生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析(Metagenome＠KIN)
特 長
- 細菌・アーキアの16S rDNAは、RDP（Ribosomal database project）と微生物同定データベースの2種類で解析
- 微生物同定データベースは、BLASTのcut-of f条件を相同率97％からご指定の値に変更可能
- 3検体以上の場合は、クラスター分析および主成分分析まで実施
概 要
次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られた配列データの帰属分類群を推定するデータ解析です。
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ※ | fastqファイル |
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ※ (クオリティーフィルタリング、キメラチェック後) | fastaファイル |
※ 当社次世代シーケンサー「MiSeq」によるアンプリコンシーケンス解析を行っていないデータでの解析をご希望の場合には、お問い合わせ下さい。
作業の流れ
- プライマー配列の除去
- ペアエンド配列アッセンブル
- フィルタリングキメラチェック
- データベースによる相同性検索
- Metagenome＠KINによるデータ解析
仕 様
| 解析データベース | 推定可能な分類階級 | |
|---|---|---|
| 細菌・アーキア | RDP | 界～属 |
| テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」※ | 界～種 | |
| 菌類 | RDPのみ | 界～種 |
※国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援の下、当社の微生物同定システム「ENKI®」のために構築したオリジナルデータベースを、アンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしています。国際原核生物命名規約に基づく細菌・アーキア基準株由来の16SrDNAに加え、生態学的に重要な難培養微生物の配列も一部収録しています。また、アンプリコンシーケンス解析結果に反映できるよう当社独自に編集した配列名も収録しています。相同率97％での解析を推奨および標準設定としていますが、変更も可能ですのでお問い合わせ下さい。
納品内容・報告書サンプル※1
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| シーケンスデータ | プライマー配列の除去、ペアエンド結合、クオリティーの低い配列を除去した後のfasta形式の配列データです。 | fasta |
| ドーナツグラフ | 検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 (内側) ～種 (外側) へ一つの図として表示します。 | csv、html |
| 検体間比較グラフ | 分類階層ごとの帰属分類群の内訳を並べて表示します。 | csv、html |
| クラスター分析※2 | デンドログラムおよびヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 | png |
| 主成分分析※2 | 主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 | csv、png、html |
※1 テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」による界～種レベルの解析例です。
※2 群平均法 (UPGMA) およびピアソンの相関係数によるクラスター分析および主成分分析となります。論文投稿を前提とした解像度ではあり
ません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解
析」をご利用下さい。
検体の菌叢を構成する帰属分類群を界（内側）～属または種（外側）へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
価格・納期
| 試験項目 | 解析データベース | 検体数 | 単位 | 単価 （税込） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| アンプリコン シーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN) | RDP | 1～5 | 検体 | 4,400円 | 8営業日 |
| 6～ | 検体 | 2,200円 | お問い合わせ下さい | ||
| テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」 | 1～5 | 検体 | 4,400円 | 8営業日 | |
| 6～ | 検体 | 2,200円 | お問い合わせ下さい | ||
| RDPおよび テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」 | 1～5 | 検体 | 6,600円 | 10営業日 | |
| 6～ | 検体 | 3,300円 | お問い合わせ下さい |
※当社でシーケンスおよび解析を実施したデータの再解析費用は、定価の25％引きとなります。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
- ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
ご依頼、依頼書の入手
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。