カビDNA塩基配列解析・分子系統解析
特長
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日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
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基準標本やタイプ由来株などの塩基配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
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最新の分類体系を考慮した分子系統解析を実施
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帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告
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新種提唱論文用データまで幅広く対応
概要
DNA塩基配列解析によるカビの同定には、rDNAのITS領域 (以下、ITS rDNA) および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきましたが、近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が基本となりました。しかし、国際塩基配列データベースには既知種全てのDNA塩基配列は登録されておらず、さらに分類の基準となるタイプ情報とそのDNA塩基配列情報との紐づけは不完全な状況です。また、国際塩基配列データベースに登録されている情報には、疑義のあるものも少なくありません。そのため、相同性検索の結果で得られた個々のデータを採用するか否かの判断には、最新の分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、この調査には多大な手間と時間を要します。当社では、BLAST以外の解析について、可能な範囲で文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映させた報告をします。
新種提唱などの論文投稿では、更なる精査が必要となり、分子系統解析が必須となります。当社では、論文投稿に耐え得るレベルでの分子系統解析も可能です。近隣結合法 (NJ; Neighbor Joining) のように距離行列による手法に加え、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML; Maximum Likelihood) による分子系統解析にも対応しています。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接 DNAを抽出するかの ご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡し ます。 常温あるいは冷蔵 ( クール便 ) でお送り下さい |
液体培養物 | 1 本 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。 |
DNA 抽出物 | 濃度 ： 30 ng/µL 以上 | PCR 増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いしま す。承諾書にご署名をいただきます。 |
PCR 産物 | 濃度 ： 100 ng/µL 以上 | 電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。 |
シーケンス生データ | ― | オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル ) から塩基配列を決 定し、 解析することも可能です。 |
解析の流れ
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培養・純度確認
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DNA抽出
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PCR増幅
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シーケンス
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塩基配列決定
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相同性検索
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分子系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
ITS rDNA (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ
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ITS rDNA | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | |
ITS rDNA ( 考察付 ) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 |
報告書サンプル
価格・納期
※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
※2 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくは「衛生管理向け微生物同定試験カタログ」をご覧いただくか、お問い合わせ下さい。
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
- ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します (試験項目 BLAST は対象外)。
オプション
<オプション> 配列比較・分子系統解析
・ 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから行うことも可能です。
・ 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応します。
価格・納期
試験項目 | 報告内容 | 単価（税抜） | 納期 |
配列比較 | ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント ) を行い、 相違箇所を明確にします。 | 2 株間比較 ＋ 1,000 円 | ＋ 1 営業日 |
3 株間比較 ＋ 2,000 円 | |||
簡易分子系統解析 | 当社微生物同定システム 「ENKI®」 により分子系統解析し、 帰属種 ・ 近縁種を推定します。 | 考察なし 10,000 円 | 5 営業日 |
考察あり 13,000 円 | 7 営業日 | ||
配列決定 ＋ 2,000 円 | ＋ 1 営業日 | ||
分子系統解析※ | 論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、 検体の帰属種 ・ 近縁種を推定します。 | シーケンス 64,000 円～ | 24 営業日～ |
分子系統解析のみ 46,000 円～ | 18 営業日～ |
※ 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。
簡易分子系統解析 と 分子系統解析の違い
ご依頼前の同意事項
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。
・ バイオセーフティレベルは、「細菌：日本細菌学会バイオセーフティ指針」、「カビ・酵母：Atlas of clinical fungi」または「各保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外との情報が異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベル (BSL) は、各微生物種に対し定められています。報告書で示すBSLは目安であり、検体自体のBSLを示すものではありません。