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サービス

細菌DNA塩基配列解析・分子系統解析（16S rDNA）

まずは検体条件をご確認ください お問い合わせはこちら

試験のポイント

  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、分子系統解析まで実施

  • 基準株の塩基配列データで構成される「微生物同定データベース」で解析

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

  • スクリーニングから新種提唱論文用データまで幅広く対応

サービス概要

こんな方におすすめです

  • 品質管理、衛生管理のご担当者様

  • 研究開発、学術研究の方

試験対象
細菌
解析領域
上流側の約500 bpの塩基配列または全長配列
試験項目
・16S rDNA-500 (ENKI BLAST)
・16S rDNA-500 (INSD BLAST)
・16S rDNA-500
・16S rDNA-Full (ENKI BLAST)
・16S rDNA-Full (INSD BLAST)
・16S rDNA-Full
納期
DNA特急：5営業日（相同性検索結果上位5位）
通常：6営業日～
オプション
配列比較、考察（同定に至った経緯の説明文章）

細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bpの部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属種・近縁種の同定に優れます。特に、細菌を新種提唱する場合には、サンガー法による16S rDNA全長の決定と分子系統解析が必須となります。また、微生物特許寄託の際、同属内にBSL3以上が含まれる場合には、DNA塩基配列解析による安全性の確認が必要となることがあります。
当社では近隣結合法 (NJ; Maximum Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法および、最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を基本とし、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) による分子系統解析にも対応可能です。

「16S rDNA-500」と「16S rDNA-Full」の比較

配列長主な解析目的長所短所
500品質管理、衛生管理、スクリーニング・最小限のプライマーによるシーケンスでコスト安
・属および近縁種の同定が可能		・解析する塩基配列が短いため、同定の精度がFull と比較してやや劣る
・近縁種が複数候補にあがり、一種に絞り切れない場合がある
Full研究開発、学術研究16S-500 よりも、解析する塩基配列が長いため、同定の精度が高い解析する配列長が長いため、複数のプライマーの組み合わせによるシーケンスが必要となり、コスト高

受入可能な検体

試験項目種類必要量備考
細菌DNA塩基配列解析平板培養物1 枚当社で培養確認後DNA 抽出するか、指定コロニーから直接DNA 抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。
・液体培養物
・スラント ( 斜面培養物)
・アンプル
・凍結保存品 ( グリセロールストック)		1 本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA 抽出物濃度： 30 ng/μL 以上
量： 50 μL 以上		承諾書のご記入、PCR 増幅を確認している場合には電気泳動像をご提供下さい。
PCR 産物濃度： 100 ng/μL 以上
量： 20 μL 以上		承諾書のご記入と電気泳動像をご提供下さい。
・簡易分子系統解析
・分子系統解析		・塩基配列テキストファイル（fasta ファイルなど）
・シーケンス生データ（ab1 ファイル）		ー塩基配列テキストファイルまたはシーケンサー生データをご提供いただければ、簡易分子系統解析または分子系統解析をご依頼いただけます。
シーケンサ生データ (ab1 ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供下さい。

解析プロセス

純度確認
DNA抽出
PCR増幅
シーケンス
塩基配列決定
相同性検索
系統解析

納品内容

試験項目報告内容※1付属データ
16S rDNA-500 （ENKI BLAST）・当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・それらのバイオセーフティレベル		・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
16S rDNA-FULL（ENKI BLAST）
16S rDNA-500 （INSD BLAST）国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
16S rDNA-FULL（INSD BLAST）
16S rDNA-500・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・系統樹
・同定結果
・近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-FULL
  • ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します (試験項目 ENKI BLASTおよびINSD BLASTは対象外)。

報告書サンプル

16SrDNA-Full-SAMPLE_V8ダウンロード

価格・納期

試験項目検体数単位単価（税抜）納期
通常中間報告あり※1
16S rDNA-500（ENKI BLAST／INSD BLAST）1 ～ 8株16,000 円ー6 営業日
9 ～ 1615,000 円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-FULL（ENKI BLAST／INSD BLAST）1 ～ 8株39,000円ー6 営業日
9 ～ 1632,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-5001 ～ 8株22,000円25,200円9 営業日
9 ～ 1621,000円24,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-FULL1 ～ 8株45,000円52,800円9 営業日
9 ～ 1639,000円45,400円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
  • 「中間報告あり」は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールでご報告します。1日の報告件数は8株を上限といたします。8株を超える場合は翌営業日以降のご報告となります。その際は優先順位をご連絡下さい。

塩基配列テキストファイルまたはシーケンサー生データをご提供いただければ、簡易分子系統解析または分子系統解析をご依頼いただけます。

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
簡易分子系統解析16S rDNA テキストデータから当社微生物
同定システム「ENKI®」により分子系統
解析し、帰属種・近縁種を推定いたします。		株考察※ 1なし9,000 円5 営業日
考察※ 1あり11,000 円6 営業日
シーケンス生データ (ab1 ファイル) から塩基配列を決定いたします。株配列決定＋5,000 円＋1 営業日
分子系統解析※2
(16S rDNA)		論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ 法) による系統樹作成となります。		株シーケンス＋分子系統解析80,000 円～20 営業日～
分子系統解析のみ41,000 円～14 営業日～
  • 考察：同定に至った経緯の文章説明を記載いたします。菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。
  • 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。

〈簡易分子系統解析と分子系統解析の違い〉

試験項目活用できる分野解析目的系統解析に供するデータまたは塩基配列データ
簡易分子系統解析品質管理、衛生管理、スクリーニング検体がどの既知種近縁なのかを推定する当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株の塩基配列データ
分子系統解析学術研究、論文投稿など検体の分類学的位置を推定する主に対象分類群の最新の文献を参照した分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ

オプション｜配列比較、考察

細菌、放線菌の16S rDNA-500および16S rDNA-FullのDNAメニューでは、オプションで考察（同定に至った経緯の説明文章）付きに変更が可能です。

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。2 株間比較＋ 1,000 円＋1 営業日
3 株間比較＋ 2,000 円
細菌・放線菌 考察 (DNA)同定に至った経緯の文章説明を追加します。※1株＋ 2,000 円＋2 営業日～
  • 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。


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関連サービス

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ご依頼前の同意事項

  • 機能性表示食品の届出のため作業手順書を発行する際は、発行費用 3,000円 (税抜) をご請求します。
  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
  • 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
  • バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
  • バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
  • バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

041_DNA16S_bacteria_V19.zip

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