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サービス

DNA塩基配列解析

まずは検体条件をご確認ください 初めての方はこちら

試験のポイント

  • 第十八改正日本薬局方 参考資料「遺伝子解析による微生物の迅速同定法〈G4-7-160〉」を準用したプロトコルによる同定
    (細菌、酵母、カビ)

  • 基準株などのタイプ由来や論文で採用されている配列で構成される「微生物同定データベース」で解析

  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、簡易分子系統解析まで実施※1

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

  • 試験項目 16S rDNA-500(ENKI BLAST)、ITS rDNA(ENKI BLAST)、26S rDNA-D1/D2(ENKI BLAST)は対象外となります。

サービス概要

こんな方におすすめです

  • 品質管理、衛生管理のご担当者様

  • 研究開発、学術研究の方

試験対象
細菌、酵母、カビ
解析領域
細菌：16S rDNA領域
カビ：rDNAのITS領域（ITS1+5.8S rDNA+ITS2）
酵母：26S rDNAのD1/D2領域
試験項目
16S rDNA-500 (ENKI BLAST)
16S rDNA-500
16S rDNA-Full (ENKI BLAST)
16S rDNA-Full
ITS rDNA (ENKI BLAST)
ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)
28S rDNA-D1/D2
26S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)
26S rDNA-D1/D2
納期
DNA特急：5営業日（相同性検索結果上位5位）
通常：6営業日～10営業日
オプション
配列比較、簡易分子系統解析、考察

細菌は16S rDNA領域、カビはrDNAのITS領域 (ITS1+5.8S rDNA+ITS2)、酵母は26S rDNAのD1/D2領域のDNA塩基配列を両鎖で決定します。決定したDNA塩基配列は、当社が開発した微生物同定システム「ENKI®」を用い、国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA/Gen Bank) に対して相同性検索を実施します。また、「ENKI®」に搭載の「微生物同定データベース」に対する相同性検索を行うと共に、簡易分子系統解析を行います (ENKI BLASTを除く)。本システム搭載の「微生物同定データベース」は、微生物の同定に重要である基準株や基準標本などに由来するDNA塩基配列解析で構成されているため、高い精度で帰属種・近縁種の同定が可能です。
細菌については、品質管理、衛生管理を行う場合に適した「16S rDNA-500」、新種提唱などを行う場合に適した16S rDNA領域の全長を解析する「16S rDNA-Full」もご用意しております。

DNA特急：5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をメールで報告します。また、一度にお受けでき
る検体数は8株までです。

「16S rDNA-500」と「16S rDNA-Full」の比較

配列長主な解析目的長所短所
500品質管理、衛生管理、スクリーニング・最小限のプライマーによるシーケンスでコスト安
・属および近縁種の同定が可能		・解析する塩基配列が短いため、同定の精度がFull と比較してやや劣る
・近縁種が複数候補にあがり、一種に絞り切れない場合がある
Full研究開発、学術研究16S-500 よりも、解析する塩基配列が長いため、同定の精度が高いPCR プライマーと中間プライマーによるシーケンスが必要
となり、コスト高

受入可能な検体

種類必要量備考
平板培養物1 枚当社で培養確認後DNA 抽出するか、指定コロニーから直接DNA 抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。
・液体培養物
・スラント ( 斜面培養物)
・混釈培養物
・アンプル
・凍結保存品 ( グリセロールストック)		1 本 ( 枚)当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。
DNA 抽出物濃度： 30 ng/μL 以上
量： 50 μL 以上		承諾書のご記入、PCR 増幅を確認している場合には電気泳動像をご提供下さい。
PCR 産物濃度： 100 ng/μL 以上
量： 20 μL 以上		承諾書のご記入と電気泳動像をご提供下さい。
・塩基配列テキストファイル（fasta ファイルなど）
・シーケンス生データ
（ab1 ファイル）		ーオプションの簡易分子系統解析のみのご依頼となります。シーケンサーからの生データ (ab1 ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。
ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供ください。

