環境 リアルタイムPCR解析 (定量)
特長
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当社のオリジナルを含む多数のプライマーセットを保有
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食品関連や環境関連の微生物を対象
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微量な検体からでも正確な推定が可能
概要
検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングします。
全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
受入可能な検体
検体区分 | 検体 | 検体の種類 | 対象 |
環境検体 | 食品 | 発酵食品、乳酸菌飲料など | 細菌、アーキア、カビ・酵母のDNA |
活性汚泥 | 発酵槽の汚泥、下水汚泥など | ||
土壌 | 一般土壌、砂、火山灰など | ||
発酵検体 | 堆肥、コンポスト、培養液など | ||
環境水 | 海水、湖沼水など | ||
DNA抽出物 | ー | PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物 PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。 |
必要検体量・送付方法
検体 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |||
食品 | 10gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 | |||
活性汚泥 | 5～10mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |||
土壌 | 1～5g | ||||
発酵検体 | 堆肥、コンポストなど | 1～ 5g | |||
培養液など | 5～10mL | ||||
環境水 | 水道水、濁りの少ない河川水など | 100～1000mL | |||
工業廃水、下水など | 50～500 mL | ||||
DNA 抽出物 | 濃度 10ng/μL | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |||
- 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
作業の流れ
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DNA抽出
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DNA精製
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PCR増幅（インターカレーター法）
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PCR増幅産物 モニタリング
仕様
リアルタイムPCR装置を用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量(コピー数)を絶対定量します。
当社保有プライマー
全菌数
全真正細菌、全アーキア、カビ・酵母 ITS ［詳細はこちら］
環境アーキア
メタン菌、Methanobacteriaceae科、Methanoculleus属、Methanolobus属、Methanomethylovorans属、
Methanosarcina属、 Methanospirillum属 ［詳細はこちら］
環境水 ( 海水・ 地下水など）
Aeromonas 属、Vibrio 属、Vibrio vulnificus、Vibrio parahaemolyticus、Legionella 属、Legionella pneumophila、
Serratia marcescens ［詳細はこちら］
バイオ浄化
Dehalobacter 属、Dehalococcoides 属 ［詳細はこちら］
バイオリーチング
Acidithiobacillus thiooxidans 、Sulfobacillus 属 ［詳細はこちら］
窒素循環 ( 硝化／脱窒)
Gardnerella vaginalis ［詳細はこちら］
微生物腐食
アンモニア酸化細菌、アンモニア酸化アーキア、Anammox細菌、亜硝酸還元菌、窒素固定細菌、亜酸化窒素還元菌、
亜硝酸酸化細菌(Nitrobacter 属)、亜硝酸酸化細菌(Nitrospira 属)、Pseudomonas aeruginosa ［詳細はこちら］
食品
酢酸菌、Alicyclobacillus 属、Bacillus subtilis、Levilactobacillus brevis、Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus、
Lactiplantibacillus paraplantarum、Lactiplantibacillus plantarum、Streptococcus thermophilus ［詳細はこちら］
その他
メタン酸化細菌、水素産生菌、Candidate Division TM7、Thiothrix属、Alphaproteobacteria綱 ［詳細はこちら］
価格・納期
試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
リアルタイム PCR 解析 ( 定量 ) | 検体数 1 | 1 プライマーの場合 | 検体 | 43,000 円 | 15 営業日～ |
検体数 2 | 2 プライマーの場合 | 42,000 円 | |||
検体数 5 | 2 プライマーの場合 | 28,000 円 | |||
検体数 10 | 2 プライマーの場合 | 24,000 円 | |||
＜オプション＞ プライマー設計 | - | 式 | 40,000 円 | ＋ 10 営業日 | |
＜オプション＞ スタンダード作製 | - | 式 | 99,000 円 | お問い合わせ下さい | |
参考文献
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(1)
Nakayama J, Tanaka S, Songjinda P, Tateyama A, Tsubouchi M et al. Analysis of infant intestinal microbiota by various kinds of molecular approaches -Toward large scale epidemiological investigations correlating allergy development with intestinal microbiota-. J Intestinal Microbiol 2007;21:129–142.
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(2)
Farrelly V, Rainey FA, Stackebrandt E. Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16SrRNA genes from a mixture of bacterial species. Appl Environ Microbiol 1995;61:2798–2801.
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(3)
Fogel G, Collins C, Li J, Brunk C. Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: estimation of microbial relative abundance from a mixed population. Microb Ecol 1999;38:93–113.
ご依頼前の同意事項
・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は、細菌種により保有している標的遺伝子の量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌
数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています。（上記「参考文献(1)(2)(3)」をご参照ください。）
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。