カビ機能遺伝子解析
特長
- DNAのITS領域や28S rDNAのD1/D2領域では種の識別が困難な分類群に有効
- 論文に基づき、各分類群の同定に有効な遺伝子領域を提案
- 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析 (MLSA) にも対応
概要
カビの同定には、主にrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは種の識別が困難な分離群が複数存在します。
これらの分類群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。
例えば、当社ではPenicillium 属にはβ-tubulin遺伝子、Aspergillus 属にはcalmodulin遺伝子、Fusarium 属やTrichoderma 属にはTEF-1α (Translation elongation factor 1-alpha) 遺伝子を推奨しています。
菌類の同定に最適な機能遺伝子領域を提案したり、分子系統解析や複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析にも対応可能です。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル グリセロールストック | 1本 | |
| シーケンス生データ （ab1 ファイル） 塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーからの生データ (ab1ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。詳しくはお問い合わせ下さい。 |
解析の流れ（分子系統解析の場合）
- 文献調査
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- 相同性検索
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| β-tubulin (BLAST) calmodulin (BLAST) TEF-1α (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| β-tubulin分子系統解析 calmodulin分子系統解析 TEF-1α 分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察(同定に至った経緯の文章説明) ＋ 同定結果 ＋ 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル | ・ 系統樹ファイル （PowerPoint） ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
- ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼、依頼書の入手
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
