環境 アンプリコンシーケンス解析
特長
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土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応
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DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供 (1検体から申し込み可能)
[ 細菌は ]データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能
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データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能
セット1：Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
セット2：QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)
[ 菌類は ]データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能
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データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能
セット1：Metagenome@KIN (データベース『RDP』)
セット2：QIIME2 (データベース『UNITE』)
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細菌とアーキア (古細菌)はRNA解析も可能
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DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
概要
土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
受入可能な検体
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |
食品 | 10 g または 100 mL | 食品の保存温度で保存、 輸送 | |
活性汚泥 | 5 ～ 10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 | |
土壌 | 1 ～ 5 ｇ | ||
環境水 | 水道水、 濁りの少ない河川水など | 100 ～ 1000 mL | |
工業廃水、 下水など | 50 ～ 500 mL | ||
培養液 | 5 ～ 10 mL | ||
DNA 抽出物 | 濃度：10 ng/µL | 抽出後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 | |
- 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
解析の流れ
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DNA抽出/精製
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PCR増幅※1
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PCR産物の定量
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シーケンス配列決定
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プライマー配列の除去
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データ解析※2
※1 解析対象がRNAの場合、RT-PCRの工程を含みます。
※2 データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。
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RNAに関する補足
解析対象がDNAの場合、生菌だけでなく死菌 (検体中に残留する未分解のDNA) もPCR増幅されます。一方、RNAは生菌で多くのRNA代謝が行われ、死菌では代謝されないことから、 検体に存在する生菌の群集構造を解析するのに適します。 抽出・精製したRNAは、逆転写PCR(RT-PCR) 反応に供し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に分解されやすく保管に注意が必要なため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。
- 菌類ではRNAは解析対象としておりません。
仕様・納品内容
対象微生物 | 細菌 ・ アーキア | 菌類 |
解析対象 | DNA / RNA | DNA |
遺伝子領域※ 1 |
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リード数※ 3 | 1 万リード以上 / 検体 | |
解析機種 | MiSeq® ( Illumina ) | |
データ解析※ 4 | RDP ※ 5 およびテクノスルガ ・ ラボ 「微生物同定データベース」 Greengenes database あるいは SILVA database ※ 5 | RDP ※5 UNITE ※ 8 |
※1 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※2 植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
※3 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※4 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
※5 RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
※6 セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。 二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いします。
※7 GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※8 UNITEは公共の解析データベースです。
納品内容
報告内容 | 形式 |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ | fastq ファイル |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンスデータ( クオリティーフィルタリング、 キメラチェック後 ) | fasta ファイル |
データ解析結果※ | csv ファイル、 html ファイル |
※ 詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照下さい。
※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
報告内容 | 形式 | |
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ | fastq ファイル | |
QIIME2 出力データファイルデータ解析 ( 一次解析 ) 結果※ | 代表配列とリード数の一覧 | qzv ファイル |
相同性検索結果 | ||
※ 多様性解析や統計解析（二次解析）は含みません。 詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」をご参照下さい。
※ ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
報告サンプル
報告サンプル (セット1：Metagenome@KIN)
ドーナツグラフ
解析例
検体間比較グラフ
クラスター解析
主成分分析
検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 （内側） ～属または種 （外側）へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、 クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。 群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
全検体の、 ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。 検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。 検
体間の相違を散布図で示します。
論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜）※1 | 目安納期 (DNA解析)※2 | 目安納期 (RNA解析)※3 |
アンプリコンシーケンス解析
| 1 ～ 24 | 検体 | 50,000 円 | 27 営業日～ | 32 営業日～ |
25 ～ 48 | 39,000 円 | ||||
49 ～ 72 | 33,000 円 | ||||
73 ～ 96 | 29,000 円 | ||||
97 ～ | 26,000 円 | ||||
1 | 検体 | 24,000 円 | 長納期 40 営業日～ | 長納期 45 営業日～ | |
RNA 抽出～ RT-PCR 費用 | 1 | 検体 | ＋ 17,000 円 | お問い合わせ下さい | |
- セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)の費用は一律 ＋4,000円 (税抜) /検体 納期は＋5営業日となります
※1 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり 3,000円 (税抜) を減額します。
※2 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
※3 菌類はRNAを対象とした解析は行っておりません。
ご依頼前の同意事項
・ DNAとRNAを両方とも解析する場合には、解析費用は2倍になります。
・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
・ お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい