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環境T-RFLP解析

T-RFLP(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 解析は、末端蛍光標識したプライマーセットで鋳型DNAをPCR増幅し、制限酵素による消化後、フラグメント解析をします。

 

DNA塩基配列の違いから制限酵素切断部位が異なることを利用し、検出ピークの強度、位置、数により評価・比較する断片多型性解析です。環境サンプルなど不特定の帰属種が混在する検体を評価する際には、複数の制限酵素を用いて多次元的に解析する必要があります。使用するプライマーと制限酵素は、論文に基づきますので、まずはご相談ください。

 

分析内容

分析内容

報告形式(グラフ)

T-RFLP解析

  1. DNA抽出、精製
  2. 蛍光標識したプライマーでPCR増幅
  3. 制限酵素処理
  4. フラグメント解析
  5. 結果のまとめ

検体区分・必要検体量・送付方法

価格・納期

  • 制限酵素数が2 種類以上の際は、お問い合わせください。

T-RFLP データ解析では、既に当社にて解析いただいたデータの中から、該当データ、解析方法を選択していただき再解析いたします。

 

【クラスター分析】

ピークパターンを数値化したデータを似たものを集めて集落(クラスター)を作り、対象を分類致します。

 

【主成分分析】

多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作成、分析いたします。

オプション

-解析例と報告形式-

※複数試験の解析データをまとめ、試験ごとに検体識別番号を色分けし、クラスター解析

※クラスター解析においてクラスタリングの方法を変更(ward 法、群平均法(UPGMA)からご選択可能です。)

※主成分分析(表示方法:二次元、三次元がご選択可能です。)

※2 群間の比較(マン・ホイットニーのU 検定、対応のあるt 検定からご選択可能です。)

  • 解析方法内容について仕様書を作成し、見積書と共に提案させていただきます。ご注文は仕様書を確認いただいたものとして進めさせていただきます。
  • 当社が発行する検体識別番号(SIID 番号)もしくはSIID 末尾番号でご報告します。
  • 解析結果に関する考察は一切いたしません。ご報告する解析結果は、お客様ご自身で解釈・判断を行ってください。

ご依頼前の同意事項

  • 検体の種類に応じた当社標準の核酸抽出プロトコールにて調製します。プロトコールの指定は、別途お問い合わせください。 PCR 予備試験やPCR で十分なPCR 産物の得られない検体は、条件を変更して再解析をします。再解析でも十分なPCR 産物の得られない場合は、作業内容と結果をご報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額をご請求します。
  • 抗菌剤・化学物質などを投与されている場合には、検体中の菌数が少なくPCR できない場合があります。この場合には、それまでに行った作業内容をご報告のうえ、作業の費用全額をご請求します。
  • 制限酵素、プライマーの種類により、購入、合成費として、別途追加費用が必要となることがあります。
  • ご送付検体の処分が困難な(危険・有害物質の含有等)場合や余剰量が多くある場合、「当社で処分」をご選択された際にも、当社判断により返送させていただくこともあります。
  • 特殊な検体(油分含有土壌)などは、PCR 増幅反応を著しく阻害する物質が含まれることがあり、これらの影響を受けないような特殊な前処理が必要であることからPCR 予備試験の実施をお奨めします。詳しくは当社までお問い合わせください。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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