カビ DNA塩基配列解析・分子系統解析(ITS,28S rDNA-D1/D2)

特 長

概 要

 遺伝子解析によるカビの同定には、rDNAのITS領域 (以下、ITS rDNA) および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきましたが、近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が基本となりました。しかし、国際塩基配列データベースには全ての既知種のDNA塩基配列は登録されておらず、さらに分類の基準となるタイプ情報とそのDNA塩基配列情報との紐づけは不完全な状況です。また、国際塩基配列データベースに登録されている情報には、疑義のあるものも少なくありません。そのため、相同性検索の結果で得られた個々のデータを採用するか否かの判断には、最新の分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、この調査には多大な手間と時間を要します。当社では、BLAST以外の解析について、可能な範囲で文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映させた報告をいたします。

 新種提唱などの論文投稿では、更なる精査が必要となり、分子系統解析が必須となることがあります。当社では、論文投稿に耐え得るレベルでの分子系統解析も可能です。近隣結合法 (NJ;Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法に加え、最節約法 (MP;Maximum Parsimony) や最尤法 (ML;Maximum Likelihood) による分子系統解析も対応しています。

製品名解析領域
ITS rDNAITS領域(概ね500~650bp)を決定し、解析します。 カビではITS領域のデータベース化が進んでおり、 帰属・近縁種の同定に有効です。
28S rDNA-D1/D228S rDNA-D1/D2領域(概ね550~650bp)を決定し、解析します。 幅広い分類群に対応が可能ですが、帰属・近縁種の同定はおおまかな レベルとなります。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかの選択が可能です。コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書に署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30ng/μL以上
量:50μL以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
PCR産物濃度:100ng/μL以上
量:20μL以上
電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

解析の流れ

納品内容

製品名報告内容付属データ
ITS rDNA(BLAST)
28S rDNA-D1/D2(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
+ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)ITS rDNA解析(考察付)

価格・納期

製品名検体数単位単価
(通常)
単価
(特急)※1
目安納期
ITS rDNA(BLAST)
28S rDNA-D1/D2(BLAST)
1~816,000円6営業日
9~1614,000円7営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA ※2
28S rDNA-D1/D2※2
1~824,000円27,200円9営業日
9~1622,000円24,800円10営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付)
1~827,000円30,200円12営業日
9~1625,000円27,800円14営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(BLAST)1~827,000円10営業日
9~お問い合わせ下さい
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2
*解析は遺伝子領域ごとに行います。
1~841,000円46,400円15営業日
9~お問い合わせ下さい。
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(考察付)
*解析は遺伝子領域ごとに行います。
1~847,000円52,400円18営業日
9~お問い合わせ下さい

※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。

※2 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくはお問い合わせ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

製品名報告内容単価
(税抜)
目安納期
配列比較ご指定の菌株の配列比較(アライメント)を行い、相違箇所を明確にします。2株間比較
1,000円
+1営業日~
3株間比較
2,000円
カビ 簡易形態観察コロニー形態、色調、菌糸および胞子等の細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。16,000円19営業日
簡易分子系統解析当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属・近縁種を推定します。考察なし
10,000円
5営業日
考察あり
13,000円
7営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析 ※3
(ITS rDNA)
(28S rDNA-D1/D2)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ法) による系統樹推定となります。
42,000円~15営業日~

※3 近隣結合法(NJ法)以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。