試験のポイント
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様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体に対応
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検体のDNA抽出からデータ解析までの一括対応、DNA抽出物での受入、fastqデータ納品 (解析なし) など、多様なニーズに対応（1検体から申込み可能）
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糞便は細菌とアーキア（古細菌）を一括で解析できるプライマーを推奨（メタン産生アーキアなどの検出が可能）
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アクネ菌（Cutibacterium acnes）の検出効率を高めた皮膚菌叢解析用プライマーを選択可能
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データ解析ソフトウェアはQIIME2を使用
【データベース】
◎細菌・アーキア：『Greengenes2』および『SILVA』
◎カビ・酵母：『UNITE』 -
DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
サービス概要
- 試験項目
- 生体アンプリコンシーケンス解析
- 受入可能な検体
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◎生体由来検体（糞便、腸管内容物、ルーメン液、唾液、プラーク、皮膚拭取物、膣内拭取物など）
◎DNA抽出物 - 目安納期
- 18 営業日～
アンプリコンシーケンス解析は、多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得ます。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができ、また、マイナーな細菌を含め網羅的に細菌を検出することができます。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスにも優れます。
受入可能な検体
- 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
- 哺乳類・鳥類などの野生動物 (野良も含む) 由来の検体は、送付前にお客様の元で加熱処理（85℃ 15分以上）をお願いします。
- DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 |
|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | ヒト | 糞便 |
| マウス、ラットなどの実験動物類 | 糞便、腸管内容物 | |
| ブタ、ウシ、ウマなどの家畜類 | 糞便、腸管内容物、ルーメン液 | |
| ニワトリなどの家禽類 | 糞便、腸管内容物 | |
| イヌ、ネコなどのペット類 | 糞便 | |
| 魚類、昆虫、その他 | 糞便、腸管内容物 | |
| B 区分： その他生体由来検体 | ヒト （その他動物種はご相談下さい） | 唾液、プラーク |
| 皮膚拭取物 | ||
| 膣内拭取物 | ||
| DNA抽出物 | ー | PCR 増幅が確認されたDNA抽出物 |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
|---|---|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | 糞便、 腸管内容物、ルーメン液 | 気密性の高い容器 | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
| 糞便採取容器 (保存液あり) | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、 常温輸送可 | ||
| メタボロキーパー®※1 | ||||
| B 区分： その他生体由来検体 | A 区分以外 ・口腔内容物 (唾液、プラーク ) ・皮膚拭取物など | スワブ 1.5 mL チューブなど | 0.2 ～ 1 mL （唾液） | 唾液、舌苔、口腔粘膜、プラークを採取し、速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
| 綿棒やコットンなどで広範囲を拭き取った検体は、極少量の適切な溶液（PBS、生理食塩水、滅菌水など）に移し、速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | ||||
| メタフロキーパー（皮膚、唾液） | 0.2 ～ 1 mL （唾液） | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 | ||
| DNA抽出物※2 | 濃度 5 ng/µL 総量 30 µL 以上 （1 領域を追加ごとに＋15 µL 以上） | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | ||
- 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。
- DNA抽出物の場合、PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
解析プロセス
- DNA抽出／精製
- PCR増幅
- PCR産物の定量
- シーケンス配列決定
- プライマー配列の除去
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データ解析
（代表配列決定、相同性検索、多様性解析） - 統計解析（オプション）
仕様
| 対象微生物 | 細菌 ・ アーキア | カビ・酵母 | |
|---|---|---|---|
| 遺伝子領域※1 | 細菌：16S rDNA V1 ～ V2 領域 | ITS2 領域 | |
| 細菌：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| 細菌・アーキア：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| アーキア：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |||
