酵母 DNA塩基配列解析

説明

DNA塩基配列を両鎖で解析し、DNA塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して相同性検索を実施します。また、当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、酵母の同定に重要である基準株のDNA塩基配列データで構成されているため、高い精度で確実な帰属・近縁種の同定が可能です。

酵母の同定では、26S rDNA-D1/D2領域領域を使った解析が主流です。
酵母の高次分類群の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

試験内容

項目  概要
酵母 26S rDNA-D1/D2 26S rDNA-D1/D2領域(概ね550~650bp)を決定し、解析します。酵母では26S rD1/D2領域のデータベースが充実しており、帰属・近縁種の同定に有効です。
酵母 ITS rDNA ITS領域(概ね500~650bp)を決定し、解析します。酵母では一部の分類群において有効です。

報告内容・報告書サンプル

項目 報告内容 参考データ
酵母 26S rDNA-D1/D2
酵母 ITS rDNA
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・ 系統樹 + 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティーレベル
・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)
酵母 ITS rDNA(考察付)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・系統樹 +考察文章(同定に至った経緯の文章説明)+ 同定結果+ 近縁種のバイオセーフティレベル
酵母 26S rDNA-D1/D2(シーケンス)
酵母 ITS rDNA(シーケンス)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位

例)酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)

価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
酵母 26S rDNA-D1/D2
酵母 ITS rDNA
1~8 21,000円 8営業日
9~16 19,000円 9営業日
17~ お問合せ下さい。
酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)
酵母 ITS rDNA(考察付)
1~8 23,000円 9営業日
9~16 21,000円 10営業日
17~ お問合せ下さい。
酵母 26S rDNA-D1/D2(シーケンス)
酵母 ITS rDNA(シーケンス)
1~8 16,000円 6営業日
9~16 15,000円 7営業日
17~ お問合せ下さい。

※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もございます。詳しくはお問合せ下さい。
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ご指定の株間での配列比較(2株間比較1,000円(税別)/式、3株間比較2,000円(税別)/式)も可能です。
・ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

項目 報告内容 単価 目安納期
酵母 簡易形態観察  コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
生育に適した培地による当社「培養確認」が必要です。
13,000円 10営業日
簡易分子系統解析  お手持ちの塩基配列データを用いて当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属・近縁種を推定します。 考察あり:10,000円  6営業日
考察なし: 8,000円 5営業日 
分子系統解析※1
(26S rDNA-D1/D2)(ITS rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属先を推定します。既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。
ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」にて納品いたします。
なお、標準は「近隣結合法」による系統樹推定となります。
36,000円~ 14営業日~
※1 近隣結合法以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 多検体での依頼の場合の目安納期は、お問合せ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。