生体 アンプリコンシーケンス解析

特長

[ 細菌は ]データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能

[ 菌類は ]データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能

概要

アンプリコンシーケンス解析は、多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得ます。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができ、また、マイナーな細菌を含め網羅的に細菌を検出することができます。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスにも優れます。

受入可能な検体

※1　血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
※2　菌類ではRNAは解析対象としておりません。

必要検体量・送付方法

•  保存液は捨てずに検体を採取し、 採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態で検体をご送付下さい。冷凍する場合の保管温度帯は腸内環境分析用 糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。

生体由来検体の返送

糞便採取容器「ブラシ型」を使いご依頼頂いた場合、元検体の返送はできません。

解析の流れ

※1　解析対象がRNAの場合、RT-PCRの工程を含みます。
※2　データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

• 菌類ではRNAは解析対象としておりません。

仕様・納品内容

※1　解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※2 　標準仕様のV3 ～ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
※3　クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※4　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
※5　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
※6　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。 二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いします。
※7　GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※8　UNITEは公共の解析データベースです。

納品内容

報告サンプル (セット1：Metagenome@KIN)

価格・納期

• セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)の費用は一律 ＋4,000円 (税抜) /検体 納期は＋5営業日となります

※1 　2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり 3,000円 (税抜) を減額します。
※2　 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
※3　菌類はRNAを対象とした解析は行っておりません。