5g
堆肥
コンポスト
環境水 (水道水、濁りの少ない河川水など)100mL~1000 mL
環境水 (工業廃水、下水など)50~500 mL
培養液5~10 mL
DNA抽出物濃度:5 ng/µL以上
総量:30 µL以上
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送

※ 外洋海水、深海堆積物など、生物量が低いと考えられる試料についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

※RNA抽出では核酸抽出、RNA精製、RT-PCRを行います。

RNAに関する補足

 DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。
 一方、RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

仕 様

対象微生物細菌・アーキア菌類
解析領域16S rDNA V3 ~ V4領域ITS2
リード長細菌 約430 bp / アーキア 約380 bp約350 bp
データベース※1RDP、および当社「微生物同定データベース」RDP
解析対象DNA/RNADNA
リード数※21万リード以上/検体
解析機種次世代シーケンサー(NGS)
MiSeq(Illumina)

※1 RDP (Ribosomal database project) は公共の解析データベースです。
※2 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
シーケンスデータfastaファイル、fastqファイル
菌叢解析データcsvファイル
各種グラフhtmlファイル
  • ドーナツグラフ
  • 解析例
  • 検体間比較グラフ
  • クラスター解析
  • 主成分分析

 

検体の菌叢を構成する帰属分類群を界(内側)~属または種(外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。

 

 
全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

価格・納期

  • 細菌・アーキア
  • 菌類

試験項目検体数単位単価
(税抜)
納期※1, 2
DNA解析
納期※3
RNA解析
アンプリコンシーケンス解析 (細菌)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
アンプリコンシーケンス解析 (アーキア)
【16S】
【DNA ・ RNA】
1~24検体
45,000円
27営業日~32営業日~
25~48
35,000円
49~72
30,000円
73~96
26,000円
97~
24,000円
1検体
20,000円
DNA解析・長納期
40営業日~
RNA解析・長納期
45営業日~

試験項目検体数単位単価
(税抜)
納期※1, 2
DNA解析
アンプリコンシーケンス解析
【ITS2】
【DNA】
1~24検体
45,000円
27営業日~
25~48
35,000円
49~72
30,000円
73~96
26,000円
97~
24,000円
1検体
20,000円
DNA解析・長納期
40営業日~

※1 細菌・アーキア、菌類を同時に解析する場合には、DNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000円を減額します。
※2 細菌・アーキア、菌類を同時に解析する場合には、納期は+5営業日の追加になります。
※3 RNAの場合、RNA抽出~RT-PCR費用として+16,000円の追加費用が必要です。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

・ DNAとRNAを両方とも解析する場合には、解析費用は2倍になります。
・ メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。