| 細菌 (皮膚菌叢解析用)：16S rDNA V3 ～ V4 領域※2 | |||
| リード数※3 | 3万リード以上／検体 | ||
| 解析機種 | MiSeq i100 シリーズ(Illumina) | ||
| データ解析 (QIIME2) | クオリティーフィルタリング～ASV （Amplicon Sequence Variant）の推定 | DADA2 | |
| 系統推定※4 | Greengenes2およびSILVA | UNITE | |
| 推定可能な分類階級 | 界から種 | ||
| α多様性指数 | chao1、shannon、simpson指数 | ||
| β多様性の距離測定法 | unweighted-unifrac、weighted-unifrac、bray-curtis距離 | ||
| ヒートマップ ・ クラスター分析※5 | Ward 法（bray-curtis距離使用） | ||
| 統計解析※6（オプション） | α多様性指数を用いたKruskal-Wallis 検定 | ||
| β多様性距離を用いたANOSIM 検定※5 | |||
- 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
- 標準仕様のV3 ～ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
- 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
- Greengenes2、SILVA、UNITEは公共の解析データベースです。細菌、アーキアについては、Greengenes2およびSILVAの2種類のデータベースを用いた系統推定結果を納品いたします。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル | |
| QIIME2出力データファイル | 代表配列とリード数の一覧 | qza、qzvまたはtsvファイル |
| 相同性検索結果（ASV表、 バーチャート） | ||
| α多様性指数、レアファクションカーブ | ||
| ヒートマップ・クラスター分析結果※2 | ||
| 3D主座標分析結果、距離行列※2 | ||
| QIIME2出力データファイル 統計解析※1（オプション） | 統計解析結果※2、群の平均的な菌叢構造 | |
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
報告サンプル
相同性検索結果（表、 バーチャート）
αレアファクションカーブ
3D主座標分析
価格・納期
- PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。
| 区分 | 試験項目 | 依頼様式 | 単価 （税抜）※1 | 目安納期 ※2 |
|---|---|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | アンプリコンシーケンス解析 （細菌・アーキア） ・細菌 V1～V2 ・細菌 V3～V4 ・細菌／アーキア V3～V4 ・アーキア V3～ V4 アンプリコンシーケンス解析 （カビ・酵母） ・ITS2 | 検体からデータ解析まで | 15,000円／検体 | 20 営業日～ |
| 検体からFastq ファイル納品まで | 14,500円／検体 | 20 営業日～ | ||
| DNA 抽出物からデータ解析まで | 12,000円／検体 | 18 営業日～ | ||
| DNA 抽出物からFastq ファイル納品まで | 11,500円／検体 | 18 営業日～ | ||
| B 区分： その他生体由来検体 | アンプリコンシーケンス解析 （細菌・アーキア） ・細菌 V1～V2 ・細菌 V3～V4 ・細菌／アーキア V3～V4 ・アーキア V3～ V4 ・皮膚菌叢解析用 アンプリコンシーケンス解析 （カビ・酵母） ・ITS2 | 検体からデータ解析まで | 19,000円／検体 | 24 営業日～ |
| 検体からFastq ファイル納品まで | 18,500円／検体 | 24 営業日～ | ||
| DNA 抽出物からデータ解析まで | 12,000円／検体 | 18 営業日～ | ||
| DNA 抽出物からFastq ファイル納品まで | 11,500円／検体 | 18 営業日～ | ||
| 統計解析※3（オプション） | 多様性解析まで完了してご依頼の場合 | ＋30,000円／一式 | ＋5営業日 | |
- 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たりA区分 3,000円 (税抜) 、B区分7,000円 (税抜)を減額します。
- 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
生体由来検体の返送
生体由来検体の返送をご希望のお客様には、定温マルチBOXによる臨床検体輸送サービスを利用してお送りします。
| 項目 | 容器サイズ（内寸） | 単位 | 価格 （税抜） | |
|---|---|---|---|---|
| 生体由来検体返送 （冷凍） | 10サイズ | 230mm×230mm×200mm | 1個 | 46,800 円 |
| 追加 1個 | ＋ 19,000 円 | |||
| 50サイズ | 320mm×450mm×350mm | 1個 | 74,700 円 | |
| 追加 1個 | ＋ 50,600 円 | |||
従来機「MiSeq」をご利用希望の方
従来機MiSeqでの解析については、2026年7月31日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
→ MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析結果（当社実施）
「Metagenome@KIN」によるデータ解析をご希望の方
「Metagenome@KIN」によるデータ解析については、2026年9月30日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
詳細は以下のページをご確認下さい。
Metagenome@KINによるデータ解析サービス終了のお知らせ
https://www.tecsrg.co.jp/info/2026/06/26/metagenome/