ANI (Average Nucleotide Identity) 解析

説明

ANI解析は、対象株(検体)と比較株のゲノム配列の類似度(ANI:相同値)をコンピュータ上で計算し、種の異同を判断します。ANI値が95%以上であれば同種、95%未満であれば別種と判定します。
DNA-DNAハイブリッド形成試験とANI解析には正の相関があり、DNA-DNAハイブリッド形成試験における種の境界値「70%」は、ANI値で「95%」に相当します(Goris et al. 2007)。解析後、ゲノムデータがお手元に残るのもANI解析の特長と言えます。

現在、細菌の新種提唱を行う際にはゲノム解析の実施が推奨されており、ゲノムデータから算出できるANI解析は、新種提唱論文でますます普及すると考えられます。

Goris J, Konstantidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM (2007). DNA–DNA hybridization valuesand their relationship to whole-genome sequence similarities. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57, 81–91.

試験内容

項目 送付方法
ANI解析

【DNA抽出~シーケンス】
試験菌株の培養より承ります。ゲノムDNAの抽出・精製では断片化をなるべく抑え、その品質を確認の上、シーケンスに供します。ゲノム決定に使用するシーケンサーは、「HiSeq® 2500」(illumina社製)または「PacBio® RSⅡ」(Pacific Biosciences 社製)の2機種から選択できます。ホールゲノムでの解析をご希望の場合は、「PacBio® RSⅡ」をお薦めいたします。
オプションで別途アノテーションを付与することが可能です。

【ANI解析】
比較菌株のゲノムが既に解読され、公開されている場合には、その配列を取得して解析を行います。
ANI解析は公開プログラム「ANI calculator(http://enve-omics.ce.gatech.edu/ani/)」を使用します。

報告内容

項目 報告内容 参考データ
ゲノム解析
DNA抽出含)
・DNA抽出作業報告(電気泳動像添付)
・シーケンス結果(配列および作業概況(提携先レポート添付)
ゲノム配列データ
ANI解析 ・ANI解析結果 + 考察文章

価格・納期

項目
内容(解析例)  検体数 単位 価格  目安納期
DNA抽出   培養あり 1 16,000円  14営業日~ 
培養なし  1 13,000円  10営業日~  
HiSeq®ゲノム解析  アライメント付 1 194,500円  3ヶ月~
PacBio®ゲノム解析 1 442,000円 
ANI解析 1:1の場合 1  14,000円  ゲノムデータ受領後
10営業日 
1:2の場合  20,000円
 アノテーション付与  ご希望の場合 1 +39,000円  +2週間~ 

・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・対象菌株が複数の場合には、お問い合わせ下さい。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  当社で対照株を購入する場合、別途追加費用が必要となります。
 本試験には、対象株(検体)の系統学的な解析が終了し、近縁種の絞り込みができていることが必要です。
・本方法は分類群によっては、推奨されていない場合があります。
  ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。