試験のポイント
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T-RFLPフローラ解析 (Nagashima法) を継承した1種類の制限酵素による細菌叢解析
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培養を介さず検体のDNAを対象として解析するため、 難培養微生物も検出可能
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Bifidobacterium 属、 Bacteroides 属などヒト腸内細菌叢の主要な分類群をOTU化して構成比率を比較
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MN法の結果は、 アンプリコンシーケンスの結果と正の相関
サービス概要
- 試験項目
- T-RFLP フローラ解析 （MN 法）
- 受入可能な検体
- 糞便検体（ヒト）
- 目安納期
- 14 営業日～
T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) は、末端蛍光標識したプライマーセットでPCR増幅したDNAを制限酵素処理後、その断片多型 (検出される蛍光ピークの数、強度と分子量) から細菌叢を推定します。微生物の分類体系がDNA塩基配列の差異と関係すること、それが制限酵素の切断パターンとして現れることを利用しています。
MN法はNagashima法1-2)を改変し、ヒト腸内細菌叢に特化した解析手法です。得られた断片多型をBifidobacterium属、Bacteroides属などヒト腸内細菌叢の主要な分類群としてOTU (Operational Taxonomic Unit) 化し、その構成比率を一覧表およびバーチャートとして出力します。
DNA抽出物を未精製のまま解析するため安価です。
各OTUの分類群と推定される菌種一覧
（クリックするとPDFファイルが開きます）
〈参考文献〉
1) Nagashima K, Hisada T, Sato M, Mochizuki J. Application of new primer-enzyme combinations to terminal restriction fragment length polymorphism profiling of bacterial populations in human feces. Appl Environ Microbiol 2003;69:1251-1262.
2) Nagashima K, Mochizuki J, Hisada T, Suzuki S, Shimomura K. Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling. Bioscience and Microflora 2006;25:99-107.
MN 法について
| 試験項目 | 概要 |
|---|---|
| MN 法※1 | 当社糞便採取容器「ブラシ型」に特化した、安価で迅速な解析サービスです。 DNA 抽出物の精製工程を経ないため、DNA 抽出物の返送や追加試験 ( 他の解析サービス) はご利用いただけません。 注意：「ブラシ型」では採便した糞便を秤量できないため、リアルタイムPCRの追加試験はできません。 |
- 2025年まで受託していた「MN-2法」をご希望の場合は、糞便採取容器「ブラシ型」ではなく、気密性の高い容器で凍結糞便をご送付下さい。冷凍糞便をご送付いただく場合は、オプションの「DNA 抽出物の精製」が必須となります。また、「DNA 抽出物の返送」や追加試験（ 他の解析サービス）はご利用いただけます。
受入可能な検体
- 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
| 検体区分 | 由来 | 検体の種類 | 対象 |
|---|---|---|---|
| A 区分： 糞便検体 | ヒト | 糞便 | 細菌のDNA |
必要検体量・送付方法
| 区分 | 検体の種類 | 容器種類 | 必要量 | 留意点および送付方法 |
|---|---|---|---|---|
| A区分 | ヒト糞便 | 糞便採取容器 ブラシ型※1 | ー | 採取後速やかに冷蔵保存 冷蔵輸送推奨、常温輸送可 |
| 気密性の高い容器※2 | 0.2 ～ 0.5 g | 採取後速やかに冷凍保存、冷凍輸送 |
- 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。
- 気密性の高い容器で冷凍糞便をご送付いただく場合、オプションの「DNA 抽出物の精製」が必須となります。
検体の返送
糞便採取容器「ブラシ型」でご依頼いただく場合、元検体の返送はできません。
「DNA 抽出物の返送」をご希望の場合、気密性の高い容器で冷凍糞便をご送付いただき、オプションの「DNA 抽出物の精製」をご選択下さい。
解析プロセス
- DNA抽出
- DNA精製（オプション）
- 蛍光標識したプライマーでPCR増幅
- 制限酵素処理
- フラグメント解析
仕様・納品内容
- DNAシーケンサー（ABI PRISM 3500xl DNA Genetic Analyzer）で検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のフラグメント解析を行います。
- 追加のデータ解析（クラスター分析、主成分分析、群間比較（箱ひげ図、ベン図））につきましては、「統計解析ソフトRによるデータ解析」をご参照下さい。
| 報告内容 | 形式 | |
|---|---|---|
| 各 OTU のピーク面積比、 グラフ | Excel ファイル | |
報告サンプル
価格・納期
| 試験項目 | 糞便採取容器の種類 | 検体数 | 単位 | 単価 （税抜） | 目安納期 |
|---|---|---|---|---|---|
| T-RFLP フローラ解析（MN 法） | ブラシ型／保存液あり（FS-0016、FS-0017） | 1～8 | 検体 | 33,000 円 | 14 営業日～ |
| 9～19 | 22,000 円 | ||||
| 20～ | 15,000 円 | ||||
| 抽出済のDNA精製（オプション）※1 | ー | 1 | 検体 | ＋3,000 円 | ＋2 営業日 |
- 2025年まで受託していた「MN-2法」をご希望の場合は、気密性の高い容器で冷凍糞便をご送付下さい。その際に、オプションの「DNA 抽出物の精製」が必須となります。