細菌 DNA塩基配列解析・分子系統解析(16S rDNA)

特 長

※ 16S rDNA‐500(BLAST)、ITS rDNA(BLAST)、26S rDNA-D1/D2(BLAST)は対象外となります。

概 要

細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bpの部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列 (Full) を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属種・近縁種の同定に優れます。

特に、細菌を特許寄託する場合や新種提唱する場合には、1,300 bp以上のDNA塩基配列長による解析が必要となります。
新種提唱などの論文投稿では、分子系統解析が必須となることがあります。

当社では近隣結合法 (NJ;Neig hb orJoining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法に加え、最節約法 (MP ; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML ; Maximum Likelihood) による分子系統解析も対応可能です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル・グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30 ng/µL 以上
量:50 µL 以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
PCR産物濃度:100 ng/µL 以上
量: 20 µL 以上
電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
(fasta ファイルなど )
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

作業の流れ

細菌 16Sr DNA-500

納品内容

試験項目報告内容付属データ
16S rDNA-500(BLAST)
16S rDNA-Full(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
16S rDNA-500
16S rDNA-Full
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位
・ 当社微生物同定データベース 照合結果の上位 30 位
・ 系統樹
・ 同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-500(考察付)
16S rDNA-Full(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位
・ 当社微生物同定データベース 照合結果の上位 30 位
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
 +同定結果+帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

16S rDNA-500と16S rDNA-Fullの違い

16S rDNA-500:16S rDNAの上流側約500bpを決定し、解析します。
16S rDNA-Full:16S rDNAのほぼ全長(概ね1,400~1,500 bp)を決定し、解析します。

試験項目活用できる分野長所短所
16S rDNA-500品質管理、衛生管理・最小限のシーケンス数でコスト安
・属及び近縁種の同定が可能
・解析する塩基配列が短いため、同定の精度がやや劣る
・近縁種が複数候補にあがり、一つに絞り切れない場合 がある
16S rDNA-Full研究開発、特許取得、
学術研究、論文投稿など
・16S-500 よりも、解析する塩基配列が長いため、同定の精度が高い・複数のシーケンスが必要となり、コスト高

報告書サンプル

例)16S rDNA-500解析(考察付)

SAMPLE_16SrDNA-500(kousatsu_tsuki )houkokushoのサムネイル

価格・納期

試験項目検体数単位単価 (通常)
(税込)
単価 (特急)※1
(税込)
目安納期
16S rDNA-500(BLAST) 1~8
15,400円
6営業日
9~16
13,200円
7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-5001~8
20,900円
25,520円
8営業日
9~16
18,700円
22,660円
9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-500(考察付)1~8
24,200円
28,820円
9営業日
9~16
22,000円
25,960円
10営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(BLAST)1~8
30,800円
6営業日
9~16
28,600円
7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full※21~8
41,800円
51,040円
8営業日
9~16
37,400円
45,980円
9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(考察付) 1~8
45,100円
54,340円
9営業日
9~16
40,700円
49,280円
10営業日
17~お問い合わせ下さい

※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
※2 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくは「衛生管理向け微生物同定試験カタログ」をご覧いただくか、お問合せ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供いたします。

Edit
  • 形態観察は、検体の培養後、帰属種・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を顕微鏡観察および写真撮影し、観察結果を報告いたします。当社での培養確認が必須となります。
  • 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから、行うことも可能です。
  • 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応いたします。
試験項目報告内容単価
(税込)
納期
配列比較
ご指定の微生物株の配列比較 (アライメント) を行い、
相違箇所を明確にします。
2株比較
+1,100円
+1営業日
3株比較
+2,200円
細菌形態観察
コロニーの色調、細胞形態・グラム染色性
および芽胞形成能 (培養24~48h) を確認し、
写真を撮影します。
7,700円
8営業日
放線菌形態観察
コロニー形態、色調、菌糸
および胞子等の細胞形態を顕微鏡で確認し、
撮影します。
13,200円
20営業日
簡易分子系統解析
当社微生物同定システム「ENKI®」
により分子系統解析し、
帰属種・近縁種を推定します。
考察なし
5,500円
5営業日
考察あり
8,800円
6営業日
配列決定
+2,200円
+1営業日
分子系統解析※3
(16S rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、
検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定
および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を
用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。
報告は分子系統樹データを
「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、
近隣結合法 (NJ法) による系統樹推定となります。
シーケンス
+分子系統解析
70,400円~
20営業日~
分子系統解析のみ
39,600円~
14営業日~

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  • 機能性表示食品の届出のため作業手順書を発行する際は、発行費用 3,300円 (税込) をご請求させていただきます。
  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼・依頼書の入手

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。