ANI (Average Nucleotide Identity) 解析
特 長
- ゲノムデータの類似度から、細菌の種の異同を決定
- 高い再現性
- ゲノムデータの活用が可能
概 要
ANI 解析は、対象株（検体）と比較株のゲノム配列の類似度（ANI：相同値）をコンピュータ上で計算し、種の異同を判
断します。ANI 値が95%以上であれば同種、95%未満であれば別種と判定します。DNA-DNA ハイブリッド形成試験とANI 解析には正の相関があり、DNA-DNA ハイブリッド形成試験における種の境界値「70%」は、ANI 値で「95%」に相当します（Goriset al. 2007）。解析後、ゲノムデータがお手元に残るのもANI 解析の特長と言えます。
ゲノム決定に使用するシーケンサーは、「HiSeq® 2500」（illumina 社製）または「PacBio® RSⅡ/Sequel」（Pacific
Biosciences社製）の2 機種から選択できます。ホールゲノムでの解析をご希望の場合は、「PacBio® RSⅡ/Sequel」を選
択下さい。「PacBio® RSⅡ/Sequel」ではゲノムDNA の抽出・精製時の断片化をなるべく抑える必要があり、その品質確認
が重要です。当社では、抽出DNA の品質確認も実施いたします。
ANI 解析には公開プログラム「ANI calculator 」を使用します。既に
ゲノム配列を取得されている場合には、ANI 解析のみのご依頼も賜ります。
Goris J, Konstantidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM （2007）. DNA–DNA hybridization valuesand their relationship to whole-genome sequence similarities. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57, 81–91.
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社で培養を行います。培養条件を ご指示下さい。 コンタミネーションや純粋性に疑義が ある場合には、連絡をいたします。 |
| 液体培養物 | 1本 | |
| スラント （斜面培養物） | ||
| アンプル | ||
| グリセロールストック | ||
| 集菌体 | 目安湿重量 1ｇ以上 （右図参照） | 集菌後、5mM EDTA バッファで2～3 回 程度洗浄し、遠心・集菌後は凍結して 冷凍（クール便）でお送り下さい。 |
| ゲノムデータ | ー | 対象株のゲノムデータが存在すれば、お手持ちのゲノムデータからANI 解析の みのご依頼が可能です。 |
解析の流れ
- 培養
- DNA抽出
- 精製・超遠心
- 断片化確認
- ゲノムシーケンス
- コンティグ
- 配列決定
- ANI解析
- 判定
納品内容
| 製品名 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| ゲノム解析(DNA抽出含) | ・DNA 抽出作業報告（電気泳動像添付） ・シーケンス結果（配列および作業概況（提携先レポート添付） | ・ゲノム配列データ |
| ANI解析 | ・ANI 解析結果 ＋ 考察文章 | ー |
価格・納期
| 製品名 | 単位 | 単価 | 目安納期 | |
|---|---|---|---|---|
| HiSeq®用DNA抽出 | 株 | 培養あり | 21,000円 | 15営業日～ |
| 株 | 培養なし | 16,000円 | 10営業日～ | |
| HiSeq®ゲノム解析 | 株 | アライメント付 | 194,500円 | 3ヶ月～ |
| PacBio® RSⅡ/Sequel用DNA抽出 | 株 | 培養あり | 137,000円 | 20営業日～ |
| 株 | 培養なし | 112,000円 | 15営業日～ | |
| PacBio® RSⅡ/Sequelゲノム解析 | 株 | アライメント付 | 442,000円 | 3ヶ月～ |
| 【オプション】 アノテーション付与 | 株 | ご希望の場合 | ＋39,000円 | ＋2週間～ |
| ANI解析 | 株 | 1：1のANI解析の場合 | 12,000円 | ゲノムデータ受領後 10営業日 |
| 1：2のANI解析の場合 | 22,000円 | |||
・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。（【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい）
・対象菌株が複数の場合には、お問い合わせ下さい。
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・当社で対照株を購入する場合、別途追加費用が必要となります。
・本試験は対象株（検体）の系統学的な解析が終了し、近縁種の絞り込みができていることが必要です。
・本方法は分類群によっては、推奨されていない場合があります。
・ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
