酵母DNA塩基配列解析

特 長

概 要

 酵母の同定では、26S rDNAのD1/D2領域を使った解析が主流です。当社では、DNA塩基配列を両鎖で解析し、DNA塩基配列を国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA (EMBL) /GenBank) に対して相同性検索を実施します。また、当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。

 26S rDNAのD1/D2領域では識別が困難な酵母の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

試験項目解析領域
酵母 26S rDNA-D1/D226S rDNA-D1/D2領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では26S rD1/D2領域のデータベースが充実しており、 帰属・近縁種の同定に有効です。
酵母 ITS rDNAITS領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では一部の分類群において有効です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、ご指定のコロニーから直接DNAを抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル・グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30 ng/µL以上 量:50 µL以上PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
PCR産物濃度:100 ng/µL以上 量:20 µL以上 電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
(fastaファイルなど)
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ (ab1ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。

解析の流れ

酵母 26S rDNA-D1/D2

報告内容・報告書サンプル

試験項目報告内容付属データ
26S rDNA-D1/D2(BLAST)
ITS rDNA(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
26S rDNA-D1/D2
ITS rDNA
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
26S rDNA-D1/D2(考察付)
ITS rDNA(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明)
+ 同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

例)酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)

26S rDNA-D1/D2解析 (考察付)
当社データベースでの相同性検索簡易分子系統解析および考察同定結果

価格・納期

試験項目検体数単位単価 (通常)
(税抜)
単価 (特急)※1
(税抜)
目安納期
26S rDNA-D1/D2 (BLAST)
ITS rDNA (BLAST)
1~8
16,000円
6営業日
9~16
14,000円
7営業日
17~お問い合わせ下さい。
26S rDNA-D1/D2※2
ITS rDNA※2
1~8
20,000円
24,000円
8営業日
9~16
18,000円
21,600円
9営業日
17~お問い合わせ下さい。
26S rDNA-D1/D2 (考察付)
ITS rDNA (考察付)
1~8
23,000円
27,600円
9営業日
9~16
21,000円
25,200円
10営業日
17~お問い合わせ下さい。

※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
※2 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくは「衛生管理向け微生物同定試験カタログ」をご覧いただくか、お問合せ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複減額のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供いたします。

試験項目報告内容単 価目安納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 (アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。
2株間比較
+1,000円
+1営業日~
3株間比較
+2,000円
酵母形態観察コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属種・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
15,000円
10営業日
簡易分子系統解析当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。
考察なし
5,000円
5営業日
考察あり
8,000円
6営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析
(26S rDNA-D1/D2)
(ITS rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は、分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ法) による系統樹推定となります。
36,000円~
14営業日~

※ 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

機能性表示食品の届出のため分析手順書を発行する際は、発行費用 3,000円 (税抜)をご請求させていただきます。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。