カビ DNA塩基配列解析

特 長

  • 日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
  • 基準株や標準由来株の配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
  • 当社微生物同定システム「ENKI ® 」を使用し、分子系統解析まで実施
  • 帰属・近縁種のバイオセーフティレベル付きの報告
  • スクリーニングから新種提唱用論文データまで幅広く対応

概 要

カビの同定には、ITS rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を使った解析が行われますが、近年では種レベルの同定に
はITS 領域が主流となってきました。しかし、重要視する領域は分類群ごとに異なり、当該分類群に適した領域を選択す
る必要があります。当社では、お預かりしたカビ菌株に対し、最適な領域を提案し、解析を行います。

論文投稿などでは分子系統解析が必須となります。当社では近隣結合法(NJ;Neighbor Joining)のように距離行列(Distance matrix)による手法に加え、最節約法(MP;Maximum parsimony)や最尤法(ML;Maximum Likelihood)による分子系統解析も対応可能です。

製品名解析領域
ITS rDNAITS領域(概ね500~650bp)を決定し、解析します。 カビではITS領域のデータベース化が進んでおり、 帰属・近縁種の同定に有効です。
28S rDNA-D1/D228S rDNA-D1/D2領域(概ね550~650bp)を決定し、解析します。 幅広い分類群に対応が可能ですが、帰属・近縁種の同定はおおまかな レベルとなります。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかの選択が可能です。コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書に署名をいただきます。
DNA抽出物濃度:30ng/μL以上
量:50μL以上
PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
PCR産物濃度:100ng/μL以上
量:20μL以上
電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。
シーケンス生データ
(ab1ファイル)
塩基配列テキストファイル
オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

解析の流れ

  • 培養・純度確認
  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • シーケンス
  • 配列決定
  • 相同性検索
  • 系統解析

納品内容

製品名報告内容付属データ
ITS rDNA(BLAST)
28S rDNA-D1/D2(BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明)
+ 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティレベル

報告書サンプル

例)ITS rDNA解析(考察付)

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
目安納期
ITS rDNA(BLAST)
28S rDNA-D1/D2(BLAST)
1~816,000円6営業日
9~1615,000円7営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA ※1
28S rDNA-D1/D2※1
1~821,000円8営業日
9~1619,000円9営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付)
1~823,000円9営業日
9~1621,000円10営業日
17~お問い合わせ下さい
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(BLAST)1~827,000円10営業日
9~お問い合わせ下さい
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2
*解析は遺伝子領域ごとに行います。
1~837,000円12営業日
9~お問い合わせ下さい。
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(考察付)
*解析は遺伝子領域ごとに行います。
1~841,000円14営業日
9~お問い合わせ下さい

※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくはお問い合わせ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

製品名報告内容単価
(税抜)
目安納期
配列比較ご指定の菌株の配列比較(アライメント)を行い、相違箇所を明確にします。2株比較
1,000円
+1営業日~
3株比較
2,000円
カビ 簡易形態観察コロニー形態、色調、菌糸および胞子等の細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。13,000円19営業日
簡易分子系統解析当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属・近縁種を推定します。考察なし
7,000円
5営業日
考察あり
9,000円
6営業日
配列決定
+2,000円
+1営業日
分子系統解析 ※2
(ITS rDNA)
(28S rDNA-D1/D2)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の
帰属・近縁種を推定します。

既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」で納品いたします。

なお、ご指定のない場合、近隣結合法(NJ 法)による系統樹推定となります。
42,000円~15営業日~

※2 近隣結合法(NJ法)以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

平板培養物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。

DNA抽出物をお送りいただく場合は以下のご依頼書をご利用ください。