試験のポイント
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全ゲノム配列やドラフトゲノム配列の類似度から、細菌の種の異同を決定
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高い再現性
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全ゲノム配列やドラフトゲノム配列の活用が可能
サービス概要
- 対象
- 細菌
- 試験原理
- 対照株と比較株の全ゲノム配列やドラフトゲノム配列をコンピュータ上で比較し、2株間の種の異同を評価
in silico DDH解析は、対照株と比較株の全ゲノム配列やドラフトゲノム配列をコンピュータ上で比較し、2株間の種の異同を評価する方法です。この試験はゲノムDNA抽出物を用いたDNA-DNAハイブリッド形成試験と正の相関があるとされています。近年ではin silico DDH解析の方法として、計算方法の異なるANI解析およびGGDC解析を行い、両方の解析結果を併記して新種提唱をしている論文が増加傾向にあります。解析後、全ゲノム配列やドラフトゲノム配列がお手元に残ることもin silico DDH解析の特長と言えます。
全ゲノム配列やドラフトゲノム配列のためのシーケンサーは「PacBio® Revio / Sequel IIe」 (Pacific Biosciences社製) を使用します。
既に全ゲノム配列やドラフトゲノム配列取得されている場合には、ANI解析、GGDC解析のみのご依頼も承ります。
ゲノム解析による細菌の分類学的種の異同判定
細菌の新種提唱や細菌を用いた特許出願・侵害調査などの際、分類学的な同定 (同種、別種判定) を要求される機会が増えています。現在の分類学的な種の異同の判定基準としては、全ゲノム配列やドラフトゲノム配列を比較する方法【in silico DNA-DNA hybridization (in silico DDH 解析)】 および抽出されたゲノムDNA同士が相補的に形結合する度合いを求めるDNA-DNAハイブリッド形成試験方法などがあります。
当社では、ゲノム配列を用いたAverage Nucleotide Identity (ANI) 解析およびGenome-to-Genome Distance Calculator (GGDC) 解析を行っています。
Average Nucleotide Identity（ANI）解析
ANI解析は、対照株のゲノム配列をコンピュータ上で1,020 bpに断片化し、比較株のゲノム配列に対して各断片の相同性検索を行い、それらの相同値の平均値からゲノム配列間のANI値を求めます。ANI値が95%以上であれば同種、95%未満であれば別種 (新種) と判定します。
Genome-to-Genome Distance Calculator（GGDC）解析
GGDC解析は、コンピュータ上で対照株と比較株のゲノム配列間の相同性の高い領域を特定し、それらのペアワイズ距離を求めることによりin silico DDH値を求めます。GGDCを用いたin silico DDH値が70%以上であれば同種、70%未満であれば別種 (新種) と判定します。また、70～80%の場合には同種別亜種とされています3)。
受入可能な検体
| 必要量 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。 |
| 液体培養物 | 1 本 | |
| スラント ( 斜面培養物 ) | ||
| アンプル | ||
| 凍結保存品 ( グリセロールストック) | ||
| 集菌体 | 目安湿重量 1 ｇ以上 | 集菌後、5 mM EDTA バッファーで2 ～ 3 回程度洗浄し、遠心・集菌後は凍結して冷凍でお送り下さい。集菌体から直接DNAを抽出します。 |
| ゲノム配列データ | － | 対象株の完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列が存在すれば、お手持ちのゲノム配列データからANI 解析のみのご依頼が可能です。 |
解析プロセス
- 培養
- DNA抽出
- DNAの品質検査
- ゲノムシーケンス
- アセンブリ
- 塩基配列決定
- in silico DDH解析 ANIまたはGGDC
- 判定
納品内容
| 試験項目 | 報告内容※1 | 付属データ |
|---|---|---|
| ゲノム配列解析 （DNA抽出含） | • 培養作業報告 • シーケンス結果 (配列) | ゲノム配列データ |
- PacBio Revio／ Sequel IIe ゲノム配列解析には、作業概況（提携先レポート）が含まれます。
価格・納期（一例）
- 仕様に応じて見積りします。
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。［追加費用］
- 対照株数が複数の場合には、お問い合わせ下さい。
- 当社で培養を行う場合、別途培養費 5,000円 (税抜)～が掛かります。
| 試験項目 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
|---|---|---|---|---|
| ゲノム配列解析 | 株 | アセンブリおよびオートアノテーション込み | お問い合わせ下さい | お問い合わせ下さい |
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| ANI 解析 | ANI解析結果 | ー |
| GGDC解析 | GGDC解析結果 | ー |
報告書サンプル
価格・納期（一例）
- 仕様に応じて見積りします。
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。［追加費用］
- 対照株数が複数の場合には、お問い合わせ下さい。
- 当社で培養を行う場合、別途培養費 5,000円 (税抜)～が掛かります。
| 試験項目 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 | |
|---|---|---|---|---|
| ANI 解析 | 株 | 1 ： 1 の解析の場合 | 5,000 円 | ゲノム配列データ 受領後10 営業日 |
| 1 ： 2 の解析の場合 | 10,000 円 | |||
| GGDC解析 | 株 | 1 ： 1 の解析の場合 | 5,000 円 | |
| 1 ： 2 の解析の場合 | 10,000 円 | |||