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サービス

生体 アンプリコンシーケンス解析

試験のポイント

  • 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体に対応

  • 検体のDNA抽出からデータ解析までの一括対応、抽出済DNAでの受入、fastqデータ納品 (解析なし) など、多様なニーズに対応(1検体から申込み可能)

  • 糞便は細菌とアーキア(古細菌)を一括で解析できるプライマーを推奨(メタン産生アーキアなどの検出が可能)

  • アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を高めた皮膚菌叢解析用プライマーを選択可能

  • データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能※1

  • DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業

  • 細菌・アーキアの場合
    ・セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
    ・セット2:QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)
    カビ・酵母の場合
    ・セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』)
    ・セット2:QIIME2 (データベース『UNITE』)

サービス概要

試験項目
生体アンプリコンシーケンス解析
受入可能な検体
◎生体由来検体(糞便、腸管内容物、ルーメン液、唾液、プラーク、皮膚拭取物、膣内拭取物など)
◎DNA抽出物
目安納期
18 営業日~

当社標準プロトコルに基づき生体由来検体からDNAを抽出し納品します。

受入可能な検体

検体区分由来検体の種類対象
A 区分:
糞便検体
ヒト糞便細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA
マウス、ラットなどの実験動物類糞便、腸管内容物
ブタ、ウシ、ウマなどの家畜類糞便、腸管内容物、ルーメン液
ニワトリなどの家禽類糞便、腸管内容物
イヌ、ネコなどのペット類糞便
魚類、昆虫、その他糞便、腸管内容物
B 区分:
その他生体由来検体
ヒト
(その他動物種はご相談下さい)
唾液、プラーク
皮膚拭取物
膣内拭取物
DNA抽出物PCR 増幅が確認されたDNA抽出物

必要検体量・送付方法

検体の種類必要量留意点および送付方法
A区分糞便、 腸管内容物、ルーメン液気密性の高い容器0.2 ~ 0.5 g採取後速やかに冷凍保存、 冷凍輸送
糞便採取容器 (保存液あり)0.2 ~ 0.5 g採取後速やかに冷蔵保存
冷蔵輸送推奨、 常温輸送可
メタボロキーパー®※1
B区分A 区分以外
・口腔内容物 (唾液、プラーク )
・皮膚拭取物など
スワブ
1.5 mL チューブなど
0.2 ~ 1 mL
(唾液)
唾液、舌苔、口腔粘膜、プラークを採取し、速やかに冷凍保存、冷凍輸送
綿棒やコットンなどで広範囲を拭き取った検体は、極少量の適切な溶液(PBS、生理食塩水、滅菌水など)に移し、速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
メタフロキーパー(皮膚唾液0.2 ~ 1 mL
(唾液)
採取後速やかに冷蔵保存
冷蔵輸送推奨、常温輸送可
DNA抽出物※2濃度 5 ng/µL
総量 30 µL 以上
(1 領域を追加ごとに+15 µL 以上)
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
  • 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。
  • DNA抽出物の場合、PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

解析プロセス

DNA抽出/精製
PCR増幅
PCR産物の定量
シーケンス配列決定
プライマー配列の除去
データ解析
データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

仕様

対象微生物細菌 ・ アーキアカビ・酵母
解析対象DNA
遺伝子領域※1細菌16S rDNA V1 ~ V2 領域ITS2 領域
細菌16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌 (皮膚菌叢解析用)16S rDNA V3 ~ V4 領域※2
リード数※33万リード以上/検体
解析機種MiSeq i100シリーズ(Illumina)
データ解析セット1:Metagenome@KINRDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」RDP
セット2:QIIME2※4Greengenes databaseあるいはSILVA databaseUNITE
  • 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
  • 標準仕様のV3 ~ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
  • 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
  • GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

納品内容(セット1:Metagenome@KIN)

報告内容形式
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データfastq ファイル
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンスデータ
( クオリティーフィルタリング、 キメラチェック後 )
fasta ファイル
データ解析結果※1csv ファイル、 html ファイル

報告サンプル(セット1:Metagenome@KIN)

検体間比較グラフ、クラスター解析、主成分分析は、論文投稿を前提とした解像度ではありません。
論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。

ドーナツグラフドーナツグラフ検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 (内側) ~属または種 (外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。 群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
解析例解析例
検体間比較グラフ検体間比較グラフ全検体の、 ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。 検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
クラスター解析クラスター解析デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分分析主成分分析主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

