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サービス

カビDNA塩基配列解析・分子系統解析

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試験のポイント

  • 基準標本やタイプ由来株などの塩基配列で構成される「微生物同定データベース」と文献配列情報を組み合わせて解析

  • 最新の分類体系を考慮した分子系統解析を実施

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

  • 新種提唱論文用データまで幅広く対応

サービス概要

こんな方におすすめです

  • 品質管理、衛生管理のご担当者様

  • 研究開発、学術研究の方

試験対象
カビ
解析領域
ITS領域または28S rDNAのD1/D2領域
試験項目
ITS rDNA（ENKI BLAST）
ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2 （ENKI BLAST）
28S rDNA-D1/D2
納期
DNA特急：5営業日（相同性検索結果上位5位）
通常：6営業日～
オプション
配列比較、簡易分子系統解析、分子系統解析、カビ考察（同定に至った経緯の説明文章）

DNA塩基配列解析によるカビの同定には、rDNAのITS領域 (以下、ITS rDNA) および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきましたが、近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が広く使用されています。しかし、国際塩基配列データベースには既知種全てのDNA塩基配列は登録されておらず、さらに分類の基準となるタイプ情報とそのDNA塩基配列情報との紐づけは不完全な状況です。また、国際塩基配列データベースに登録されている情報には、疑義のあるものも少なくありません。そのため、相同性検索の結果で得られた個々のデータを採用するか否かの判断には、最新の分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、この調査には多大な手間と時間を要します。当社では、ENKI BLAST以外のメニューについては、可能な範囲で文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映させた報告をします。

新種提唱などの論文投稿では、更なる精査が必要となり、分子系統解析が必須となります。当社では、論文投稿に使用可能なレベルでの分子系統解析も可能です。近隣結合法 (NJ; Maximum Neighbor Joining) のように距離行列(Distance matrix) による手法および、最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を基本とし、最節約法 (MP; MaximumParsimony) による分子系統解析にも対応可能です。

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1 枚当社で培養確認後DNA 抽出するか、指定コロニーから直接DNA 抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。
・液体培養物
・スラント（斜面培養物）
・アンプル
・凍結保存品（グリセロールストック）		1 本当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA 抽出物濃度： 30 ng/μL 以上
量： 50 μL 以上		PCR 増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
PCR 産物濃度： 100 ng/μL 以上
量： 20 μL 以上		電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。
・塩基配列テキストファイル（fasta ファイルなど）
・シーケンス生データ
（ab1 ファイル）		ーオプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。
シーケンサーから出力された生データ(ab1 ファイル) から塩基配列を決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供ください。

解析プロセス

DNA抽出
PCR増幅
シーケンス
塩基配列決定
相同性検索
分子系統解析

納品内容

試験項目※1報告内容※2付属データ
ITS rDNA（ENKI BLAST）当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
28S rDNA-D1/D2（ENKI BLAST）
ITS rDNA・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・近縁種のバイオセーフティレベル
28S rDNA-D1/D2
  • ITS rDNAと28S rDNA-D1/D2の同時解析も可能です。簡易分子系統解析は領域ごとに行います。
  •  ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します。

報告書サンプル

ITS28S-SAMPLE_V6ダウンロード

価格・納期

■　ITS rDNA または 28S rDNA-D1/D2

試験項目検体数単位単価（税抜）納期
通常DNA特急※1
ITS rDNA（ENKI BLAST）
または
28S rDNA-D1/D2 （ENKI BLAST）		1 ～ 8株22,000 円ー6 営業日
9 ～ 1620,000 円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
ITS rDNA
または
28S rDNA-D1/D2		1 ～ 8株30,000 円34,400 円9営業日
9 ～ 1628,000 円32,000 円10営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい

■　ITS rDNA および 28S rDNA-D1/D2

試験項目検体数単位単価（税抜）納期
通常DNA特急※1
ITS rDNA（ENKI BLAST）
＆
28S rDNA-D1/D2 （ENKI BLAST）		1 ～ 8株38,000 円ー10 営業日
9 ～お問い合わせ下さい
ITS rDNA
＆
28S rDNA-D1/D2		1 ～ 8株55,000 円62,600 円15 営業日
9 ～お問い合わせ下さい
  • DNA特急は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。

オプション｜配列比較、簡易分子系統解析、分子系統解析、考察

簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから行うことも可能です。
分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応します。
カビのDNAメニューでは、オプションで考察 (同定に至った経緯の説明文章) 付きに変更が可能です。

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。2 株間比較＋ 1,000 円＋ 1 営業日
3 株間比較＋ 2,000 円
簡易分子系統解析当社微生物同定システム 「ENKI®」 により分子系統解析し、 帰属種 ・ 近縁種を推定します。株考察なし
12,000 円		5 営業日
考察あり
14,000 円		7 営業日
配列決定
＋ 5,000 円		＋ 1 営業日
分子系統解析※1
(ITS rDNA)
(28S rDNA-D1/D2)		論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ 法) による系統樹作成となります。		株シーケンス＋分子系統解析
75,000 円～		24 営業日～
分子系統解析のみ
53,000 円～		18 営業日～
カビ考察 (DNA)同定に至った経緯の文章説明を追加します。※2株＋ 2,000 円＋ 2 営業日～
  • 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。
  • 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

〈簡易分子系統解析と分子系統解析の違い〉

試験項目活用できる分野解析目的系統解析に供するデータまたは塩基配列データ
簡易分子系統解析品質管理、衛生管理検体がどの既知種近縁なのかを推定する当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株や、タイプ由来株の塩基配列データ
分子系統解析学術研究、論文投稿など検体の分類学的位置を推定する当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株や、タイプ由来株の塩基配列、対象分類群の最新の学術論文を参照して分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ


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ご依頼前の同意事項

  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
  • 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
  • バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
  • バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
  • バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

043_DNA_molds_V17.zip

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