試験のポイント
-
当社のオリジナルを含む多数のプライマーセットを保有
-
食品関連や環境関連の微生物を対象
-
微量な検体からでも正確な推定が可能
サービス概要
- 試験項目
- リアルタイム PCR 解析（定量）
- 受入可能な検体
-
◎環境検体（食品、活性汚泥、土壌、発酵検体、環境水など）
◎DNA抽出物 - 目安納期
- 15 営業日～
検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングします。
全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。
受入可能な検体
DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|---|
| 環境検体 | 食品 | 発酵食品、乳酸菌飲料など | 細菌、アーキア、カビ・酵母のDNA |
| 活性汚泥 | 発酵槽の汚泥、下水汚泥など | ||
| 土壌 | 一般土壌、砂、火山灰など | ||
| 発酵検体 | 堆肥、コンポスト、培養液など | ||
| 環境水 | 水道水、工業廃水、海水、湖沼水など | ||
| DNA抽出物 | PCR 増幅が確認されたDNA 抽出物 | ||
必要検体量・送付方法
外洋海水、深海堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。
| 検体 | 必要量 | 留意点および送付方法 | |
|---|---|---|---|
| 食品 | 10 gまたは100 mL | 食品の保存温度で保存、輸送 | |
| 活性汚泥 | 5～10 mL | 採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |
| 土壌 | 1～5 g | ||
| 発酵検体 | 堆肥、コンポストなど | 1～ 5 g | |
| 培養液など | 5～10 mL | ||
| 環境水 | 水道水、濁りの少ない河川水など | 100～1000 mL | |
| 工業廃水、下水など | 50～500 mL | ||
| DNA抽出物※1 | 濃度 10 ng/μL 総量 30 μL 以上 (1 領域を追加ごとに＋ 15 μL 以上) | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 | |
- PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
解析プロセス
- DNA抽出
- DNA精製
- PCR増幅（インターカレーター法）
- PCR増幅産物、モニタリング
仕様
リアルタイムPCR装置を用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量(コピー数)を絶対定量します。
報告書サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 内容（解析例） | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 | |
|---|---|---|---|---|---|
| リアルタイム PCR 解析（定量） | 検体数 1 | 1 プライマーの場合 | 検体 | 45,000 円 | 15 営業日～ |
| 検体数 2 | 2 プライマーの場合 | 45,000 円 | |||
| 検体数 5 | 2 プライマーの場合 | 31,000 円 | |||
| 検体数 10 | 2 プライマーの場合 | 26,000 円 | |||
| 〈オプション〉 プライマー設計 | ー | 式 | 45,000 円 | ＋ 10 営業日 | |
| 〈オプション〉スタンダード作製 | ー | 式 | 104,000 円 | お問い合わせ下さい | |
当社保有プライマー
〈全菌数〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 全真正細菌 | 16S | 検体中に含まれる全真正細菌 |
| 全アーキア | 16S | 検体中に含まれる全アーキア |
| カビ・酵母 ITS | ITS領域 | 検体中に含まれるカビ・酵母 |
〈環境アーキア〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| メタン菌 | mcrA | メタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
| Methanobacteriaceae 科 | ー | ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae 科（Methanobrevibacter 属およびMethanosphaera 属） |
| Methanoculleus 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanoculleus 属 |
| Methanolobus 属 | ー | メタン菌であるMethanolobus 属 |
| Methanomethylovorans 属 | ー | メタン菌であるMethanomethylovorans 属 |
| Methanosarcina 属 | 16S | メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina 属 |
| Methanospirillum 属 | ー | メタン菌であるMethanospirillum 属 |
〈環境水（海水・ 地下水など）〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Aeromonas 属 | ー | 河川水、 泥土、 魚や貝類から分離され、 下痢症と関連するAeromonas 属 |
| Legionella 属 | ー | 水系、 土壌など広く自然界に分布するLegionella 属 |
| Legionella pneumophila | mip | 水系、 土壌など広く自然界に分布し、 レジオネラ肺炎の原因菌であるL. pneumophila |
| Listeria 属 | prsA | 食品中あるいは環境中のListeria 属 |
| Listeria monocytogenes | hlyA | 食品中あるいは環境中のL. monocytogenes |
| Serratia marcescens | gyrB | 水、 土壌、 牛乳などから腐生菌として検出されるS. marcescens |
| Vibrio 属 | ftsZ | 自然界では海水などの水中に多く存在する環境中の常在細菌であるVibrio 属 |
| FusicateniVibrio vulnificus | vvh | 海水や海泥、 そこに生息する魚介類に広く分布し、 感染性胃腸炎や重篤な敗血症の原因になるV. vulnificus |
| Vibrio parahaemolyticus | tlh | 海水に広く存在し、食中毒の原因菌である腸炎ビブリオV.parahaemolyticus |
〈バイオ浄化〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Dehalobacter 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalobacter 属 |
| Dehalococcoides 属 | 16S | 検体中に含まれるDehalococcoides 属 |
| Dehalococcoides 属 | bvcA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子 |
| Dehalococcoides 属 | vcrA | DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子 |
| Dehalococcoides 属 | tceA | TCE から塩化ビニル VC への分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子 |
