きのこ同定試験

特長

  • 経験豊富な技術者による形態観察

  • 分子系統解析まで実施 (BLASTまでのご依頼を除く)

  • 解析するDNA塩基配列領域は当社技術者により提案

  • DNA塩基配列解析結果と形態観察の総合考察付きセットメニューも用意

概要

きのこの同定には、従来の子実体の形態的特徴に基づく手法に加えて、DNA塩基配列 (rDNAのITS領域または28S rDNAのD1/D2領域) を使った解析がよく用いられます。当社では、お預かりした微生物株または子実体に対し、最適な領域を提案します。また、国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA/GenBank) のデータを参照し、系統解析に必要となる帰属種・近縁種の基準標本やタイプ由来株などのDNA塩基配列データを取得し、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統解析から帰属種・近縁種を同定します。

「DNA塩基配列解析」と「子実体の形態観察」を組み合わせた試験セットとして、「きのこ形態観察付きDNA」も用意しております。DNA塩基配列解析単独での試験よりも、精度の高い同定が期待できます。

受入可能な検体

種類

必要量

備考

平板培養物

1 枚

当社での培養確認を行います。 培養条件をご指示下さい。

生育性や純粋性に疑義がある場合には、 ご連絡します。

液体培養物
スラント ( 斜面培養物 )

1 本

子実体

お問い合わせ下さい

「きのこ Standard」 をご希望の場合は、 可能な限り新鮮な子実体をお送り下さい。
直接 DNA 抽出することも可能です。 詳しくはお問い合わせ下さい。

解析の流れ
(きのこITS rDNA+分子系統解析の場合)

  • 培養・純度確認

  • DNA抽出

  • PCR増幅

  • シーケンス

  • 塩基配列決定

  • 相同性検索

  • 文献調査

  •  データセット構築

  •  分子系統解析

納品内容

試験項目

報告内容

付属データ

きのこ ITS rDNA (BLAST)
きのこ 28S rDNA-D1/D2 (BLAST)

・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位

・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

きのこ ITS rDNA
+分子系統解析
きのこ 28S rDNA-D1/D2
+分子系統解析

・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 分子系統解析に使用したDNA塩基配列一覧
・ 系統樹
・ 考察 (同定に至った経緯の文章説明)
・ 同定結果
・ 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

・ 分子系統樹ファイル
(PowerPoint)
・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

きのこ形態観察付き DNA ※

・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 分子系統解析に使用したDNA塩基配列一覧
・ 系統樹
・ 子実体の形態観察
・ 総合考察 (同定に至った経緯の文章説明)
・ 同定結果
・ 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

・ 分子系統樹ファイル
(PowerPoint)
・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
・ 子実体観察像

※ 「きのこITS rDNA+分子系統解析」または「きのこ28S rDNA-D1/D2+分子系統解析」と形態観察のセットとなります。

価格・納期

試験項目

検体数

単位

単価(税抜)

目安納期

きのこ ITS rDNA (BLAST)
または
きのこ 28S rDNA-D1/D2 (BLAST)

1~8

40,000 円

6営業日

9~

お問い合わせ下さい

きのこ ITS rDNA +分子系統解析
または
きのこ 28S rDNA-D1/D2 +分子系統解析

1~8

75,000 円

15営業日~

9~

お問い合わせ下さい

きのこ形態観察付き DNA

102,000 円

19 営業日
中間報告:10 営業日※

※ 中間報告は、「相同性検索結果の上位5位」をE-メール、またはFAXで報告します。報告書の結論と異なることがあります。

  •  多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • DNA塩基配列データ、シーケンス波形データ、形態観察時の写真などは、報告時にお届けします。

ご依頼前の同意事項

・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ 検体の生育性の有無や培養時間は、その菌の性状に依存します。当社は試験の遂行に最善の努力を払いますが、実施の確実性を保証するものではありません。
・ 培養条件や培養スケールの違いにより、菌株の性状が変化する可能性があります。これらの試験結果への影響について、当社は保証するものではありません。
・ 培養は、お客様のご指定、または当社で適当と判断した培養条件で行いますが、十分な生育が得られることを当社は保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、「細菌:日本細菌学会バイオセーフティ指針」、「カビ・酵母:Atlas of clinical fungi」または「各保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外との情報が異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベル (BSL) は、各微生物種に対し定められています。報告書で示すBSLは目安であり、検体自体のBSLを示すものではありません。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。