細菌DNA塩基配列解析・分子系統解析 (16S rDNA)
特長
-
当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、分子系統解析まで実施
-
基準株の塩基配列データで構成される「微生物同定データベース」で解析
-
帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告
-
スクリーニングから新種提唱論文用データまで幅広く対応
概要
細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bpの部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属種・近縁種の同定に優れます。特に、細菌を新種提唱する場合には、サンガー法による16S rDNA全長の決定と分子系統解析が必須となります。また、微生物特許寄託の際、同属内にBSL3以上が含まれる場合には、DNA塩基配列解析による安全性の確認が必要となることがあります。
当社では近隣結合法 (NJ; Maximum Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法および、最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を基本とし、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) による分子系統解析にも対応可能です。
受入可能な検体
種類 | 必要量 | 備考 |
平板培養物 | 1 枚 | 当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNA を抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。 |
液体培養物 スラント ( 斜面培養物 ) アンプル ・ 凍結保存品 ( グリセロールストック) | 1 本 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。 |
DNA 抽出物 | 濃度 ： 30 ng/µL 以上 | PCR 増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。 |
PCR 産物 | 濃度 ： 100 ng/µL 以上 | 電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。 |
塩基配列テキストファイル | ― | オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。 シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル) から塩基配列を決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供ください。 |
解析の流れ
-
純度確認
-
DNA抽出
-
PCR増幅
-
シーケンス
-
塩基配列決定
-
相同性検索
-
系統解析
納品内容
試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
16S rDNA-500 (ENKI BLAST) 16S rDNA-Full (ENKI BLAST) | ・当社微生物同定データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ |
16S rDNA-500 | ・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 |
16S-rDNA 500 と Fullの違い
報告書サンプル
価格・納期
※年間契約割引 (年間100株以上) も用意しています。
※1 DNA特急は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
- ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します(試験項目 ENKI BLAST は対象外)。
オプション
- 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから行うことも可能です。
- 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応します。
- 細菌、放線菌の16S rDNA-500および16S rDNA-FullのDNAメニューでは、オプションで考察(同定に至った経緯の説明文章) 付きに変更が可能です。
試験項目 | 報告内容 | 単位 | 単価（税抜） | 納期 |
配列比較 | ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。 | 2 株間比較 | ＋ 1,000 円 | ＋ 1 営業日 |
3 株間比較 | ＋ 2,000 円 | |||
簡易分子系統解析 | 16S rDNA テキストデータから当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。 | 株 | 考察なし 8,000 円 | 5 営業日 |
考察あり | 6 営業日 | |||
シーケンス生データ (ab1 ファイル) から塩基配列を決定します。 | 株 | 配列決定 ＋ 5,000 円 | ＋ 1 営業日 | |
分子系統解析※³ | 論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。 | 株 | シーケンス＋分子系統解析 74,000 円～ | 20 営業日～ |
分子系統解析のみ 37,000 円～ | 14 営業日～ | |||
細菌・放線菌 考察 (DNA) | 同定に至った経緯の文章説明を追加します。※⁴ | 株 | ＋ 2,000 円 | ＋ 2 営業日～ |
※3 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。
※4 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。
■ 簡易分子系統解析と分子系統解析の違い
試験項目 | 活用できる分野 | 解析目的 | 系統解析に供するデータまたは塩基配列データ |
簡易分子系統解析 | 品質管理、衛生管理、スクリーニング | 検体がどの既知種近縁なのかを推定する | 当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株の塩基配列データ |
分子系統解析 | 学術研究、論文投稿など | 検体の分類学的位置を推定する | 主に対象分類群の最新の文献を参照した分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ |
ご依頼前の同意事項
・ 機能性表示食品の届出のため作業手順書を発行する際は、発行費用 3,000円 (税抜) をご請求します。
・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。