T-RFLPフローラ解析 (MN法)
特 長
- T-RFLPフローラ解析(Nagashima法)を継承し、1種類の制限酵素による細菌叢解析
- 培養を介さず検体のDNAを直接解析するため、難培養微生物も検出可能
- Bifidobacterium 属,Bacteroides 属など主要な分類群 をOTU化、各分類群の構成比率を比較可能
- 安価で迅速なMN-1法と、追加解析にも対応可能なMN-2法をご用意
- MN法の結果は、、アンプリコンシーケンスの結果と正の相関
概 要
T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) は、末端蛍光標識したプライマーセットで
PCR増幅したDNAを制限酵素処理後、その断片多型 (検出される蛍光ピークの数、強度と分子量) から細菌叢を推定します。
微生物の分類体系がDNA塩基配列の差異と関係すること、それが制限酵素の切断パターンとして現れることを利用しています。
MN法はNagashima法1,2)を改変し、ヒト腸内細菌叢に特化した解析手法です。得られた断片多型をBifidobacterium 属、Bacteroides 属などヒト腸内細菌叢の主要な分類群としてOTU (Operational Taxonomic Unit) 化し、その構成比率を一覧表およびバーチャートとして出力します。
抽出DNAを未精製のまま解析するMN-1法、抽出DNAを精製後に解析するMN-2法の2種類があります。
参考文献
1) Nagashima K, Hisada T, Sato M, Mochizuki J. Application of new primer-enzyme combinations to terminal restriction fragment length polymorphism profiling of bacterial populations in human feces. Appl Environ Microbiol 2003;69:1251-1262.
2) Nagashima K, Mochizuki J, Hisada T, Suzuki S, Shimomura K. Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling. Bioscience and Microflora 2006;25:99-107.
| 試験項目 | 概要 |
|---|---|
| MN-1法※1 | 当社糞便採取容器「ブラシ型」に特化した、安価で迅速な解析サービスです。DNA 抽出物の 精製工程を経ないため、DNA 抽出物の返送や追加試験 ( 他の解析サービス) はご利用いただけません。 |
| MN-2法※2 | 当社糞便採取容器「ブラシ型」以外の容器にも対応した解析サービスです。使用可能な糞便採取容器の種類は、「価格・納期」の項をご参照ください。 DNA 精製まで行うため、DNA 抽出物の返送や追加試験もご利用いただけます。 |
※1 DNA 抽出物の返送や追加試験をご希望の方は、MN-2 法をご選択ください。
※2 「ブラシ型」でMN-2 法を行う場合には秤量ができません。そのため、リアルタイムPCR の追加試験はできません。
受入可能な検体
| 検体区分 | 検体の種類 | 由来 | 対象 |
|---|---|---|---|
| A区分 | 糞便 | ヒト | 細菌のDNA |
必要検体量・送付方法
| 試験項目 | 受け入れ可能な形状 | 必要量 | 留意点および送付方法 |
|---|---|---|---|
| MN-1 法 | 糞便採取容器 ブラシ型 ( 保存液あり) | ー | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 |
| MN-2 法 | |||
| ブラシ型／保存液あり (FS-0001、FS-0006) ブラシ型ロング／保存液あり (FS-0013、FS-0014) スプーン型／保存液あり (FS-0002、FS-0007) メタボロキーパー(FS-0015) | ー | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 | |
| スプーン型／保存液なし (FS-0003、FS-0008) 気密性の高い容器 (凍結糞便) | 0.2～0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
糞便検体の返送
| 項目 | 容器サイズ(内寸) | 単位 | 価格(税込) | |
|---|---|---|---|---|
| 生体由来検体返送(冷凍) | 10サイズ | 230mm×230mm×200mm | 1個 | 42,460円 |
| 追加 1個 | +15,015円 | |||
| 50サイズ | ||||
| 320mm×450mm×350mm | 1個 | 73,370円 | ||
| 追加 1個 | +44,770円 | |||
作業の流れ
MN-1法(DNA精製なし)
- DNA抽出
- 蛍光標識したプライマーで PCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
MN-2法(DNA精製あり)
- DNA抽出
- DNA精製
- 蛍光標識したプライマーで PCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
仕 様
納品内容
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| 各OTUのピーク面積比、グラフ | Excelファイル |
報告サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税込） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| T-RFLPフローラ解析 (MN-1法) | 1 | 検体 | 12,100円 | 14営業日 |
9,900円 | 長納期 20営業日～ |
|||
| T-RFLPフローラ解析 (MN-2法) | 1 | 検体 | 14,300円 | 15営業日 |
12,100円 | 長納期 21営業日～ |
ご依頼前の同意事項
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