生体 アンプリコンシーケンス解析
特長
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様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体に対応
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DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格で提供 (1検体から申し込み可能)
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糞便は細菌とアーキア (古細菌) を一括で解析できるプライマーを推奨 (メタン産生アーキアなどの検出が可能)
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アクネ菌 (Cutibacterium acnes) の検出効率を高めた皮膚菌叢解析用プライマーを選択可能
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データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能
【細菌・アーキアの場合】
セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
セット2:QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)【カビ・酵母の場合】
セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』)
セット2:QIIME2 (データベース『UNITE』)
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DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
概要
アンプリコンシーケンス解析は、多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。
検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得ます。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができ、また、マイナーな細菌を含め網羅的に細菌(カビ・酵母)を検出することができます。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスにも優れます。
受入可能な検体
検体区分 ( 種類) | 由来 | 検体の種類※1 | 対象 |
A 区分:糞便検体 | ヒト | 糞便 | 細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA |
マウス、ラットなどの実験動物類 | 糞便、腸管内容物 | ||
ブタ、ウシ、ウマなどの家畜類 | 糞便、腸管内容物、ルーメン液 | ||
ニワトリなどの家禽類 | 糞便、腸管内容物 | ||
イヌ、ネコなどのペット類 | 糞便 | ||
魚類、昆虫、その他 | 糞便、腸管内容物 | ||
B 区分:その他生体由来検体 | ヒト (その他動物種はご相談下さい) | 唾液、プラーク | |
皮膚拭取物 | |||
膣内拭取物 | |||
DNA 抽出物 | ー | PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
※ 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
※ 哺乳類・鳥類などの野生動物 (野良も含む) 由来の検体は、送付前にお客様の元で加熱処理(85℃ 15分以上)をお願いします。
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
A区分 | 糞便、腸管内容物、ルーメン液 | 糞便採取容器 (保存液なし) | 0.2 ~ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
糞便採取容器 (保存液あり) | 採取後速やかに冷蔵保存 | |||
B区分 | A 区分以外 | スワブ | 0.2 ~ 1 mL | 唾液、舌苔、 口腔粘膜、プラークを採取し、速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
綿棒やコットンなどで広範囲を拭き取った検体は、極少量の適切な溶液(PBS、 生理食塩水、滅菌水など ) に移し、 速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | ||||
メタフロキーパー® | 採取後速やかに冷蔵保存 | |||
DNA 抽出物 | 濃度 5 ng/µL | 抽出後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 |
※保存液は捨てずに検体を採取し、 採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態で検体をご送付下さい。
解析の流れ
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DNA抽出/精製
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PCR増幅
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PCR産物の定量
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シーケンス配列決定
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プライマー配列の除去
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データ解析※
※データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。
仕様
対象微生物 | 細菌 ・ アーキア | カビ・酵母 | ||
解析対象 | DNA | DNA | ||
遺伝子領域※¹ |
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リード数※³ | 1 万リード以上 / 検体 | |||
解析機種 | MiSeq® ( Illumina ) | |||
データ解析※⁴ | セット1 :Metagenome@KIN | RDP ※⁵ およびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 | RDP ※⁵ | |
セット2 :QIIME2 ※ ⁶, ⁷ | Greengenes database ※⁵あるいはSILVA database ※⁵ | UNITE※⁵ |
※1 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※2 標準仕様のV3 ~ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
※3 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※4 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
※5 RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes database、SILVA databaseおよびUNITEは公共の解析データベースです。
※6 セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
※7 GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
納品内容
価格・納期
区分 | 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 (税抜) | 目安納期 (DNA解析)※¹ |
A区分 | アンプリコンシーケンス解析
| 1 ~ 24 | 検体 | 36,000円 | 25 営業日~ |
25 ~ 48 | 30,000円 | ||||
49 ~ 72 | 25,000円 | ||||
73 ~ 96 | 21,000円 | ||||
97 ~ | 19,000円 | ||||
1 | 検体 | 18,000円 | 長納期 40 営業日~ | ||
B区分 | アンプリコンシーケンス解析
| 1 ~ 24 | 検体 | 50,000円 | 27 営業日~ |
25 ~ 48 | 35,000円 | ||||
49 ~ 72 | 29,000円 | ||||
73 ~ 96 | 26,000円 | ||||
97 ~ | 23,000円 | ||||
1 | 検体 | 22,000円 | 長納期 40 営業日~ |
- セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 +30,000円 (税抜) 納期は+5営業日となります。
※1 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり 3,000円 (税抜) を減額します。
※2 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は+5営業日の追加になります。
ご依頼前の同意事項
・ メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。
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