T-RFLPフローラ解析 (Nagashima法)

T-RFLP解析 (Nagashima法) によるサービスは、2021年3月をもちまして終了いたします。
詳細は技術情報「T-RFLPフローラ解析用シーケンサーの切り替え」をご確認下さい。

特 長

概 要

 T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 解析は、末端蛍光標識したプライマーセットで鋳型DNAをPCR増幅し、制限酵素による消化後、フラグメント解析する方法です。DNA塩基配列の違いから制限酵素切断部位が異なることを利用し、検出ピークの強度、位置、数により評価・比較する断片多型性解析です。使用するプライマーや制限酵素の種類によって、該当するDNA断片の由来となる分類群は異なりますので、特定の分類群と照合する場合、前もってDNA断片サイズの予測が必要です。
 Nagashima法は当社で腸内細菌叢 (フローラ) を解析する方法として、食物、薬品、ストレス、疾患などの様々な要因により変動する宿主の腸内フローラを簡易的に比較するために開発されました。

腸内以外の生体由来検体

制限酵素2 種類を用いた口腔内(唾液、舌苔、プラークなど)や皮膚、膣内フローラなどの解析が可能です。

参考文献
1) Nagashima K, Hisada T, Sato M, Mochizuki J. Application of new primer-enzyme combinations to terminal restriction fragment length polymorphism profiling of bacterial populations in human feces. Appl Environ Microbiol 2003;69:1251-1262.

2) Nagashima K, Mochizuki J, Hisada T, Suzuki S, Shimomura K. Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling. Bioscience and Microflora 2006;25:99-107.

『Nagashima 法』に関する詳細は、当社特設ホームページをご参照下さい。

受入可能な検体

  • 生体由来検体A区分:糞便検体
  • その他

由来検体の種類解析用データベース
ヒトヒト糞便ヒト
実験動物類マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物
家畜類ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物ブタまたはヒト
家禽類ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物ニワトリまたはヒト
ペット類イヌ、ネコなどのペット糞便イヌ、ネコまたはヒト
その他魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物ヒト、ブタ、ニワトリ、イヌ、ネコのいずれか

由来検体の種類
DNA抽出物PCR増幅が確認されたDNA抽出物

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
A区分糞便、腸管内容物、 ルーメン液 採便容器(保存液あり)0.2~0.5 g採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可
採便容器(保存液なし) もしくは気密性の高い容器採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送
血液、臓器、細胞組織の受け入れはお断りいたします。
DNA抽出物濃度 5 ng/µL 総量 30 µL以上 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

生体由来検体の返送

ガイド「生体由来検体の返送に関するご案内」をご確認下さい。

作業内容容器サイズ(内寸)単位価格
生体由来検体返送(冷凍10サイズ230 mm×230 mm×200 mm39,650円
追加1個+9,750円
50サイズ320 mm×450 mm×350 mm56,550円
追加1個+29,250円

作業の流れ

仕 様

DNAシーケンサー (ABI PRISM 3130xl DNA Genetic Analyzer) で検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のT-RFLP解析を行います。
追加のデータ解析 (クラスター分析、主成分分析、箱ひげ図) につきましては、統計解析ソフト R によるデータ解析をご参照下さい。

納品内容

報告内容形式
OTUピーク面積比Excelファイル
クラスター分析結果pdfファイル

報告サンプル

価格・納期

試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期
T-RFLPフローラ解析/BslⅠ1検体
13,000円
17営業日
T-RFLPフローラ解析/BslⅠ(長納期)1検体
10,000円
長納期
24営業日
追加試験項目検体数単位単価
(税抜)
目安納期
秤量1検体
1,000円~
+2営業日
切り出し再PCR1検体
3,000円
+3営業日
糞便 混練作業※1、21検体
1,000円~
お問い合わせ下さい

※1 均一化のための糞便の混練作業です。別途、処分費が必要となることがあります。詳細は当社までお問い合わせ下さい。
※2 同一検体を複数の容器でお送りいただき、それらをまとめて秤量する場合、混練作業が必要な場合があります。

<オプション>データ解析

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・秤量 および他分析項目を同時に行う場合には、必要量が変わりますのでお問い合わせ下さい。
・ 追加でリアルタイムPCR 解析を実施する場合、便量測定した上でDNA 抽出を行います。
・ 宿主の細胞由来の遺伝子が増幅された場合、切り出し再PCR を行います。
・ リアルタイムPCR 解析、または糞便理化学分析を同時あるいは追加で行う場合、当社保存液入りの採便容器は使用できません。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

利用規約

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。