試験のポイント
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分子系統解析まで実施 (BLASTまでのご依頼を除く)
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解析するDNA塩基配列領域は当社技術者により提案
- 試験対象
- きのこ
- 解析領域
- ITS領域または28S rDNAのD1/D2領域
- 試験項目
-
◎きのこITS rDNA（BLAST）
◎きのこ28S rDNA-D1/D2（BLAST）
◎きのこITS rDNA ＋分子系統解析
◎きのこ28S rDNA-D1/D2 ＋分子系統解析 - 納期
- 6営業日～
きのこの同定には、従来の子実体の形態的特徴に基づく手法に加えて、DNA塩基配列 (rDNAのITS領域または28S rDNAのD1/D2領域) を使った解析がよく用いられます。当社では、お預かりした微生物株または子実体に対し、最適な領域を提案します。また、国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA/GenBank) のデータを参照し、系統解析に必要となる帰属種・近縁種の基準標本やタイプ由来株などのDNA塩基配列データを取得し、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統解析から帰属種・近縁種を同定します。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を行います。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、 ご連絡します。 |
| 液体培養物 | 1 本 | |
| スラント ( 斜面培養物) | ||
| 子実体 | お問い合わせ下さい | 可能な限り新鮮な子実体をお送り下さい。 直接DNA 抽出することも可能です。詳しくはお問い合わせ下さい。 |
解析プロセス
きのこITS rDNA＋分子系統解析の場合
- 純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 塩基配列決定
- 相同性検索
- 文献調査
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| きのこ ITS rDNA（BLAST） | 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・DNA塩基配列データ ・シーケンス波形データ |
| きのこ 28S rDNA-D1/D2（BLAST） | ||
| きのこITS rDNA＋分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位 ・ 分子系統解析に使用したDNA塩基配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察 (同定に至った経緯の文章説明) ・ 同定結果 ・ 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル | ・ 分子系統樹ファイル(PowerPoint) ・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| きのこ28S rDNA-D1/D2＋分子系統解析 |
価格・納期
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| IきのこITS rDNA（BLAST） または きのこ28S rDNA-D1/D2（BLAST） | 1 ～ 8 | 株 | 64,000 円 | 6 営業日 |
| 9 ～ | お問い合わせ下さい | |||
| きのこITS rDNA ＋分子系統解析 または きのこ28S rDNA-D1/D2 ＋分子系統解析 | 1 ～ 8 | 株 | 95,000 円 | 15営業日～ |
| 9 ～ | お問い合わせ下さい | |||