植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析

植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析 ホーム / 技術情報 植物性食品中 (発酵食品) の細菌叢解析は精力的に進められています。しかし、ユニバーサルプライマーの配列 (341f – R806 16S V3-V4領域)1,2)ではStreptophytaの配列を増幅してしまい、本来の細菌叢を反映できないことが確認されています 。 ユニバーサルプライマーの配列ではStreptophyta の配列を増幅してしまいます。 植物性食品中 (発酵食品) の細菌叢解析で16S...

アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析

アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析 ホーム / 技術情報 ヒト皮膚常在菌の菌叢解析は、腸内や口腔と同様に健康や病気と微生物の関係を解明するために精力的に進められています。 C . acnes は検出されにくいことが確認されています。 皮膚は外部環境と接しており、外部からの微生物や物理的刺激から体を守っています。皮膚菌叢は部位ごとに異なるもののCutibacterium (旧名 Propionibacterium ) がほぼ共通して検出されます。アクネ菌 (C . acnes...

アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内

アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内 ホーム / 技術情報 変更による解析結果への影響はございません。 アンプリコンシーケンス解析で使用しているMiSeq (Illumina, USA) につきまして、イルミナ社より機器搭載OSおよびコントロールソフトウェアのアップグレードが発表されました1)。これに伴い2021年6月7日ご依頼分より、当社アンプリコンシーケンス解析における配列データ (fastq)...

Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。

Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。 ホーム / 技術情報 ソフトウェアをバージョンアップしました。 Metagenome@KINソフトウェアをVer.2.21からVer.2.3に更新したことで、以下の解析可能になりました。 分類階級 (界から種レベル) ごとにα多様性指数を出力できるようになりました。 Simpson’s Index, Shannon Entropyを出力します。微生物群集の多様性を考察できるようになりました。 ヒートマップ・クラスター分析結果の仕様が変更されます。...

アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新(V16.0→V17.0)

アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新(V16.0→V17.0) ホーム / 技術情報 解析用データベースが新しくなりました アンプリコンシーケンス解析で使用する当社オリジナルデータベースが「NGS-DB-BA16.0」(Ver.16)から最新版「NGS-DB-BA17.0」(Ver.17) へバージョンアップし、2023年1月より順次新しいデータベースを使用して解析結果を報告いたします。 Not Determinedの減少および最新の分類体系を反映 Bacillus subtilis groupやB. cereus...

糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて

糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて ホーム / 技術情報 2020年4月に有機酸分析システムを追加導入しました。 同一の糞便検体について従来機と新型機で測定した結果。新型機は従来機と同等の測定値が得られることがわかりました。 有機酸分析システムについて 糞便中有機酸分析について、多くのお客様にご利用いただいており、さらなる分析速度の向上のために2020年4月に有機酸分析システムを追加導入いたしました (表1)。 同一の糞便検体について従来機と新型機で測定した結果...