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Amplicon Sequence Variant (ASV) 法により、相同率の高い近縁種同士の識別が可能
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学術論文で求められる多様性解析や統計解析の機能が充実
サービス概要
- 試験項目
- アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) ／統計解析（オプション）
- 受入可能な検体
- 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ
- 目安納期
- 10 営業日～
QIIME21)は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要な機能を統合したオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME 2 View2)で閲覧できます。QIIME2では、一定の相同率（例えば97%以上）の配列を同一グループとして扱うOperational Taxonomic Unit（OTU）法ではなく、Amplicon Sequence Variant（ASV）法が採用されています。ASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。これにより、「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別することで、より解像度の高いデータ解析を可能としています。
1) Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852-857.
2) https://view.qiime2.org/
受入可能な検体
- fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
- 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。
| 検体の種類 | 対象 |
|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastq ファイル |
| fasta ファイル |
解析プロセス
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fastqデータ
群分け情報の入力（オプション） - プライマー配列の除去
- 代表配列の決定（ASV法）
- 相同性検索
- 多様性解析
- 統計解析（オプション）
仕様
| 試験項目 | 内容 |
|---|---|
| クオリティーフィルタリング～ASV （Amplicon Sequence Variant）の推定 | DADA2 |
| 系統推定※1 | ・細菌、アーキア：Greengenes2およびSILVA ・カビ、酵母：UNITE |
| 推定可能な分類階級 | 界から種 |
| α多様性指数 | chao1、shannon、simpson |
| β多様性の距離測定法 | unweighted-unifrac、weighted-unifrac、bray-curtis |
| ヒートマップ ・ クラスター分析※2 | Ward 法（bray-curtis距離使用） |
| 統計解析※3（オプション） | Kruskal-Wallis 検定によるα多様性指数 |
| ANOSIM 検定によるβ多様性※2 |
- Greengenes2、SILVA、UNITEは公共の解析データベースです。細菌、アーキアについては、Greengenes2およびSILVAの2種類のデータベースを用いた系統推定結果を納品いたします。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル | |
| QIIME2出力データファイル | 代表配列とリード数の一覧 | qza、qzvまたはtsvファイル |
| 相同性検索結果（ASV表、 バーチャート） | ||
| α多様性指数、レアファクションカーブ | ||
| ヒートマップ・クラスター分析結果※2 | ||
| 3D主座標分析結果、距離行列※2 | ||
| QIIME2出力データファイル 統計解析※1（オプション） | 統計解析結果※2、群の平均的な菌叢構造 | |
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
報告サンプル
相同性検索結果（表、 バーチャート）
αレアファクションカーブ
3D主座標分析
価格・納期
遺伝子機能の予測解析をご希望の場合には、「PICRUSt2による予測メタゲノム解析」をご参照下さい。
| 試験項目 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) | 式 | 30,000 円 | 10 営業日 |
| 統計解析※1（オプション） | + 30,000 円 | + 5営業日 |
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。