カビ機能遺伝子解析

特 長

概 要

 カビの同定には、主にrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは識別が困難な分離群が複数存在します。これらの分類群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。例えば、当社ではPenicillium属にはβ-tubulin遺伝子、Aspergillus属にはcalmodulin遺伝子、Fusarium属やTrichoderma属にはTEF-1α (Translation elongation factor 1-alpha) 遺伝子を推奨しています。

 菌類の遺伝子同定に最適な機能遺伝子領域を提案したり、分子系統解析や複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析にも対応可能です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。
生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本
シーケンス生データ
(ab1 ファイル)
塩基配列テキストファイル
シーケンサーからの生データ (ab1ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。詳しくはお問い合わせ下さい。

解析の流れ

納品内容

試験項目報告内容付属データ
β-tubulin (BLAST)
calmodulin (BLAST)
TEF-1α (BLAST)
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
β-tubulin分子系統解析
calmodulin分子系統解析
TEF-1α 分子系統解析
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 分子系統解析に使用した配列一覧
・ 系統樹
・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明) + 同定結果
      + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・ 系統樹ファイル
(PowerPoint)
・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期
β-tubulin(BLAST)
calmodulin(BLAST)
TEF-1α (BLAST)
1~8
41,000円
12営業日
9~お問い合わせ下さい。
β-tubulin分子系統解析
calmodulin分子系統解析
TEF-1α 分子系統解析
1
+37,000円~
お問い合わせ下さい。

・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複減額のご案内をご参照下さい。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けいたします。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。