カビ DNA塩基配列解析
特 長
- 日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
- 基準株や標準由来株の配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
- 当社微生物同定システム「ENKI ® 」を使用し、分子系統解析まで実施
- 帰属・近縁種のバイオセーフティレベル付きの報告
- スクリーニングから新種提唱用論文データまで幅広く対応
概 要
カビの同定には、ITS rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を使った解析が行われますが、近年では種レベルの同定に
はITS 領域が主流となってきました。しかし、重要視する領域は分類群ごとに異なり、当該分類群に適した領域を選択す
る必要があります。当社では、お預かりしたカビ菌株に対し、最適な領域を提案し、解析を行います。
論文投稿などでは分子系統解析が必須となります。当社では近隣結合法（NJ；Neighbor Joining）のように距離行列（Distance matrix）による手法に加え、最節約法（MP;Maximum parsimony）や最尤法（ML;Maximum Likelihood）による分子系統解析も対応可能です。
| 製品名 | 解析領域 |
|---|---|
| ITS rDNA | ITS領域（概ね500～650bp）を決定し、解析します。 カビではITS領域のデータベース化が進んでおり、 帰属・近縁種の同定に有効です。 |
| 28S rDNA-D1/D2 | 28S rDNA-D1/D2領域（概ね550～650bp）を決定し、解析します。 幅広い分類群に対応が可能ですが、帰属・近縁種の同定はおおまかな レベルとなります。 |
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかの選択が可能です。コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル グリセロールストック | 1本 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書に署名をいただきます。 |
| DNA抽出物 | 濃度：30ng/μL以上 量：50μL以上 | PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。 |
| PCR産物 | 濃度：100ng/μL以上 量：20μL以上 | 電気泳動像の提供をお願いします。また、承諾書に署名をいただきます。 |
| シーケンス生データ （ab1ファイル） 塩基配列テキストファイル | ー | オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ（ab1ファイル）から配列決定し、解析することも可能です。 |
解析の流れ
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- 相同性検索
- 系統解析
納品内容
| 製品名 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| ITS rDNA（BLAST） 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| ITS rDNA 28S rDNA-D1/D2 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位 ・ 系統樹 ・ 同定結果 ＋ 近縁種のバイオセーフティレベル | |
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付） | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位 ・ 系統樹 ・ 考察文章（同定に至った経緯の文章説明） ＋ 同定結果 ＋ 近縁種のバイオセーフティレベル |
報告書サンプル
例)ITS rDNA解析(考察付）
価格・納期
| 製品名 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| ITS rDNA（BLAST） 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | 1～8 | 株 | 16,000円 | 6営業日 |
| 9～16 | 株 | 15,000円 | 7営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
| ITS rDNA ※1 28S rDNA-D1/D2※1 | 1～8 | 株 | 21,000円 | 8営業日 |
| 9～16 | 株 | 19,000円 | 9営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付） | 1～8 | 株 | 23,000円 | 9営業日 |
| 9～16 | 株 | 21,000円 | 10営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | 1～8 | 株 | 27,000円 | 10営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2 ＊解析は遺伝子領域ごとに行います。 | 1～8 | 株 | 37,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい。 | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2（考察付） ＊解析は遺伝子領域ごとに行います。 | 1～8 | 株 | 41,000円 | 14営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もあります。詳しくはお問い合わせ下さい。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。
| 製品名 | 報告内容 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|
| 配列比較 | ご指定の菌株の配列比較(アライメント)を行い、相違箇所を明確にします。 | 2株比較 1,000円 | +1営業日～ |
| 3株比較 2,000円 |
|||
| カビ 簡易形態観察 | コロニー形態、色調、菌糸および胞子等の細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。 | 13,000円 | 19営業日 |
| 簡易分子系統解析 | 当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属・近縁種を推定します。 | 考察なし 7,000円 | 5営業日 |
| 考察あり 9,000円 | 6営業日 | ||
| 配列決定 +2,000円 | ＋1営業日 | ||
| 分子系統解析 ※2 （ITS rDNA） （28S rDNA-D1/D2） | 論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の 帰属・近縁種を推定します。 既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」で納品いたします。 なお、ご指定のない場合、近隣結合法（NJ 法）による系統樹推定となります。 | 42,000円～ | 15営業日～ |
※2 近隣結合法（NJ法）以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。