酵母 DNA塩基配列解析

特 長

  • 日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
  • 基準株の配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
  • 当社微生物同定システム「ENKI ® 」を使用し、分子系統解析まで実施
  • 帰属・近縁種のバイオセーフティレベル付きの報告
  • スクリーニングから新種提唱用論文データまで幅広く対応

概 要

酵母の同定では、26S rDNA-D1/D2 領域領域を使った解析が主流です。当社では、DNA 塩基配列を両鎖で解析し、DNA 塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して相同性検索を実施します。また、当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。

酵母の高次分類群の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

製品名解析領域
酵母 26S rDNA-D1/D226S rDNA-D1/D2領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では26S rD1/D2領域のデータベースが充実しており、 帰属・近縁種の同定に有効です。
酵母 ITS rDNAITS領域(概ね500~600bp)を決定し、解析します。 酵母では一部の分類群において有効です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかの選択が可能です。コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書に署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30ng/μl以上
量:50μl以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
PCR産物濃度:100ng/μl以上
量:20μl以上
電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
(fastaファイルなど)
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です

解析の流れ

酵母 26S rDNA-D1/D2

  • 培養・純度確認
  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • シーケンス
  • 配列決定
  • 相同性検索
  • 系統解析

報告内容

製品名報告内容付属データ
26S rDNA-D1/D2(BLAST)
ITS rDNA(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
26S rDNA-D1/D2
ITS rDNA
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル
26S rDNA-D1/D2(考察付)
ITS rDNA(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
+ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
目安納期
酵母 26S rDNA-D1/D2(BLAST)
酵母 ITS rDNA(BLAST)
1~816,000円6営業日
9~1615,000円7営業日
17~お問い合わせ下さい。
酵母 26S rDNA-D1/D2 ※1
酵母 ITS rDNA※1
1~821,000円8営業日
9~1619,000円9営業日
17~お問い合わせ下さい。
酵母 26S rDNA-D1/D2(考察付)
酵母 ITS rDNA(考察付)
1~823,000円9営業日
9~1621,000円10営業日
17~お問い合わせ下さい。

※1 ISO/IEC 17025 認定同定試験もあります。詳しくはお問い合わせ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ DNA 特急の場合、一度にお受けできる検体数は8 株までです。DNA 特急は、5 営業日で「相同性検索結果の上位5 位」を中間報告いたします。
・ 指定の株間での配列比較も可能です。
・ ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

製品名納品内容単 価目安納期
配列比較ご指定の菌株の配列比較(アライメント)を行い、相違箇所を明確にします。2株比較
+1,000円
+1営業日~
3株比較
+2,000円
酵母 簡易形態観察コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を
同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
当社「培養確認」が必要です。
13,000円10営業日
簡易分子系統解析お手持ちの塩基配列データを用いて当社微生物同定システム
「ENKI ® 」により分子系統解析し、帰属・近縁種を
推定します。
考察なし
7,000円
5営業日
考察あり
9,000円
6営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析 ※2
(26S rDNA-D1/D2)
(ITS rDNA)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の
帰属・近縁種を推定します。既報の調査、新種データの確認、
必要な塩基配列の選定および取得を行い、
「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を
推定、描画します。

ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」にて
納品いたします。なお、標準は「近隣結合法(NJ)」
による系統樹推定となります。
36,000円~14営業日~

※2 近隣結合法(NJ法)以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 多検体での依頼の場合の目安納期は、お問合せ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

平板培養物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。

DNA抽出物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。