T-RFLPフローラ解析 (MN法)
特 長
- Bifidobacterium 属,Bacteroides 属など主要な分類群 をOTU化、各分類群の構成比率を一目で比較可能
- 安価で迅速な腸内細菌叢解析 (MN-1法)
- アンプリコンシーケンス解析のプレ試験として利用可能
- ヒト腸内細菌叢解析に特化
概 要
T-RFLPフローラ解析 (MN法) は従来のNagashima法1)、2)を改変し、ヒト腸内細菌叢に特化(目～属レベル (>0.1-1 %)） した解析手法です。検体中のヒト腸内細菌叢の主要な分類群 (Bifidobacterium 属、Bacteroides 属など) をOTUとして解析し、その構成比率を一覧表および積み上げ棒グラフで示します (報告サンプルをご参照下さい)。各分類群の構成比率が直感的、かつ容易に検体間比較できます。
ヒト腸内細菌叢の主要な分類群の構成比率について、MN-2法はアンプリコンシーケンス解析と高い相関があります。この特徴を活かし、アンプリコンシーケンス解析のプレ試験 (被験者スクリーニング) としても利用が可能です。
抽出したDNAを未精製のまま解析するMN-1法、DNA精製の工程を含むMN-2法があります
| 試験項目 | 概要 |
|---|---|
| MN-1法 | 当社製品のブラシ型の採便容器を用い、DNA精製を行わないことで、安価で迅速に解析することに特化した製品です (ブラシ型の採便容器以外での解析やDNA抽出物の返送、およびアンプリコンシーケンス解析とのデータ比較、リアルタイムPCR解析や理化学分析など追加試験がないことが前提となります)。 |
| MN-2法 | 様々な採便容器に対応した製品です。DNA精製の工程を含むため、アンプリコンシーケンス解析、リアルタイムPCR解析などの追加試験の実施やDNA抽出物 (精製物のみ) の返送も可能です (凍結糞便は理化学分析も可能です)。 |
参考文献
1) Nagashima K, Hisada T, Sato M, Mochizuki J. Application of new primer-enzyme combinations to terminal restriction fragment length polymorphism profiling of bacterial populations in human feces. Appl Environ Microbiol 2003;69:1251-1262.
2) Nagashima K, Mochizuki J, Hisada T, Suzuki S, Shimomura K. Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling. Bioscience and Microflora 2006;25:99-107.
『Nagashima 法』に関する詳細は、当社特設ホームページをご参照下さい。
受入可能な検体
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|---|
| A区分：糞便検体 | ヒト | ヒト糞便 | 細菌のDNA |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
|---|---|---|---|---|
| A区分-ヒト糞便 | 採便容器ブラシ型(保存液あり) | 0.2～0.5 g | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 | |
| 採便容器(保存液なし) もしくは 気密性の高い容器 | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 | |||
| 血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。 | ||||
糞便検体の返送
ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。
| 作業内容 | 容器サイズ(内寸) | 単位 | 価格 | |
|---|---|---|---|---|
| 生体由来検体返送（冷凍） | 10サイズ | 230 mm×230 mm×200 mm | 個 | 39,650円 |
| 追加1個 | ＋9,750円 | |||
| 50サイズ | 320 mm×450 mm×350 mm | 個 | 56,550円 | |
| 追加1個 | ＋29,250円 | |||
作業の流れ
MN-1法
- DNA抽出
- 蛍光標識したプライマーで PCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
MN-2法
- DNA抽出
- DNA精製
- 蛍光標識したプライマーで PCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
仕 様
DNAシーケンサー (ABI PRISM 3500xl DNA Genetic Analyzer)で検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のT-RFLP解析を行います。
追加のデータ解析 (クラスター分析、主成分分析、群間比較 (箱ひげ図) ) につきましては、データ解析の章をご参照下さい。
納品内容
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| 各OTUのピーク面積比、グラフ | Excelファイル |
報告サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 採便容器の種類 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| T-RFLPフローラ解析 (MN-1法) | 1 | 検体 | 採便容器 (ブラシ型／保存液あり) | 11,000円 | 14営業日 |
9,000円 | 長納期 20営業日～ |
||||
| T-RFLPフローラ解析 (MN-2法) | 1 | 検体 | ブラシ型／保存液あり (FS-0001、FS-0006) ブラシ型ロング／保存液あり (FS-0013、FS-0014) スプーン型／保存液あり (FS-0002、FS-0007) スプーン型／保存液なし (FS-0003、FS-0008) 気密性の高い容器 (凍結糞便) | 13,000円 | 15営業日 |
11,000円 | 長納期 21営業日～ |
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・T-RFLP解析 Nagashima法とは解析手法が異なるため両手法間の厳密なデータの比較はできません。
・本試験は、論文投稿を前提とした試験ではありません。
・ 追加試験を実施する場合、改めてDNA 抽出作業を行う必要があります。
・ 分析終了後のDNA抽出物について：未精製DNAをテンプレートとするダイレクトPCR法を採用しているため、経時的にDNA分解が予想されます。そのため、未精製DNA抽出物は返却することができませんので予めご了承ください。DNA抽出物のご返送を事前にご要望されるお客様は、オプション追加としてDNA精製作業（有償）が必要となります。
分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
