カビ機能遺伝子解析
特長
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rDNAのI TS領域や28S r DNAのD1/D2領域では種の識別が困難な分類群に有効
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論文に基づき、各分類群の同定に有効な遺伝子を提案
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複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析 ( MLSA) にも対応
概要
カビの同定には、主にrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは種の識別が困難な分類群が複数存在します。これらの分類群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。例えば、当社ではPenicillium 属にはβ-tubulin遺伝子、Aspergillus 属にはcalmodulin遺伝子、Fusarium属やTrichoderma属にはTEF-1α (Translation elongation factor 1-alpha) 遺伝子を推奨しています。
同定に最適な機能遺伝子の提案や、分子系統解析や複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析にも対応可能です。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 |
液体培養物 | 1 本 | |
シーケンス生データ (ab1 ファイル ) | － | シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。 |
解析の流れ
分子系統解析の場合
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文献調査
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培養・純度確認
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DNA抽出
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PCR増幅
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シーケンス
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塩基配列決定
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相同性検索
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データセット構築
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分子系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
β-tubulin (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ |
β-tubulin 分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ 分子系統樹ファイル |
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
β -tubulin (BLAST) | 1～8 | 株 | 34,000 円 | 12 営業日 |
9～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
β -tubulin 分子系統解析 | 1 | 式 | ＋ 46,000 円～ | お問い合わせ下さい |
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
- DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けします。
ご依頼前の同意事項
・ β-tubulin、calmodulin、TEF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。