〈バイオリーチング〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| Acidithiobacillus thiooxidans | 16S | 硫黄酸化に関係する A. thiooxidans |
| Sulfobacillus 属 | 16S | バイオリーチングで使用されるSulfobacillus 属 |
〈窒素循環（硝化／脱窒）〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| アンモニア酸化細菌 | amoA | アンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA) |
| アンモニア酸化アーキア | arch-amoA | アンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA) |
| Anammox 細菌 | hzo | 汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担うAnammox細菌 |
| 亜硝酸還元菌 | nirS | 亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS) |
| 窒素固定細菌 | nifH | 窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH) |
| 亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属 |
| 亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira 属) | 16S | 亜硝酸酸化細菌であるNitrospira 属 |
| Pseudomonas aeruginosa | gyrB | 窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa |
〈微生物腐食〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 硫酸還元菌 | dsrB | 金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB) |
| 鉄細菌 (Leptothrix 属およびSphaerotilus 属) | ー | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Leptothrix 属およびSphaerotilus 属 |
| 鉄細菌 (Gallionella 属およびSideroxydans 属) | ー | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Gallionella 属およびSideroxydans 属 |
| 鉄細菌 (Prolixibacter 属) | ー | 金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter 属 |
| 鉄酸化細菌 (Leptospirillum 属) | gyrB | 金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum 属 |
| 硫黄酸化細菌 | soxB | 金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB) |
| 硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus 属) | 16S | soxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus 属 |
| メタン菌 | mcrA | 金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA) |
〈食品〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| 酢酸菌 | ー | 酢酸菌であるAcetobacter /Acidomonas/Gluconacetobacter /Gluconobacter /Kozakia /Tanticharoenia 属 |
| Alicyclobacillus 属 | ー | 耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus 属 |
| Bacillus subtilis | ー | 食品中あるいは環境中のB. subtilis |
| Levilactobacillus brevis(Lactobacillus brevis ) | ー | 食品中のL . brevis |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | ー | 食品中のL . delbrueckii subsp. bulgaricus |
| Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum ) | ー | 食品中のL . paraplantarum |
| Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum ) | recA | 食品中あるいは環境中のL . plantarum |
| Streptococcus thermophilus | ー | 食品中のS. thermophilus |
〈その他〉
| 対象菌種（分類群） | 遺伝子 | 備考 |
|---|---|---|
| メタン酸化細菌 | pmoA | メタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA) |
| 水素産生菌 | hydA | 検体中に含まれる水素産生菌 |
| Candidate Division TM7 | 16S | 活性汚泥、 環境水などに存在するCandidate Division TM7 |
| Thiothrix 属 | ー | 活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix 属 |
| Alphaproteobacteria 綱 | 16S | 検体中に含まれるAlphaproteobacteria 綱 |
参考文献
リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は，細菌種により保有している量 (コピー数) が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています1-3。
- Nakayama J, Tanaka S, Songjinda P, Tateyama A, Tsubouchi M et al. Analysis of infant intestinal microbiota by various kinds of molecular approaches -Toward large scale epidemiological investigations correlating allergy development with intestinal microbiota-. J Intestinal Microbiol 2007;21:129–142.
- Farrelly V, Rainey FA, Stackebrandt E. Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16S rRNA genes from a mixture of bacterial species. Appl Environ Microbiol 1995;61:2798–2801.
- Fogel G, Collins C, Li J, Brunk C. Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: estimation of microbial relative abundance from a mixed population. Microb Ecol 1999;38:93–113.