環境 特異プライマーPCR解析 (定性)
特長
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当社のオリジナルを含む多数のプライマーセットを保有
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食品関連や環境関連の微生物を対象
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様々な検体に対応
概要
検体中に含まれる特定の帰属分類群や特定機能遺伝子をターゲットにしたプライマーセットを用いて、PCR増幅、電気泳動を行い、目的塩基長のバンドが出現することを確認して定性を行う試験です。
受入可能な検体
必要検体量・送付方法
検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |
食品 | 10 g または 100 mL | 食品の保存温度で保存、 輸送 | |
活性汚泥 | 5 ～ 10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 | |
土壌 | 1 ～ 5 ｇ | ||
環境水 | 水道水、 濁りの少ない河川水など | 100 ～ 1000 mL | |
工業廃水、 下水など | 50 ～ 500 mL | ||
培養液 | 5 ～ 10 mL | ||
DNA 抽出物 | 濃度 10 ng/µL | 抽出後速やかに冷蔵保存、 冷蔵輸送 | |
- 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
作業の流れ
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DNA抽出
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DNA精製
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PCR増幅
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電気泳動
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判定
仕様
ご指定いただいたプライマーを用いてPCR増幅します。特異プライマーPCR増幅産物の有無をアガロースゲル電気泳動により確認し、電気泳動後のゲル画像を報告します。
当社保有プライマー
全菌数
アーキア
バイオ浄化
バイオリーチング
窒素循環 (硝化/脱窒)
微生物腐食
食品
その他
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
全菌類 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれる全菌類 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
メタン菌 | mcrA | メタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA ) |
Methanothrix 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanothrix 属 |
Methanosarcina 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina 属 |
Methanoculleus 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanoculleus 属 |
Methanobacteriaceae 科 | - | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae 科 （Methanobrevibacter 属およびMethanosphaera 属） |
Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-0001) 使用 | ||
Methanolobus 属 | 16S | メタン菌であるMethanolobus 属 |
Methanospirillum 属 | - | メタン菌であるMethanospirillum 属 |
Methanospirillum Detection Kit (Cat. No. RM-0002) 使用 | ||
Methanomethylovorans 属 | - | メタン菌であるMethanomethylovorans 属 |
Methanomethylovorans Detection Kit (Cat. No. RM-0003) 使用 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
Dehalobacter 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalobacter 属 |
Dehalococcoides 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalococcoides 属 |
Dehalococcoides 属 | bvcA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA 遺伝子 |
Dehalococcoides 属 | vcrA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA 遺伝子 |
Dehalococcoides 属 | tceA | TCE から塩化ビニル VC への分解酵素遺伝子であるtceA 遺伝子 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
Acidithiobacillus thiooxidans | 16S | 硫黄酸化に関係する A. thiooxidans |
Sulfobacillus 属 | 16S | バイオリーチングで使用されるSulfobacillus 属 |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
アンモニア酸化細菌 | amoA | アンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA ) |
アンモニア酸化アーキア | arch-amoA | アンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA ) |
Anammox 細菌 | hzo | 汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担う Anammox 細菌 |
亜硝酸還元菌 | nirS | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS ) |
亜硝酸還元菌 | nirK | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK ) |
窒素固定細菌 | nifH | 窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH ) |
亜酸化窒素還元菌 | nosZ | 亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ ) |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属 |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属) | norB | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属が有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB ) |
亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrospira 属 |
Comammox Nitrospira clade A | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌 |
Comammox Nitrospira clade B | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌 |
Pseudomonas aeruginosa | gyrB | 窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
硫酸還元菌 | dsrB | 金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB ) |
鉄細菌 (Leptothrix 属およびSphaerotilus 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Leptothrix 属およびSphaerotilus 属 |
Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用 | ||
鉄細菌 (Gallionella 属およびSideroxydans 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Gallionella 属およびSideroxydans 属 |
Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用 | ||
鉄細菌 (Prolixibacter 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter 属 |
Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用 | ||
鉄酸化細菌 (Leptospirillum 属) | gyrB | 金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum 属 |
硫黄酸化細菌 | soxB | 金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB ) |
硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus 属) | 16S | soxB 遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus 属 |
メタン菌 | mcrA | 金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA ) |
対象菌種 ( 分類群 ) | 遺伝子 | 備考 |
Alicyclobacillus 属 | - | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus 属 |
Alicyclobacillus Detection Kit (Cat. No. RF-0002) 使用 | ||
Bacillus subtilis | - | 食品中あるいは環境中のB. subtilis |
Bacillus subtilis Detection Kit (Cat. No. RF-0009) 使用 | ||
Bifidobacterium animalis subsp. lactis | 16S-23S | 食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis |
Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは環境中のB. longum |
Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用 | ||
Lacticaseibacillus rhamnosus (Lactobacillus rhamnosus ) | 16S | 食品中あるいは環境中のL . rhamnosus |
Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum ) | - | 食品中のL . paraplantarum |
Lactiplantibacillus paraplantarum Detection Kit (Cat. No. RF-0008) 使用 | ||
Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum ) | recA | 食品中あるいは環境中のL . plantarum |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | - | 食品中のL . delbrueckii subsp. bulgaricus |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Detection Kit (Cat. No. RF-0005) 使用 | ||
Lactobacillus helveticus | - | 食品中のL . helveticus |
Lactobacillus helveticus Detection Kit (Cat. No. RF-0007) 使用 | ||
Lactococcus lactis | - | 食品中あるいは環境中のL . lactis |
Lactococcus lactis Detection Kit (Cat. No. RF-0010) 使用 | ||
Lactococcus cremoris | - | 食品中あるいは環境中のL . cremoris |
Lactococcus cremoris Detection Kit (Cat. No. RF-0011) 使用 | ||
Leuconostoc mesenteroides | - | 食品中あるいは環境中のL. mesenteroides |
Leuconostoc mesenteroides Detection Kit (Cat. No. RF-0012) 使用 | ||
Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis ) | - | 食品中のL . brevis |
Levilactobacillus brevis Detection Kit (Cat. No. RF-0006) 使用 | ||
Listeria 属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria 属 |
Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
Pediococcus pentosaceus | recA | 食品中あるいは環境中のP. pentosaceus |
Saccharomyces cerevisiae | nmd3 | 食品中あるいは環境中のS. cerevisiae |
Streptococcus thermophilus | - | 食品中のS. thermophilus |
Streptococcus thermophilus Detection Kit (Cat. No. RF-0004) 使用 | ||
Tetragenococcus halophilus | 16S | 食品中あるいは環境中のT. halophilus |
Weizmannia coagulans ( Bacillus coagulans ) | 16S | 食品中あるいは環境中のW. coagulans |
芽胞菌 | spo0A | 食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus 属 /Geobacillus 属 /Anoxybacillus 属 etc) |
酢酸菌 | - | 酢酸菌であるAcetobacter /Acidomonas /Gluconacetobacter / Gluconobacter /Kozakia/Tanticharoenia 属 |
Acetic acid bacteria Detection Kit (Cat. No. RF-0001) 使用 |
対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
メタン酸化細菌 | pmoA | メタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA) |
水素産生菌 | hydA | 検体中に含まれる水素産生菌 |
Candidate Division TM7 | 16S | 活性汚泥、 環境水などに存在する Candidate Division TM7 |
Thiothrix 属 | - | 活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix 属 |
Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用 | ||
Alphaproteobacteria 綱 | 16S | 検体中に含まれるAlphaproteobacteria 綱 |
価格・納期
試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
特異プライマー PCR 解析（定性） | 検体数 1 | 1 プライマーの場合 | 検体 | 36,000 円 | 15 営業日～ |
検体数 2 | 2 プライマーの場合 | 検体 | 28,000 円 | ||
検体数 2 | 3 プライマーの場合 | 検体 | 32,000 円 | ||
検体数 5 | 5 プライマーの場合 | 検体 | 28,000 円 | ||
＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 40,000 円 | ＋ 10 営業日 | |
ご依頼前の同意事項
・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用が必要となります。
・ 陽性対象 (ポジティブコントロール) をあわせて実施する場合にはお問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。