細菌 DNA塩基配列・分子系統解析 (16S rDNA)

特 長

  • 日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
  • 基準株の配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、分子系統解析まで実施
  • 帰属・近縁種のバイオセーフティレベル付きのご報告
  • スクリーニングから新種提唱用論文データまで幅広く対応

※16S rDNA‐500(BLAST)は国際塩基配列データベースとの相同性検索結果の報告のみとなります。

概 要

細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bp程度の部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属・近縁種の同定に優れます。特に、細菌を特許寄託する場合や新種提唱する場合には、1,300bp以上のDNA塩基配列による解析が必要となります。

論文投稿などでは分子系統解析が必須となります。当社では近隣結合法(NJ;Neighbor Joining)のように距離行列(Distance matrix)による手法に加え、最節約法(MP;Maximum parsimony)や最尤法(ML;Maximum Likelihood)による分子系統解析も対応可能です。

16S rDNA-500:

16S rDNAの上流側約500bpを決定し、解析します。細菌・放線菌の簡易的な近縁種の推定に有効 です。

16S rDNA-Full:

16S rDNAのほぼ全長(概ね1,400~1,500 bp)を決定し、解析します。 学会発表、特許取得などの 研究目的のお客様にお薦めいたします。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかの選択が可能です。コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、連絡をいたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書に署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30ng/μl以上
量:50μl以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
PCR産物濃度:100ng/μl以上
量:20μl以上
電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

作業の流れ

細菌 16Sr DNA-500

  • 培養・純度確認
  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • シーケンス
  • 配列決定
  • 相同性検索
  • 系統解析

報告内容

製品名報告内容付属データ
16S rDNA-500(BLAST)
16S rDNA-Full(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ​
16S rDNA-500
16S rDNA-Full
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-500(考察付)
16S rDNA-Full(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
    + 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)16S rDNA-500解析(考察付)

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
目安納期
16S rDNA-500(BLAST) 1~816,000円6営業日
9~1615,000円7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-500 ※11~821,000円8営業日
9~1619,000円9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA-500(考察付)1~823,000円9営業日
9~1621,000円10営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(BLAST)1~829,000円6営業日
9~1627,000円7営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full ※11~839,000円8営業日
9~1635,000円9営業日
17~お問い合わせ下さい
16S rDNA‐Full(考察付) 1~842,000円9営業日
9~1638,000円10営業日
17~お問い合わせ下さい

※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もございます。詳しくはお問合せ下さい。
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

製品名納品内容単価
(税抜)
目安納期
配列比較ご指定の菌株の配列比較(アライメント)を行い、相違箇所を明確にします。2株比較
+1,000円
+1営業日~
3株比較
+2,000円
細菌 簡易形態観察コロニーの色調、細胞形態・グラム染色性
および芽胞形成能を確認し、写真を撮影します。
7,000円10営業日
放線菌 簡易形態観察コロニー形態、色調、菌糸か胞子等の
細胞形態を顕微鏡で確認し、撮影します。
13,000円20営業日
簡易分子系統解析当社微生物同定システム「ENKI ® 」により分子系統解析し、
帰属・近縁種を推定します。
考察なし
7,000円
5営業日
考察あり
9,000円
6営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析※2
(16S rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。
ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」で納品いたします。 なお、ご指定のない場合、近隣結合法(NJ法)による系統樹推定となります。
36,000円~14営業日~

※2 近隣結合法(NJ法)以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。
・ 簡易形態観察は、検体の培養後、細菌、放線菌の顕微鏡写真を撮影し、観察結果を各塩基配列解析報告書に追加報告いたします。
・ お手持ちのシーケンスデータ(ab1ファイル)や塩基配列テキストファイルから、簡易分子系統解析や分子系統解析を行うことも可能です。
・ 分子系統解析は、近隣結合法(NJ法)の他、最節約法(MP法)や最尤法(ML法)も対応いたします

追加試験のご提案
試験終了後以下の追加試験をご提案可能です。詳細は各試験ページをご確認ください。

菌種名をご指定いただくことで、グラム染色性や生育温度などの基本的な情報から、分離源、生育条件、病原性などのより詳細な性状まで、当社所蔵の文献などを使い調査します。ご希望の微生物種についての一般性状を調査するサービスです。分析・報告内容 ◇菌種名 ◇命名者… 続きを読む

推定された分類群によっては、機能遺伝子をもちいることでさらに分類群を絞り込める可能性があります。 新種提唱をはじめとする微生物分類学分野における細菌の分子系統解析では、16S rDNA 塩基配列に加え、機能遺伝子が用いられる例が増えています。機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺… 続きを読む

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

平板培養物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。

DNA抽出物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。