試験のポイント
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土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応
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検体のDNA抽出からデータ解析までの一括対応、DNA抽出物での受入、fastqデータ納品 (解析なし) など、多様なニーズに対応（1検体から申込み可能）
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データ解析ソフトウェアはQIIME2を使用
【データベース】
◎細菌・アーキア：『Greengenes2』および『SILVA』
◎カビ・酵母：『UNITE』 -
DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
サービス概要
- 試験項目
- 環境アンプリコンシーケンス解析
- 受入可能な検体
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◎環境検体（食品、活性汚泥、土壌、発酵検体、環境水など）
◎DNA抽出物 - 目安納期
- 18 営業日～
土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌（カビ・酵母）の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
データ解析のソフトウェアはQIIME2です。
受入可能な検体
DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 |
|---|---|---|
| 環境検体 | 食品 | 発酵食品、乳酸菌飲料など |
| 活性汚泥 | 糞便、発酵槽の汚泥、下水汚泥など | |
| 土壌 | 一般土壌、砂、火山灰など | |
| 発酵検体 | 堆肥、コンポスト、培養液など | |
| 環境水 | 水道水、工業廃水、海水、湖沼水など | |
| DNA抽出物 | ー | PCR 増幅が確認されたDNA抽出物 |
必要検体量・送付方法
外洋海水、深海堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
| 検体 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |
|---|---|---|---|
| 食品 | 10 gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 | |
| 活性汚泥 | 5～10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |
| 土壌 | 1～5 g | ||
| 発酵検体 | 堆肥、コンポストなど | 1～ 5 g | |
| 培養液など | 5～10 mL | ||
| 環境水 | 水道水、濁りの少ない河川水など | 100～1000 mL | |
| 工業廃水、下水など | 50～500 mL | ||
| DNA抽出物※1 | 濃度 5 ng/μL 総量 30 μL 以上 (1 領域を追加ごとに＋ 15 μL 以上) | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |
- DNA抽出物の場合、PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
解析プロセス
- DNA抽出／精製
- PCR増幅
- PCR産物の定量
- シーケンス配列決定
- プライマー配列の除去
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データ解析
（代表配列決定、相同性検索、多様性解析） - 統計解析（オプション）
仕様
| 対象微生物 | 細菌 ・ アーキア | カビ・酵母 | |
|---|---|---|---|
| 遺伝子領域※1 | 細菌：16S rDNA V1 ～ V2 領域 | ITS2 領域 | |
| 細菌：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| 細菌・アーキア：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| 細菌・アーキア・Anammox：16S rDNA V3 ～ V4 領域※3 | |||
| アーキア：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| 細菌：16S rDNA V5 ～ V7 領域※4 | |||
| リード数※3 | 3万リード以上／検体 | ||
| 解析機種 | MiSeq i100 シリーズ(Illumina) | ||
| データ解析 (QIIME2) | クオリティーフィルタリング～ASV （Amplicon Sequence Variant）の推定 | DADA2 | |
| 系統推定※5 | Greengenes2およびSILVA | UNITE | |
| 推定可能な分類階級 | 界から種 | ||
| α多様性指数 | chao1、shannon、simpson指数 | ||
| β多様性の距離測定法 | unweighted-unifrac、weighted-unifrac、bray-curtis距離 | ||
| ヒートマップ ・ クラスター分析※6 | Ward 法（bray-curtis距離使用） | ||
| 統計解析※7（オプション） | α多様性指数を用いたKruskal-Wallis 検定 | ||
| β多様性距離を用いたANOSIM 検定※6 | |||
- 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
- 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
- 標準仕様のV3～V4領域のプライマー配列の一部を改変し、Anammox菌 (嫌気性アンモニア酸化細菌)の検出効率を上げています。
- 植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
- Greengenes2、SILVA、UNITEは公共の解析データベースです。細菌、アーキアについては、Greengenes2およびSILVAの2種類のデータベースを用いた系統推定結果を納品いたします。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル | |
| QIIME2出力データファイル | 代表配列とリード数の一覧 | qza、qzvまたはtsvファイル |
| 相同性検索結果（ASV表、 バーチャート） | ||
| α多様性指数、レアファクションカーブ | ||
| ヒートマップ・クラスター分析結果※2 | ||
| 3D主座標分析結果、距離行列※2 | ||
| QIIME2出力データファイル 統計解析※1（オプション） | 統計解析結果※2、群の平均的な菌叢構造 | |
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
報告サンプル
相同性検索結果（表、 バーチャート）
αレアファクションカーブ
3D主座標分析
価格・納期
- PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。
| 試験項目 | 依頼様式 | 単価 （税抜）※1 | 目安納期 ※2 |
|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンス解析 （細菌・アーキア） ・細菌 V1～V2 ・細菌 V3～V4 ・細菌／アーキア V3～V4 ・細菌／アーキア／Anammox V3～V4 ・アーキア V3～ V4 ・細菌 V5～V7 アンプリコンシーケンス解析 （カビ・酵母） ・ITS2 | 検体からデータ解析まで | 19,000円／検体 | 24 営業日～ |
| 検体からFastq ファイル納品まで | 18,500円／検体 | 24 営業日～ | |
| DNA 抽出物からデータ解析まで | 12,000円／検体 | 18 営業日～ | |
| DNA 抽出物からFastq ファイル納品まで | 11,500円／検体 | 18 営業日～ | |
| 統計解析※3（オプション） | 多様性解析まで完了してご依頼の場合 | ＋30,000円／一式 | ＋5営業日 |
- 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり7,000 (税抜)を減額します。
- 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
従来機「MiSeq」をご利用希望の方
従来機MiSeqでの解析については、2026年7月31日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
→ MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析結果（当社実施）
※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。
「Metagenome@KIN」によるデータ解析をご希望の方
「Metagenome@KIN」によるデータ解析については、2026年9月30日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
詳細は以下のページをご確認下さい。
Metagenome@KINによるデータ解析サービス終了のお知らせ
https://www.tecsrg.co.jp/info/2026/06/26/metagenome/