T-RFLPフローラ解析(MN-1法)

特 長

概 要

T-RFLPフローラ解析 (MN-1) 従来のNagashima改変ヒト腸内に特化し腸内細菌叢(~属レベル (>0.1-1%))の解析手法す。 
検体中のヒト腸内細菌叢の主要な分類群 (BifidobacteriumBacteroides属など) OTUとして解析し、各OTUにおける構成比率を一覧表および積み上げ棒グラフでします (報告サンプル参照)。各分類群の構成比率が一目で分かり、容易に検体間の細菌叢比較できます。 
ヒト腸内細菌の主要分類群の構成比率について、MN-1アンプリコンシーケンス解析には高い相関あります。この特徴を活かしアンプリコンシーケンス解析のプレ試験(被験者スクリーニング)としての利用が可能です。

受入可能な検体

由来検体の種類
ヒトヒト糞便

必要検体量・送付方法

検体の種類※1必要量留意点および送付方法
ヒト糞便採便容器ブラシ型(保存液あり)※2採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可
採便容器(保存液なし)
もしくは
気密性の高い容器
0.2~0.5g採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送

※1 血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。
※2 採便容器スプーン型(液あり)で、ご依頼の場合、別途DNA濃度確認作業(有償)が必要となります。

糞便検体の返送

項目容器サイズ(内寸)単位価格
糞便検体返送(冷凍)最大:500mm×500mm×450mm1個43,000円~

作業の流れ

DNA精製作業の選択ガイド

MN-1法は、精製DNA(有償)での試験も実施可能です。用途にあわせて、ご選択ください。

DNA精製作業用途
精製なし本試験を検討するプレテストとして利用するなど、追加試験がなく、MN-1法で試験を完結する場合
精製あり追加試験(アンプリコンシーケンス解析やリアルタイムPCR解析など)を検討している場合​

※ 当社保存液入りの採便容器は、は、リアルタイムPCR解析などの定量試験には使用できません。

仕 様

DNAシーケンサーで検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のT-RFLP解析を行います。

納品内容

OTUピーク面積比形式
OTUのピーク面積比Excelファイル
菌叢を示すグラフExcelファイル
検体比較のクラスターpdfファイル

報告サンプル

価格・納期​

製品名検体数単位採便容器の種類単価
(税抜)
納期
T-RFLPフローラ解析
(MN-1法)
1検体・当社採便容器(ブラシ型)
・当社採便容器(スプーン型/保溶液なし
・気密性の高い容器
11,000円14営業日~
・採便容器(スプーン型/保溶液あり13,000円15営業日~
・当社採便容器(ブラシ型)
・当社採便容器(スプーン型/保溶液なし
・気密性の高い容器
8,000円長納期
20営業日~
・採便容器(スプーン型/保溶液あり10,000円長納期
21営業日~
《オプション》
DNA精製作業1検体2,000円+1営業日

〈オプション〉データ解析

価格・納期​

フラグメントパターンを数値化し、類似度による集落(クラスター)を作成する方法です。クラスタリング方法のご選択は可能です。(Ward法、群平均法(UPGMA))。

多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。主成分分析(表示方法:二次元)

複数検体の群分けされた情報を元に群毎の比較を行う方法です。2群間の比較(マン・ホイットニーのU検定、対応のあるt検定からご選択下さい。)

受入可能な検体

検体の種類形式
当社より納品したT-RFLP解析のOTUテーブルExcelファイル

納品内容

製品名報告内容形式
クラスター解析検体の類似度を示すクラスター画像pdf、jpg、tiffファイル
主成分分析検体の類似度を示す主成分画像
群間比較群毎の類似度を示す箱ひげ図画像

仕様

オプション名解析ソフトウェア形式
OTUピーク面積比R(1)またはJMPクラスター解析により検体間の比較をします。
主成分分析主成分分析により検体間の比較をします。
群間比較群間比較により群の比較をします。

(1) R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.

報告サンプル

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期
クラスター解析~29 検体5,000円8営業日
30~検体3,000円お問い合わせ下さい
主成分分析~29 検体5,000円8営業日
30~検体3,000円お問い合わせ下さい
群間比較~29 検体5,000円8営業日
30~検体3,000円お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・T-RFLP解析 Nagashima法と解析手法が異なるため両手法間厳密なデータ比較はできません。 
本試験は、論文投稿を前提とした試験ではありません。
・ 追加試験を実施する場合、改めてDNA 抽出作業を行う必要があります。
分析終了後のDNA抽出物について:未精製DNAをテンプレートとするダイレクトPCR法を採用しているため、経時的DNA分解が予想されます。そのため、未精製DNA抽出物返却することができませんので予めご了承ください。DNA抽出物のご返送を事前にご要望されるお客様は、オプション追加としてDNA精製作業(有償)が必要となります。 

分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

依頼書ダウンロード

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。