recA遺伝子解析（Lactiplantibacillus plantarum）

特長

  • 16S rDNAで種の識別が困難なLactiplantibacillus plantarumグループの同定に有効

  • 近隣結合法 (NJ法) 、最節約法 (MP法) 、最尤法 (ML法) から選択可能

概要

Lactiplantibacillus plantarumグループに含まれる菌種間では16S rDNA 塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarumとL. pentosusの識別は非常に困難です。しかし、機能遺伝子であるrecA 遺伝子を解析することによりL. plantarumとL. pentosus の識別が可能です。

分子系統解析の手法は、主流である近隣結合法 (NJ; Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix)による手法にくわえ、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML; Maximum Likelihood) が用いられています。当社では、何れの方法でも対応可能です。

受入可能な検体

種類

必要量

備考

平板培養物

1 枚

当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。
生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。

液体培養物
スラント ( 斜面培養物 )
アンプル・グリセロールストック

1 本

解析の流れ

  • 培養・純度確認

  • DNA抽出

  • PCR増幅

  • シーケンス

  •  塩基配列決定

  • データセット構築

  •  分子系統解析

納品内容

試験項目

報告内容

付属データ

recA遺伝子解析（Lactiplantibacillus plantarum）

・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・分子系統解析に使用した配列の登録情報一覧
・系統樹
・考察 (同定に至った経緯の文章説明) ＋ 同定結果

・ 分子系統樹ファイル
(PowerPoint)
・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

価格・納期

試験項目

単位

単価（税抜）

目安納期

recA遺伝子解析（Lactiplantibacillus plantarum）

式

62,000 円

15営業日～

ご依頼前の同意事項

・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。 ・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。 ・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。 ・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。 ・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。 ・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

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048_recA_bacteria_V1.zip