生体A DNA 抽出 (JMBC 推奨プロトコル)
特長
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JMBC（日本マイクロバイオームコンソーシアム）推奨プロトコルに基づき、糞便からDNAを抽出し納品
概要
JMBCが推奨するヒト糞便メタゲノム解析推奨プロトコル1,2)に基づき、ヒト糞便からDNAを抽出します。
受入可能な検体
由来 | 検体の種類※1 | 対象 |
ヒト | 糞便 | 細菌 のDNA |
実験動物類 | マウス、 ラットなどの糞便、 腸管内容物 | |
家畜類 | ブタ、 ウシ、 ウマなどの糞便、 腸管内容物 | |
家禽類 | ニワトリなどの糞便、 腸管内容物 | |
ペット類 | イヌ、 ネコなどの糞便 | |
その他 | 魚類、 昆虫などの糞便、 腸管内容物 |
※1 糞便からのDNA抽出については、技術情報『当社での糞便からのDNA抽出方法』をご参照下さい。
※2 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
A区分 | 糞便、 腸管内容物 | 糞便採取容器 ( 保存液なし ) | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
糞便採取容器 ( 保存液あり ) | 採取後速やかに冷蔵保存 | |||
- 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の入った状態で検体をご送付下さい。冷凍する場合の保管温度帯は腸内環境分析用 糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。
生体由来検体の返送
糞便採取容器「ブラシ型」を使いご依頼頂いた場合、元検体の返送はできません。
ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。
作業の流れ
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検体の秤量（オプション）
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破砕
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精製
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濃度測定
仕様
使用機器またはキット | 内容 |
・ ISOSPIN Fecal DNA | 糞便からの DNA 抽出～精製を実施します。 |
納品内容
滅菌水あるいはTEバッファーに溶解したDNAを、70 µL以上納品します。吸光度測定によるDNA濃度測定結果を報告します。
報告納品内容 | 形式 |
DNA 抽出物 | マイクロチューブ |
DNA 濃度測定結果 | Excel ファイル |
報告書サンプル
価格納期
試験項目 | 区分 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
DNA 抽出 (JMBC 推奨プロトコル ) | A 区分 | 1 | 検体 | 11,000 円 | 15 営業日～ |
参考文献
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(1)
Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A et al . Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements.Microbiome 2021;9:95.
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(2)
JMBC 糞便メタゲノム解析推奨プロトコル ver2.1. http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf
オプション
仕様
試験項目 | 内容 |
秤量 | DNA 抽出に使う検体量を秤量し、 抽出を行います。 |
PCR 増幅確認 | 16S rDNA のユニバーサルプライマーを用いて PCR 増幅の有無を確認します。 |
二本鎖 (ds) DNA 濃度測定 | 蛍光法により Qubit またはマイクロプレートリーダーで測定します。 |
濃度調整 | TE バッファーで指定の濃度に希釈調整します。 |
糞便 混錬作業 | 均一化のための糞便の混錬作業です。 同一検体を複数の容器でお送りいただき、 |
納品内容
報告納品内容 | 形式 |
秤量結果 | Excel ファイル |
PCR 増幅確認結果 | jpg ファイル |
二本鎖 (ds) DNA 濃度測定結果 | Excel ファイル |
濃度希釈結果 | Excel ファイル |
価格納期
追加試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
秤量 | 1 | 検体 | 1,000 円～ | ＋ 2 営業日～ |
PCR 増幅確認 | 1 | 検体 | 6,000 円 | ＋ 5 営業日～ |
二本鎖 (ds) DNA | 1 ～ 4 | 検体 | 6,000 円 | ＋ 2 営業日～ |
5 ～ 23 | 検体 | 3,000 円 | ||
24 ～ | 検体 | 2,000 円 | ||
濃度調整 | 1 | 検体 | 1,000 円 | ＋ 5 営業日～ |
糞便 混錬作業※ | 1 | 検体 | 1,000 円～ | お問い合わせ下さい |
※ 均一化のための糞便の混練作業です。多量の検体を作業する場合、別途、処分費が必要となることがあります。詳細は当社までお問い合わせ下さい。
ご依頼前の同意事項
・ DNA抽出物の返送には、別途送料が必要となります。
・ 糞便検体でリアルタイムPCR解析、または糞便理化学分析を同時あるいは追加で行う場合は、保存液入りの糞便採取容器は使用できません。保存液なしの採取容器あるいはメタボロキーパーをご使用下さい。
・ 解凍に伴う梱包材の軟化や破断による汚染が考えられるため、発泡スチロールなどに梱包いただき、漏洩にご注意下さい。
・ 秤量および他試験項目を同時に行う場合には、検体の必要量が変わりますのでお問い合わせ下さい。
・ 本試験項目は、当社の受託解析サービス (アンプリコンシーケンス解析、リアルタイムPCR解析など) の基本サービスであり、当社の受託解析サービス以外での解析における必要なDNA量および品質を保証するものではありません。
・ 当社において、ショットガンメタゲノム解析での最適なDNA抽出方法の検証は行っておりません。
・ DNAの収量は、検体量および保存状態に依存します。あらかじめご了承下さい。
・ DNAの収量評価については、オプションサービスをご依頼下さい。
・ 糞便の場合、DNA必要量がお決まりの場合には事前にご相談下さい。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。