環境関連 リアルタイムPCR 解析（定量）
特 長
- 当社所有のプライマーセットを用いて目的対象とする微生物の鋳型DNAの量（コピー数）を推定
- 腸内細菌、口腔内細菌、皮膚常在菌、食品関連や環境関連のオリジナルプライマーを含む多くのプライマーを保有
- 微量な検体からでも正確な推定が可能
概 要
検体中に含まれる特定分類群の遺伝子を、リアルタイムPCR 装置により指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムでモニタリングします。全細菌 (全アーキア) のコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
受入可能な検体
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|---|
| 環境検体 | 食品 | 発酵食品等の食品試料 | 細菌・アーキアのDNA |
| 活性汚泥 | 活性汚泥試料 | ||
| 土壌 | 一般土壌、火山灰等の土壌系試料 | ||
| 堆肥、コンポストなど | 堆肥、コンポスト、培養液等の発酵試料 | ||
| 環境水 | 海水、湖沼水などの水系試料 | ||
| DNA抽出物 | - | PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 |
|---|---|---|
| 食品 | 10 gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 |
| 活性汚泥 | 5～10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
| 土壌 | 1～5ｇ | |
| 堆肥 | ||
| コンポスト | ||
| 環境水※ （水道水、濁りの少ない河川水など） | 100mL～1000 mL | |
| 環境水※ （工業廃水、下水など） | 50～500 mL | |
| 培養液 | 5～10 mL | |
| DNA抽出物 | 濃度：5 ng/µL以上 総量：30 µL以上 | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
※ 外洋海水、深海堆積物など、生物量が低いと考えられる試料についてはお問い合わせ下さい。
作業の流れ
- DNA抽出
- DNA精製
- PCR増幅(インターカレーター法)
- PCR増幅物モニタリング
仕 様
リアルタイムPCRシステムを用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量 (コピー数) を絶対定量します。
納品内容・報告サンプル
| 報告内容 | 付属データ |
|---|---|
| 遺伝子コピー数(定量値) | Excelファイル |
解析可能な対象分類群および遺伝子
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
| 全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
| 全菌類 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれる全菌類 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
| メタン菌 | mcrA | メタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
| Methanosaeta 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosaeta 属 |
| Methanosarcina 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina 属 |
| Methanobacteriaceae 科 | - | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae科 （Methanobrevibacter属およびMethanosphaera属） Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-001) 使用 |
| Methanolobus 属 | 16S | メタン菌であるMethanolobus属 |
| Methanospirillum 属 | - | メタン菌であるMethanospirillum属 Methanospirillum Detection Kit (Cat. No. RM-0002) 使用 |
| Methanomethylovorans 属 | - | メタン菌であるMethanomethylovorans属 Methanomethylovorans Detection Kit (Cat. No. RM-0003) 使用 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Dehalobacter 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalobacter 属 |
| Dehalococcoides 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalococcoides 属 |
| Dehalococcoides 属 | bvcA | DCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子 |
| Dehalococcoides 属 | vcrA | DCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子 |
| Dehalococcoides 属 | tceA | TCEから塩化ビニルVCへの分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Aeromonas属 | - | 河川水、泥土、魚や貝類から分離され、下痢症と関連するAeromonas属 |
| Aeromonas Detection Kit (Cat. No. RE-0001) 使用 | ||
| Legionella属 | - | 水系、土壌など広く自然界に分布するLegionella属 |
| Legionella Detection Kit (Cat. No. RE-0005) 使用 | ||
| Legionella pneumophila | mip | 水系、土壌など広く自然界に分布し、レジオネラ肺炎の原因菌である |
| L. pneumophila | ||
| Listeria属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria属 |
| Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
| Serratia marcescens | gyrB | 水、土壌、牛乳などから腐生菌として検出されるS. marcescens |
| Vibrio属 | ftsZ | 自然界では海水などの水中に多く存在する環境中の常在細菌であるVibrio属 |
| Vibrio vulnificus | vvh | 海水や海泥、そこに生息する魚介類に広く分布し、感染性胃腸炎や重篤な敗血症の原因になるV. vulnificus |
| Vibrio parahaemolyticus | tlh | 海水に広く存在し、食中毒の原因菌である腸炎ビブリオ V. parahaemolyticus |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Acidithiobacillus thiooxidans | 16S | 硫黄酸化に関係する A. thiooxidans |
| Sulfobacillus 属 | 16S | バイオリーチングで使用されるSulfobacillus属 |
| Sulfobacillus thermosulfidooxidans | 16S | バイオリーチングで使用されるS. thermosulfidooxidans |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| アンモニア酸化細菌 | amoA | アンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA) |
| アンモニア酸化アーキア | arch-amoA | アンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA) |
| Anammox 細菌 | hzo | 汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担うAnammox細菌 |
| 亜硝酸還元菌 | nirS | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS) |
| 亜硝酸還元菌 | nirK | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK) |
| 窒素固定細菌 | nifH | 窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH) |
| 亜酸化窒素還元菌 | nosZ | 亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ) |
