試験のポイント
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魚類を対象とした環境DNAメタバーコーディング解析に対応
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河川・湖沼・海洋など、各種水域サンプルに対応可能
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MiFishプライマーを用いた魚類DNAの網羅的検出
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環境DNAマニュアルや論文に基づく、裏付けされた手法での解析
サービス概要
- 試験項目
- 環境DNAメタバーコーディング解析（魚類）
- 受入可能な検体
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◎ろ過済みのステリベクス フィルター（0.45 µm）※1
◎DNA抽出物 - 価格、目安納期
- 23,000円／検体（税抜）、20営業日～
- 解析方法
- 環境DNA調査・実験マニュアル（ver. 3.0）を一部改変
- オプション
- ステリベクス フィルター（0.45 µm）での送付が難しい場合は、当社にてフィルターろ過をオプションメニューとして実施することが可能です（＋4,000円／検体）。
環境DNAメタバーコーディング解析（魚類）は、水中に存在する魚類由来DNAを解析することで、魚類相を網羅的に把握する手法です。
本サービスでは、河川・湖沼・海洋などの水サンプルを対象に、超並列シーケンサー（MiSeq i100 シリーズ※2）を用いた環境DNAメタバーコーディング解析を実施し、魚類の検出および種レベルでの同定結果をご提供します。
解析は、環境DNA学会が公開しているマニュアルに基づいた手順で解析を実施しています。
- ステリベクスはMerck KGaAの商標です。
- MiSeqはイルミナの商標です。
受入可能な検体・必要検体量・送付方法
- 水サンプルの場合、時間経過とともに検出される種数が減少することを確認しております。可能な限り採水後速やかにフィルターろ過したものをご準備ください。
- DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
| 検体区分 | 検体の種類（例） | 必要な検体量 | 送付方法 |
|---|---|---|---|
| 環境検体 | 河川水 | ステリベクス フィルター（0.45 µm）：1個／検体※1 （RNAlater充填を推奨※2） | 冷凍保管、冷凍輸送 |
| 湖沼水 | |||
| 貯水池・ダム湖の水 | |||
| 沿岸域・内湾の海水 | |||
| その他の淡水・海水サンプル | |||
| DNA抽出物 | PCR増幅が確認されたDNA抽出物 | 総量 60μL以上 | 抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送 |
- ステリベクス フィルターでの送付が難しい場合は、当社にてフィルターろ過を実施することが可能です（有償オプション：＋4,000円／検体）。その場合、水試料1Lをご送付ください。
- RNAlaterはThermo Fisher Scientific Inc.の商標です。
解析プロセス
- 採水
- （お客様にて実施）
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フィルターろ過、
RNAlaterの充填 -
（お客様にて実施）
※フィルターろ過を当社実施の場合：有償オプション（＋4,000円／検体） - DNA抽出・精製
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PCR増幅および精製
（1st PCR） -
PCR増幅
（2nd PCR） - 定量
- シーケンス解析
- データ解析
仕様
| 項目 | 詳細 |
|---|---|
| 解析方法 | 環境DNA調査・実験マニュアル（ver. 3.0）を一部改変 |
| 対象生物、遺伝子領域 | 魚類（12S rDNA MiFishプライマー） |
| 取得リード数（目安） | 1万リード／検体※1 |
| 解析機種 | 超並列シーケンサー MiSeq i100 シリーズ |
| ソフトウェア／データベース | PMiFish ver. 2.4／Mitohelper参照データベース |
- 取得データ量は目安となります。データ量はサンプルに依存するため、データ量の保証はできません。
納品書サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 依頼形態 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期※1 |
|---|---|---|---|---|
| 環境DNAメタバーコーディング解析（魚類） | ろ過済みのステリベクス™フィルターの場合 | 検体 | 23,000 円 | 20 営業日～ |
| DNA抽出物の場合 | 検体 | 21,000円 | 19営業日～ | |
| フィルターろ過の追加 | 検体 | ＋4,000 円 | ＋1～3営業日 |
- 検体数により納期が異なる場合がございます。詳細はお問い合わせください。
注意事項
- 採水、フィルターろ過（可能であればRNAlaterを充填）はお客様にて実施をお願い致します。
- 元検体（ステリベクス フィルター）の返却はできません。
- 本解析は環境水中の魚種を網羅的に検出するものであり、魚種の割合や数は求められません（定量性はありません）。
- 本解析結果からは、環境DNAが反映する時空間的な範囲は分かりません（稚魚、成魚、生死、魚類が存在した採水地点からの距離など）。
- 超並列シーケンサーの原理上、最大で0.5%のインデックスホッピングが起こることが示されております。魚類相の割合0.5%以下の配列に関するお取り扱いにはご注意ください。