T-RFLPフローラ解析 (MN法)

特 長

概 要

T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) は、末端蛍光標識したプライマーセットで
PCR増幅したDNAを制限酵素処理後、その断片多型 (検出される蛍光ピークの数、強度と分子量) から細菌叢を推定します。
微生物の分類体系がDNA塩基配列の差異と関係すること、それが制限酵素の切断パターンとして現れることを利用しています。
MN法はNagashima法1,2)を改変し、ヒト腸内細菌叢に特化した解析手法です。得られた断片多型をBifidobacterium 属、Bacteroides 属などヒト腸内細菌叢の主要な分類群としてOTU (Operational Taxonomic Unit) 化し、その構成比率を一覧表およびバーチャートとして出力します。
抽出DNAを未精製のまま解析するMN-1法、抽出DNAを精製後に解析するMN-2法の2種類があります。

試験項目概要
MN-1法※1当社糞便採取容器「ブラシ型」に特化した、安価で迅速な解析サービスです。DNA 抽出物の 精製工程を経ないため、DNA 抽出物の返送や追加試験 ( 他の解析サービス) はご利用いただけません。
MN-2法※2当社糞便採取容器「ブラシ型」以外の容器にも対応した解析サービスです。使用可能な糞便採取容器の種類は、「価格・納期」の項をご参照ください。 DNA 精製まで行うため、DNA 抽出物の返送や追加試験もご利用いただけます。

※1  DNA 抽出物の返送や追加試験をご希望の方は、MN-2 法をご選択ください。
※2 「ブラシ型」でMN-2 法を行う場合には秤量ができません。そのため、リアルタイムPCR の追加試験はできません。

参考文献

1) Nagashima K, Hisada T, Sato M, Mochizuki J. Application of new primer-enzyme combinations to terminal restriction fragment length polymorphism profiling of bacterial populations in human feces. Appl Environ Microbiol 2003;69:1251-1262.

2) Nagashima K, Mochizuki J, Hisada T, Suzuki S, Shimomura K. Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling. Bioscience and Microflora 2006;25:99-107.

受入可能な検体

検体区分検体の種類由来対象
A区分糞便ヒト細菌のDNA

必要検体量・送付方法

試験項目受け入れ可能な形状必要量留意点および送付方法
MN-1 法糞便採取容器 ブラシ型 ( 保存液あり)採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可
MN-2 法
ブラシ型/保存液あり (FS-0001、FS-0006)
ブラシ型ロング/保存液あり (FS-0013、FS-0014)
スプーン型/保存液あり (FS-0002、FS-0007)
メタボロキーパー(FS-0015)
採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可
スプーン型/保存液なし (FS-0003、FS-0008)
気密性の高い容器 (凍結糞便)
0.2~0.5 g採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送

血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。

糞便検体の返送

項目容器サイズ(内寸)単位価格(税込)
生体由来検体返送(冷凍)10サイズ230mm×230mm×200mm1個42,460円
追加 1個+15,015円
50サイズ
320mm×450mm×350mm1個73,370円
追加 1個+44,770円

作業の流れ

MN-1法(DNA精製なし)

MN-2法(DNA精製あり)

仕 様

DNAシーケンサー (ABI PRISM 3500xl DNA Genetic Analyzer)で検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のT-RFLP解析を行います。
追加のデータ解析 (クラスター分析、主成分分析、群間比較 (箱ひげ図) ) につきましては、データ解析の章をご参照下さい。

納品内容

報告内容形式
各OTUのピーク面積比、グラフExcelファイル

報告サンプル

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税込)
目安納期
T-RFLPフローラ解析
(MN-1法)
1検体
12,100円
14営業日
9,900円
長納期
20営業日~
T-RFLPフローラ解析
(MN-2法)
1検体
14,300円
15営業日
12,100円
長納期
21営業日~

ご依頼前の同意事項

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