「委託費用を抑えたい」「少数検体で依頼したい」という方に、DNA抽出物でご依頼いただける当社のアンプリコンシーケンス解析が便利です。
DNA抽出をお客様ご自身で実施いただくことで、1検体から、低コストで解析を委託できます。
DNA抽出物をご送付いただく場合
- 1検体から受入可能
- 12,000円／検体（税抜）
- fastqファイル納品（データ解析なし）のみなら 11,500円／検体（税抜）
こんな方におすすめです
- 1～2検体など、少数検体でもコストを抑えて委託したい
- DNA抽出は自社・自施設で対応可能
- 技術的に信頼できる受託試験機関に依頼したい
❖ DNA抽出物の必要量
PCR 増幅が確認されたDNA抽出物。
※PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。
- 濃度：5 ng/µL
- 総量：30 µL 以上（1 領域を追加ごとに＋15 µL 以上）。
❖ 解析領域
- 細菌：V1–V2、V3–V4、V5–V7
- 細菌・アーキア：V3–V4
- 細菌／アーキア／Anammox：V3–V4
- アーキア：V3–V4
- カビ・酵母：ITS2
❖ データ解析ソフトウェア
① セット1：Metagenome@KIN
② セット2：QIIME2
標準：リード同定、バーチャート作成、シーケンス生データを納品
オプション：QIIME2による α・β多様性解析、R を用いた統計解析、PICRUSt2 による予測メタゲノム解析
〈Metagenome@KINとQIIME2の違い〉
◎Metagenome@KIN
・当社独自の微生物同定データベースにより比較的最新の分類群体系を菌叢構造に反映
・学術論文で汎用性の高いデータベース（RDP）を用いた菌叢構造を表示
・系統推定されたデータから検体間の微生物群集構造を比較（主成分分析、ヒートマップ・クラスター分析）
◎QIIME2
・学術論文で汎用性の高いデータベース（Greengene、SILVA、UNITE）を用いた細菌叢構造を表示
・系統推定されたデータから検体間の微生物群集構造を比較（ヒートマップ・クラスター分析） ※二次解析（オプション）
・系統推定された分類群データではなく、菌叢構造を多様性指数で評価できる（α多様性解析） ※二次解析（オプション）
・系統推定された分類群データではなく、菌叢構造の類似度を評価できる（β多様性解析） ※二次解析（オプション）
〈参考例〉
・最新の分類体系をもとに検体中に存在する細菌種を確認したい場合は、Metagenome@KIN をおすすめします。
・原材料や工場各所など、腐敗菌・変敗菌を局所的に検出を目的とする場合は、QIIME2 をおすすめします。
・マウス腸内容物の菌叢解析において、試験食群とコントロール群間の菌叢変化を評価したい場合は、QIIME2 をおすすめします。
詳細について、お気軽にお問い合わせください。
アンプリコンシーケンス解析について
アンプリコンシーケンス解析の詳細については以下のリンクからご覧ください。
◎ヒトや動物の糞便、唾液、皮膚拭取物など生体由来の検体を解析
生体 アンプリコンシーケンス解析はこちらから
◎環境水、食品、土壌検体など環境由来の検体を解析
環境 アンプリコンシーケンス解析はこちらから