きのこ同定試験
特長
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経験豊富な技術者による形態観察
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分子系統解析まで実施 (BLASTまでのご依頼を除く)
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解析するDNA塩基配列領域は当社技術者により提案
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DNA塩基配列解析結果と形態観察の総合考察付きセットメニューも用意
概要
きのこの同定には、従来の子実体の形態的特徴に基づく手法に加えて、DNA塩基配列 (rDNAのITS領域または28S rDNAのD1/D2領域) を使った解析がよく用いられます。当社では、お預かりした微生物株または子実体に対し、最適な領域を提案します。また、国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA/GenBank) のデータを参照し、系統解析に必要となる帰属種・近縁種の基準標本やタイプ由来株などのDNA塩基配列データを取得し、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統解析から帰属種・近縁種を同定します。
「DNA塩基配列解析」と「子実体の形態観察」を組み合わせた試験セットとして、「きのこ形態観察付きDNA」も用意しております。DNA塩基配列解析単独での試験よりも、精度の高い同定が期待できます。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を行います。 培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、 ご連絡します。 |
液体培養物 | 1 本 | |
子実体 | お問い合わせ下さい | 「きのこ Standard」 をご希望の場合は、 可能な限り新鮮な子実体をお送り下さい。 |
解析の流れ
(きのこITS rDNA＋分子系統解析の場合)
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培養・純度確認
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DNA抽出
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PCR増幅
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シーケンス
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塩基配列決定
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相同性検索
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文献調査
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データセット構築
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分子系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
きのこ ITS rDNA (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ |
きのこ ITS rDNA | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ 分子系統樹ファイル |
きのこ形態観察付き DNA ※ | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ 分子系統樹ファイル |
※ 「きのこITS rDNA＋分子系統解析」または「きのこ28S rDNA-D1/D2＋分子系統解析」と形態観察のセットとなります。
価格・納期
試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
きのこ ITS rDNA (BLAST) | 1～8 | 株 | 40,000 円 | 6営業日 |
9～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
きのこ ITS rDNA ＋分子系統解析 | 1～8 | 株 | 75,000 円 | 15営業日～ |
9～ | 株 | お問い合わせ下さい | ||
きのこ形態観察付き DNA | 株 | 102,000 円 | 19 営業日 | |
※ 中間報告は、「相同性検索結果の上位5位」をE-メール、またはFAXで報告します。報告書の結論と異なることがあります。
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
- DNA塩基配列データ、シーケンス波形データ、形態観察時の写真などは、報告時にお届けします。
ご依頼前の同意事項
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ 検体の生育性の有無や培養時間は、その菌の性状に依存します。当社は試験の遂行に最善の努力を払いますが、実施の確実性を保証するものではありません。
・ 培養条件や培養スケールの違いにより、菌株の性状が変化する可能性があります。これらの試験結果への影響について、当社は保証するものではありません。
・ 培養は、お客様のご指定、または当社で適当と判断した培養条件で行いますが、十分な生育が得られることを当社は保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、「細菌：日本細菌学会バイオセーフティ指針」、「カビ・酵母：Atlas of clinical fungi」または「各保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外との情報が異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベル (BSL) は、各微生物種に対し定められています。報告書で示すBSLは目安であり、検体自体のBSLを示すものではありません。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。