カビ DNA塩基配列解析
説明
DNA塩基配列を両鎖で解析し、得られたDNA塩基配列を国際塩基配列データベース（DDBJ/ENA（EMBL）/GenBank）に対して相同性検索を実施します。当社が微生物同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」で簡易系統解析を行います。本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、カビの同定に重要である基準株や分類学上重要な比較株のDNA塩基配列データで構成されているため、高い精度で確実な帰属・近縁種の同定が可能です。
カビの同定には、ITS rDNA領域および28S rDNA-D1/D2領域を使った解析が行われますが、近年ではITS領域のデータベース化が進み、種レベルの同定にはITS領域が主流となってきました。しかし、重要視する領域は分類群ごとに異なることから、分類群に適した領域を選択する必要があります。当社では、お預かりしたカビ菌株に対し、最適な領域を提案し、解析を行います。
また、菌類の高次分類群の同定に最適な機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。
試験内容
| 項目 | 概要 |
| カビITS rDNA | ITS領域（概ね500～650bp）を決定し、解析します。カビではITS領域のデータベース化が進んでおり、帰属・近縁種の同定に有効です。 |
| カビ28S rDNA-D1/D2 | 28S rDNA-D1/D2領域（概ね550～650bp）を決定し、解析します。幅広い分類群に対応が可能ですが、帰属・近縁種の同定はおおまかなレベルとなります。 |
| β-tubulin※1 | β-tubulin遺伝子は、Penicillium属およびAspergillus属の種の同定に有効です。 |
| calmodulin※1 | Calmodulin遺伝子は、Aspergillus属およびPenicillium属群の一部の種同定に有効な遺伝子です。Aspergillus nigerグループやA. flavusグループなどでは、β-tubulin遺伝子よりも解像度が高くなります。 |
| EF-1α※1 | TEF-1α（transcribed elongation factor 1-alpha）とも呼ばれ、Fusarium属やTrichoderma属の種同定に有効な遺伝子です。 |
報告内容・報告書サンプル
| 項目 | 報告内容 | 参考データ |
| ITS rDNA 28S rDNA-D1/D2 |
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位 ・ 系統樹 ＋ 同定結果 ＋ 近縁種のバイオセーフティーレベル |
・DNA塩基配列データ ・シーケンス波形データ |
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付）） |
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 当社微生物同定システム「ENKI®」照合結果の上位30位 ・系統樹 ＋考察文章(同定に至った経緯の文章説明)＋ 同定結果＋ 近縁種のバイオセーフティレベル |
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| ITS rDNA（シーケンス） 28S rDNA-D1/D2（シーケンス） |
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | |
| β-tubulin（シーケンス） calmodulin（シーケンス） EF-1α（シーケンス） |
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | |
| β-tubulin分子系統解析 calmodulin分子系統解析 EF-1α分子系統解析 |
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・分子系統解析に使用した配列一覧 ・系統樹 ＋ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明) ＋ 同定結果 |
・系統樹ファイル(PowerPoint) ・DNA塩基配列データ ・シーケンス波形データ |
例)ITS rDNA解析(考察付）
価格・納期
| 項目 | 検体数 | 単位 | 単価 | 目安納期 |
| ITS rDNA（シーケンス） 28S rDNA-D1/D2（シーケンス） |
1～8 | 株 | 16,000円 | 6営業日 |
| 9～16 | 株 | 15,000円 | 7営業日 | |
| 17～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| ITS rDNA※2 28S rDNA-D1/D2※2 |
1～8 | 株 | 21,000円 | 8営業日 |
| 9～16 | 株 | 19,000円 | 9営業日 | |
| 17～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| ITS rDNA（考察付） 28S rDNA-D1/D2（考察付） |
1～8 | 株 | 23,000円 | 9営業日 |
| 9～16 | 株 | 21,000円 | 10営業日 | |
| 17～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2（シーケンス） | 1～8 | 株 | 23,000円 | 10営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2 ＊解析は遺伝子領域ごとに行います |
1～8 | 株 | 33,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| ITS rDNA & 28S rDNA-D1/D2（考察付） ＊解析は遺伝子領域ごとに行います |
1～8 | 株 | 37,000円 | 14営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| β-tubulin（シーケンス） | 1～8 | 株 | 33,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| β-tubulin分子系統解析 | 1 | 式 | シーケンス費用＋32,000円～ 詳細はお問合せ下さい。 |
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| calmodulin（シーケンス） | 1～8 | 株 | 33,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| calmodulin分子系統解析 | 1 | 式 | シーケンス費用＋32,000円～ 詳細はお問合せ下さい。 |
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| EF-1α（シーケンス） | 1～8 | 株 | 33,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問合せ下さい。 | ||
| EF-1α分子系統解析 | 1 | 式 | シーケンス費用＋32,000円～ 詳細はお問合せ下さい。 |
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※1 ISO/IEC 17025認定同定試験もございます。詳しくはお問合せ下さい。
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。（【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい）
・DNA特急の場合、一度にお受けできる検体数は８株までです。DNA特急は、5営業日で「相同性検索結果の上位5位」を中間報告いたします。
・ご指定の株間での配列比較（2株間比較1,000円（税別）／式、3株間比較2,000円（税別）／式）も可能です。
ご希望のお客様には、帰属・近縁種の分離源情報を提供いたします。
| 項目 | 報告内容 | 単価 | 目安納期 |
| カビ 簡易形態観察 | コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を同定する上で重要となる形態的特徴を観察、撮影します。 生育に適した培地による当社「培養確認」が必要です。 |
15,000円 | 19営業日 |
| 分子系統解析※3 （ITS rDNA） （28S rDNA-D1/D2） |
論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属先を推定します。既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、 「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を推定、描画します。 ご報告時には、分子系統樹データを「PowerPoint」にて納品いたします。 なお、標準は「近隣結合法」による系統樹推定となります。 |
42,000円～ | 15営業日 |
| ※1 近隣結合法以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になる場合があります。 | |||
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
分析のご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
