試験のポイント
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Burkholderia cepacia species complex、Bacillus subtilis species complexに含まれる種、Lactobacillus delbrueckii ssp.に含まれる亜種を対象
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ショートリードによるドラフトゲノム取得
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ドラフトゲノム配列の類似度から、細菌の種（亜種）の異同を判定
サービス概要
- 対象
- 細菌（Burkholderia cepacia species complexおよびBacillus subtilis species complexの種、Lactobacillus delbrueckiiの亜種）
- 試験原理
- 対照株と比較株の全ゲノム配列やドラフトゲノム配列をコンピュータ上で比較し、2株間の種（亜種）の異同を判定
ゲノム解析による細菌の分類学的種（亜種）の異同判定
Average Nucleotide Identity（ANI）は、ゲノム全体における塩基配列の平均一致率を指標として比較する手法であり、従来の DNA-DNA hybridization（DDH）に代わるゲノムベースの分類指標として広く利用されています。例えば ANI 約95%以上は同種レベルの近縁性を示す目安とされており、既知株との比較や分類学的位置づけの確認、新種候補株の評価などに有用です。本試験では、MALDI微生物同定試験やDNA塩基配列解析でBurkholderia cepacia species complex、Bacillus subtilis species complex、Lactobacillus delbrueckii ssp.と同定された細菌株について、ドラフトゲノム配列を用いて種や亜種を判定します。
受入可能な検体
| 必要量 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1 枚 | 当社同定試験の追加試験としてのご依頼を基本とします。 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。 |
| 液体培養物 | 1 本 | |
| スラント ( 斜面培養物 ) | ||
| アンプル | ||
| 凍結保存品 ( グリセロールストック) | ||
| 集菌体 | 目安湿重量 1 ｇ以上 | 集菌後、5 mM EDTA バッファーで2 ～ 3 回程度洗浄し、遠心・集菌後は凍結して冷凍でお送り下さい。集菌体から直接DNAを抽出します。 |
解析プロセス
- 培養
- DNA抽出
- DNAの品質検査
- ゲノムシーケンス
- ANI解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| 特定分類群のANIによる種（亜種）の異同判定 | ANI解析結果 | ー |
| ゲノムシーケンス解析・ショートリード (DNA抽出含) | シーケンス結果 | ・決定された塩基配列 (fastq形式) ・アセンブル後の塩基配列 (fasta形式) ・ゲノム解析結果概要 (Excelファイル形式) |
価格・納期
- 本試験は種（亜種）の異同の判定を目的としています。アノテーションなどのゲノム解析には対応していません。
- ANI ( Average Nucleotide Identity )を実施します。
- 菌株の培養及びゲノム配列の取得は当社で実施します。
| 試験項目 | 対象分類群 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| 特定分類群のANIによる種（亜種）の異同判定 | Burkholderia cepacia species complex、Bacillus subtilis species complex、Lactobacillus delbrueckii | 株 | 50,000 円 | 20 営業日 |