環境関連 リアルタイムPCR 解析(定量)

特 長

概 要

 検体中に含まれる特定分類群の遺伝子を、リアルタイムPCR 装置により指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムでモニタリングします。全細菌 (全アーキア) のコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。

受入可能な検体

検体区分由来検体の種類対象
環境検体食品発酵食品等の食品試料細菌・アーキアのDNA
活性汚泥活性汚泥試料
土壌一般土壌、火山灰等の土壌系試料
堆肥、コンポストなど堆肥、コンポスト、培養液等の発酵試料
環境水海水、湖沼水などの水系試料
DNA抽出物-PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物
PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
食品10 gまたは100 mL食品の保存温度で保存、輸送
活性汚泥5~10 mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5g
堆肥
コンポスト
環境水 (水道水、濁りの少ない河川水など)100mL~1000 mL
環境水 (工業廃水、下水など)50~500 mL
培養液5~10 mL
DNA抽出物濃度:5 ng/µL以上
総量:30 µL以上
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送

※ 外洋海水、深海堆積物など、生物量が低いと考えられる試料についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕 様

 リアルタイムPCRシステムを用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量 (コピー数) を絶対定量します。

納品内容・報告サンプル

報告内容付属データ
遺伝子コピー数(定量値)Excelファイル

解析可能な対象分類群および遺伝子

  • 全菌数
  • アーキア
  • バイオ浄化
  • 海水・環境水
  • バイオリーチング
  • 窒素循環(硝化/脱窒)
  • 微生物腐食
  • 食品
  • その他

対象菌種(分類群)遺伝子備考
全真正細菌16S検体中に含まれる全真正細菌
全アーキア16S検体中に含まれる全アーキア
全菌類 ITSITS領域検体中に含まれる全菌類

対象菌種(分類群)遺伝子備考
全アーキア16S検体中に含まれる全アーキア
メタン菌mcrAメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)
Methanosaeta 属16Sメタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosaeta 属
Methanosarcina 属16Sメタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina 属
Methanobacteriaceae 科-ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae科
(Methanobrevibacter属およびMethanosphaera属)
Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-001) 使用
Methanolobus 属16Sメタン菌であるMethanolobus属
Methanospirillum 属-メタン菌であるMethanospirillum属
Methanospirillum Detection Kit (Cat. No. RM-0002) 使用
Methanomethylovorans 属-メタン菌であるMethanomethylovorans属
Methanomethylovorans Detection Kit (Cat. No. RM-0003) 使用

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Dehalobacter 属16S検体中に含まれるDehalobacter 属
Dehalococcoides 属16S検体中に含まれるDehalococcoides 属
Dehalococcoides 属bvcADCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子
Dehalococcoides 属vcrADCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子
Dehalococcoides 属tceATCEから塩化ビニルVCへの分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Aeromonas属-河川水、泥土、魚や貝類から分離され、下痢症と関連するAeromonas属
Aeromonas Detection Kit (Cat. No. RE-0001) 使用
Legionella属-水系、土壌など広く自然界に分布するLegionella属
Legionella Detection Kit (Cat. No. RE-0005) 使用
Legionella pneumophilamip水系、土壌など広く自然界に分布し、レジオネラ肺炎の原因菌である
L. pneumophila
Listeria属prsA食品中あるいは環境中のListeria属
Listeria monocytogeneshlyA食品中あるいは環境中のL. monocytogenes
Serratia marcescensgyrB水、土壌、牛乳などから腐生菌として検出されるS. marcescens
Vibrio属ftsZ自然界では海水などの水中に多く存在する環境中の常在細菌であるVibrio属
Vibrio vulnificusvvh海水や海泥、そこに生息する魚介類に広く分布し、感染性胃腸炎や重篤な敗血症の原因になるV. vulnificus
Vibrio parahaemolyticustlh海水に広く存在し、食中毒の原因菌である腸炎ビブリオ V. parahaemolyticus

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Acidithiobacillus thiooxidans16S硫黄酸化に関係する A. thiooxidans
Sulfobacillus 属16Sバイオリーチングで使用されるSulfobacillus属
Sulfobacillus thermosulfidooxidans16Sバイオリーチングで使用されるS. thermosulfidooxidans

