新種提唱をはじめとする微生物分類学分野における細菌の分子系統解析では、16S rDNA 塩基配列に加え、機能遺伝子が用いられる例が増えています。機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子であり、16S rDNA に比べて進化速度が速く多型であることが知られています。
このことから、16S rDNAでは菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析により種レベル（亜種レベル）の同定に大きな効果を発揮することがあります。

その解析手法は、主流である近隣結合法（NJ; Neighboor Joining）のように距離行列（Distance matrix）による手法にくわえ、最節約法（MP; Maximum Parsimony）や最尤法（ML; Maximum Likelihood）を用いること、さらには、複数遺伝子を組み合わせて解析するマルチローカス遺伝子解析（MLSA; multigene or multilocus sequence analysis）を行うことが国際微生物学連合（IUMS）により推奨されています。