サービス

サービス概要

試験項目

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 一次解析／二次解析／一次解析～二次解析

受入可能な検体

次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ

目安納期

10 営業日～

QIIME2¹⁾は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME 2 View²⁾で閲覧でき、前身のQIIME1³⁾と比べデータのアウトプットにおいてGUI的な側面も強化されています。
QIIME2がQIIME1と大きく異なる点は、代表配列の決定方法にあります。QIIME1で用いられるOperational Taxonomic Unit (OTU) 化は、一定の相同率 (例えば97%以上) の配列同士を同種由来とみなして代表配列をまとめていく方法です。一方、QIIME2のASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。これにより、今まで「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別することで、より解像度の高いデータ解析を可能としています。


〈参考文献〉
1) Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and
extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 2019;37:852–857.
2) https://view.qiime2.org/
3) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.