細菌 機能遺伝子解析(単一機能遺伝子・MLSA)
特 長
- 16S rDNA で識別が困難な分類群に有効
- 論文に基づき、有効な遺伝子領域をご提案
- 近隣結合法（NJ 法）、最節約法（MP 法）、最尤法（ML 法）から選択可能
- 複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析（MLSA）にも対応
概 要
機能遺伝子は、菌体細胞の維持や増殖に不可欠な酵素タンパクをコードする遺伝子やストレスタンパク遺伝子を指し、16S rDNA に比べて進化速度が速く多型であることが知られています。
そのため、16S rDNA では菌種の識別が困難であった分類群においても、機能遺伝子を用いた分子系統解析から種レベル（亜種レベル）の同定が可能となることがあります。
分子系統解析手法は、主流である近隣結合法（NJ; Neighbor Joining）のように距離行列（Distance matrix）による手法にくわえ、最節約法（MP; Maximum Parsimony）や最尤法（ML; Maximum Likelihood）を用いること、さらには、マルチローカス遺伝子解析（MLSA; multigene or multilocus sequence analysis）を行うことが国際微生物学連合（IUMS）により推奨されています。
マルチローカス遺伝子解析は、16S rDNA や機能遺伝子などのハウスキーピング遺伝子（housekeeping gene）を複数組み合わせて解析を行うことから、菌種間でのDNA 塩基配列の差異が大きくなり、種レベル（亜種レベル）で解像度の高い
解析を可能にします。
2002 年に国際微生物命名委員会（IJSEM）の“細菌の菌種の再評価に関する特別委員会”が発表したレポートでは、“5 つ以上のハウスキーピング遺伝子のデータを収集し、菌種の定義、他菌種との鑑別に役立てる”という提案がなされています。
解析対象となる機能遺伝子
recA、gyrA、gyrB、rpoA、rpoB、hsp60、pheS、atpA、atpD、gltA、purEなどが挙げられます。解析が可能な対象遺伝子および分類群は、論文など既報のある分類群を基本とします。
解析事例
・recA遺伝子解析／Lactobacillus plantarumグループの識別
L. plantarum グループに含まれる菌種間では16S rDNA 塩基配列の差異が小さく、特にL. plantarum とL. pentosus
の識別は非常に困難です。本グループでは、recA 遺伝子単独でも2 菌種の識別に有効です。
マルチローカス遺伝子解析 （MLSA; multigene or multilocus sequence analysis）
・マルチローカス遺伝子解析の報告例①
Lactobacillus delbrueckii の6 亜種間における亜種レベルでの同定：
L. delbrueckii の6 亜種は、種々の手法を組み合わせてもその識別は非常に困難です。しかし、7 遺伝子（fusA、gyrB、hsp60、ileS、pyrG、recA、recG ）を連結した塩基配列を用いた解析により、6 亜種を識別することが可能です。
・マルチローカス遺伝子解析の報告例②
Burkholderia cepacia complex における菌種の識別：
B. cepacia complex に含まれる菌種は、16S rDNA 塩基配列による相同性が互いに99%以上を示し、その識別が非常に困難です。しかし、7 遺伝子（atpD、gltB、gyrB、recA、lepA、phaC、trpB ）を連結した塩基配列を用いた分子系統解析により、菌種を明確に識別することができます。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示ください。 コンタミネーションや純粋性に疑義がある場合には、ご連絡をいたします。 |
| 液体培養物 スラント（斜面培養物） アンプル グリセロールストック | 1本 | |
| シーケンス生データ （ab1 ファイル） 塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーからの生データ（ab1 ファイル）から配列決定し、解 析することも可能です。 |
作業の流れ
- 文献調査
- 培養・純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 配列決定
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 製品名 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| 機能遺伝子解析（BLAST） | ・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 | ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| 機能遺伝子解析（recA含む） MLSA | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察文章（同定に至った経緯の文章説明） ＋ 同定結果 | ・ 系統樹ファイル （PowerPoint） ・ DNA 塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
価格・納期
単一機能遺伝子解析
recA遺伝子解析はセットメニューとなります。
| 解析例 | 単位 | 単価（税抜） シーケンス (1,500bp程度まで) | 単価（税抜） 分子系統解析 | 総額 | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1株（1 機能遺伝子） ＋分子系統解析 | 式 | 46,000円 | 26,000円 | 72,000円 | 20営業日～ |
| 2株（各1機能遺伝子） ＋分子系統解析 （1 系統樹に2 株を含める場合） | 式 | 92,000円 (46,000円×2) | 26,000円 | 118,000円 | |
| recA 遺伝子 ＋分子系統解析 | 式 | ー | ー | 48,000円 | 15営業日～ |
MLSA
| 解析例 | 単位 | 単価（税抜） シーケンス(700bp程度まで) | 単価（税抜） 分子系統解析 | 総額 | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3機能遺伝子 | 式 | 65,000円 | 53,000円 | 118,000円 | 24営業日～ |
| 5機能遺伝子 | 式 | 89,000円 | 73,000円 | 162,000円 | |
| 7機能遺伝子 | 式 | 113,000円 | 94,000円 | 207,000円 |
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用、作業工程の実費・重複割引のご案内をご参照下さい。
・ 多検体で依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ DNA 塩基配列データ、シーケンス波形データおよび写真などは、報告時にお届けいたします。
ご依頼前の同意事項
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通）
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
