細菌DNA塩基配列・分子系統解析 (16S rDNA)

説明

DNA塩基配列を両鎖で解析し、得られたDNA塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して相同性検索を実施します。また、当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKIR」で簡易系統解析を行います。本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、細菌の同定に重要である基準株のDNA塩基配列データで構成されているため、高い精度で確実な帰属・近縁種の同定が可能です。

細菌の同定に一般的に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bp程度の部分DNA配列解析で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属・近縁種の同定に優れます。例えば、細菌を特許寄託する場合や新種提唱する場合、1,300 bp以上のDNA塩基配列による解析が必要となります。

論文投稿などでは分子系統解析が必須となります。当社では近隣結合法(NJ; Neighboor Joining)のように距離行列(Distance matrix)による手法に加え、最節約法(MP;Maximum Parsimony)や最尤法(ML;Maximum Likelihood)による分子系統解析も対応可能です。

試験内容

項目  概要
 16S rDNAー500  16S rDNAの上流側約500 bpを決定し、解析します。細菌・放線菌の簡易的な近縁種の推定に有効です。
 16S rDNAーFull  16S rDNAのほぼ全長(概ね1,400~1,500 bp)を決定し、解析します。学会発表、特許取得などの研究目的のお客様にお薦めいたします。

報告内容・報告書サンプル

項目 報告内容 参考データ
16S rDNA-500
16S rDNA-Full
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・ 系統樹 + 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティーレベル
・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
16S rDNA-500(考察付)
16S rDNA-Full(考察付)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・系統樹 + 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)+ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-500(シーケンス)
16S rDNA-Full(シーケンス)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位

例)16S rDNA-500解析(考察付)

価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
16S rDNA-500(シーケンス)  1~8 16,000円 6営業日
9~16 15,000円 7営業日
17~ お問合せ下さい。
16S rDNA-500※1 1~8 21,000円 8営業日
9~16 19,000円 9営業日
17~ お問合せ下さい。
16S rDNA-500(考察付) 1~8 23,000円 9営業日
9~16 21,000円 10営業日
17~ お問合せ下さい。
16S rDNAFull(シーケンス) 1~8 28,000円 6営業日
9~16 27,000円 7営業日
17~ お問合せ下さい。
16S rDNAFull※1 1~8 37,000円 8営業日
9~16 33,000円 9営業日
17~ お問合せ下さい。
16S rDNAFull(考察付)  1~8 39,000円 9営業日
9~16 35,000円 10営業日
17~ お問合せ下さい。

※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もございます。詳しくはお問合せ下さい。
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ご指定の株間での配列比較(2株間比較1,000円(税別)/式、3株間比較2,000円(税別)/式)も可能です。
ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

項目 報告内容 単価 目安納期
 簡易形態観察 コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
生育に適した培地による当社「培養確認」が必要です。
8,000円 10営業日
放線菌 簡易形態観察 コロニー形態、気菌糸、基底菌糸、細胞形態を顕微鏡で確認し、放線菌を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
ISP2寒天培地による当社「培養確認」が必要です。
15,000円 14営業日
簡易分子系統解析 お手持ちの塩基配列データを用いて当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属・近縁種を推定します。 考察あり:
10,000円
6営業日
考察なし:
8,000円
5営業日
分子系統解析※2
(16S rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属先を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」にて納品いたします。
なお、標準は「近隣結合法」による系統樹推定となります。
36,000円~ 14営業日~

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ Rapid解析は、一度にお受けできる検体数は、1依頼あたり8株までです。
純粋培養された検体に限り直接試験を実施します。(混釈培養物、液体培養物は即時解析できません。平板塗抹による純粋培養物を用意ください。)
DNA検体およびPCR産物では依頼をお受けできません。
・ コンタミネーションにより単離や、当社での再培養を行う必要(常用培地、好気培養以外)がある検体は、別途有償での作業が必要となります。
・ 試験開始前の培養確認および純粋性で疑義が生じ、単離・培養を行う場合、これらの培養・単離は認定試験所の認定外の作業となります。
・ 印刷物報告書による報告に限ります。PDF報告書は発行いたしません。また、報告書のWordファイルの提供はいたしません。
・ 中間報告および分離源情報などは参考情報であり、認定範囲外のため、別印刷物での提供となります。
・ 分類群によっては、帰属・近縁種の同定が困難なことがあります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。