生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析／RDP,微生物同定データベース
特 長
- 細菌・アーキア16S rDNAは、当社微生物同定データベースとRDP（Ribosomal database project）の2種類で解析
- BLASTのcut-off条件を相同率97％から自由に変更可能
- クラスター解析および主成分分析はMetagenome@KIN（株式会社ワールドフュージョン）を用いて解析
概 要
アンプリコン解析より得られたデータ（各配列）の帰属分類群を推定するための解析です。検体の種類によってはRDPによる解析、あるいは当社「微生物同定データベース」の両方を用いた解析が好ましいこともあります。
受入可能な検体
| 検体の種類 | 形式 |
|---|---|
| シーケンスデータ | fastqまたはfastaファイル |
作業の流れ
- ペアエンド配列・アッセンブル
- フィルタリング・キメラチェック
- データベースによる相同性検索
- Metagenome＠KINによるデータ解析
仕 様
| 解析データベース | 解析ソフトウェア | |
|---|---|---|
| 細菌・アーキア | RDP、および当社「微生物同定データベース」 | Metagenome＠KIN |
| 菌類 | RDPのみ | |
データベースの特徴
| データベース | 内容 | 分類群の推定精度 |
|---|---|---|
| RDP: Multiclassifier | RDPによる帰属分類群の推定を行います。検体ごとに各分類群と配列数を表記いたします。検体ごとの菌群数をもとに界～属レベルのドーナツグラフを作成します。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※2。 | 界～属 |
| テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※1 | 当社微生物同定データベースによる相同性検索を行います。検体ごとに各菌群名と配列数を表記いたします。 検体ごとの菌群数をもとに界～種レベルのドーナツグラフを作成いたします。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※3。 | 界～種 |
納品内容・報告書サンプル
| 報告内容 | 形式 |
|---|---|
| シーケンスデータ | fastaファイル、fastaqファイル |
| 菌叢解析データ | csvファイル |
| 各種グラフファイル | htmlファイル |
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各検体で得られたDNA 塩基配列の帰属分類群を界、門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。 異なる分類階層（門～属または種レベル）の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。 |
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・ 当社「微⽣物同定データベース」による界〜種レベルの解析例です。RDP では、界〜属レベルの解析結果をご報告いたします。 |
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| RDP では界～属レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種～門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮、土壌、汚泥、河川水の計6 検体を種レベルで比較した結果を示します。 |
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| デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層（種（属）～門レベル） ごとに作成されます。 |
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| 主成分の二次元プロット画像が階層（分類階級）ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。 |
価格・納期
| 製品名 | 解析データベース | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| 生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析 | RDP | 1～5 | 検体 | 4,000円 | 8営業日 |
| 6～ | 検体 | 2,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※3 | 1～5 | 検体 | 5,000円 | 8営業日 | |
| 6～ | 検体 | 3,000円 | お問い合わせ下さい | ||
| RDPおよび テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※3 | 1～5 | 検体 | 8,000円 | 10営業日 | |
| 6～ | 検体 | 5,000円 | お問い合わせ下さい |
※1 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援により当社が構築した「微生物同定データベース」は、帰属分類群の推定に重要である基準株やタイプ株などに由来するDNA配列データで構成されており、当社の微生物同定システム「ENKI®」にも使用されています。
本データベースにおけるBLASTのcut-off条件は、相同率97％となっておりますが、この他の相同率の設定も可能ですのでお問い合わせ下さい。ただし、相同率が低い場合にヒットした細菌種は、最近縁種となりますので予めご留意下さい。
※2 クラスター解析および主成分分析はMetagenome@KIN（株式会社ワールドフュージョン）を用いて解析いたします。他のソフトを用いて解析をご希望される場合には、別途ご連絡下さい（別途費用）。クラスター解析では、クラスタリング手法（群平均法；UPGMA）および距離関数（ピアソンの相関係数）をデフォルト設定としていますが、このほかの設定をご希望される場合には、予めご連絡下さい。クラスター解析および主成分分析は、2検体以下の場合実施できません。
※3 菌類の解析は、RDP解析に限ります。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
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