MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）
概要
このたび当社では、次世代シーケンサーMiSeq® i100シリーズ（Illumina）を新たに導入いたしました。
本機種は、従来の MiSeq® と比べて、解析精度・処理能力の両面で優れており、より効率的かつ迅速なデータ提供が可能です。
本ページでは、当社内で実施した MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析結果をご紹介しております。ご参考になれば幸いです。
なお、従来機MiSeqについては、2026年7月末日頃まで継続の予定です。
※MiSeq®はIllumina社の登録商標です。
解析結果
- MiSeq i100シリーズによる配列クオリティーは、従来のMiSeqと比較して大幅に向上していることが確認されました。
- Illumina社の報告によれば、シーケンスプラットフォームの違いによる菌叢構成への影響について、統計的に有意な差は認められませんでした（参考文献：High-accuracy nextgeneration sequencing with the MiSeq™ i100 Series）。
当社におけるアンプリコンシーケンス解析においても、MiSeqとMiSeq i100シリーズの結果に相違がないことを確認しております。
配列クオリティーの比較
従来のMiSeqでは、リード長が長くなるにつれて配列クオリティーが低下する傾向が見られましたが、MiSeq i100シリーズでは安定したクオリティを維持しています。
菌叢構造の比較（種レベル）
検体ごとに菌種構成の違いはあるものの、使用機種（MiSeq／MiSeq i100シリーズ）による明確な違いは確認されませんでした。
β多様性主座標分析（bray-curtis距離）
β多様性に関しても、検体による菌叢構造の違いはあるものの、機種（MiSeq／MiSeq i100シリーズ）による影響は確認されませんでした。
関連ページ
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２，JMBC (日本マイクロバイオームコンソーシアム)推奨プロトコルに基づく、糞便中細菌叢の解析
３，土壌、環境水、活性汚泥、食品、発酵検体などの環境由来検体に対応したアンプリコンシーケンス解析