カビの同定には、主にrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは識別が困難な分離群が複数存在します。これらの分類群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。例えば、当社ではPenicillium属にはβ-tubulin遺伝子、Aspergillus属にはcalmodulin遺伝子、Fusarium属やTrichoderma属にはTEF-1α (Translation elongation factor 1-alpha) 遺伝子を推奨しています。
菌類の遺伝子同定に最適な機能遺伝子領域を提案したり、分子系統解析や複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析にも対応可能です。
種類 | 必要量 | 備考 |
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平板培養物 | 1枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。 |
液体培養物 スラント(斜面培養物) アンプル グリセロールストック | 1本 | |
シーケンス生データ (ab1 ファイル) 塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーからの生データ (ab1ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。詳しくはお問い合わせ下さい。 |
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
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β-tubulin (BLAST) calmodulin (BLAST) TEF-1α (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
β-tubulin分子系統解析 calmodulin分子系統解析 TEF-1α 分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明) + 同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル | ・ 系統樹ファイル (PowerPoint) ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 (税抜) | 目安納期 |
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β-tubulin(BLAST) calmodulin(BLAST) TEF-1α (BLAST) | 1~8 | 株 | 41,000円 | 12営業日 |
9~ | 株 | お問い合わせ下さい。 | ||
β-tubulin分子系統解析 calmodulin分子系統解析 TEF-1α 分子系統解析 | 1 | 式 | +37,000円~ | お問い合わせ下さい。 |
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複減額のご案内をご参照下さい。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けいたします。
ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
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