| 亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属) | norB | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属の有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB) |
| 亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属 |
| 亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrospira 属 |
| Comammox Nitrospira clade A NEW | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌 |
| Comammox Nitrospira clade B NEW | amoA | 完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌 |
| Pseudomonas aeruginosa | gyrB | 窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 硫酸還元菌 | dsrB | 金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB) |
| 鉄細菌 (Leptothrix 属およびSphaerotilus 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌 Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用 |
| 鉄細菌 (Gallionella 属およびSideroxydans 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌 Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用 |
| 鉄細菌 (Prolixibacter 属) | - | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter属 Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用 |
| 鉄酸化細菌 (Leptospirillum 属) | gyrB | 金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum属 |
| 硫黄酸化細菌 | soxB | 金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB) |
| 硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus 属) | 16S | soxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus属 |
| メタン菌 | mcrA | 金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Alicyclobacillus属 | - | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus属 |
| Bacillus coagulans | 16S | 食品中あるいは環境中のB. coagulans |
| Bacillus subtilis subsp. subtilis | - | 食品中あるいは環境中のB. subtilis subsp. subtilis |
| Bifidobacterium animalis subsp. lactis | 16S-23S | 食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis |
| Bifidobacterium longum | 16S | 食品中あるいは環境中のB. longum |
| Enterococcus faecalis | - | 食品中あるいは環境中のE. faecalis |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | - | 食品中のL. delbrueckii subsp. bulgaricus |
| Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis) | - | 食品中のL. brevis |
| Lactobacillus rhamnosus | 16S | 食品中あるいは環境中のL. rhamnosus |
| Lactobacillus helveticus | - | 食品中のL. helveticus |
| Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum) | - | 食品中のL. paraplantarum |
| Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum) | recA | 食品中あるいは環境中のL. plantarum |
| Lactococcus lactis | gapB | 食品中あるいは環境中のL. lactis |
| Lactococcus lactis subsp. lactis group | - | 食品中あるいは環境中のL. lactis subsp. lactisおよび subsp. hordniae |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris group | - | 食品中あるいは環境中のL. actis subsp. cremorisおよび subsp. tructae |
| Listeria属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria属 |
| Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
| Pediococcus pentosaceus | recA | 食品中あるいは環境中のP. pentosaceus |
| Tetragenococcus halophilus | 16S | 食品中あるいは環境中のT. halophilus |
| Saccharomyces cerevisiae | nmd3 | 食品中あるいは環境中のS. cerevisiae |
| Streptococcus thermophilus | - | 食品中のS. thermophilus |
| 芽胞菌 | spo0A | 食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus属/Geobacillus属/Anoxybacillus 属etc) |
| 酢酸菌 | - | Acetobacter属/Acidomonas属/Gluconacetobacter属/Gluconobacter属/Kozakia属/Tanticharoenia属 |
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| メタン酸化細菌 | pmoA | メタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA) |
| 水素産生菌 | hydA | 検体中に含まれる水素産生菌 |
| Candidate Division TM7 | 16S | 活性汚泥、環境水などに存在するCandidate Division TM7 |
| Thiothrix属 | - | 活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix属 Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用 |
| Alphaproteobacteria綱 NEW | 16S | 検体中に含まれるAlphaproteobacteria綱 |
価格・納期
| 試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| リアルタイムPCR解析（定量） | 検体数1、1プライマーの場合 | 検体 | 46,000円 | 15営業日～ |
| 検体数2、2プライマーの場合 | 検体 | 42,000円 | ||
| 検体数5、2プライマーの場合 | 検体 | 26,000円 | ||
| 検体数10、2プライマーの場合 | 検体 | 21,000円 | ||
| ＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 39,000円 | ＋10営業日 |
依頼書の入手と同意事項の確認
ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。
・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は，細菌種により保有している量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています1)-3)。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。
利用規約
分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項（共通） およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。