納品内容(セット2:QIIME2)

報告内容形式
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データfastq ファイル
QIIME2 出力データファイルデータ解析 ( 一次解析 ) 結果※1代表配列とリード数の一覧qzv ファイル
相同性検索結果
( 表、 バーチャート )

報告サンプル(セット2:QIIME2)

QIIME2_バーチャート

価格・納期

区分※3試験項目依頼形態単価 (税抜)※1目安納期 (DNA解析)※2
A 区分アンプリコンシーケンス解析
(細菌・アーキア)

 ・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/アーキア V3~V4
 ・アーキア V3~ V4

アンプリコンシーケンス解析
(カビ・酵母)

 ・ITS2
検体にてご依頼の場合15,000円/検体20 営業日~
DNA抽出物にてご依頼の場合12,000円/検体18 営業日~
fastqファイル納品の場合14,500円/検体20 営業日~
DNA抽出物にてご依頼、
fastqファイル納品の場合
11,500円/検体18 営業日~
B 区分アンプリコンシーケンス解析
(細菌・アーキア)

 ・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/アーキア V3~V4
 ・アーキア V3~ V4

アンプリコンシーケンス解析
(カビ・酵母)

 ・ITS2
検体にてご依頼の場合19,000円/検体24 営業日~
DNA抽出物にてご依頼の場合12,000円/検体18 営業日~
fastqファイル納品の場合18,500円/検体24 営業日~
DNA抽出物にてご依頼、
fastqファイル納品の場合
11,500円/検体18 営業日~
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たりA区分 3,500円 (税抜) 、B区分7,000円 (税抜)を減額します。
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は+5営業日の追加になります。
  • A 区分:糞便検体。B 区分:その他生体由来検体。

生体由来検体の返送

生体由来検体の返送をご希望のお客様には、定温マルチBOXによる臨床検体輸送サービスを利用してお送りします。

項目容器サイズ(内寸)単位価格 (税抜)
生体由来検体返送
(冷凍)
10サイズ230mm×230mm×200mm1個38,600 円
追加 1個+ 13,650 円
50サイズ320mm×450mm×350mm1個66,700 円
追加 1個+ 40,700 円

従来機「MiSeq」をご利用希望の方

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
→ MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果(当社実施)

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

〈価格・納期〉

区分試験項目単価 (税抜)※1目安納期(DNA解析)※2
A区分アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
 ・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/ア ーキア V3~V4
 ・アーキア V3~ V4
アンプリコンシーケンス解析 (カビ・酵母)
 ・ITS2
24,000円/検体40営業日~
B区分アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
 ・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/ア ーキア V3~V4
 ・アーキア V3~ V4

アンプリコンシーケンス解析 (カビ・酵母)
 ・ITS2
32,000円/検体40営業日~
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000円 (税抜)を減額します。
  •  2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は+5営業日の追加になります。

〈仕様〉

対象微生物細菌 ・ アーキアカビ・酵母
解析対象DNA
遺伝子領域※1細菌16S rDNA V1 ~ V2 領域ITS2 領域
細菌16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌 (皮膚菌叢解析用)16S rDNA V3 ~ V4 領域※2
リード数※31 万リード以上 / 検体
解析機種従来機MiSeq
データ解析セット1:Metagenome@KINRDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」RDP
セット2:QIIME2※4Greengenes databaseあるいはSILVA databaseUNITE
  • 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
  • 標準仕様のV3 ~ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
  • クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
  • GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。


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ご依頼前の同意事項

  • メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
  • ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。

MiSeq i100シリーズでの解析(推奨)_【生体A区分用】

211A-2_NGS_living_TypeA_i100_V2.zip

※生体A区分:糞便検体

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MiSeq i100シリーズでの解析(推奨)_【生体B区分用】

211B-2_NGS_living_TypeB_i100_V2.zip

※生体B区分:糞便検体以外(唾液、プラーク、皮膚拭取物、膣内拭取物など)

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 従来機MiSeqでの解析_【生体A区分用】

211A_NGS_living_TypeA_V20.zip

※生体A区分:糞便検体

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従来機MiSeqでの解析_【生体B区分用】

211B_NGS_living_TypeB_V20.zip

※生体B区分:糞便検体以外(唾液、プラーク、皮膚拭取物、膣内拭取物など)

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