カビ DNA塩基配列解析

説明

DNA塩基配列を両鎖で解析し、得られたDNA塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して相同性検索を実施します。当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、カビの同定に重要である基準株や分類学上重要な比較株のDNA塩基配列データで構成されているため、高い精度で確実な帰属・近縁種の同定が可能です。

カビの同定には、ITS rDNA領域および28S rDNA-D1/D2領域を使った解析が行われますが、近年ではITS領域のデータベース化が進み、種レベルの同定にはITS領域が主流となってきました。しかし、重要視する領域は分類群ごとに異なることから、分類群に適した領域を選択する必要があります。当社では、お預かりしたカビ菌株に対し、最適な領域を提案し、解析を行います。

また、菌類の高次分類群の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

試験内容

項目  概要
カビITS rDNA ITS領域(概ね500~650bp)を決定し、解析します。カビではITS領域のデータベース化が進んでおり、帰属・近縁種の同定に有効です。
カビ28S rDNA-D1/D2 28S rDNA-D1/D2領域(概ね550~650bp)を決定し、解析します。幅広い分類群に対応が可能ですが、帰属・近縁種の同定はおおまかなレベルとなります。
β-tubulin※1  β-tubulin遺伝子は、Penicillium属およびAspergillus属の種の同定に有効です。
calmodulin※1  Calmodulin遺伝子は、Aspergillus属およびPenicillium属群の一部の種同定に有効な遺伝子です。Aspergillus nigerグループやA. flavusグループなどでは、β-tubulin遺伝子よりも解像度が高くなります。
EF-1α※1  TEF-1α(transcribed elongation factor 1-alpha)とも呼ばれ、Fusarium属やTrichoderma属の種同定に有効な遺伝子です。

報告内容・報告書サンプル

項目 報告内容 参考データ
ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・ 系統樹 + 同定結果 + 近縁種のバイオセーフティーレベル
・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付))
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位
・系統樹 +考察文章(同定に至った経緯の文章説明)+ 同定結果+ 近縁種のバイオセーフティレベル
 
ITS rDNA(シーケンス)
28S rDNA-D1/D2(シーケンス)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位  
 β-tubulin(シーケンス)
calmodulin(シーケンス)
EF-1α(シーケンス)
・  国際塩基配列データベース照合結果の上位30位  
 β-tubulin分子系統解析
calmodulin分子系統解析
EF-1α分子系統解析
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・分子系統解析に使用した配列一覧
・系統樹 + 考察文章(同定に至った経緯の文章説明) + 同定結果
 ・系統樹ファイル(PowerPoint)
・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ

例)ITS rDNA解析(考察付)

価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
ITS rDNA(シーケンス)
28S rDNA-D1/D2(シーケンス)
1~8 16,000円 6営業日
9~16 15,000円 7営業日
17~ お問合せ下さい。
ITS rDNA※2
28S rDNA-D1/D2※2
1~8 21,000円 8営業日
9~16 19,000円 9営業日
17~ お問合せ下さい。
ITS rDNA(考察付)
28S rDNA-D1/D2(考察付)
1~8 23,000円 9営業日
9~16 21,000円 10営業日
17~ お問合せ下さい。
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(シーケンス) 1~8 23,000円 10営業日
9~ お問合せ下さい。
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2
*解析は遺伝子領域ごとに行います
1~8 33,000円 12営業日
9~ お問合せ下さい。
ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2(考察付)
*解析は遺伝子領域ごとに行います
1~8 37,000円 14営業日
9~ お問合せ下さい。
β-tubulin(シーケンス) 1~8 33,000円 12営業日
9~ お問合せ下さい。
β-tubulin分子系統解析 1 シーケンス費用+32,000円~
詳細はお問合せ下さい。
calmodulin(シーケンス) 1~8 33,000円 12営業日
9~ お問合せ下さい。
calmodulin分子系統解析 1 シーケンス費用+32,000円~
詳細はお問合せ下さい。
EF-1α(シーケンス) 1~8 33,000円 12営業日
9~ お問合せ下さい。
EF-1α分子系統解析 1 シーケンス費用+32,000円~
詳細はお問合せ下さい。

※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もございます。詳しくはお問合せ下さい。
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は8株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ご指定の株間での配列比較(2株間比較1,000円(税別)/式、3株間比較2,000円(税別)/式)も可能です。
ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。

項目 報告内容 単価 目安納期
カビ 簡易形態観察  コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。
生育に適した培地による当社「培養確認」が必要です。
15,000円 19営業日
分子系統解析※3
(ITS rDNA)
(28S rDNA-D1/D2)
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属先を推定します。既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。
ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」にて納品いたします。
なお、標準は「近隣結合法」による系統樹推定となります。
42,000円~ 15営業日
※1 近隣結合法以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。