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細菌 機能遺伝子解析(単一機能遺伝子・MLSA)

特 長

  • 16S rDNAで種の識別が困難な分類群に有効
  • 論文に基づき、有効な遺伝子領域をご提案
  • 近隣結合法 (NJ法) 、最節約法 (MP法) 、最尤法 (ML法) から選択可能
  • 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析 (MLSA) にも対応

概 要

　機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子を指し、16S rDNA に比べて進化速度が速く多型であることが知られています。16S rDNAでは菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析により種レベル (亜種レベル) の同定が可能となることがあります。
　分子系統解析手法は、主流である近隣結合法 (NJ; Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法にくわえ、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) や最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を用いられています。当社では、何れの方法でも対応可能です。
　マルチローカス遺伝子解析 (MLSA; multigene or multilocus sequence analysis) は、16S rDNAや機能遺伝子などのハウスキーピング遺伝子 (housekeeping gene) を複数組み合わせて解析を行うことから、菌種間でのDNA塩基配列の差異が大きくなり、種レベル (亜種レベル) で解像度の高い解析を可能にします。

解析対象となる機能遺伝子

　解析対象とする機能遺伝子領域はrecA、gyrA、gyrB、rpoA、rpoB、hsp60、pheSなどがあり、菌群により有効な遺伝子領域が異なります。解析可能な分類群は、論文など既報のあるものを基本とします。

解析事例

解析事例の一部を以下に示します。これ以外にもBacillus subtilisグループやStreptococcus mitisグループなど、複数の実績がございます。詳しくはお問合せ下さい。

recA遺伝子解析／Lactiplantibacillus plantarum (旧名 Lactobacillus plantarum) グループの識別

L. plantarumグループに含まれる菌種間では16S rDNA塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarumとL. pentosusの識別は非常に困難です。本グループでは、recA遺伝子単独でも2菌種の識別に有効です。

マルチローカス遺伝子解析 （MLSA; multigene or multilocus sequence analysis）

・マルチローカス遺伝子解析の報告例①

Lactobacillus delbrueckiiの6亜種間における亜種レベルでの同定
L. delbrueckiiの6亜種は、種々の手法を組み合わせてもその識別は非常に困難です。しかし、7遺伝子 (fusA, gyrB, hsp60, ileS, pyrG, recA, recG ) を連結した塩基配列を用いた解析により、6亜種を識別することが可能です。

・マルチローカス遺伝子解析の報告例②

Burkholderia cepacia complex における菌種の識別
B. cepacia complexに含まれる菌種は、16S rDNA塩基配列による相同性が互いに99%以上を示し、その識別が非常に困難です。しかし、7遺伝子 (atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB ) を連結した塩基配列を用いた分子系統解析により、菌種を明確に識別することができます。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1枚当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。
生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。
液体培養物
スラント（斜面培養物）
アンプル
グリセロールストック		1本
シーケンス生データ（ab1ファイル）塩基配列テキストファイル ーシーケンサーからの生データ（ab1ファイル）から配列決定し、解析することも可能です。

作業の流れ

  • 文献調査
  • 培養・純度確認
  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • シーケンス
  • 配列決定
  • データセット構築
  • 分子系統解析

納品内容

試験項目報告内容付属データ
機能遺伝子解析（BLAST）・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ
機能遺伝子解析 (recA含む)
MLSA 		・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 分子系統解析に使用した配列一覧
・ 系統樹
・ 考察文章 (同定に至った経緯の文章説明) ＋ 同定結果 		・ 分子系統樹ファイル
　 (PowerPoint)
・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

価格・納期

単一機能遺伝子

recA遺伝子解析 (Lactiplantibacillus plantarum グループ) はセットメニューとなります。

解析例単位単価（税抜）
シーケンス
(1,500 bp程度まで)		単価（税抜）
分子系統解析		総額目安納期
1株（1 機能遺伝子）
＋分子系統解析		式
46,000円
26,000円
72,000円
20営業日～
2株（各1機能遺伝子）
＋分子系統解析
（1 系統樹に2 株を含める場合）		式
92,000円

(46,000円×2)

26,000円
118,000円
recA 遺伝子
＋分子系統解析		式ーー
48,000円
15営業日～

MLSA

解析例単位単価（税抜）
シーケンス(700 bp程度まで)		単価（税抜）
分子系統解析		総額目安納期
3機能遺伝子式
65,000円
53,000円
118,000円
24営業日～
5機能遺伝子式
89,000円
73,000円
162,000円
7機能遺伝子式
113,000円
94,000円
207,000円

・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費、重複減額のご案内をご参照下さい。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けいたします。

ご依頼前の同意事項

ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 別途、プライマー合成費が必要な場合があります。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

確認と同意事項

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。