アンプリコンシーケンス解析用
データベースが新しくなりました

アンプリコンシーケンス解析で使用する当社オリジナルデータベースが「DB-BA13.0」(Ver.13)から最新版「NGS-DB-BA16.0」(Ver.16) へバージョンアップし、2021年6月受注分より新しいデータベースを使用して解析結果を報告いたします。

データベースについて

新しい解析データベース「NGS-DB-BA16.0」は、当社微生物同定システム「ENKI®」のDB-BA16.0 (収録数: 3,082属、15,835種、415亜種) をアンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしたデータベースで、2020年7月までに記載・再分類された分類体系に基づいた細菌・アーキア基準株由来の16S rDNA塩基配列データに加え、生態学的に重要な難培養微生物、例えばアナモックス細菌やSegmented Filamentous Bacteria (SFB) といった基準株ではないものの配列も収録しています。

Rejected Hitの減少と種数の増加

アンプリコンシーケンス解析では、相同性検索で相同率97 %以上の基準株が見つからなかった配列はRejected Hitと出力されるように標準設定しています。Ver.16ではVer.13から2,721配列を加えたことで (合計15,806配列)、Rejected hitの割合を減少させることができ、登録種数の増加により解析精度の向上に繋がりました (図1)。

図1. Rejected hitの割合 (%) および種数
Ver.13とVer.16の比較

Not Determinedの減少

Bacillus subtilis groupやB. cereus groupなど16S rDNA配列のみで分類できない近縁種は、これまでNot determined (1種に推定できない) と出力されていました。Ver.16では、このような94配列166種を併記またはグループ名 (例:Bacillus subtilis /tequilensis, Bacillus cereus group) で表示することでNot determinedを大幅に減らし、より精確に群集構造を捉えられるようになっています (図2)。

図2. Not determinedの割合 (%)
Ver.13およびVer.16の比較

RDP Classifierのデータベースが新しくなりました

2021年6月受注分より、RDP ClassifierのデータベースがVer. 2.11から2.13へ更新して解析いたします。Ver. 2.13は2020年7月までに提唱された新属や再編された分類体系に基づいています。最新の分類体系を反映したことで、属レベルでRejected Hitを減らし、より多様性に富む結果が得られるようになりました (図3)。なお、RDP Classiferでの解析では、Confidence threshold 0.8を標準設定しています。

図3. Rejected hitの割合 (%) および種数
RDP Ver.2.11および2.13の比較

分類群について

図4に示すようにBacteroides属からPhocaeicola属への一部移籍や、Limosilactobacillus属 (2020年にLactobacillus属から再編された新属) が結果に反映されていることがわかります。科レベルでもOdoribacteraceae科やSelenomonadaceae科など腸内細菌叢研究のみならずゲノム研究の分野でも注目されている分類群を見出すことができます (図5)。

図4. 属レベルのヒト腸内細菌叢解析結果
RDP Ver.2.11および2.13の比較

図5. 科レベルのヒト腸内細菌叢解析結果
RDP Ver.2.11および2.13の比較

今後のデータ解析について

最新の分類体系によるアンプリコンシーケンス解析をぜひご利用ください。「NGS-DB-BA 16.0」および「RDP Classifier Ver. 2.13」で改めて解析することも可能です (再解析費用が発生します) 。「DB-BA13.0」および「RDP Classifier Ver. 2.11」でのデータ解析も引き続き、ご指定いただくことで承ります。

試験に関するお問い合わせ

株式会社テクノスルガ・ラボ 営業部
E-mail:tsl-contact@tecsrg.co.jp
電話番号:054-349-6211