ANI (Average Nucleotide Identity) 解析
特 長
- 完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列の類似度から、細菌の種の異同を決定
- 高い再現性
- 完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列の活用が可能
概 要
ANI解析は、対照株 (検体) と比較株の完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列の類似度 (ANI：相同値) をコンピュータ上で計算し、種の異同を判断します。ANI値が95%以上であれば同種、95%未満であれば別種 (新種) と判定します。DNA-DNAハイブリッド形成試験とANI解析には正の相関があり、DNA-DNAハイブリッド形成試験における種の境界値「70%」は、ANI値で「95%」に相当します1)。解析後、完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列がお手元に残るのもANI解析の特長と言えます。
完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列の決定に使用するシーケンサーは、「iSeq®」 (Illumina社製）、「PacBio® RSⅡ/Sequel」 (Pacific Biosciences 社製) の2機種からご選択できます。完全長ゲノム配列での解析をご希望の場合は、「PacBio® RSⅡ/Sequel」をご選択下さい。「PacBio® RSⅡ/Sequel」ではゲノムDNAの抽出・精製時の断片化をなるべく抑える必要があり、その品質確認が重要です。当社では、抽出DNAの品質確認も実施いたします。
ANI解析には公開プログラム「ANI calculator （http://enve-omics.ce.gatech.edu/ani/index）」を使用します。既に完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列を取得されている場合には、ANI解析のみのご依頼も承ります。
参考文献
1) Goris J, Konstantinidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, et al. DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. Int J Syst Evol Microbiol 2007;57:81–91.
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社で培養を行います。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。 |
| 液体培養物 | 1本 | |
| スラント （斜面培養物） | ||
| アンプル | ||
| グリセロールストック | ||
| 集菌体 | 目安湿重量 1 ｇ以上 | 集菌後、5 mM EDTAバッファーで2～3回程度洗浄し、遠心・集菌後は凍結して冷凍 （クール便） でお送り下さい。集菌体から直接DNAを抽出します。 |
| ゲノム配列データ | ー | 対象株の完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列が存在すれば、お手持ちのゲノム配列データからANI解析のみのご依頼が可能です。 |
解析の流れ
- 培養
- DNA抽出
- DNAの品質検査
- ゲノムシーケンス
- コンティグ
- ANI解析
- 判定
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| ゲノム配列解析 （DNA抽出含） | ・ DNA抽出作業報告 （電気泳動像添付） ・ シーケンス結果 （配列） * PacBio RSⅡ/Sequelゲノム配列解析には、作業概況 （提携先レポート添付） を含みます。 | ・ゲノム配列データ |
| ANI解析 | ・ ANI解析結果 | ー |
価格・納期
| 試験項目 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
|---|---|---|---|---|
| iSeqゲノム配列解析※ | 株 | DNA抽出、アセンブリ込み | 230,000円 | 2ヶ月～ |
| アノテーション付与 | 株 | ご希望の場合 | ＋30,000円 | ＋2週間～ |
| PacBio RSⅡ/Sequel用DNA抽出 | 株 | 培養あり | 42,000円 | 20営業日～ |
| 株 | 培養なし | 37,000円 | 15営業日～ | |
| PacBio RSⅡ/Sequelゲノム解析 | 株 | アセンブリ込み | 448,500円 | 3ヶ月～ |
| アノテーション付与 | 株 | ご希望の場合 | ＋78,000円 | ＋2週間～ |
| ANI解析 | 株 | 1：1のANI解析の場合 | 8,000円 | ゲノム配列データ受領後 10営業日 |
| 1：2のANI解析の場合 | 16,000円 |
|||
※ 当社で培養を行う場合、別途培養費 (5,000円)が掛かります。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費、重複減額のご案内をご参照下さい。
・ 対照株数が複数の場合には、お問い合わせ下さい。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ シーケンス作業およびアノテーションの付与は、当社もしくは業務提携先にて行います。
・ 業務提携先でのゲノムDNAの品質検査において「不合格」となった検体があった場合には、ご連絡の上、納期を延長させていただくことがあります。
・ 当社で対照株を購入する場合、別途追加費用が必要となります。
・ 本試験は対照株 (検体) の系統学的な解析が終了し、近縁種の絞り込みができていることが必要です。
・ ANI解析は、分類群によっては推奨されていない場合があります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通)を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