解析プロセス

純度確認
DNA抽出
PCR増幅
シーケンス
塩基配列決定
相同性検索
系統解析
依頼書のダウンロードはこちら 試験依頼はこちら お問い合わせはこちら

納品内容

カテゴリー試験項目報告内容※1付属データ
細菌16S rDNA-500 （ENKI BLAST）当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位・DNA塩基配列データ
・シーケンス波形データ
16S rDNA-FULL（ENKI BLAST）
16S rDNA-500・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・近縁種のバイオセーフティレベル
16S rDNA-FULL
カビITS rDNA (ENKI BLAST)当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
ITS rDNA・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・近縁種のバイオセーフティレベル
酵母
( 一部のカビ)		26S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
26S rDNA-D1/D2・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果
・近縁種のバイオセーフティレベル
  • ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します (試験項目 ENKI BLASTは対象外)。

報告書サンプル

DNA-SAMPLE_V8ダウンロード

価格・納期

カテゴリー試験項目検体数単位単価（税抜）納期
通常DNA特急※1
細菌16S rDNA-500（ENKI BLAST）1 ～ 8株16,000 円ー6 営業日
9 ～ 1615,000 円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-FULL（ENKI BLAST）1 ～ 8株37,000円ー6 営業日
9 ～ 1632,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-5001 ～ 8株21,000円24,200円9 営業日
9 ～ 1620,000円23,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
16S rDNA-FULL1 ～ 8株43,000円50,400円9 営業日
9 ～ 1637,000円43,400円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
カビITS rDNA（ENKI BLAST）
または
28S rDNA-D1/D2（ENKI BLAST）		1 ～ 8株22,000円ー6 営業日
9 ～ 1620,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
ITS rDNA
または
28S rDNA-D1/D2		1 ～ 8株30,000円34,400円9 営業日
9 ～ 1628,000円32,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
ITS rDNA（ENKI BLAST）
および
28S rDNA-D1/D2
（ENKI BLAST）		1 ～ 8株38,000円ー10 営業日
9 ～ お問い合わせ下さい
ITS rDNA
および
28S rDNA-D1/D2※2		1 ～ 8株55,000円62,600円15 営業日
9 ～ お問い合わせ下さい
酵母26S rDNA-D1/D2
または
ITS rDNA（ENKI BLAST）		1 ～ 8株22,000円ー6 営業日
9 ～ 1620,000円ー7 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
26S rDNA-D1/D2
または
ITS rDNA		1 ～ 8株27,000円31,400円9 営業日
9 ～ 1626,000円30,000円10 営業日
17 ～ 24お問い合わせ下さい
25 ～お問い合わせ下さい
試験項目検体数単位単価（税抜）目安納期
英文報告書の作成（報告日より１年以内に限る）1式10,000円＋5営業日～
考察文は納期要相談
和文、英文報告書の追加発行（報告日より１年以内に限る）各1部3,000円ー
  • DNA特急は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
  • 解析は遺伝子領域ごとに行います。

オプション｜配列比較、簡易分子系統解析、考察

試験項目報告内容単位単価（税抜）納期
配列比較ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント) を行い、相違箇所を明確にします。2 株間比較＋ 1,000 円＋ 1営業日
3 株間比較＋ 2,000 円
簡易分子系統解析
（細菌・酵母）		当社微生物同定システム「ENKI®」により分子系統解析し、帰属種・近縁種を推定します。株考察なし8,000 円5 営業日
考察あり10,000 円6 営業日
配列決定＋5,000 円＋ 1営業日
簡易分子系統解析
（カビ）		考察なし12,000 円5 営業日
考察あり14,000 円6 営業日
配列決定＋ 5,000 円＋ 1営業日
細菌・放線菌　考察
（DNA）		同定に至った経緯の文章説明を追加します。※1株＋2,000円＋ 2営業日
カビ・酵母　考察
（DNA）
  • 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

〈簡易分子系統解析と分子系統解析の違い〉

試験項目活用できる分野解析目的系統解析に供するデータまたは塩基配列データ
簡易分子系統解析品質管理、衛生管理、スクリーニング検体がどの既知種近縁なのかを推定する当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株の塩基配列データ
分子系統解析学術研究、論文投稿など検体の分類学的位置を推定する主に対象分類群の最新の文献を参照した分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ

関連サービス

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ご依頼前の同意事項

  • 多検体をご依頼の場合、目安納期はお問い合わせ下さい。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
  • 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
  • バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
  • バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
  • バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

【細菌用】041_DNA16S_bacteria_V16.zip

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【カビ用】043_DNA_molds_V17.zip

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【酵母用】044_DNA_yeast_V17.zip

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