カビDNA塩基配列解析・分子系統解析
特 長
- 日本薬局方を準用したプロトコルによる同定
- 基準標本やタイプ由来株などの塩基配列で構成される「微生物同定データベース」で解析
- 最新の分類体系を加味した分子系統解析を実施
- 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告
- 新種提唱論文用データまで幅広く対応
概 要
遺伝子解析によるカビの同定には、rDNAのITS領域 (以下、ITS rDNA) および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきましたが、近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が基本となりました。しかし、国際塩基配列データベースには全ての既知種のDNA塩基配列は登録されておらず、さらに分類の基準となるタイプ情報とそのDNA塩基配列情報との紐づけは不完全な状況です。また、国際塩基配列データベースに登録されている情報には、疑義のあるものも少なくありません。そのため、相同性検索の結果で得られた個々のデータを採用するか否かの判断には、最新の分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、この調査には多大な手間と時間を要します。当社では、BLAST以外の解析について、可能な範囲で文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映させた報告をいたします。
新種提唱などの論文投稿では、更なる精査が必要となり、分子系統解析が必須となることがあります。当社では、論文投稿に耐え得るレベルでの分子系統解析も可能です。近隣結合法 (NJ；Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法に加え、最節約法 (MP;Maximum Parsimony) や最尤法 (ML;Maximum Likelihood) による分子系統解析も対応しています。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNAを抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル・グリセロールストック | 1本 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。 |
| DNA抽出物 | 濃度：30 ng/µL 以上 量：50 µL 以上 | PCR増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。 |
| PCR産物 | 濃度：100 ng/µL 以上 量： 20 µL 以上 | 電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。 |
| シーケンス生データ （ab1ファイル） 塩基配列テキストファイル (fasta ファイルなど ) | ー | オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ（ab1ファイル）から配列決定し、解析することも可能です。 |
解析の流れ
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- 相同性検索
- 系統解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| ITS rDNA（BLAST） 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| ITS rDNA 28S rDNA-D1/D2 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位 ・ 系統樹 ・ 同定結果 ＋ 帰属種・近縁種ののバイオセーフティレベル | |
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付） | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位 ・ 系統樹 ・ 考察文章（同定に至った経緯の文章説明） ＋ 同定結果 ＋ 帰属種・近縁種ののバイオセーフティレベル |
※ ITS rDNAと28S rDNA-D1/D2の同時解析も可能です。解析は領域ごとに行います。
報告書サンプル
例)ITS rDNA解析(考察付）
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（通常） （税抜） | 単価 (特急)※1 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| ITS rDNA（BLAST） 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | 1～8 | 株 | 16,000円 | － | 6営業日 |
| 9～16 | 株 | 14,000円 | － | 7営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | |||
| ITS rDNA 28S rDNA-D1/D2 | 1～8 | 株 | 24,000円 | 27,200円 | 9営業日 |
| 9～16 | 株 | 22,000円 | 24,800円 | 10営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | |||
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付） | 1～8 | 株 | 27,000円 | 30,200円 | 12営業日 |
| 9～16 | 株 | 25,000円 | 27,800円 | 14営業日 | |
| 17～ | 株 | お問い合わせ下さい | |||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2 (BLAST) | 1～8 | 株 | 27,000円 | － | 10営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい | |||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2 ＊解析は遺伝子領域ごとに行います。 | 1～8 | 株 | 41,000円 | 46,400円 | 15営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい。 | |||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2 (考察付) ＊解析は遺伝子領域ごとに行います。 | 1～8 | 株 | 47,000円 | 52,400円 | 18営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい | |||
※1 DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複減額のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供いたします。
| 試験項目 | 報告内容 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|
| 配列比較 | ご指定の微生物株の配列比較 (アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。 | 2株間比較 ＋1,000円 | ＋1営業日 |
3株間比較 ＋2,000円 | |||
| カビ 簡易形態観察 | コロニー形態、色調、菌糸および胞子などの細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属種・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。 | 16,000円 | 19営業日 |
| 簡易分子系統解析 | 当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。 | 考察なし 10,000円 | 5営業日 |
考察あり 13,000円 | 7営業日 | ||
配列決定 ＋2,000円 | ＋1営業日 | ||
| 分子系統解析※3 (ITS rDNA) (28S rDNA-D1/D2) | 論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。 既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。 なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ法) による系統樹推定となります。 | 42,000円～ | 15営業日～ |
※3 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ 機能性表示食品の届出のため作業手順書を発行する際は、発行費用 3,000円 (税抜)をご請求させていただきます。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
- 平板培養物をお送りいただく場合のご依頼書はコチラ
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
- DNA抽出物をお送りいただく場合のご依頼書はコチラ
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
