細菌 機能遺伝子解析(単一機能遺伝子・MLSA)

特 長

概 要

 機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子を指し、16S rDNA に比べて進化速度が速く多型であることが知られています。16S rDNAでは菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析により種レベル (亜種レベル) の同定が可能となることがあります。
 分子系統解析手法は、主流である近隣結合法 (NJ; Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法にくわえ、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を用いられています。当社では、何れの方法でも対応可能です。
 マルチローカス遺伝子解析 (MLSA; multigene or multilocus sequence analysis) は、16S rDNAや機能遺伝子などのハウスキーピング遺伝子 (housekeeping gene) を複数組み合わせて解析を行うことから、菌種間でのDNA塩基配列の差異が大きくなり、種レベル (亜種レベル) で解像度の高い解析を可能にします。

解析対象となる機能遺伝子

 解析対象とする機能遺伝子領域はrecA、gyrA、gyrB、rpoA、rpoB、hsp60、pheSなどがあり、菌群により有効な遺伝子領域が異なります。解析可能な分類群は、論文など既報のあるものを基本とします。

解析事例

解析事例の一部を以下に示します。これ以外にもBacillus subtilisグループやStreptococcus mitisグループなど、複数の実績がございます。詳しくはお問合せ下さい。

recA遺伝子解析/Lactiplantibacillus plantarum (旧名 Lactobacillus plantarum) グループの識別

L. plantarumグループに含まれる菌種間では16S rDNA塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarumL. pentosusの識別は非常に困難です。本グループでは、recA遺伝子単独でも2菌種の識別に有効です。

マルチローカス遺伝子解析 (MLSA; multigene or multilocus sequence analysis)

・マルチローカス遺伝子解析の報告例①

Lactobacillus delbrueckiiの6亜種間における亜種レベルでの同定
L. delbrueckii
の6亜種は、種々の手法を組み合わせてもその識別は非常に困難です。しかし、7遺伝子 (fusA, gyrB, hsp60, ileS, pyrG, recA, recG ) を連結した塩基配列を用いた解析により、6亜種を識別することが可能です。

・マルチローカス遺伝子解析の報告例②

Burkholderia cepacia complex における菌種の識別
B. cepacia complexに含まれる菌種は、16S rDNA塩基配列による相同性が互いに99%以上を示し、その識別が非常に困難です。しかし、7遺伝子 (atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB ) を連結した塩基配列を用いた分子系統解析により、菌種を明確に識別することができます。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。
生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント(斜面培養物)
アンプル
グリセロールストック
1本
シーケンス生データ(ab1ファイル)塩基配列テキストファイル シーケンサーからの生データ(ab1ファイル)から配列決定し、解析することも可能です。

作業の流れ

納品内容

試験項目報告内容付属データ
機能遺伝子解析(BLAST)・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
機能遺伝子解析 (recA含む)
MLSA
・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 分子系統解析に使用した配列一覧
・ 系統樹
・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明) + 同定結果
・ 分子系統樹ファイル
  (PowerPoint)
・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

価格・納期

単一機能遺伝子

recA遺伝子解析 (Lactiplantibacillus plantarum グループ) はセットメニューとなります。

解析例単位単価(税抜)
シーケンス
(1,500 bp程度まで)
単価(税抜)
分子系統解析
総額目安納期
1株(1 機能遺伝子)
+分子系統解析
46,000円
26,000円
72,000円
20営業日~
2株(各1機能遺伝子)
+分子系統解析
(1 系統樹に2 株を含める場合)
92,000円

(46,000円×2)

26,000円
118,000円
recA 遺伝子
+分子系統解析
48,000円
15営業日~

MLSA

解析例単位単価(税抜)
シーケンス(700 bp程度まで)
単価(税抜)
分子系統解析
総額目安納期
3機能遺伝子
65,000円
53,000円
118,000円
24営業日~
5機能遺伝子
89,000円
73,000円
162,000円
7機能遺伝子
113,000円
94,000円
207,000円

・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費、重複減額のご案内をご参照下さい。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けいたします。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 別途、プライマー合成費が必要な場合があります。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。