生体関連 アンプリコンシーケンス解析

特 長

概 要

 糞便、唾液、皮膚表面などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

 検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌・アーキア、菌類を検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。

受入可能な検体

  • 生体検体A区分:糞便検体
  • 生体検体B区分:だ液などA区分以外
  • その他

由来検体の種類対象
ヒトヒト糞便細菌・アーキアの
DNAおよびRNA
実験動物類マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物
家畜類ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物
家禽類ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物
ペット類イヌ、ネコなどのペット糞便
その他魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

由来検体の種類対象
ヒト
(その他動物種はご相談ください)
唾液、プラーク細菌・アーキアの
DNAおよびRNA
皮膚拭取物
膣内拭取物

由来検体の種類対象
DNA抽出物PCR増幅が確認されたDNA抽出物細菌・アーキアの
DNAおよびRNA
PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
A区分糞便、腸管内容物、 ルーメン液 採便容器(保存液なし) もしくは気密性の高い容器 0.2~0.5 g採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送
採便容器(保存液あり)採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可
B区分A区分以外
(口腔内容物(唾液、プラーク)、
皮膚拭取物など)
スワブ メタフロキーパー(皮膚) 1.5mLチューブなど 0.2~1m L
(唾液)
唾液、舌苔、口腔粘膜、プラークを採取し、 速やかに冷凍保存、冷凍輸送
綿棒やコットンなどで広範囲を拭き取った検体は、極少量の適切な溶液(PBS、生理食塩水、滅菌水など)に移し、速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。
DNA抽出物濃度 5 ng/µL 総量 30 µL以上 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

生体由来検体の返送

ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。

作業内容容器サイズ(内寸)単位価格
生体由来検体返送(冷凍10サイズ230 mm×230 mm×200 mm39,650円
追加1個+9,750円
50サイズ320 mm×450 mm×350 mm56,550円
追加1個+29,250円

作業の流れ

※RNA抽出では核酸抽出、RNA精製、RT-PCRを行います。

RNAに関する補足

 DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。
 一方、RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

仕 様

対象微生物細菌・アーキア※1菌類
解析領域16S rDNA V3 ~ V4領域ITS2
リード長細菌 約430 bp / アーキア 約380 bp約350 bp
データベース※2RDP、およびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」RDP
解析対象DNA/RNADNA
リード数※31万リード以上/検体
解析機種次世代シーケンサー(NGS)
MiSeq(Illumina)

※1 糞便、腸管内容物は細菌・アーキア一括プライマーを推奨します。
(技術情報 『糞便検体の細菌・アーキア一括プライマー』をご参照下さい)
※2 RDP (Ribosomal database project) は公共の解析データベースです。
※3 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
シーケンスデータfastaファイル、fastqファイル
菌叢解析データcsvファイル
各種グラフhtmlファイル
  • ドーナツグラフ
  • 解析例
  • 検体間比較グラフ
  • クラスター解析
  • 主成分分析

 

検体の菌叢を構成する帰属分類群を界(内側)~属または種(外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。

 

 
全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

価格・納期

  • 細菌・アーキア
  • 菌類

区分試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期:DNA解析※1目安納期:RNA解析※2
A区分アンプリコンシーケンス解析 (細菌)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
アンプリコンシーケンス解析 (アーキア)
【16S】
【DNA ・ RNA】
1~24検体
32,000円
24営業日~29営業日~
25~48
25,000円
49~72
22,000円
73~96
20,000円
97~
18,000円
1検体
16,000円
長納期
40営業日~
長納期
45営業日~
B区分アンプリコンシーケンス解析 (細菌)
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
アンプリコンシーケンス解析 (アーキア)
【16S】
【DNA ・ RNA】
1~24検体
45,000円
27営業日~32営業日~
25~48
35,000円
49~72
30,000円
73~96
26,000円
97~
24,000円
1検体
20,000円
長納期
40営業日~
長納期
45営業日~

区分試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期:DNA解析※1
A区分アンプリコンシーケンス解析
【ITS2】
【DNA】
1~24検体
32,000円
24営業日~
25~48
25,000円
49~72
22,000円
73~96
20,000円
97~
18,000円
1検体
16,000円
長納期
40営業日~
B区分アンプリコンシーケンス解析
【ITS2】
【DNA】
1~24検体
45,000円
27営業日~
25~48
35,000円
49~72
30,000円
73~96
26,000円
97~
24,000円
1検体
20,000円
長納期
40営業日~

※1 細菌・アーキア、菌類を同時に解析する場合には、DNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000円を減額します。
※2 細菌・アーキア、菌類を同時に解析する場合には、納期は+5営業日の追加になります。
※3 RNAの場合、RNA抽出~RT-PCR費用として+16,000円の追加費用が必要です。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ DNAとRNAを両方とも解析する場合には、解析費用は2倍になります。
・ メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

[icon name=”hand-o-down” class=”” unprefixed_class=””] 生体区分Aの依頼書はコチラ

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

[icon name=”hand-o-down” class=”” unprefixed_class=””] 生体区分Bの依頼書はコチラ

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。