生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析 (RDP、微生物同定データベース)
特 長
- 細菌・アーキア16S rDNAは、当社微生物同定データベースとRDP（Ribosomal database project）の2種類で解析
- 最新版データベース（標準仕様）は、ほぼ最新の分類体系を反映（1つ前のバージョンも選択可）
- 微生物同定データベースは、BLASTのcut-off条件を相同率97％からご指定の値に変更可能
- クラスター分析および主成分分析はMetagenome@KIN (株式会社ワールドフュージョン) を用いて解析
- 過去のシーケンスデータを再解析することも可能
概 要
次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られたデータ (各配列) の帰属分類群を推定するためのデータ解析です。検体の種類によってはRDPによる解析、あるいはテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」の両方を用いた解析が好ましいこともあります。
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ※1 | fastqまたはfastaファイル |
※1 当社次世代シーケンサー「MiSeq」によるアンプリコンシーケンス解析を行っていないデータでの解析をご希望の場合には、お問い合わせ下さい。
作業の流れ
- プライマー配列除去
- ペアエンド配列アッセンブル
- フィルタリングキメラチェック
- データベースによる相同性検索
- Metagenome＠KINによるデータ解析
仕 様
| 解析データベース | 推定可能な分類階級 | 解析ソフトウェア | |
|---|---|---|---|
| 細菌・アーキア | RDP 最新版「ver. 2.13」 旧版「ver. 2.11」 から選択 | 界～属 | Metagenome＠KIN |
| テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」※2 最新版「NGS-DB-BA 16.0」 旧版「DB-BA 13.0」 から選択 | 界～種 | ||
| 菌類 | RDPのみ 最新版「ver. 2.13」 旧版「ver. 2.11」 から選択 | 界～種 | |
※旧版での解析は2021年5月以前に解析したデータと比較を行う方が対象となります。お手元の報告書に記載のデータベースのバージョンをご確認下さい。
データベースの特徴
| データベース | 内容 | 分類群の推定精度 |
|---|---|---|
| RDP: Multiclassifier | RDPによる帰属分類群の推定を行います。検体ごとに各分類群と配列数を表記いたします。検体ごとの菌群数をもとに界～属レベルのドーナツグラフを作成します。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います。 | 界～属 |
| テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※2 | 当社微生物同定データベースによる相同性検索を行います。検体ごとに各菌群名と配列数を表記いたします。 検体ごとの菌群数をもとに界～種レベルのドーナツグラフを作成いたします。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います。 | 界～種 |
※2 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援により当社が構築した「微生物同定データベース」は、帰属分類群の推定に重要である基準株やタイプ由来株などのDNA配列データで構成されており、当社の微生物同定システム「ENKI®」にも使用されています。本データベースにおけるBLASTのcut-off条件は、相同率97％となっておりますが、この他の相同率の設定も可能ですのでお問い合わせ下さい。ただし、相同率が低い場合にヒットした細菌種は、最近縁種となりますので予めご留意下さい。
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| シーケンスデータ | プライマー配列の除去、ペアエンド結合、クオリティーの低い配列を除去した後のfasta形式の配列データです。 | fastaファイル、fastaqファイル |
| ドーナツグラフ | 検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 (内側) ～種 (外側) へ一つの図として表示します。 | csv、html |
| 検体間比較グラフ | 分類階層ごとの帰属分類群の内訳を並べて表示します。 | csv、html |
| クラスター分析※3 | デンドログラムおよびヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 | png |
| 主成分分析※3 | 主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 | csv、png、html |
※3 群平均法 (UPGMA) およびピアソンの相関係数によるクラスター分析および主成分分析となります。論文投稿を前提とした解像度ではありません。
論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
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検体の菌叢を構成する帰属分類群を界（内側）～属または種（外側）へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。 |
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| 全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。 |
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| デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。 |
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| 主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 |
※4 テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」による界～種レベルの解析例です。
※5 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。
価格・納期
| 試験項目 | 解析データベース | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンスデータ解析 | RDP | 1～5 | 検体 | 4,000円 | 8営業日 |
| 6～ | 検体 | 2,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」 | 1～5 | 検体 | 4,000円 | 8営業日 | |
| 6～ | 検体 | 2,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| RDPおよび テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」 | 1～5 | 検体 | 6,000円 | 10営業日 | |
| 6～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい |
※当社でシーケンスおよび解析を実施したデータの再解析費用は、定価の25％引きとなります。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
