きのこDNA塩基配列解析・分子系統解析
特長
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分子系統解析まで実施 (BLASTまでのご依頼を除く)
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解析するDNA塩基配列領域は当社技術者により提案
概要
きのこの同定には、従来の子実体の形態的特徴に基づく手法に加えて、DNA塩基配列 (rDNAのITS領域または28S rDNAのD1/D2領域) を使った解析がよく用いられます。当社では、お預かりした微生物株または子実体に対し、最適な領域を提案します。また、国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA/GenBank) のデータを参照し、系統解析に必要となる帰属種・近縁種の基準標本やタイプ由来株などのDNA塩基配列データを取得し、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統解析から帰属種・近縁種を同定します。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を行います。培養条件をご指示下さい。 |
液体培養物 | 1 本 | |
子実体 | お問い合わせ下さい | 可能な限り新鮮な子実体をお送り下さい。 |
解析の流れ
(きのこITS rDNA+分子系統解析の場合)
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培養・純度確認
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DNA抽出
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PCR増幅
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シーケンス
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塩基配列決定
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相同性検索
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文献調査
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データセット構築
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分子系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
きのこ ITS rDNA (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ |
きのこITS rDNA | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ 分子系統樹ファイル |
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価(税抜) | 目安納期 |
きのこITS rDNA (BLAST) | 1~8 | 株 | 64,000 円 | 6営業日 |
9~ | お問い合わせ下さい | |||
きのこITS rDNA +分子系統解析 | 1~8 | 株 | 93,000 円 | 15営業日~ |
9~ | お問い合わせ下さい |
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
ご依頼前の同意事項
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ 検体の生育性の有無や培養時間は、その菌の性状に依存します。当社は試験の遂行に最善の努力を払いますが、実施の確実性を保証するものではありません。
・ 培養条件や培養スケールの違いにより、菌株の性状が変化する可能性があります。これらの試験結果への影響について、当社は保証するものではありません。
・ 培養は、お客様のご指定、または当社で適当と判断した培養条件で行いますが、十分な生育が得られることを当社は保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。