細菌機能遺伝子解析 (単一機能遺伝子・MLSA)
特長
-
16S rDNAで種の識別が困難な分類群に有効
-
論文に基づき、 有効な遺伝子領域をご提案
-
近隣結合法 (NJ法) 、最節約法 (MP法) 、最尤法 (ML法) から選択可能
-
複数の遺伝子を組み合わせて解析するマルチローカス遺伝子解析 (MLSA) にも対応
概要
細菌の機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子などを指し、16S rDNAに比べて進化速度が速く多型であることが知られています。16S rDNAでは菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析により種レベル (亜種レベル) の同定が可能となることがあります。
分子系統解析手法は、主流である近隣結合法 (NJ; Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix)による手法にくわえ、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML; Maximum Likelihood) が用いられています。当社では、何れの方法でも対応可能です。
マルチローカス遺伝子解析 (MLSA; multilocus sequence analysis) は、16S rDNAや機能遺伝子などのハウスキーピング遺伝子 (housekeeping gene) を複数組み合わせて解析を行うことから、菌種間でのDNA塩基配列の差異が大きくなり、種レベル (亜種レベル) で解像度の高い解析を可能にします。解析対象とする機能遺伝子領域はrecA 、gyrA 、 gyrB 、 rpoA 、 rpoB 、 hsp60 、 pheS などがあり、菌群により有効な遺伝子領域が異なります。
解析可能な分類群は、論文など既報のあるものを基本とします。
解析事例
解析事例の一部を以下に示します。これ以外にもBacillus subtilisグループやStreptococcus mitisグループなど、複数の実績があります。詳しくはお問い合わせ下さい。
recA 遺伝子解析の報告例
Lactiplantibacillus plantarum (旧名Lactobacillus plantarum ) グループの識別
L. plantarum グループに含まれる菌種間では16S rDNA塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarum と L. pentosus の識別は非常に困難です。本グループでは、recA 遺伝子単独でも2菌種の識別に有効です。
マルチローカス遺伝子解析の報告例①
Lactobacillus delbrueckii の6亜種間における亜種レベルでの同定
L. delbrueckiiの6亜種は、種々の手法を組み合わせてもその識別は非常に困難です。しかし、7遺伝子 ( fusA ,gyrB , hsp60 , ileS , pyrG , recA , recG ) を連結したDNA塩基配列を用いた分子系統解析により、6亜種を識別することが可能です。
マルチローカス遺伝子解析の報告例②
Burkholderia cepacia complexにおける菌種の識別
B. cepacia complexに含まれる菌種は、16S rDNA塩基配列による相同性が互いに99%以上を示し、その識別が非常に困難です。しかし、7遺伝子 ( atpD , gltB , gyrB , recA , lepA , phaC , trpB ) を連結したDNA塩基配列を用いた分子系統解析により、菌種を明確に識別することができます。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 |
液体培養物 | 1 本 | |
シーケンス生データ (ab1 ファイル ) | - | シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル ) から配列決定し、解析することも可能です。 詳しくはお問い合わせ下さい。 |
解析の流れ
分子系統解析の場合
-
文献調査
-
培養・純度確認
-
DNA抽出
-
PCR増幅
-
シーケンス
-
塩基配列決定
-
相同性検索
-
分子系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
機能遺伝子解析 (BLAST) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ |
機能遺伝子解析 (recA 含む ) | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ 分子系統樹ファイル |
価格・納期
【単一機能遺伝子】
recA遺伝子解析 (Lactiplantibacillus plantarum グループ ) はセットメニューとなります。
解析例 | 単位 | 単価(税抜) | 目安納期 | ||
シーケンス | 分子系統解析 | 総額 | |||
1株 (1 機能遺伝子 ) | 式 | 50,000 円 | 21,000 円 | 71,000 円 | 20営業日~ |
2株 ( 各 1 機能遺伝子 ) | 式 | 100,000 円 (50,000 円× 2) | 21,000 円 | 121,000 円 | |
recA 遺伝子 | 式 | ー | ー | 53,000 円 | 15営業日~ |
【MLSA】
解析例 | 単位 | 単価(税抜) | 目安納期 | ||
シーケンス | 分子系統解析 | 総額 | |||
3機能遺伝子 | 式 | 78,000 円 | 68,000 円 | 146,000 円 | 24営業日~ |
5機能遺伝子 | 式 | 133,000 円 | 98,000 円 | 231,000 円 | |
7機能遺伝子 | 式 | 164,000 円 | 127,000 円 | 291,000 円 |
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
- DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けします。
ご依頼前の同意事項
・ 別途、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。
・ バイオセーフティレベルは、「細菌:日本細菌学会バイオセーフティ指針」、「カビ・酵母:Atlas of clinical fungi」または「各保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外との情報が異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベル (BSL) は、各微生物種に対し定められています。報告書で示すBSLは目安であり、検体自体のBSLを示すものではありません。