細菌 DNA塩基配列解析・分子系統解析(16S rDNA)

特 長

※16S rDNA‐500(BLAST)は国際塩基配列データベースとの相同性検索結果の報告のみとなります。

概 要

 細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bpの部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列 (Full) を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属種・近縁種の同定に優れます。特に、細菌を特許寄託する場合や新種提唱する場合には、1,300 bp以上のDNA塩基配列長による解析が必要となります。
 新種提唱などの論文投稿では、分子系統解析が必須となることがあります。当社では近隣結合法 (NJ;Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法に加え、最節約法 (MP ; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML ; Maximum Likelihood) による分子系統解析も対応可能です。

16S rDNA-500:

16S rDNAの上流側約500bpを決定し、解析します。細菌・放線菌の簡易的な近縁種の推定に有効 です。

16S rDNA-Full:

16S rDNAのほぼ全長(概ね1,400~1,500 bp)を決定し、解析します。 学会発表、特許取得などの 研究目的のお客様にお薦めいたします。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル・グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30 ng/µL 以上
量:50 µL 以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
PCR産物濃度:100 ng/µL 以上
量: 20 µL 以上
電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
(fasta ファイルなど )
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

作業の流れ

細菌 16Sr DNA-500

納品内容

試験項目報告内容付属データ
16S rDNA-500(BLAST)
16S rDNA-Full(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
16S rDNA-500
16S rDNA-Full
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位
・ 当社微生物同定データベース 照合結果の上位 30 位
・ 系統樹
・ 同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-500(考察付)
16S rDNA-Full(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位
・ 当社微生物同定データベース 照合結果の上位 30 位
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
 +同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)16S rDNA-500解析(考察付)

価格・納期

試験項目検体数単位単価 (通常)
(税抜)
単価 (特急)※1
(税抜)
目安納期
16S rDNA-500(BLAST) 1~8
14,000円
6営業日
9~16
12,000円
7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-500※21~8
19,000円
22,800円
8営業日
9~16
17,000円
20,400円
9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-500(考察付)1~8
22,000円
26,400円
9営業日
9~16
20,000円
24,000円
10営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(BLAST)1~8
28,000円
6営業日
9~16
26,000円
7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full※21~8
38,000円
45,600円
8営業日
9~16
34,000円
40,800円
9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(考察付) 1~8
41,000円
49,200円
9営業日
9~16
37,000円
44,400円
10営業日
17~お問い合わせ下さい

※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
※2 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくは「衛生管理向け微生物同定試験カタログ」をご覧いただくか、お問合せ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供いたします。

・ 形態観察は、検体の培養後、細菌、放線菌の顕微鏡写真を撮影し、観察結果を報告いたします。当社での培養確認が必須となります。
・ 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから、行うことも可能です。
・ 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応いたします。

試験項目報告内容単価
(税抜)
納期
配列比較
ご指定の微生物株の配列比較 (アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。
2株比較
+1,000円
+1営業日
3株比較
+2,000円
細菌形態観察
コロニーの色調、細胞形態・グラム染色性および芽胞形成能 (培養24~48h) を確認し、写真を撮影します。
7,000円
10営業日
放線菌形態観察
コロニー形態、色調、菌糸および胞子等の細胞形態を顕微鏡で確認し、撮影します。
13,000円
20営業日
簡易分子系統解析
当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。
考察なし 5,000円
5営業日
考察あり 8,000円
6営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析※3
(16S rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ法) による系統樹推定となります。
36,000円~
14営業日~

※3 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。

追加試験のご提案
試験終了後以下の追加試験をご提案可能です。詳細は各試験ページをご確認ください。

学名から、分離源、至適生育温度、抗生物質耐性などその菌種に関する性状を調べるためには、論文や専門書など多くの情報源を調査する必要があり、時間と手間がかかります。グラム染色性や… 続きを読む

機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子を指し、16S rDNA に比べて進化速度が速く多型であることが知られています。そのため、16S rDNA では… 続きを読む

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・機能性表示食品の届出のため作業手順書を発行する際は、発行費用 3,000円 (税抜)をご請求させていただきます。
・多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。