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LEfSe（Linear discriminant analysis Effect Size）により、群間で統計学的に有意差を示す帰属分類群または遺伝子を抽出し、LDAスコアにより効果量を評価
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PERMANOVA検定により、群集構造の群間差を検定
サービス概要
- 試験項目
- LEfSe解析／PERMANOVA検定
- 受入可能な検体
- 門から種までの帰属分類群データ（QIIME2）、予測メタゲノム解析による出力データ（機能遺伝子組成表）
- 目安納期
- 15 営業日～
LEfSe（レフセ）は統計学的検定および線形判別分析（LDA: Linear Discriminant Analysis）を組み合わせたツールです1)。群間で統計的に有意な差がある帰属分類群や機能遺伝子を抽出し、その効果量を評価することを目的としています。また、PERMANOVA検定により、群集構造全体の群間差の有意性を評価いたします。
1) Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome biology 2011;12:R60.
受入可能な検体
- ご依頼の際、依頼書に付属のExcelファイルに群分け情報のご記入をお願いします。
- fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
- 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。
| 検体の種類 | 対象 |
|---|---|
| 門から種までの帰属分類群データ（QIIME2） | csvファイル |
| 予測メタゲノム解析による出力データ（機能遺伝子組成表） | tsvファイル |
仕様
| 解析内容 | ||
|---|---|---|
| データ前処理 | フィルタリング | 以下の条件を満たす帰属分類群または遺伝子を抽出 全検体の≧50%で検出され、かつ相対存在量が≧0.01% |
| 群間比較（LEfSe） | データの正規化および変換 | count per million（CPM）により正規化した後、対数変換log10 |
| クラスカル=ウォリス検定 | 群間で帰属分類群または遺伝子の相対量に差があるか検定 | |
| 線形判別分析（LDA） | 各帰属分類群または遺伝子が群の分離にどの程度寄与しているかを効果量 （LDAスコア） として算出 | |
| 抽出基準 | クラスカル=ウォリス検定で、有意差が認められた（p ≦ 0.05）のうち、LDAスコアが1.5以上を示す帰属分類群または遺伝子 | |
| 群集構造の群間比較（PERMANOVA） | 類似性指標 | Bray–Curtis距離 |
| 2次元プロット図 | nMDS法によりプロット図を図示（可視化） | |
| 統計解析 | Bray–Curtis非類似度に基づき、PERMANOVA検定により2群間の群集構造の差を検定 | |
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世群間比較（LEfSe） | 帰属分類群または遺伝子、LDAスコアを棒グラフで描画 | pngファイル |
| 帰属分類群または遺伝子、統計学的検定p値およびLDAスコアのリスト | tsvファイル | |
| 群集構造の群間比較（PERMANOVA） | nMDS法によりプロット図 | pngファイル |
| 統計解析結果 | tsvファイル | |
報告サンプル
帰属分類群または遺伝子、LDA スコアを棒グラフで描画
nMDS法によりプロット図
価格・納期
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| LEfSe解析／PERMANOVA検定 | 6～ | 式 | 36,000 円 | 15 営業日 |