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サービス

環境 アンプリコンシーケンス解析

試験のポイント

  • 土壌、環境水から培養液、発酵食品といった幅広い検体に対応

  • 検体のDNA抽出からデータ解析までの一括対応、抽出済DNAでの受入、fastqデータ納品 (解析なし) など、多様なニーズに対応(1検体から申込み可能)

  • データ解析ソフトウェアは2種類から選択可能※1

  • DNA抽出からデータ解析まで全て当社内で作業

  • 細菌・アーキアの場合
    ・セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』あるいは『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』)
    ・セット2:QIIME2 (データベース『Greengenes』あるいは『SILVA』)
    カビ・酵母の場合
    ・セット1:Metagenome@KIN (データベース『RDP』)
    ・セット2:QIIME2 (データベース『UNITE』)

サービス概要

試験項目
環境アンプリコンシーケンス解析
受入可能な検体
◎環境検体(食品、活性汚泥、土壌、発酵検体、環境水など)
◎DNA抽出物
目安納期
18 営業日~

土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌(カビ・酵母)の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
データ解析のソフトウェアは、「Metagenome@KIN」または「QIIME2」の2種類から選択が可能です。

受入可能な検体

DNA抽出物の場合、PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

検体区分由来検体の種類対象
環境検体食品発酵食品、乳酸菌飲料など細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA
活性汚泥糞便、発酵槽の汚泥、下水汚泥など
土壌一般土壌、砂、火山灰など
発酵検体堆肥、コンポスト、培養液など
環境水水道水、工業廃水、海水、湖沼水など
DNA抽出物PCR 増幅が確認されたDNA抽出物

必要検体量・送付方法

外洋海水、深海堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。

検体必要量留意点および送付方法
食品10 gまたは100 mL食品の保存温度で保存、輸送
活性汚泥5~10 mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5 g
発酵検体堆肥、コンポストなど1~ 5 g
培養液など5~10 mL
環境水水道水、濁りの少ない河川水など100~1000 mL
工業廃水、下水など50~500 mL
DNA抽出物※1濃度 5 ng/μL
総量 30 μL 以上
(1 領域を追加ごとに+ 15 μL 以上)
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
  • DNA抽出物の場合、PCR 増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

解析プロセス

DNA抽出/精製
PCR増幅
PCR産物の定量
シーケンス配列決定
プライマー配列の除去
データ解析
データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

仕様

対象微生物細菌 ・ アーキアカビ・酵母
解析対象DNA
遺伝子領域※1細菌16S rDNA V1 ~ V2 領域ITS2 領域
細菌16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア・Anammox16S rDNA V3 ~ V4 領域※3
アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌16S rDNA V5 ~ V7 領域※4
リード数※23万リード以上/検体
解析機種MiSeq i100シリーズ(Illumina)
データ解析セット1:Metagenome@KINRDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」RDP
セット2:QIIME2※5Greengenes databaseあるいはSILVA databaseUNITE
  • 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
  • 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
  • 標準仕様のV3~V4領域のプライマー配列の一部を改変し、Anammox菌 (嫌気性アンモニア酸化細菌)の検出効率を上げています。
  • 植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
  • GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

納品内容(セット1:Metagenome@KIN)

報告内容形式
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データfastq ファイル
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンスデータ
( クオリティーフィルタリング、 キメラチェック後 )
fasta ファイル
データ解析結果※1csv ファイル、 html ファイル

報告サンプル(セット1:Metagenome@KIN)

検体間比較グラフ、クラスター解析、主成分分析は、論文投稿を前提とした解像度ではありません。
論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析(QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。

ドーナツグラフドーナツグラフ検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 (内側) ~属または種 (外側)へ一つの図として表示します。htmlファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。 群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。
解析例解析例
検体間比較グラフ検体間比較グラフ全検体の、 ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。 検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。
クラスター解析クラスター解析デンドログラムおよび、 ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。
主成分分析主成分分析主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

納品内容(セット2:QIIME2)

報告内容形式
次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データfastq ファイル
QIIME2 出力データファイルデータ解析 ( 一次解析 ) 結果※1代表配列とリード数の一覧qzv ファイル
相同性検索結果
( 表、 バーチャート )

報告サンプル(セット2:QIIME2)

QIIME2_バーチャート

価格・納期

試験項目依頼形態単価 (税抜)※1目安納期 (DNA解析)※2
アンプリコンシーケンス解析
(細菌・アーキア)

 ・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/アーキア V3~V4
 ・細菌/アーキア/Anammox V3~V4
 ・アーキア V3~ V4
 ・細菌 V5~V7

アンプリコンシーケンス解析
(カビ・酵母)

 ・ITS2
検体にてご依頼の場合19,000円/検体24 営業日~
DNA抽出物にてご依頼の場合12,000円/検体18 営業日~
fastqファイル納品の場合18,500円/検体24 営業日~
DNA抽出物にてご依頼、
fastqファイル納品の場合
11,500円/検体18 営業日~
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり7,000 (税抜)を減額します。
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は+5営業日の追加になります。

従来機「MiSeq」をご利用希望の方

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
→ MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果(当社実施)

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

〈価格・納期〉

試験項目単価 (税抜)※1目安納期(DNA解析)※2
アンプリコンシーケンス解析 (細菌・アーキア)
・細菌 V1~V2
 ・細菌 V3~V4
 ・細菌/アーキア V3~V4
 ・細菌/アーキア/Anammox V3~V4
 ・アーキア V3~ V4
 ・細菌 V5~V7
アンプリコンシーケンス解析 (カビ・酵母)
 ・ITS2
32,000円/検体40営業日~
  • 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000円 (税抜)を減額します。
  •  2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は+5営業日の追加になります。

〈仕様〉

対象微生物細菌 ・ アーキアカビ・酵母
解析対象DNA
遺伝子領域※1細菌16S rDNA V1 ~ V2 領域ITS2 領域
細菌16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌・アーキア・Anammox16S rDNA V3 ~ V4 領域※3
アーキア16S rDNA V3 ~ V4 領域
細菌16S rDNA V5 ~ V7 領域※4
リード数※21 万リード以上 / 検体
解析機種従来機MiSeq
データ解析セット1:Metagenome@KINRDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」RDP
セット2:QIIME2※5Greengenes databaseあるいはSILVA databaseUNITE
  • 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
  • クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
  • 植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
  • 標準仕様のV3~V4領域のプライマー配列の一部を改変し、Anammox菌 (嫌気性アンモニア酸化細菌)の検出効率を上げています。
  • GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。


依頼書のダウンロード

ご依頼前の同意事項

  • メディア(DVD-R)による配送納品のみとなります。
  • ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
  • お預かりした検体を返送する場合、当社は試験前の検体と同等の状態を保証するものではありません。
  • ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。

MiSeq i100シリーズでの解析(推奨

212E-2_NGS_env_i100_V2.zip

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従来機MiSeqでの解析

212E_NGS_env_V20.zip

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