試験のポイント
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JMBC（日本マイクロバイオームコンソーシアム）推奨プロトコルに基づき、糞便中の細菌叢を解析
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検体のDNA抽出からデータ解析までの一括対応、DNA抽出物での受入、fastqデータ納品 (解析なし) など、多様なニーズに対応（1検体から申込み可能）
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DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業
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データ解析ソフトウェアはQIIME2を使用
【データベース】
◎細菌・アーキア：『Greengenes2』および『SILVA』
◎カビ・酵母：『UNITE』
サービス概要
- 試験項目
- 生体アンプリコンシーケンス解析（JMBC 推奨プロトコル）
- 受入可能な検体
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◎糞便検体（ヒト）
◎DNA抽出物 - 目安納期
- 22 営業日～
JMBC が推奨する糞便メタゲノム解析推奨プロトコル1,2)に基づき、アンプリコンシーケンス解析を実施します。
〈参考文献〉
1) Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A et al . Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements. Microbiome 2021;9:95.
2) JMBC 糞便メタゲノム解析推奨プロトコル ver2.2.
https://jmbc.life/cms/wp-content/uploads/2026/01/sop-v2.2.pdf
受入可能な検体
- 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
- ヒト以外の糞便検体でのDNA抽出はご相談下さい。
- DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | ヒト | 糞便 | 細菌のDNA |
| DNA抽出物 | ー | PCR増幅が確認されたJMBC推奨プロトコルに従い抽出されたDNA抽出物 |
必要検体量・送付方法
| 検体の種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 | ||
|---|---|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | 糞便 | 気密性の高い容器 | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送 |
| 糞便採取容器 (保存液あり) | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、 常温輸送可 | ||
| メタボロキーパー®※1 | ||||
| DNA抽出物※2 | 濃度 5 ng/µL 総量 30 µL 以上 （1 領域を追加ごとに＋15 µL 以上） | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | ||
- 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。
- DNA抽出物の場合、PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
解析プロセス
- DNA抽出／精製
- PCR増幅／精製
- PCR産物の定量
- シーケンス配列決定
- JMBC 推奨プロトコルはシーケンスによる配列決定までとなります。
- ペアエンド配列アッセンブル
- フィルタリング、キメラチェック
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データ解析
（代表配列の決定、相同性検索、多様性解析） - 統計解析（オプション）
仕様
| 対象微生物 | 細菌 ・ アーキア | |
|---|---|---|
| 遺伝子領域 | 細菌：16S rDNA V3 ～ V4 領域 | |
| リード数※1 | 3万リード以上／検体 | |
| 解析機種 | MiSeq i100 シリーズ(Illumina) | |
| データ解析 (QIIME2) | クオリティーフィルタリング～ASV （Amplicon Sequence Variant）の推定 | DADA2 |
| 系統推定※2 | Greengenes2およびSILVA | |
| 推定可能な分類階級 | 界から種 | |
| α多様性指数 | chao1、shannon、simpson指数 | |
| β多様性の距離測定法 | unweighted-unifrac、weighted-unifrac、bray-curtis距離 | |
| ヒートマップ ・ クラスター分析※3 | Ward 法（bray-curtis距離使用） | |
| 統計解析※4（オプション） | α多様性指数を用いたKruskal-Wallis 検定 | |
| β多様性距離を用いたANOSIM 検定※3 | ||
- 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
- Greengenes2、SILVAは公共の解析データベースです。Greengenes2およびSILVAの2種類のデータベースを用いた系統推定結果を納品いたします。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
納品内容
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ | fastqファイル | |
| QIIME2出力データファイル | 代表配列とリード数の一覧 | qza、qzvまたはtsvファイル |
| 相同性検索結果（ASV表、 バーチャート） | ||
| α多様性指数、レアファクションカーブ | ||
| ヒートマップ・クラスター分析結果※2 | ||
| 3D主座標分析結果、距離行列※2 | ||
| QIIME2出力データファイル 統計解析※1（オプション） | 統計解析結果※2、群の平均的な菌叢構造 | |
- 統計解析（オプション）の実施には群分け情報が必要となります。ご依頼時にご提出下さい。 (1検体１群構成がある場合は実施できません)。
- 2検体以下の場合は納品データに含まれません。
報告サンプル
相同性検索結果（表、 バーチャート）
αレアファクションカーブ
3D主座標分析
価格・納期
- PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。
| 試験項目 | 依頼様式 | 単価 （税抜）※1 | 目安納期 |
|---|---|---|---|
| アンプリコンシーケンス解析 （JMBC 推奨プロトコル) ・細菌 V3～V4 | 検体からデータ解析まで | 29,000円／検体 | 24 営業日～ |
| 検体からFastq ファイル納品まで | 28,500円／検体 | 24 営業日～ | |
| DNA 抽出物からデータ解析まで | 20,000円／検体 | 22 営業日～ | |
| DNA 抽出物からFastq ファイル納品まで | 19,500円／検体 | 22 営業日～ | |
| 統計解析（オプション） | 多様性解析まで完了してご依頼の場合 | ＋30,000円／一式 | ＋5営業日 |
- リアルタイムPCR解析などを同時にご依頼いただく場合、DNA抽出の重複費用として1検体あたり9,000円（税抜）を減額します。
生体由来検体の返送
生体由来検体の返送をご希望のお客様には、定温マルチBOXによる臨床検体輸送サービスを利用してお送りします。
| 項目 | 容器サイズ（内寸） | 単位 | 価格 （税抜） | |
|---|---|---|---|---|
| 生体由来検体返送 （冷凍） | 10サイズ | 230mm×230mm×200mm | 1個 | 46,800 円 |
| 追加 1個 | ＋ 19,000 円 | |||
| 50サイズ | 320mm×450mm×350mm | 1個 | 74,700 円 | |
| 追加 1個 | ＋ 50,600 円 | |||
従来機「MiSeq」をご利用希望の方
従来機MiSeqでの解析については、2026年7月31日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
→ MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）
※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。
「Metagenome@KIN」によるデータ解析をご希望の方
「Metagenome@KIN」によるデータ解析については、2026年9月30日検体受け入れ分をもちまして、終了させていただきました。
詳細は以下のページをご確認下さい。
Metagenome@KINによるデータ解析サービス終了のお知らせ
https://www.tecsrg.co.jp/info/2026/06/26/metagenome/