酵母DNA塩基配列解析・分子系統解析

特長

概要

酵母の同定では、26S rDNAのD1/D2領域を使った解析が主流です。当社では、DNA塩基配列を両鎖で解析し、DNA塩基配列を国際塩基配列データベース(INSD:DDBJ/ENA/GenBank) に対して相同性検索を実施します。
また、当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。

26S rDNAのD1/D2領域では種の識別が困難な酵母の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

解析領域特長
26S rDNA-D1/D226S rDNA-D1/D2領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では26S rD1/D2領域のデータベースが充実しており、 帰属・近縁種の同定に有効です。
ITS rDNAITS領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では一部の分類群において有効です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル・グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30 ng/µL 以上
量:50 µL 以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
PCR産物濃度:100 ng/µL 以上
量: 20 µL 以上
電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
(fasta ファイルなど )
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

解析の流れ

酵母 26S rDNA-D1/D2

報告内容

試験項目報告内容付属データ
26S rDNA-D1/D2(BLAST)
ITS rDNA(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
26S rDNA-D1/D2
ITS rDNA
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
26S rDNA-D1/D2(考察付)
ITS rDNA(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 考察(同定に至った経緯の文章説明)
+ 同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)

SAMPLE_28S_rDNA-D1_D2(kousatsu_tsuki)houkokushoのサムネイル

価格・納期

試験項目検体数単位単価 (通常)
(税込)
単価 (特急)※1
(税込)
目安納期
26S rDNA-D1/D2 (BLAST)
ITS rDNA (BLAST)
1~8
17,600円
6営業日
9~16
15,400円
7営業日
17~お問い合わせ下さい。
26S rDNA-D1/D2
ITS rDNA
1~8
23,100円
28,380円
8営業日
9~16
20,900円
25,520円
9営業日
17~お問い合わせ下さい。
26S rDNA-D1/D2 (考察付)
ITS rDNA (考察付)
1~8
26,400円
31,680円
9営業日
9~16
24,200円
28,820円
10営業日
17~お問い合わせ下さい。
※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供いたします。
Edit
  • 形態観察は、検体の培養後、帰属種・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を顕微鏡観察および写真撮影し、観察結果を報告いたします。当社での培養確認が必須となります。
  • 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから、行うことも可能です。
  • 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応いたします。
試験項目報告内容単価(税込)目安納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 (アライメント) を行い、
相違箇所を明確にします。
2株間比較
+1,100円
+1営業日~
3株間比較
+2,200円
酵母形態観察コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、
帰属種・近縁種を同定する上で重要となる
形態的特徴を観察、撮影します。
17,600円
17営業日
簡易分子系統解析当社微生物同定システム「ENKI®」により
分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。
考察なし
5,500円
5営業日
考察あり
8,800円
6営業日
配列決定
+2,200円
+1営業日
分子系統解析
(26S rDNA-D1/D2)
(ITS rDNA)
論文投稿などを前提とした
分子系統樹を作成し、
検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、
必要な塩基配列の選定および取得を行い、
「BioEdit」および「MEGA」を
用いて分子系統樹を描画し、
系統的な位置を推定します。
報告は、分子系統樹データを
「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、
近隣結合法 (NJ法) による
系統樹推定となります。
シーケンス+分子系統解析
57,200円~
20営業日~
分離系統解析のみ
39,600円~
14営業日~

※ 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。

簡易分子系統解析と分子系統解析の違い

試験項目活用できる分野解析目的系統解析に供する塩基配列データ
簡易分子系統解析品質管理、衛生管理検体がどの既知種に近縁なのかを推定する。当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株、タイプ由来株の塩基配列データ
分子系統解析学術研究、論文投稿など検体の分類学的位置を推定する。主に対象分類群の最新の文献を調査、参照し、分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  • 機能性表示食品の届出のため分析手順書を発行する際は、発行費用 3,300円 (税込)をご請求させていただきます。
  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。

ご依頼、依頼書の入手

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。