カビ 機能遺伝子解析

特 長

  • ITS rDNA 領域や28S rDNA-D1/D2 領域では識別が困難な分類群に有効
  • 論文に基づき、有効な遺伝子領域をご提案
  • 近隣結合法(NJ 法)、最節約法(MP 法)、最尤法(ML 法)から選択可能
  • 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析(MLSA)にも対応

概 要

カビの同定には、ITS rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは識別が困難な菌群が複数存在します。
これらの菌群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。当社では、Penicillium属およびAspergillus 属の種にはβ-tubulin 遺伝子、Aspergillus niger グループやA. flavus グループなどの種にはcalmodulin 遺伝子、Fusarium 属やTrichoderma 属の種には有効なTEF-1α(transcribed elongation factor 1-alpha)遺伝子を推奨しています。

菌類の同定に最適な機能遺伝子のDNA 塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も対応可能です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示ください。 コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本
シーケンス生データ
(ab1 ファイル)
塩基配列テキストファイル
シーケンサーからの生データ(ab1 ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

解析の流れ

  • 文献調査
  • 培養・純度確認
  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • シーケンス
  • 配列決定
  • 相同性検索
  • データセット構築
  • 分子系統解析

納品内容

製品名報告内容付属データ
β-tubulin(BLAST)
calmodulin(BLAST)
TEF-1α (BLAST)
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
β-tubulin 分子系統解析
calmodulin 分子系統解析
TEF-1α 分子系統解析
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・ 分子系統解析に使用した配列一覧
・ 系統樹
・ 考察文章(同定に至った経緯の文章説明) + 同定結果
・ 系統樹ファイル
(PowerPoint)
・ DNA 塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
目安納期
β-tubulin(BLAST)
calmodulin(BLAST)
TEF-1α (BLAST)
1~842,000円12営業日
9~お問い合わせ下さい。
β-tubulin分子系統解析
calmodulin分子系統解析
TEF-1α 分子系統解析
1お問い合わせ下さい。

・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA 塩基配列データ、シーケンス波形データおよび報告書中の写真などは、報告時にお届けいたします。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子では、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。