対象菌種(分類群)遺伝子備考
アンモニア酸化細菌amoAアンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA)
アンモニア酸化アーキアarch-amoAアンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA)
Anammox 細菌hzo汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担うAnammox細菌
亜硝酸還元菌nirS亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS)
亜硝酸還元菌nirK亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK)
窒素固定細菌nifH窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH)
亜酸化窒素還元菌nosZ亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属)norB亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属の有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属)16S亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属
亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira 属)16S亜硝酸酸化細菌であるNitrospira 属
Comammox Nitrospira clade A NEWamoA完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌
Comammox Nitrospira clade B NEWamoA完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌
Pseudomonas aeruginosagyrB窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa

対象菌種(分類群)遺伝子備考
硫酸還元菌dsrB金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB)
鉄細菌
(Leptothrix 属およびSphaerotilus 属)
-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌
Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用
鉄細菌
(Gallionella 属およびSideroxydans 属)
-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌
Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用
鉄細菌 (Prolixibacter 属)-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter属
Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用
鉄酸化細菌 (Leptospirillum 属)gyrB金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum属
硫黄酸化細菌soxB金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB)
硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus 属)16SsoxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus属
メタン菌mcrA金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Alicyclobacillus属-耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus属
Bacillus coagulans16S食品中あるいは環境中のB. coagulans
Bacillus subtilis subsp. subtilis-食品中あるいは環境中のB. subtilis subsp. subtilis
Bifidobacterium animalis subsp. lactis16S-23S食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis
Bifidobacterium longum16S食品中あるいは環境中のB. longum
Enterococcus faecalis-食品中あるいは環境中のE. faecalis
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus-食品中のL. delbrueckii subsp. bulgaricus
Levilactobacillus brevis
(Lactobacillus brevis)
-食品中のL. brevis
Lactobacillus rhamnosus16S食品中あるいは環境中のL. rhamnosus
Lactobacillus helveticus-食品中のL. helveticus
Lactiplantibacillus paraplantarum
(Lactobacillus paraplantarum)
-食品中のL. paraplantarum
Lactiplantibacillus plantarum
(Lactobacillus plantarum)
recA食品中あるいは環境中のL. plantarum
Lactococcus lactisgapB食品中あるいは環境中のL. lactis
Lactococcus lactis subsp. lactis group-食品中あるいは環境中のL. lactis subsp. lactisおよび subsp. hordniae
Lactococcus lactis subsp. cremoris group-食品中あるいは環境中のL. actis subsp. cremorisおよび subsp. tructae
Listeria属prsA食品中あるいは環境中のListeria属
Listeria monocytogeneshlyA食品中あるいは環境中のL. monocytogenes
Pediococcus pentosaceusrecA食品中あるいは環境中のP. pentosaceus
Tetragenococcus halophilus16S食品中あるいは環境中のT. halophilus
Saccharomyces cerevisiaenmd3食品中あるいは環境中のS. cerevisiae
Streptococcus thermophilus-食品中のS. thermophilus
芽胞菌spo0A食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus属/Geobacillus属/Anoxybacillus 属etc)
酢酸菌-Acetobacter属/Acidomonas属/Gluconacetobacter属/Gluconobacter属/Kozakia属/Tanticharoenia属

対象菌種(分類群)遺伝子備考
メタン酸化細菌pmoAメタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA)
水素産生菌hydA検体中に含まれる水素産生菌
Candidate Division TM716S活性汚泥、環境水などに存在するCandidate Division TM7
Thiothrix属-活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix属
Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用
Alphaproteobacteria綱 NEW16S検体中に含まれるAlphaproteobacteria綱

価格・納期

試験項目内容(解析例)単位単価
(税抜)
目安納期
リアルタイムPCR解析(定量)検体数1、1プライマーの場合検体
46,000円
15営業日~
検体数2、2プライマーの場合検体
42,000円
検体数5、2プライマーの場合検体
26,000円
検体数10、2プライマーの場合検体
21,000円
<オプション> プライマー設計-
39,000円
+10営業日

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は,細菌種により保有している量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています1)-3)。
ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。