T-RFLPフローラ解析（MN-1法）
特 長
- Bifidobacterium属, Bacteroides属など主要な分類群 をOTU化、各分類群の構成比率を一目で比較可能
- アンプリコンシーケンス解析のプレ試験として利用可能
概 要
T-RFLPフローラ解析 (MN-1法) は従来のNagashima法※を改変し、ヒト腸内に特化した腸内細菌叢（目～属レベル (>0.1-1%)）の解析手法です。
検体中のヒト腸内細菌叢の主要な分類群 (Bifidobacterium属, Bacteroides属など) をOTUとして解析し、各OTUにおける構成比率を一覧表および積み上げ棒グラフで示します (報告サンプル参照)。各分類群の構成比率が一目で分かり、容易に検体間の細菌叢を比較できます。
ヒト腸内細菌叢の主要な分類群の構成比率について、MN-1法とアンプリコンシーケンス解析には高い相関があります。この特徴を活かし、アンプリコンシーケンス解析のプレ試験（被験者スクリーニング）としての利用が可能です。
受入可能な検体
| 由来 | 検体の種類 |
|---|---|
| ヒト | ヒト糞便 |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類※1 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
|---|---|---|---|---|
| ヒト糞便 | 採便容器ブラシ型(保存液あり)※2 | ー | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 | |
| 採便容器(保存液なし) もしくは 気密性の高い容器 | 0.2～0.5g | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 | ||
※1 血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。
※2 採便容器スプーン型(液あり)で、ご依頼の場合、別途DNA濃度確認作業(有償)が必要となります。
糞便検体の返送
| 項目 | 容器サイズ(内寸) | 単位 | 価格 |
|---|---|---|---|
| 糞便検体返送(冷凍) | 最大：500mm×500mm×450mm | 1個 | 43,000円～ |
作業の流れ
- DNA抽出
- [オプション]DNA精製
- 蛍光標識したプライマーで PCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
DNA精製作業の選択ガイド
MN-1法は、精製DNA(有償)での試験も実施可能です。用途にあわせて、ご選択ください。
| DNA精製作業 | 用途 |
|---|---|
| 精製なし | 本試験を検討するプレテストとして利用するなど、追加試験がなく、MN-1法で試験を完結する場合 |
| 精製あり | 追加試験(アンプリコンシーケンス解析やリアルタイムPCR解析※など)を検討している場合 |
※ 当社保存液入りの採便容器は、は、リアルタイムPCR解析などの定量試験には使用できません。
仕 様
DNAシーケンサーで検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のT-RFLP解析を行います。
納品内容
| OTUピーク面積比 | 形式 |
|---|---|
| OTUのピーク面積比 | Excelファイル |
| 菌叢を示すグラフ | Excelファイル |
| 検体比較のクラスター | pdfファイル |
報告サンプル
価格・納期
| 製品名 | 検体数 | 単位 | 採便容器の種類※1 | 単価 （税抜） | 納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| T-RFLPフローラ解析 (MN-1法) | 1 | 検体 | ・当社採便容器（ブラシ型） ・当社採便容器（スプーン型／保溶液なし） ・気密性の高い容器 | 11,000円 | 14営業日～ |
| ・採便容器（スプーン型／保溶液あり）※2 | 13,000円 | 15営業日～ | |||
| ・当社採便容器（ブラシ型） ・当社採便容器（スプーン型／保溶液なし） ・気密性の高い容器 | 8,000円 | 長納期 20営業日～ |
|||
| ・採便容器（スプーン型／保溶液あり）※2 | 10,000円 | 長納期 21営業日～ |
|||
| 《オプション》 | |||||
| DNA精製作業 | 1 | 検体 | ー | 2,000円 | +1営業日 |
※1 均一化のための糞便の混練作業です。別途、処分費が必要となることがあります。詳細は当社までお問い合わせ下さい。
※2 同一検体を複数の容器でお送りいただき、それらをまとめて秤量する場合、混練作業が必要な場合があります。
〈オプション〉データ解析
- クラスター解析でクラスターもしくはカラーヒートマップを作成可能
- 主成分分析を用いてデータの相違を散布図で可視化
価格・納期
- クラスター解析
フラグメントパターンを数値化し、類似度による集落（クラスター）を作成する方法です。クラスタリング方法のご選択は可能です。（Ward法、群平均法(UPGMA)）。
- 主成分分析
多くの変数に重み（ウェイト）をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。主成分分析（表示方法：二次元）
- 群間の比較
複数検体の群分けされた情報を元に群毎の比較を行う方法です。2群間の比較（マン・ホイットニーのU検定、対応のあるt検定からご選択下さい。）
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| 当社より納品したT-RFLP解析のOTUテーブル | Excelファイル |
納品内容
| 製品名 | 報告内容 | 形式 |
|---|---|---|
| クラスター解析 | 検体の類似度を示すクラスター画像 | pdf、jpg、tiffファイル |
| 主成分分析 | 検体の類似度を示す主成分画像 | |
| 群間比較 | 群毎の類似度を示すクラスター画像 |
仕様
| オプション名 | 解析ソフトウェア | 形式 |
|---|---|---|
| OTUピーク面積比 | R(1)またはJMP | クラスター解析により検体間の比較をします。 |
| 主成分分析 | 主成分分析により検体間の比較をします。 | |
| 群間比較 | 群間比較により群の比較をします。 |
（1） R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.
報告サンプル
価格・納期
| 製品名 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 納期 |
|---|---|---|---|---|
| クラスター解析 | ～29 | 検体 | 5,000円 | 8営業日 |
| 30～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい | |
| 主成分分析 | ～29 | 検体 | 5,000円 | 8営業日 |
| 30～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい | |
| 群間比較 | ～29 | 検体 | 5,000円 | 8営業日 |
| 30～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい |
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・本試験は、論文投稿を前提とした試験ではありません。
・ 追加試験を実施する場合、改めてDNA 抽出作業を行う必要があります。
・ 分析終了後のDNA抽出物について：未精製DNAをテンプレートとするダイレクトPCR法を採用しているため、経時的にDNA分解が予想されます。そのため、未精製DNA抽出物は返却することができませんので予めご了承ください。DNA抽出物のご返送を事前にご要望されるお客様は、オプション追加としてDNA精製作業（有償）が必要となります。
ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。