試験のポイント
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rDNAのITS領域や28S rDNAのD1/D2領域では種の識別が困難な分類群に有効
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学術論文に基づき、各分類群の同定に有効な遺伝子を提案
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複数の遺伝子を連結させて解析するマルチローカス遺伝子解析（MLSA）にも対応
サービス概要
- 対象
- カビ
- 試験項目
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◎β-tubulin (BLAST)／calmodulin (BLAST)／TEF-1 α (BLAST)
◎β-tubulin 分子系統解析／calmodulin 分子系統解析／TEF-1 α 分子系統解析 - 目安納期
- 12営業日～
カビの同定には、主にrDNAのITS領域および28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を使った解析が行われますが、これらの領域のみでは種の識別が困難な分類群が複数存在します。これらの分類群には、機能遺伝子解析が有効な場合があります。例えば、当社ではPenicillium 属にはβ-tubulin遺伝子、Aspergillus 属にはcalmodulin遺伝子、Fusarium属やTrichoderma属にはTEF-1α (Translation elongation factor 1-alpha) 遺伝子を推奨しています。
同定に最適な機能遺伝子の提案や、分子系統解析や複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析にも対応可能です。
受入可能な検体
| 種類 | 必要量 | 備考 |
|---|---|---|
| 平板培養物 | 1 枚 | 当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。 |
| 液体培養物 | 1 本 | |
| スラント ( 斜面培養物 ) | ||
| アンプル | ||
| 凍結保存品 ( グリセロールストック) | ||
| ・シーケンス生データ (ab1 ファイル ) ・塩基配列テキストファイル | ー | シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル) から配列決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供ください。 |
解析プロセス
- 文献調査
- 純度確認
- DNA抽出
- PCR増幅
- シーケンス
- 塩基配列決定
- 相同性検索
- データセット構築
- 分子系統解析
納品内容
| 試験項目 | 報告内容 | 付属データ |
|---|---|---|
| β-tubulin（BLAST） calmodulin（BLAST） TEF-1 α（BLAST） | ・国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 | ・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
| β-tubulin 分子系統解析 calmodulin 分子系統解析 TEF-1 α 分子系統解析 | ・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位 ・ 分子系統解析に使用した配列一覧 ・ 系統樹 ・ 考察 (同定に至った経緯の文章説明) ・ 同定結果 ・ 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル | ・ 分子系統樹ファイル(PowerPoint) ・ DNA塩基配列データ ・ シーケンス波形データ |
価格・納期
- 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。［追加費用］
- 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
- DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび分子系統樹ファイルは、報告時にお届けします。
| 試験項目 | 検体数 | 単位 | 単価（税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|
| β -tubulin（BLAST） calmodulin（BLAST） TEF-1 α（BLAST） | 1～8 | 株 | 30,000 円 | 12 営業日 |
| 9～ | お問い合わせ下さい | |||
| β -tubulin 分子系統解析 calmodulin 分子系統解析 TEF-1 α 分子系統解析 | 1 | 式 | ＋ 53,000 円～ | お問い合わせ下さい |