植物性食品（発酵食品）中の細菌叢解析が精力的に進められています。しかし、16S rRNA遺伝子を標的とした遺伝子解析を実施する際、データベースに植物由来の配列（Streptophyta）が登録されている場合、ユニバーサルプライマーの配列（341f – R806、16S rDNA V3-V4領域）1,2)ではStreptophyta の配列を増幅してしまい、本来の細菌叢を反映できないことが確認されています。
当社では16S rDNA V5-V7領域3,4)を標的としたアンプリコンシーケンス解析用プライマーをご用意しました。16S rDNAV5-V7領域を用いることでStreptophytaの配列の増幅を抑えられることを、RDP(Ribosomal database project) およびGreengenes databaseで確認しております (図1)。
植物を含む細菌叢解析において、植物由来の配列が増幅してしまう問題を大幅に解消していますが、植物由来の配列を完全に除去できない点は注意が必要です。また、16S rDNA V3-V4領域の解析結果とは単純な比較ができなくなる点も注意が必要です。
参考文献
1)Muyzer G, de Waal, EC. Uitterlinden, AG. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA. Appl Environ Microbiol 1993;59:695–700.
2)Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proc Natl Acad Sci U S A 2011;108:4516–4522.
3)Chelius MK, Triplett EW. The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L. Microb Ecol. 2001 Apr;41(3):252-263.
4)Bodenhausen N, Horton MW, Bergelson J. Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana. PLoS One. 2013;8(2):e56329.