細菌機能遺伝子解析(単一機能遺伝子・MLSA)
特長
- 16S rDNAで種の識別が困難な分類群に有効
- 論文に基づき、有効な遺伝子領域をご提案
- 近隣結合法 (NJ法) 、最節約法 (MP法) 、最尤法 (ML法) から選択可能
- 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析 (MLSA) にも対応
概要
機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子などを指し、16S rDNAに比べて進化速度が速く多型であることが知られています。16S rDNAでは菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析により種レベル (亜種レベル) の同定が可能となることがあります。
分子系統解析手法は、主流である近隣結合法 (NJ ; Neighb or Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法にくわえ、最節約法 (MP ; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML ; Maximum Likelihood) を用いられています。当社では、何れの方法でも対応可能です。
マルチローカス遺伝子解析 (MLSA ; multigene or multilocus sequence analysis) は、16S rDNAや機能遺
伝子などのハウスキーピング遺伝子 (housekeeping gene) を複数組み合わせて解析を行うことから、菌種間でのDNA塩基配列の差異が大きくなり、種レベル (亜種レベル) で解像度の高い解析を可能にします。
解析対象となる機能遺伝子
解析対象とする機能遺伝子領域はrecA、gyrA、gyrB、rpoA、rpoB、hsp60、pheSなどがあり、菌群により有効な遺伝子領域が異なります。解析可能な分類群は、論文など既報のあるものを基本とします。
解析事例
解析事例の一部を以下に示します。これ以外にもBacillus subtilisグループやStreptococcus mitisグループなど、複数の実績がございます。詳しくはお問合せ下さい。
recA遺伝子解析／Lactiplantibacillus plantarum (旧名 Lactobacillus plantarum) グループの識別
L. plantarumグループに含まれる菌種間では16S rDNA塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarumとL. pentosusの識別は非常に困難です。本グループでは、recA遺伝子単独でも2菌種の識別に有効です。
マルチローカス遺伝子解析 （MLSA; multigene or multilocus sequence analysis）
報告例①
Lactobacillus delbrueckiiの6亜種間における亜種レベルでの同定
L. delbrueckiiの6亜種は、種々の手法を組み合わせてもその識別は非常に困難です。しかし、7遺伝子 (fusA, gyrB, hsp60, ileS, pyrG, recA, recG ) を連結した塩基配列を用いた解析により、6亜種を識別することが可能です。
報告例②
Burkholderia cepacia complex における菌種の識別
B. cepacia complexに含まれる菌種は、16S rDNA塩基配列による相同性が互いに99%以上を示し、その識別が非常に困難です。しかし、7遺伝子 (atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB ) を連結した塩基配列を用いた分子系統解析により、菌種を明確に識別することができます。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル グリセロールストック | 1本 | |
| シーケンス生データ（ab1ファイル）塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーからの生データ（ab1ファイル）から配列決定し、解析することも可能です。 |
作業の流れ
- 文献調査
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| 機能遺伝子解析（BLAST） | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| 機能遺伝子解析 (recA含む) MLSA | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明) ＋ 同定結果 | ・ 分子系統樹ファイル (PowerPoint) ・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
ご依頼・依頼書の入手
単一機能遺伝子
recA遺伝子解析 (Lactiplantibacillus plantarum グループ) はセットメニューとなります。
| 解析例 | 単位 | 単価（税込） シーケンス (1,500 bp程度まで) | 単価（税込） 分子系統解析 | 総額（税込） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1株（1 機能遺伝子） ＋分子系統解析 | 式 | 51,700円 | 27,500円 | 79,200円 | 20営業日～ |
| 2株（各1機能遺伝子） ＋分子系統解析 （1 系統樹に2 株を含める場合） | 式 | 103,400円 | 27,500円 | 130,900円 | |
| recA 遺伝子 ＋分子系統解析 | 式 | ー | ー | 50,600円 | 15営業日～ |
MLSA
| 解析例 | 単位 | 単価（税込） シーケンス(700 bp程度まで) | 単価（税込） 分子系統解析 | 総額（税込） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3機能遺伝子 | 式 | 75,900円 | 58,300円 | 134,200円 | 24営業日～ |
| 5機能遺伝子 | 式 | 104,500円 | 80,300円 | 184,800円 | |
| 7機能遺伝子 | 式 | 133,100円 | 103,400円 | 236,500円 |
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費、重複減額のご案内
をご参照下さい。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けいたします。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
- 別途、プライマー合成費が必要な場合があります。
- ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼・依頼書の入手
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
