カビ 機能遺伝子解析
特 長
- ITS rDNA 領域や28S rDNA-D1/D2 領域では識別が困難な分類群に有効
- 論文に基づき、有効な遺伝子領域をご提案
- 近隣結合法（NJ 法）、最節約法（MP 法）、最尤法（ML 法）から選択可能
- 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析（MLSA）にも対応
概 要
カビの同定には、ITS rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは識別が困難な菌群が複数存在します。
これらの菌群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。当社では、Penicillium属およびAspergillus 属の種にはβ-tubulin 遺伝子、Aspergillus niger グループやA. flavus グループなどの種にはcalmodulin 遺伝子、Fusarium 属やTrichoderma 属の種には有効なTEF-1α（transcribed elongation factor 1-alpha）遺伝子を推奨しています。
菌類の同定に最適な機能遺伝子のDNA 塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示ください。 コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル グリセロールストック | 1本 | |
| シーケンス生データ （ab1 ファイル） 塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーからの生データ（ab1 ファイル）から配列決定し、解析することも可能です。 |
解析の流れ
- 文献調査
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- 相同性検索
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 製品名 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| β-tubulin（BLAST） calmodulin（BLAST） TEF-1α （BLAST） | ・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| β-tubulin 分子系統解析 calmodulin 分子系統解析 TEF-1α 分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察文章（同定に至った経緯の文章説明） ＋ 同定結果 | ・ 系統樹ファイル （PowerPoint） ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
価格・納期
| 製品名 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| β-tubulin（BLAST） calmodulin（BLAST） TEF-1α （BLAST） | 1～8 | 株 | 42,000円 | 12営業日 |
| 9～ | 株 | お問い合わせ下さい。 | ||
| β-tubulin分子系統解析 calmodulin分子系統解析 TEF-1α 分子系統解析 | 1 | 式 | お問い合わせ下さい。 | |
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA 塩基配列データ、シーケンス波形データおよび報告書中の写真などは、報告時にお届けいたします。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
確認と同意事項
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。