ANI (Average Nucleotide Identity) 解析

特 長

  • ゲノムデータの類似度から、細菌の種の異同を決定
  • 高い再現性
  • ゲノムデータの活用が可能

概 要

ANI 解析は、対象株(検体)と比較株のゲノム配列の類似度(ANI:相同値)をコンピュータ上で計算し、種の異同を判
断します。ANI 値が95%以上であれば同種、95%未満であれば別種と判定します。DNA-DNA ハイブリッド形成試験とANI 解析には正の相関があり、DNA-DNA ハイブリッド形成試験における種の境界値「70%」は、ANI 値で「95%」に相当します(Goriset al. 2007)。解析後、ゲノムデータがお手元に残るのもANI 解析の特長と言えます。
ゲノム決定に使用するシーケンサーは、「HiSeq® 2500」(illumina 社製)または「PacBio® RSⅡ/Sequel」(Pacific
Biosciences社製)の2 機種から選択できます。ホールゲノムでの解析をご希望の場合は、「PacBio® RSⅡ/Sequel」を選
択下さい。「PacBio® RSⅡ/Sequel」ではゲノムDNA の抽出・精製時の断片化をなるべく抑える必要があり、その品質確認
が重要です。当社では、抽出DNA の品質確認も実施いたします。
ANI 解析には公開プログラム「ANI calculator 」を使用します。既に
ゲノム配列を取得されている場合には、ANI 解析のみのご依頼も賜ります。

Goris J, Konstantidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM (2007). DNA–DNA hybridization valuesand their relationship to whole-genome sequence similarities. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57, 81–91.

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社で培養を行います。培養条件を ご指示下さい。 コンタミネーションや純粋性に疑義が ある場合には、連絡をいたします。
液体培養物1本
スラント
(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
集菌体目安湿重量
1g以上
(右図参照)
集菌後、5mM EDTA バッファで2~3 回 程度洗浄し、遠心・集菌後は凍結して 冷凍(クール便)でお送り下さい。
ゲノムデータ対象株のゲノムデータが存在すれば、お手持ちのゲノムデータからANI 解析の みのご依頼が可能です。

解析の流れ

  • 培養
  • DNA抽出
  • 精製・超遠心
  • 断片化確認
  • ゲノムシーケンス
  • コンティグ
  • 配列決定
  • ANI解析
  • 判定

納品内容

製品名報告内容付属データ
ゲノム解析(DNA抽出含)・DNA 抽出作業報告(電気泳動像添付)
・シーケンス結果(配列および作業概況(提携先レポート添付)
・ゲノム配列データ
ANI解析・ANI 解析結果 + 考察文章

価格・納期

製品名単位単価目安納期
HiSeq®用DNA抽出培養あり21,000円15営業日~
培養なし16,000円10営業日~
HiSeq®ゲノム解析アライメント付194,500円3ヶ月~
PacBio® RSⅡ/Sequel用DNA抽出培養あり137,000円20営業日~
培養なし112,000円15営業日~
PacBio® RSⅡ/Sequelゲノム解析アライメント付442,000円3ヶ月~
【オプション】
アノテーション付与
ご希望の場合+39,000円+2週間~
ANI解析1:1のANI解析の場合12,000円ゲノムデータ受領後
10営業日
1:2のANI解析の場合22,000円

・常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。(【ガイド】検体送付と追加費用のご案内を参照下さい)
・対象菌株が複数の場合には、お問い合わせ下さい。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

  シーケンス作業およびアノテーションの付与は、業務提携先にて行います。
・当社で対照株を購入する場合、別途追加費用が必要となります。
・本試験は対象株(検体)の系統学的な解析が終了し、近縁種の絞り込みができていることが必要です。
・本方法は分類群によっては、推奨されていない場合があります。
・ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。