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サービス

DNA塩基配列解析

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試験のポイント

  • 第十九改正日本薬局方 参考情報「遺伝子解析による微生物の迅速同定法〈G4-7-190〉」を準用したプロトコルによる同定
    (細菌、酵母、カビ)

  • 基準株などのタイプ由来や論文で採用されている配列で構成される「微生物同定データベース」で解析※1

  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、簡易分子系統解析まで実施※2

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告※1

  • 試験項目 INSD BLAST は対象外となります。
  • 試験項目 INSD BLAST／ENKI BLAST は対象外となります。

サービス概要

こんな方におすすめです

  • 品質管理、衛生管理のご担当者様

  • 研究開発、学術研究の方

試験対象
細菌、酵母、カビ
解析領域
細菌：16S rDNA領域
カビ：rDNAのITS領域（ITS1+5.8S rDNA+ITS2）
酵母：26S rDNAのD1/D2領域
試験項目
細菌：
・16S rDNA-500 (ENKI BLAST／INSD BLAST)
・16S rDNA-500
カビ：
・ITS rDNA (INSD BLAST)
・28S rDNA-D1/D2 (INSD BLAST)
・ITS rDNA
・28S rDNA-D1/D2
酵母：
・26S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST／INSD BLAST)
・ITS rDNA (ENKI BLAST／INSD BLAST)
・26S rDNA-D1/D2
・ITS rDNA
納期
中間報告あり：5営業日（相同性検索結果上位5位）
通常：6営業日～10営業日
オプション
配列比較、考察

細菌は16S rDNA領域、カビはrDNAのITS領域 (ITS1+5.8S rDNA+ITS2)、酵母は26S rDNAのD1/D2領域のDNA塩基配列を両鎖で決定します。決定したDNA塩基配列は、当社が開発した微生物同定システム「ENKI®」を用い、国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA/Gen Bank) に対して相同性検索を実施します。また、「ENKI®」に搭載の「微生物同定データベース」に対する相同性検索を行うと共に、簡易分子系統解析を行います (ENKI BLASTを除く)。本システム搭載の「微生物同定データベース」は、微生物の同定に重要である基準株や基準標本などに由来するDNA塩基配列解析で構成されているため、高い精度で帰属種・近縁種の同定が可能です。
細菌については、品質管理、衛生管理を行う場合に適した「16S rDNA-500」、新種提唱などを行う場合に適した16S rDNA領域の全長を解析する「16S rDNA-Full」もご用意しております。

中間報告あり：5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をメールで報告します。また、一度にお受けでき
る検体数は8株までです。

「16S rDNA-500」と「16S rDNA-Full」の比較

配列長主な解析目的長所短所
500品質管理、衛生管理、スクリーニング・最小限のプライマーによるシーケンスでコスト安
・属および近縁種の同定が可能		・解析する塩基配列が短いため、同定の精度がFull と比較してやや劣る
・近縁種が複数候補にあがり、一種に絞り切れない場合がある
Full研究開発、学術研究16S-500 よりも、解析する塩基配列が長いため、同定の精度が高い解析する配列長が長いため、複数のプライマーの組み合わせによるシーケンスが必要となり、コスト高

受入可能な検体

試験項目種類必要量備考
DNA 塩基配列
解析		平板培養物1 枚当社で培養確認後DNA 抽出するか、指定コロニーから直接DNA 抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。
・液体培養物
・スラント ( 斜面培養物)
・混釈培養物
・アンプル
・凍結保存品 ( グリセロールストック)		1 本 ( 枚)当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA 抽出物濃度： 30 ng/μL 以上
量： 50 μL 以上		承諾書のご記入、PCR 増幅を確認している場合には電気泳動像をご提供下さい。
PCR 産物濃度： 100 ng/μL 以上
量： 20 μL 以上		承諾書のご記入と電気泳動像をご提供下さい。
簡易分子系統
解析		・塩基配列テキストファイル（fasta ファイルなど）
・シーケンス生データ
（ab1 ファイル）		ー塩基配列テキストファイルまたはシーケンサー生データをご提供いただければ、簡易分子系統解析をご依頼いただけます。
シーケンサ生データ (ab1 ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供下さい。

解析プロセス

純度確認
DNA抽出
PCR増幅
シーケンス
塩基配列決定
相同性検索
系統解析

納品内容

カテゴリー試験項目報告内容※1付属データ
細菌16S rDNA-500 （ENKI BLAST）・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・それらのバイオセーフティレベル		・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
16S rDNA-500 （INSD BLAST）国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
16S rDNA-500・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・帰属種・近縁種の分離源情報（ご希望のお客様のみ）
カビITS rDNA (INSD BLAST)国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
ITS rDNA・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・帰属種・近縁種の分離源情報（ご希望のお客様のみ）
酵母
( 一部のカビ)		26S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・それらのバイオセーフティレベル
26S rDNA-D1/D2 (INSD BLAST)国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
26S rDNA-D1/D2・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
・帰属種・近縁種の分離源情報（ご希望のお客様のみ）

報告書サンプル

DNA-SAMPLE_V8ダウンロード

価格・納期

カテゴリー試験項目検体数単位単価（税抜）納期
通常中間報告あり※1
細菌16S rDNA-500
（ENKI BLAST／INSD BLAST）		1 ～ 8株16,000 円ー6 営業日
9 ～ 1615,000 円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-5001 ～ 8株22,000円25,200円9 営業日
9 ～ 1621,000円24,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
カビITS rDNA
（INSD BLAST）
または
28S rDNA-D1/D2
（INSD BLAST）		1 ～ 8株22,000円ー6 営業日
9 ～ 1620,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
ITS rDNA
または
28S rDNA-D1/D2		1 ～ 8株33,000円37,400円9 営業日
9 ～ 1630,000円34,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
酵母26S rDNA-D1/D2
（ENKI BLAST／INSD BLAST）
または
ITS rDNA
（ENKI BLAST／INSD BLAST）		1 ～ 8株25,000円ー6 営業日
9 ～ 1622,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
26S rDNA-D1/D2
または
ITS rDNA		1 ～ 8株31,000円36,000円9 営業日
9 ～ 1628,000円32,400円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
  • 「中間報告あり」は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールでご報告します。
    1日の報告件数は8株を上限といたします。8株を超える場合は翌営業日以降のご報告となります。その際は優先順位をご連絡下さい。

塩基配列テキストファイルまたはシーケンサー生データをご提供いただければ、簡易分子系統解析をご依頼いただけます。

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
簡易分子系統解析
（細菌・酵母）		当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。株考察※1なし9,000 円5 営業日
考察※1あり11,000 円6 営業日
配列決定＋5,000 円＋ 1営業日
簡易分子系統解析
（カビ）		考察※1なし14,000 円5 営業日
考察※1あり16,000 円6 営業日
配列決定＋ 5,000 円＋ 1営業日

試験項目検体数単位単価（税抜）目安納期
英文報告書の作成（報告日より１年以内に限る）1式10,000円～＋5営業日～
考察文は納期要相談
和文、英文報告書の追加発行（報告日より１年以内に限る）各1部3,000円ー

オプション｜配列比較、考察

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。2 株間比較＋ 1,000 円＋ 1営業日
3 株間比較＋ 2,000 円
細菌・放線菌　考察（DNA）同定に至った経緯の文章説明を追加します。※1株＋2,000円＋ 2営業日～
カビ　考察（DNA）＋8,000円
酵母　考察（DNA）＋3,000円
  • 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

〈簡易分子系統解析と分子系統解析の違い〉

試験項目活用できる分野解析目的系統解析に供するデータまたは塩基配列データ
簡易分子系統解析品質管理、衛生管理、スクリーニング検体がどの既知種近縁なのかを推定する当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株の塩基配列データ
分子系統解析学術研究、論文投稿など検体の分類学的位置を推定する主に対象分類群の最新の文献を参照した分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ
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関連サービス

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ご依頼前の同意事項

  • 多検体をご依頼の場合、目安納期はお問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
  • 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
  • バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
  • バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
  • バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

【細菌用】041_DNA16S_bacteria_V19.zip

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【カビ用】043_DNA_molds_V19.zip

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【酵母用】044_DNA_yeast_V19.zip

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